PHD theses : Medical Laboratory Science

Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496

Browse

Now showing 1 - 20 of 62

ANTIMICROBIAL ACTIVITY AND CHEMICAL CHARACTERIZATION OF DIFFERENT FLORAL ORIGIN HONEY
(Neelain University, 2010) Mahasen Ahmed Wadi Hassan
ABSTRACT Objective: To evaluate the chemical characterization and antimicrobial activity of different ﬂoral origin honey samples against a wide range of bacterial strains , and to verify the nature of the active substance (s) . Methodology: Thirty —two different honey samples collected from different countries (raw and commercial honey) were tested in vitro for antibacterial activity of standard and clinical isolates using cup plate diffusion technique . The same clinical isolates were tested in vii-ro for some antibiotics sensitivity. Different honey concentrations, ethyl acetate extracts and water residue were assessed in vitro for antibacterial activity . Topical dressing of cutaneous leishmaniasis of 25 hamsters with natural honey was compared with other 25 group treated by Pentostam injection. Extraction of honey was carried out by petroleum ether and ethyl acetate. The extracts were subjected to thin layer chromatography Ethyl acetate extracts were analyzed by I-IPLC and GC-MS for chemical Characterization to fingerprint honey samples according to their ﬂoral origin. Results: All bacterial strains exhibited marked sensitivity to honey samples, even the most resistant bacterial strains to the commonly used antibiotics —MRSA and Pseudomonas spp. The clinical isolates showed remarkable resistance to the most antibiotics tested. Different honey concentrations inhibited bacterial growth even at low dilution 10%. Ethyl acetate extracts exhibited strong antibacterial activity while it is water residue showed no activity. Honey was found to be an effective treatment for the cutaneous leishmaniasis induced in hamsters as compared with control group which was treated by Pentostam injection. TLC of honey extracst resulted in different terpenoids and phenolic compounds. Analysis of honey samples by using HPLC and GC-MS revealed different phenolic compounds correlated with their botanical and geographical origin . Different honey samples showed different compounds according to their ﬂoral origin. Natural and commercial honeys samples exhibited potent antibacterial. Conclusion: The findings of the current study suggests that honey would be beneficial to control resistant bacterial strains without side effects. The active fractions (antibacterial of honey )may be avaluable source of future therapeutic. Effectiveness of honey dressing in treatment of leishmanial ulcers gives a promising trend in controlling such cases. GC-MS profile reﬂect the floral source , and forms abasis of an attempt to fingerprint honey samples. Much of the effectiveness of honey as antibacterial activity was attributed to phenolics ﬂavonoids, some of the volatile compounds , hydrogen peroxide normally present in honey due to the effect of some enzyme, the natural concentration and hygroscopic nature of honey, plus the cidic pH of honey. Honey can be used asanatural product without side effects.
Assessment of 25(OH) Vitamin D level among Sudanese Patients with Type 2 Diabetes Mellitus Related to Diabetic Microvascular Complications at Jaber Abu Eliz Diabetic Center Khartoum
(جامعة النيلين, 2018-11) Dalia Ibrahim Wagea Alla Balla
Abstract Background: Vitamin D plays critical role in calcium and phosphorus homeostasis and bone mineralization. Numerous research studies documented that 25 (OH) vitamin D deficiencies has extra skeletal effects including glycemic control and diabetic microvascular complications. Objectives: To estimate vitamin D concentration among Sudanese patients with type 2 diabetes mellitus related to diabetic microvascular complications. Materials and Methods: A cross-sectional case control and hospital based study was conducted at Jaber Abu Eliz Diabetic Center, ninety patients with microvascular complications (nephropathy, retinopathy and neuropathy), and thirty diabetic patients without microvascular complications, in addition to one-hundred and twenty healthy subjects were compared in terms of levels of 25 (OH) vitamin D, C peptide, lipid profile, HbA1C, C-reactive protein, fasting blood glucose and urine microalbuminuria. SPSS software (version 23) was used for analysis of clinical variables. Results: 25 (OH) vitamin D level is significantly decreased in patient with type 2 diabetes mellitus .25 (OH) vitamin D levels is highly significantly reduced in diabetic group with microvascular complication (nephropathy p=0.00,retinopathyp= 0.000),and neuropathy=0.03) when compared with control group. 25(OH) vitamin D level recorded significant decreases (p=0.04) in diabetic patients with nephropathy treated with oral hypoglycemic, and insignificantly decreased in insulin therapy of the hyperglycemia (p=0.083).25(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with disease duration and FBG ( p < 0.05) and insignificant with patient’s age, BMI, HbA1c, MAU and CRP(p > 0.5). In 90.0% of nephropathy patients 25(OHD) vitamin D3 level is deficient and in 10% is insufficient In group with diabetic retinopathy 25(OH) vitamin D level is significantly decreased in patients on diet control only, using oral hypoglycemic drug and using insulin p= (0.00, 0.04, 0.04 respectively), furthermore 25(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with disease duration, BMI HbA1C and CRP and insignificantly with: patients’ age, FBG and MAU. In 80.0% of the retinopathy patients 25OHD3 is deficient, in 16.7% is insufficient, and in 3.3% is sufficient. In patients with diabetic neuropathy 25(OH) vitamin D recorded significantly decreased in patients on diet control only ,using oral hypoglycemic drug and using insulin(p=0.01, 0.03,0.01 )respectively, furthermore(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with age , CRP and insignificantly with disease duration, BMI, FBG, HbA1C and MAU(p > 0.05). In 86.8% of the neuropathy patients 25OHD3level is deficient, in 6.6% is insufficient and in 6.6 % is sufficient. Across the progressing of the microvascular complication 25(OH) vitamin D level is significantly reduced with the increased severity of the complication (nephropathy, retinopathy, and neuropathy) (P < 0.05). Conclusion: Vitamin D level was significantly decreased in patients with Type 2 diabetes mellitus especially patients’ with microvascular complication; the progress of microvascular complications is significantly correlated to the severity of vitamin D deficiency. Recommendation: Type 2 diabetic patients should be screened for 25(OH) vitamin D level during follow up. Vitamin D supplementation should be prescribed to correct the deficiency. Further studies are needed to assess the role of vitamin D replacement therapy prevention of microvascular complications, and to asses vitamin D receptor genes as genetic factor in development of microvascular complication. المستخلص الخلفیة : اوضحت الدراسات وجود علاقة بين نقص فتامين د وتطور مرض السكر وظهور مضاعفات اعتلال الاوعية الدموية الدقيقة الناتجة من مرض السكري من النوع الثاني. الاھداف: هدفت الدراسة الي تحديد مستوي فتامين د في البلازما للسودانيين المصابين بمرض السكري من النوع الثاني وايجاد علاقة بين نقص فتامين د وظهور مضاعفات الاوعية الدموية الدقيقة لمرضي السكري من النوع الثاني. الطریقة: أجريت هذه الدراسة المقطعية في ولاية الخرطوم في الفترة ما بين 2015 وحتي 2018.تم اختيار 120من المرضي المصابين بداء السكري من النوع الثاني كمجموعة اختبار من مركز جابر ابو العز للسكري(90 مريض يعانون من مضاعفات اعتلال الاوعية الدموية الدقيقة الناتجة من مرض السكري و30 مريض لايعانون) حيث تمت مقارنة هذه المجموعة مع مجموعة ضابطه تضم 120 من المتطوعين الاصحاء. تم جمع عينات الدم والبول من كلتا المجموعتين ومن ثم تحديد مستويات بلازما الدم لكل من فتامين د, الببتايد المتصل,الدهون,السكر التراكمي , بروتين سي التفاعلي ,مستوي سكرالجلكوز في الدم, بالاضافة لزلالي البول. وفي هذه الدراسة تمت مطابقة اعمار واجناس مجموعة الاختبار مع المجموعة الضابطه. النتائج: في المرضي المصابين باعتلال الاوعية الدقيقة للكلية الناتج من مرض السكري, اوضحت نتائج الدراسة الحالية انخفاض ذو دلالة احصائية لفتامين د., كذلك اوضحت نتائج هذه الدراسة انخفاض مستوي البلازما لفتامين د عند المرضي الذين يتناولون ادويه السكري عند المقارنه مع المرضي الذين يستخدمون الحمية . اوجدت نتائج الدراسة الحالية علاقة ذات دلاله احصائية بين فتامين د ومدة المرض , مستوي الجلكور في الدم, بينما اوجدت علاقة ذات دلالة غير احصائيه بين فتامين د مع موشر كتلة الجسم,بروتين سي التفاعلي , السكر التراكمي,عمر المرضي بالاضافه الي الزلال في البول . 90% من المرضي المصابين باعتلال الاوعية الكلية يعانون من نقص فتامين د و10% لديهم فتامين د غير كافي. كلما نقص مستوي فتامين د ذادت حدة اعتلال الكلية وهذة العلاقة ذات دلالة احصائية في جميع مستويات اعتلال الكلية
Assessment of Immunohistochemical Expression of Intracellular Adhesion Molecule-1 among Sudanese patients with Thyroid Cancer
(Al-Neelain University, 2021-11) Rabab Hussein Sir Elkhatim Mokhtar
Abstract Background: Thyroid cancer (TC) is one of the most common cancers in Sudan. It has many histological types with different plan of treatment and prognosis.Intercellular Adhesion Molecule-1 (ICAM-1) could serve as a marker for more precise diagnosis and characterization of this disease and consequently precise management. Aim: The study aimed to assess the expression of ICAM-1 in different thyroid diseases using immunohistochemical technique. Materials and methods: This is a descriptive retrospective study, which was conducted at Omdurman teaching hospital during the period from March to June 2020.Sixty –formalin fixed paraffin embedded Thyroid biopsies were retrieved from the archive of the histopathology laboratory at Omdurman teaching hospital from January 2014 to December 2017. The presence of ICAM-1 was detected by immunohistochemistry. The association between ICAM-1expression and thyroid diseases was tested by Chai-squire test. Results: Sixty patients were enrolled in this study. (11; 18.3%) were male and (49; 81.7%) were female. The age of the studied patients ranged from 11to 85, the mean age was –41years. 25(41.6%) of the samples were benign, while 35(58.4%) were malignant. Among benign samples 17 (68%) patients were multinodular goiter, 4(16%) were Hashimoto's thyroiditis and 4(16%) were follicular adenoma. And among the malignancy samples, papillary thyroid carcinoma was the leading 18(51.4%), followed by follicular thyroid carcinoma 11(31.4%), followed by medullary thyroid carcinoma 4(11.4%) and the least type of thyroid malignancies was anaplastic 2(5.7%). ICAM-1 expression was retrospectively investigated in the above mentioned cases using immunohistochemical analysis. ICAM-1 was not detected in benign cases, but was frequently expressed in thyroid carcinoma. PTC 6/18 (33.3%) were positive, FTC5/11(45%), MTC 1/4 (25%) and ATC2/2(100%). (P. Value
Assessment of mosquito fauna and mosquito borne parasitic diseases in Merowe dam area
(Al Neelain University, 2011-11) Mohammed Medani Eltayeb Abdullah
Introduction Merowe dam is located in the Northern State of Sudan across the River Nile. It is situated between 16°-32° N and longitudes 30-32°E. The dam is a hydroelectric and irrigation scheme that may probably develop climatic and environmental changes which might have profound impact on the vectors and vector borne diseases in the area not only by the echo changes but also through the new labors and settlers. The present study aimed to identify the mosquito fauna in Merowe dam area, with special emphasis on seasonality, density, diversity, and distribution. The study aimed also to study the distribution of each Plasmodium species in the population of the area and to investigate the possibility of the presence of Wuchzmria hancroﬂi prevalence in the mosquitoes and population as well. Material and Methods: A total of 260 volunteers (64.2% of them were females; age ranged between 10 and 92 years) were selected by systematic random sampling method. Demographic and socioeconomic data were obtained using predesigned structured questionnaire. Blood samples were taken on filter papers for screening of Plasmodiimz spp and Wucheraria bnncrofti DNA using real time PCR. Adult mosquitoes were collected, during the dry and the wet seasons, using Madani’s Electric Trap (newly invented) for outdoor collection, whereas knock- down technique and Modiﬁed Medani's Aspirator were used for the indoor mosquito collection. Of these, 800 mosquitoes were identified as Culex (700 were Cx. qlainquefaciatus, 60 were Cx. pipiens, and 40 were Cx. univetatas), and examined, in pools of 20 samples each, for identification of Wucheraria bancrofti using real- time PCR. The remaining of the adults mosquitoes were used for the characterization of the mosquitoes Fauna in the area. Other 300 Culicinae mosquitoes were identiﬁed as fed-mosquitoes after eye inspection of the abdomen. Blood samples were collected from the abdomen of each fed-mosquito and processed for identification of its origin (human / un- human) using FOB methods. The larvae were randomly collected using dippers, larvae nets, and pipette. Some of the collected larvae were reared in emergency cages for further confirmation. Standard keys including software keys were used for adult and larvae identification. Results The analysis of the genomic DNAs obtained from 260 healthy volunteers, were positive for Plnsmodium spp in 135 cases (51.9%). Of these, P. falciparum spp was seen in 121 (89.9%), while P. vivrzx in only 2 cases (1.5%), and mixed infection was seen in 12cases (8.9%). The PCR analysis showed positive Wuchemrirz bancrofti in 3 cases out of 260, whereas the analysis of the 800 Culex mosquitoes showed the presence of Wucheraria bancroﬁi in 2 pools of Culex quinquefacintus. The result showed that Anopheles umbiensis, Culex quinquefncintus Cx. univittutus, Cx. Pipiens were the common species in the study area with variable prevalences with no significant variation . Blood meal analysis during dry season showed that 91.1% of Culex quinquefasciatus, and 75% of Culex pipiens were anthropophagic. During the wet season, the results showed 89.7% Culex quinquefasciatus, 88% Culex pipiens, and 100% Culex univittntus. Conclusion An. Dthali and Aedes agypti were identified in the area for the first time. The results of the study showed that An. arahiensis is the predominant anopheline species, whereas Cx. quinquefasciatus is the predominant Culicinae spp. Plasmodium falciparum is the predominant species detected in the study population, P.vivax has been identified for the first time including mixed infection with P. falcipurum in 8.9% of the study population. Wucheraria brmcrofti has been detected for the first time in both human subjects and Culex mosquito. Malaria positive cases were less among people who use a mosquito net and there is also a positive relation between fever and malaria detection. The above results strongly suggested slight, but evident, changing in the mosquito Fauna, arrival of new type of mosquitoes and their borne parasitic diseases that may require control preventive measures in the future.
Assessment of Quality Assurance for Medical Laboratory Services in Sudan
(Neelain University, 2012) Siddig Bushra Mohamed
Abstract Clinical laboratory errors may arise mainly from the lack of awareness and adoption of the quality assurance program. Today, quality assurance is essential to meet the needs of clients and customers satisfaction (patients, clinical personnel and researchers), those who responsible for the care of those patients. This study was conducted in eight Sudanese states (Khartoum, Gazira, North Kordofan, White Nile, River Nile, Red Sea, Gadaref and Kassala state), during the period from 2009-2012, aimed to assess the current situation of quality assurance and factors affecting laboratory proﬁciency, as well as to identify gaps for implementing quality assurance program, of the international standard ISO 15189. in the ﬁrst experiment (phase one), 130 laboratories were randomly selected, and 520 samples of pathological lyophilized control sera well prepared were distributed to assess the performance to measure 4 parameters (Glucose, Urea, Uric Acid and Creatinine) as routine blood chemistry assay. (5 types of reagents were used, R (1, 2, 3, 4 and 5) and 3 types of equipments (fully automated, semi-automated and manual machine) in deferent laboratory levels A, B and C and deferent laboratory sectors Governmental, and Private based on the standard deviation index SDI (Z score) evaluation method. While in the second experiment (phase two) 200 samples of control sera were distributed in 6 laboratory Governmental and private, level A, B and C using the same reagents and equipments and every sample was tested 20 times. The results in phase one showed that poor perfomance was noticed as in glucose only 31 laboratories have succeeded (24%), while 99 have failed 76%. In Urea 56 laboratories were succeeded 43% while 74 were failed (57%). ln Uric Acid 33 laboratories were succeeded (25%) while 97 failed 75%. In Creatinine 71 laboratories succeeded (55%) while 59 were failed 45%. The implementation of full (IQC) 19%, full (EQA) 11%, full (SOPs) 8%, organizational chart in the laboratory l7%, Job description of laboratory personnel 3%, storage reagents at optimum temperature 15%, calibration of equipments 5%, sample rejection criteria 5%, request form including clinical remarks 3%, quality control sera in every run l2%, computer software for reporting archiving results 23% system of critical value 6%, enough laboratory space ll% air condition inside the laboratory 20%, waste disposal managements 5% and immunization of personnel against HBV & HCV 4%. Moreover, the second experiment (phase two) showed reagent (4) result an out of control reading in glucose and urea level compared with the other reagent which were showed variant readings which will considered clinically signiﬁcant. Low level of quality assurance and poor performance of laboratories were evident in selected states, in order to obtain reliable and accurate results.
Assessment of Quality Management Principles Implementation levels in Blood Transfusion Services in Sudan
(Neelain University, 2018) Khalid Mukhtar Osman Fegir
Abstract Thiswas an analytical, comparative study, conducted at blood transfusion centers and blood banks in Sudan among all states, in the interval of 2015-2016. The study aimed to assess the quality of blood and blood products for clinical use and secure all products are safe, clinically effective, and appropriate and consistent quality, and to ensure that the total quality management essential systems cover all aspects of its activities and traceability from the recruitment and selection of blood donors to the transfusion of blood and blood products for safe blood supply in Sudan. One hundred and seventy five blood banks and centers were selected for the study,the selection done using statistical equation.Standardized questionnaire recommended byworld health organization (WHO) and international institute for developing blood transfusion services – The Netherlands , was distributed to all selected blood banks and filled by ditectors of the blood transfusion services (BTS) of each state .The questionnaire form consist of all essential total quality management principles in the blood transfusion services.The collected and analyzed data shows that the overall averages of quality principles adopted in BTS in Sudan was found to be in organizational management 36.53%, documentation 23.25%, quality standards 29.66 %, training principle 2.25 %, assessment 0.42 %, blood donor 18.5 %, laboratory testing 54.18 %,processing of blood 7.13 %, facilities and safety 25.86 %,cool chain 50.67 % ,equipment management system 23.48 %,stock control 46.2 %, quality audits 0% and clinical interface 16.6 %. Therefore the overall average of total quality management principles implementation level in blood transfusion services in the Sudan obtained by this study was 23.6%. Two hundredand twenty eight blood samples were collected and re-tested for ABO grouping and Rh typing. Number and percentage of correct results for ABO grouping 195(97.8 %) and for Rh typing test was found to be 194(97.4%). One hundred whole blood units ‘were collected and analyzed for quality parameters including volume, collection period and haemoglogulin concentrations. The average of assessed units for the volume was 643.56 ml/l(normal 405-495/ml) , The averages of correct volumes was7%, .Collection period for all whole blood units was 7.7/ Mins , (normal 10-15/Mins). The averages of correct results was 94%.Mean of haemoglogulin concentration for whole blood units collected was 16.21g/dl (normal M=13.5-18g/dl F=12.5-16g/dl), the averages of correct resultswas100%. One hundred packed red cells units ‘were collected and analyzed for quality parameters including volume, PCV%. The average of assessed units for the volume of packed red blood cells units collected was 433.63 ml/l (normal 225-250/ml), all packed red cells units have incorrect volume.And the overall average of PCV% was 51.09%, (normal 55-80%).The averages of correct results PCV% was 45%. One hundred platelets concentration units were collected and analyzed for quality parameters including volume, PH, PLTs count and sterility. The average of the assessed volume of each units collected was 96.11 ml/l (normal 50–60 ml/l), all platelets concentration units were incorrect for volume. The average of the assessed PH of units was 7.33 (normal never <6.0).The averages of correct results was100%. The average of the assessed platelets count units was 7.92*10¹º (normal 5.5*10¹º o f 75% of units or more) .The averages of correct results was 82%and the percentage of sterile blood units wasfound to be 98%. One hundred fresh frozen plasma units were collected and analyzed for quality parameters including volume, PT, APTT, FVIII and FIX concentrations. The averages of (FFP) units for volume were 260.61 ml/l (normal 200-300 ml,) .The averages of correct results was 11%. The prothrombin time (PT) of collected units was 16.48 second,( Control 15 S,) .The averages of correct results was 38% .Activated partial thromboplastin time (APTT) tested results were 35.26 second (Control 30 S), The averages of correct results was 88%.The Factor (FVIII) concentration of all collected units was 52.89 (reference plasma 56, 60, 63) The averages of correct results was 52.89% .The Factor (FIX) concentration and the (FIX) concentration of collected units was 45.99 (reference plasma 43, 47, 50.) therefore the averages of correct results was 78% . Two hundred and twenty eight samples were collected from blood banks from all states with their corresponding results. All samples were re-tested for viral TTIs using rapid and Elisa technique. The re- testing results by rapid technique shows that there is 4(%1.8 ) samples have false positive results for HIV, 4(%1.8) samples have false positive results for HBV.The re- testing results of the same samples by ELISA technique(fourth generation kits) shows that there are2(%.9 ) samples, have false positive results for HIV, 29(%13.1) sample have false postive result for HBV and 1(%.4)samplewas tested as false negative for HBVand also1 (%.4)samples was tested as false negative for HCV. All samples 100% were tested true negative for HIV. Two hundred and twenty eight samples were collected from blood donors for TTI markers (HIV, HBV and HCV) testing. 114 samples were collected from family replacement blood donors and another 114 samples was collected from voluntary blood donors. All samples were tested for HIV, HBV and HCV using ELISA technique (fourth generation kits). 8(3.5%) samples were found to be positive results for HBV and 1(.4%) sample positive result for HCV from (FBD) group while all samples from (VBD) were found to be negative results for viral TTI markers(HIV, HBV and HCV) Inconclusion, the overall averages of total quality management principles implemented in blood transfusion services safe blood transfusion in Sudan was only23.6%. All principles were less than 50% except pre- transfusion laboratory testing principle which was found to be 54.18 %.There for the verify of quality parameters in blood transfusion seervices and their consistency with international quality measures are essentional. ملخص الاطروحة أجريت هذه الدراسةالتحليلية المقارنة فى قطاع خدمات نقل الدم فى السودانلتقييممستوى الجودة الشاملة فيتقديم خدمات نقل الدم فى كل مراحل تحضير الدم ومشتقاته لضمان سلامته وتوفيرة حسب معايير السلامة المطلوبة.تم عمل الدراسة فى عينة ممثلة من بنوك الدم في السودان من كل ولايات السودان . في الفترة الزمنية فى الاعوام 2014م و 2015م حيثاجريت الدراسة على عدد 175 مركز و بنك دم فى كل ولايات السودان تم اختيارهم احصائيا . تم تقييم مستوى الجودة الشاملة فى خدمات نقل الدم باستخدام إستمارات إستبيان قياسية معتمدة من منظمة الصحة العالمية والمعهد العالمى لتطوير خدمات نقل - هولندا. تم توزيع الاستمارات لكل بنوك الدم التى تم اختيارها للدراسة في كل ولايات السودان حيثتم جمع البيانات وتحليلها .اظهرت النتائجان مبادى ادارة الجودة الشاملة المطبقة فى الهياكل التنظيمية والوظيفية 36.53% ,نظام إعداد وتطبيق وثائق الجودة 23.25% , نظم توفير وتطبيق المواصفات القياسية لخدمات نقل الدم 29.66% ,نظم التدريب التنشيطى والتاهيلى والتدريب المستمر للعاملين فى مجال خدمات نقل2.25 %, % , نظم قياس مؤشرات الجودة فى خدمات نقل الدم 42% , نظم التبرع الطوعي بالدم 18.5% ,عملية إجراء الإختبارات المعملية حسب المواصفات القياسية 54.18% ,تحضير مشتقات الدم 7.13% ,نظم توفير البنية التحتية والبئية المعملية ونظم السلامة والمخاطر الحيوية 25.86%, تظام تخزين وترحيل الدم ومشتقاته 50.67% ,إدارة الأجهزة وفق نظم الجودة المطلوبة مطبق بنسبة 23.48% .نظام إدارة المخزون من المواد والمحاليل المعملية والمستهلكات 46.20% ,نظام مراجعة وتدقيق تطبيق نظم الجودة الشاملة لا يوجد في السودان في مجال توفير خدمات نقل الدم صفر %, وكذلك تطبيق نظم الجودة في إدارة عمليات طب خدمات نقل الدم مطبق بنسبة 16.6% . علية فان متوسط معايير ونظم الجودة الشاملة المطبقةفى مجال خدمات نقل الدم فى السودان فقط 23.6%. كذالك تم جمع عدد مئتان وثمانية وعشرون عينة دم بعد اجراء اختبارات فصائل الدم والعامل الريصى من بنوك الدم من الولايات مع نتائجها . وجدت الدراسة عند اعادة الفحوصات لفصائل الدم ان نسبة النتائج الصحيحة و المطابقة هى (97.8%)223 عينة و العامل الريصى نسبة النتائج الصحيحة و المطابقة هى (97.8%) 222عينة. اظهرت نتائج مائة وحدة دم كامل تم جمعها وتحليلها لمعايير الجودة ويشمل الحجم , وزمن سحب الدم وتركيز الهيموقلبين من المتبرعين ان متوسط حجم زجاجة الدم الكامل يساوى643.56. مل (المدى الطبيعى 405-495 مل) علية فان نسبة نتائج الحجم الصحيح %7,وزمن سحب الدم من المتبرعين في المتوسط 7.7دقيقة (المدى الطبيعى من 10-15 دقيقة) و المطابقة للمواصفة القياسية المطلوبة تساوى94%ومتوسط تركيز الهيموقلبين كان 16.19جم/100مل (المعدل الطبيعى للرجال 13.5-18جم/100مل وللنساء -1612.5جم/100مل) و المطابقة للمواصفة القياسية المطلوبة تساوى100% . اظهرت نتائج مائة وحدة خلايا دم حمراء تم جمعها وتحليلها لمعايير الجودة ويشمل الحجم , PCV%ان متوسط حجم زجاجاتوحدة خلايا دم حمراء يساوى 433.63 مل (المدى الطبيعى 225-250/ مل) علية فان نسبة نتائج الحجم الصحيح صفر%,و متوسط نسبة خلايا الدم الحمراء المضغوطة PCV%هى 51.09 % (المدى الطبيعى55–80 %) علية فان نسبة الصحيح اى المطابق للمواصفة القياسية المطلوبة45%. اظهرت نتائج مائة وحدة الصفائح الدموية تم جمعها وتحليلها لمعايير الجودة ويشمل الحجم , PH وعد الصفائح الدموية وكذالك اختبار خلوها من التلوث الجرثومى ان متوسط حجم زجاجاتوحدة الصفائح الدموية(PLTs) يساوى96.11,مل ( المدى الطبيعى 50-60 مل) ومستوى قياس الاس الايدروجينى للوحدات 7.35( المدى الطبيعى اكثر من 6 معدل) علية فان نسبة الصحيح تساوى 100% وعد الصفائح الدموية بالوحدات 7.92*10¹º (المعدل الطبيعى 5.5*10¹ºلاكثر من 75% من الوحدات) علية فان نسبة الصحيح تساوى 82% وكذالك وجد ان 98 وحدة خالية من التلوث الجرثومى علية فان نسبة الصحيح تساوى 98% . اظهرت نتائج مائة وحدة بلازما طازجة مجمدة تم جمعها وتحليلها لمعايير الجودة ويشمل الحجم , PT,FVIII ,APTT و FIX ان متوسط حجم وحدة بلازما طازجة مجمدة(FFP) مل ( المدى الطبيعى 200-300مل) علية فان نسبة الصحيح اى المطابق للمواصفة القياسية المطلوبة تساوى 11%ومتوسط قياس زمن البروثرومبين16.48 ثانية (المستوى القياسى 15ثانية) نسبة الصحيح تساوى38%ومتوسط قياس زمن ثورومبوبلاستين النشط 35.26 ثانية (المستوى القياسى 30ثانية) نسبة الصحيح تساوى88%ومتوسط تركيز عامل التجلط FVIII هى 52.89 % (المدل المرجعى 56, 60, 63) نسبة الصحيح تساوى%52.89 % و متوسط تركيز عامل التجلطFIXهى 45.99% (المدل المرجعى 43,47,50) نسبة الصحيح تساوى%78. شمات الدراسة قياس جودة نتائج الاختبارات الخاصة للامراض المنقولة بالدم فى بنوك الدم بولايات السودان . حيث تم جمع مئتان ,وثمانية وعشرونعينة مع نتائجها من بنوك الدم من كل ولايات السودان. تم اجراء اعادةالاختبارات للايدز,اليرقان ب واليرقان س باستخدام الطريقة السريعة وباستخدام نفس الكواشف المستخدة فى بنوك الدم حاليا حيث خلصت الدراسة الى ان عدد 4(1.8%) عينات كانت نتائجها خاطئةايجابيا للايدز ,عدد (2.6%)6عينات كانت نتائجهاخاطئةايجابيا لليرقان ب وعدد 4(%1.8)عيناتنتائجهاصحيحة ايجابيا لليرقان س. وعند اجراء نفس الاختبارات بطريقة الاليزا على نفس العينات كانت النتائج على النحو التالى : عدد 2(%.9 ) عينة نتائج خاطئةايجابياللايدز , وعدد 29(%13.1) عينةنتيجتها خاطئةايجابيالليرقان ب , وعدد1(%.4) عينة نتائج خاطئةسلبيا لليرقان بوعدد1(%.4) عينة نتائج خاطئةسلبيا لليرقان س بينما كل النتائج السالبةللايدز كانت صحيحة ومتطابقة بنسبة 100%. شملت الدراسة عمل اجراء اختبارات للامراض المنقولة عن طريق الدم كمقارنة بين مجموعه من المتبرعين الاسريين بالدم ومجموعة اخرى من المتبرعيين الطوعيين المنتظميين بالدم . تم جمع عدد 822 عينة بواقع 114 عينة لكل مجموعة تم اجراء اختبارات الايدزو اليرقان ب واليرقان س باستخدام طريقة الاليزا .اكدت نتائج الاختبارات ان التبرع الطوعى اكثر امنا لسلامة الدم حيث وجدت جميع العينات خالية من الامراض الفيروسية المنقولة بالدم بينما عدد 8(%3.5) عينات بنسة كانت نتائج ايجابية لليرقان ب و عدد عينات بنسة 1(%.4) كانت نتائج ايجابية لليرقان س. بينما نتائج اختبارات دم المتبرعيين الطوعيين المنتظمين للامراض المنقولة كانت خالية من الامراض المنقولة بالدم . الخلاصة النهائيةللدراسة الى ان مستوى تطبيق مبادى ادارة نظم الجودة الشاملة فى بنوك ومراكز خدمات نقل الدم لتوفير دم امن وسليم للمرضى فى السودان %23.6فقط. كل المبادى كانت اقل من 50% عدا الاختبارات المعملية قبل عملية نقل الدم كانت 54.18..%
Assessment of Serum Soluble Klotho Protein Level among Sudanese Relatives of Chronic Kidney Disease Patients
(Neelain University, 2019-11) Abozaid Mohammed Hamid Elemam
ABSTRACT Background: Chronic kidney disease (CKD) and end stage renal disease are becoming major health problems throughout the world with increase prevalence. It was recommended to discover it earlier, especially at high risk individuals by using ordinary renal biomarkers or new suggested biomarkers such as soluble klotho protein which was found to be decreased among CKD individuals. Objective: To assess serum soluble alpha- klotho protein level in relation to renal function parameters among Sudanese first degree relatives (FDRs) of patients with chronic kidney disease. Materials & Methods: This is analytical, case control study conducted at Khartoum state during May 2015 to May 2019, targeting 135 Sudanese first degree relatives of end stage renal disease (ESRD) patients on hemodialysis and 161 apparently healthy individuals served as control group. Their serum was prepared and analyzed for soluble klotho protein, creatinine, uric acid, calcium and phosphate. Also spot random urine sample was collected and analyzed for creatinine and micro albumin from which albumin to creatinine ratio (ACR) was calculated. The plasma parameters were analyzed by Mendray BS 200 auto analyzer, while urine parameters were analyzed by using Cobas auto analyzer. Results: First degree relatives were found to had higher significant prevalence (19.3 %) of CKD than control group (6.8%), the p. value was 0.001 and significantly lower mean level of serum soluble klotho than control (mean ± SD): (856.2 ± 477.6 ng/ml) vs. (1068 ± 590.7 ng/ml), (p-value = 0.001). Meanwhile the mean levels of urine micro albumin, urine creatinine, ACR and GFR-EPI showed significant differences between FDRs and control group, with means ± SD: ( 123.1 ± 68.2 mg/L), (153.3 ± 115.3 mg/dl), (10 ± 4.4 mg/gm), and ( 93.1 ± 25.6 ml/min/1.73m2) for FDRs versus (14.9 ± 2.05 mg/L), (190.3 ± 108.8 mg/dl), (0.92 ± 0.1 mg/gm ) and (99.4 ± 22.5 ml/min/1.73 m2) for control group, and the P were : 0.001, 0.005, 0.024 and 0.027 respectively. The mean level of serum soluble klotho protein was significantly decreased in FDRs with age group more than 40 years and in those with eGFR less than 60 ml/min/1.73m2 (mean ± SD : 750.3 ± 443.9 ng/ml & 576.2 ± 270.5 ng/ml and the P: 0.013 and 0.045 ) . Finally the serum soluble klotho protein was positively correlated with ACR (r: 0.180, P: 0.037) eGFR (r: 0.240, P: 0.005), serum phosphate (r: 0.240, P: 0.004) and creatinine clearance (r: 0.174, P: 0.044) and negatively correlated with age (r: - 0.218, P: 0.011) and serum creatinine (r: - 0.188, P: 0.029). Conclusion: Immediate family members of ESRD patients had higher frequency of CKD, reduced serum klotho level and e-GFR whereas ACR is increased among them, therefore they are at higher risk for developing CKD. Serum klotho protein is decreased among FDRs with older age and reduced eGFR. There is positive correlation of serum klotho protein with ACR, e-GFR and creatinine clearance, and negative correlation with serum creatinine and age so serum klotho protein is strongly associated with renal function parameters. مستخلص البحث تمهيد: مرض الكلى المزمن (CKD) والفشل الكلوى النهائى (ESRD) من المشكلات الصحية الشائعة في جميع أنحاء العالم مع زيادة مطردة فى معدل الانتشار. وقد أوصى باكتشافه في وقت مبكر ، خاصةً عند الأفراد الاكثر عرضة للاصابة عن طريق استخدام الموسمات الحيوية الكلوية العادية أو موسمات حيوية جديدة مقترحة مثل البروتين كلوثو الذائب والذي وجد أنه ينخفض لدى الأفراد الذين لديهم CKD. الهدف من الدراسة: تقييم مستوى البروتين كلوثو الذائب في الدم وعلاقته بالموسمات الحيوية لوظائف الكلى لدى الأقارب من الدرجة الأولى (FDRs) السودانيين للمرضى الذين يعانون من مرض الكلى المزمن النهائى . المواد والطرق: هذه دراسة مقارنة حالة تحليلية أجريت في ولاية الخرطوم خلال الفترة من مايو 2015 إلى مايو 2019 ، استهدفت 135 شخصا من اقارب الدرجة الاولى لمرضى الفشل الكلوى من نهاية المرحلة (ESRD) و 161 شخص من الأفراد الأصحاء استخدموا كمجموعة ضابطة. تم تحضير مصل الدم منهم لقياس مستويات تركيز البروتين كلوثو ، الكرياتينين ،حمض البول ،الكالسيوم و الفوسفات. كما تم جمع عينة البول العشوائية الموضعية وتحليلها من أجل الكرياتينين والألبومين الدقيق الذي تم منه حساب نسبة الألبومين إلى الكرياتينين (ACR). تم تحليل موسمات البلازما بواسطة محلل Mendray BS 200 الاتوماتيكى ، بينما تم تحليل موسمات البول باستخدام محلل كوباس الاتوماتيكى. النتائج: اظهرت الدراسة ان معدل إنتشار امراض الكلى المزمنة لدى الاقارب هو 19.3 % مقابل 6.8 % لدى المجموعة الضابطة عند مستوى معنوية 0.001. كما ان مقارنة المتوسطات اظهرت فروقات ذات دلالة معنوية في متوسطات مستوى البروتين كلوثو، البروتين الدقيق في البول، الكرياتنين في البول، نسبة الالبومين الى الكرياتينين(ACR) ومعدل الفلترة الكبيبية (GFR) بين الاقارب من الدرجة الأولى والمجموعة الضابطة حيث كانت مستويات ( المتوسط + الإنحراف المعياري) كالأتي: (856.2 ± 477.6)، (123.1 ± 68.2)، 115.3) ± 153.3)، (4.4 ± 10.0)، (25.6 ± 93.1) عند الاقارب. مقابل ( 590.7±1067.8 ) ، (2.05 ± 14.9)، 108.8) ± 190.3)، (00.1 ± 0.92)، 5).22 ± 99.4) لدى مجموعة التحكم على التوالى،وكانت مستويات القيم المعنوية كما يلي: 0.001 ، 0.001 ، 0.005 ، 0.024 و 0.027 بالتتابع. كما وجد ان مستوى البروتين كلوثو ينقص نقصاناً ذو دلالة معنوية عند الاقارب الذين اعمارهم اكثر من 40 سنه وايضا الذين لديهم معدل فلترة كبيبية (GFR) اقل من 60 وحدة. وايضاً وجد ان مستوى البروتين كلوثو يتناسب طردياً مع نسبة الالبومين الى الكرياتينين (ACR) ، معدل الفلترة الكبيبية (GFR)، الفوسفات، معدل تصفية الكريتنين ( creatinine clearance)، ويتناسب عكسياً مع العمر والكرياتينين ولكن ليس لديه ارتباط مع الكالسيوم ،حمض البول و BMI. الخلاصة: هذه الدراسة اظهرت نسبه عالية لانتشار امراض الكلى عند اقارب مرضى الفشل الكلوي، كما ان لديهم انخفاض معتبر في مستوى البروتين كلوثو بالدم كما ان لديهم زيادة معتبرة في نسبة الالبومين الي الكرياتنين (ACR) ونقصان معتبر في مستوى الفلترة الكبيبية(GFR) مما يجعلهم اكثر عرضة للإصابة بامراض الكلى المزمنة لذلك لابد من حملهم للكشف المبكر عنها. مستوى البروتين كلوثو ينقص عند الاقارب ذوي الاعمارالكبيرة و الذين لديهم انخفاض في معدل الفلترة الكبيبية.ايضا الكلوثو بروتين يتناسب طردياً مع GFR ، creatinine clearance وعكسياً مع العمر والكرياتينين،هذة النتائج تفيد بان الكلوثو بروتين لديه ارتباط بوظائف الكلى.
The Association and the Role of BCL11A Genetic Polymorphisms on the Severity of Sickle Cell Anaemia among Sudanese Patients
(Neelain University, 2019) Shireen Zuhdi Nimer Ibrahim
Results This study showed that, the mean of Hb-F level was (11.3±7.5%). The mean age of patients was 7 years and a negative correlation was found between Hb-F level (decreased) and age (increased) )r = −0.312, P.value = 0.008). Hb-F level also has a significant association with the complications of SCA patients (P.value=0.000). A total of 7 genetic polymorphisms were detected in intron 2 on BCL11A gene distributed randomly among all 69 SCA patients (97.2 % showed positivity of the SNPs) and 2 patients did not showed (2.8%). A significant association was found between Hb-F level and these polymorphisms (rs11886868, rs766432, rs144866206, rs766431, rs7607173, rs6706648 and a novel mutation in position 60104 transversion of C to A was discovered also. Moreover, the most strong associations were found in rs11886868 (P.value=0.000), rs766432 (P.value=0.042), rs7607173 (P.value =0.01) and rs 6706648 (P.value= 0.001). On the other hand, the mutant homozygous genotypes (AA, GG, TT and CC) were showed significant decreased effect in Hb-F level and increased the severity of the complications. Conclusions The BCL11A gene mutant polymorphisms; rs11886868, rs766432, rs7606173 and rs6706648 had significant reduction effect on Hb F level (decreased) among patients with obviously resulting as complications. Patients who did not showed mutation were showed high Hb F level and less complications appearance. A novel mutation was found also and should be register. مستخلص الدراسه المقدمه فقر الدم المنجلي هو اضطراب وراثي شائع في الهيموجلوبين , وفي السودان هو اعتلال الهيموجلوبين الأكثر شيوعًا المرتبط بفقر الدم .يؤثر مستوى الهيموجلوبين الجنيني على شده فقر الدم المنجلي ، نظرًا لقدرته على تثبيط بلمرة هيموجلوبين اس . يعد مستوى الهيموجلوبين الجنيني هو المحسن الوراثي الرئيسي للخصائص الدمويه والسريريه لفقر الدم المنجلي . في الآونة الأخيرة ، اقترح الجين BCL11A كمنظم لمستوى الهيموجلوبين الجنيني . تهدف هذه الدراسه الى التحقق في تعدد الأشكال الجينيه في الجين BCL11A مع مستوى الهيموجلوبين الجنيني في المرضى السودانيين المصابين بفقر الدم المنجلي( اس /اس) ودور هذه الأشكال الجينيه في مضاعفات المرض . الطرق شملت هذه الدراسه 71 مريضا سودانيا يعانون من فقر الدم المنجلي) اس / اس ) تم استبعاد المرضى الذين يتناولون ال هيدروكسي يوريا والذين لديهم تاريخ نقل دم خلال ثلاثة أشهر على الأقل . تم اجراء تعداد الدم الكامل والهيموجلوبين الكهربائي بالانابيب الشعريه الأوتوماتيكه . تم تحديد التنميط الجيني لتعدد الأشكال الجينيه في انترون 2 على الجين BCL11A باستخدام تفاعل البوليمرايز المتسلسل ثم استخدام تقنيه تسلسل الحمض النووي . النتائج ظهرت هذه الدراسة أن متوسط مستوى الهيموجلوبين الجنيني كان ( 11.3 ± 7.5 (% . كان متوسط عمر المرضى 7 سنوات وتم العثور على علاقه سلبيه بين انخفاض مستوى الهيموجلوبين الجنيني وزياده العمر) r = −0.312) ( P.value = 0.008) . يوجد ايضا ارتباط بين مستوى الهيموجلوبين الجنيني و مضاعفات مرضى الانيميا المنجليه P.value =0.00) ) . تم الكشف عن 7 من الانماط الجينيه في انترون 2 على الجين BCL11A موزعة عشوائيا على جميع مرضى الانيميا المنجليه وظهرت على 69 (97.2%) من المرضى ولم يظهر في 2 من المرضى (2.8 ٪) .
The Association of Platelet Glycoprotein IIb/IIIa Gene Polymorphism and Platelet Indices among Sudanese Patients with Myocardial Infarction in Khartoum State
(2017) Mohanad Altayeb Mohamed Ahmed Abu Alhassan
Abstract Background Myocardial infarction represents permanent cellular injury and necrosis after a prolonged ischemic episode. The platelet glycoprotein IIb/IIIa receptor plays an important role in platelet aggregation. The clinical impact of platelet glycoprotein IIb/IIIa receptor polymorphism and platelet indices have been investigated in several diseases, but its specific role on thrombotic cardiovascular complications has been challenging. This study aimed to investigate platelet glycoprotein IIb/IIIa gene polymorphisms and platelet indices with Sudanese patients with myocardial infarction. Methods In analytical case control study, a total of 200 participants were enrolled in this study; 100 patients with confirmed diagnosis of MI and 100 apparently healthy individuals as a control group. Platelet indices and GPIIb/IIIa gene polymorphism were determined by using hematology analyzer and polymerase chain reaction – restriction fragment length polymorphism technique respectively. Results This study showed that, the ages of MI patients ranged from 25 to 90 years and (Mean±SD: 59.38± 14.36 and 66.12 ±10.55 for STEMI and NSTEMI patients respectively). STEMI patients showed statistical significantly of MPV, PDW and P-LCR, Mean ±SD (10.34±1.12, 13.55±2.8 and 28.2±8.3) respectively compared to normal control. There was statistical significantly of MPV and P-LCR (10.3±0.8 and 28.15±6.42) respectively for NSTEMI. The GPIIb genotypes showed no statistically significant (P.value >0.05) with STEMI and NSTEMI. The Ile/Ile GPIIb genotype was the most frequent (79%, 76.7% and 75.0%), followed by Ile/Ser (13%, 21.6% and 22.5%) and Ser/Ser (8%, 1.7% and 2.5%) genotypes consequently in control, STEMI and NSTEMI respectively. The GPIIIa genotypes showed statistically significant (P.value < 0.05) with MI. The GPIIIa Leu/Leu was statistically significant as reducing risk for MI (P. vlaue: 0.000).The GPIIIa Leu/Pro genotypes was statistically significant for STEMI (OR=6.0; P.value: 0.000) and NSTEMI (OR=6.652; P.value: 0.000) compared to normal control. The interaction of MI risk factors with GPIIIa Leu/Leu genotype was statistically significant for STEMI (OR: 5.744; P.value: 0.001). The Leu/Pro genotype and family history of MI were statistically significant for STEMI (OR: 13.571, P.value: 0.024). Conclusions The MPV and P-LCR were increased in MI patients; while the PDW increased in STEMI patients. The platelet indices increased with increase of age in NSTEMI patients. The GPIIIa Leu/ Pro genotype is risk factor for MI. The GPIIIa Leu/Leu genotype reduces risk for MI. The GPIIb genotypes are not risk for MI. المستخلص المقدمه مرض الذبحه القلبيه (احتشاء عضلة القلب) هو مرض ينتج عن تقرحات دائمه فى عضله القلب نتيجه لنقصان حاد للاؤكسجين الواصل للقلب.مستقبلات الصفائح الدمويه ثلاثى ا وثنائ ب يلعبان دورا مهما فى عمليه تجلط الدم وتعمل على تجمع الصفائح الدمويه مع بعضها البعض ومع الاورده الدمويه وبذالك يتوقف الدم من الجروح. التاتير الوراثى للمستقبلات الصفائح الدمويه ثلاثى ا وثنائ ب و معاملات الصفاح الدمويه تمت دراستهم فى كثير من الامراض ولاكن فى مرض القلب مازال تحديا.هدفت هذه الدراسة, إلى دراسه التعددت الجينية لمستقبلات الصفائح الدمويه مستقبلات ثلاثى ا وثنائى ب و معاملات الصفائح الدموية فى المرضى السودانيين الذين يعانون من الزبحه القلبيه. الطرق شملت هذه الدراسة على 200 مشارك من بينهم 100 مريض مصابون بمرض الزبحه القلبيه، و 100 الاخراى عباره عن افراد يتمتعون بالصحه. تم فحص التعددات الجينية لمستقبلات الصفائح الدمويه ثناى ب وثلاثى ا باستخدام تقنية تفاعل البلمره التسلسلى و استخدام تقنيه الانزيمات لقطع حجم الاجزاء من الحمض النووى لتكوين الاليل. تم تحليل معاملات الصفائح الدموية بواسطة محلل الدم الآلي (سيسمكس -21 N ،، اليابان.( النتائج وأظهرت الدراسة أن أعمار مرضى الزبحه القلبيه, تراوحت بين 25 و 90 سنة و (متوسط ± الانحراف المعيارى :59.38 ± 14.36و 66.12 ±10.55 ) للمرضى مصابين باالزبحه القلبيه مصحوب بتغير او عدم تغير فى رسمات القلب على التوالي.المرضى بالزبحه القلبيه مصحوب بتغير ف رسمات القلب زيادة معنويه في متوسط,وتوزيع وحجم الصفائح الدموية (متوسط ± الانحراف المعيارى) (10.34±1.12, 13.55±2.8 and 28.2±8.3) على التوالى.كان هناك زيادة معنوية متوسط و توزيع الصفائح الدمويه للمرضى مصابين بالزبحات القلبيه مصحوب بعدم بتغير فى رسمات القلب (10.3±0.8 and 28.15±6.42) م%). أظهرت الأنماط الجينية لمستقبل للصفائح الدمويه ثنائ ب عن عدم وجود ارتباط ذو دلالة إحصائية (P.value > 0.05 ) مع مصابين بالزبح القلبيه. وجد فى جميع المجوعات الدراسيه الأيزوليوسين / الأيزوليوسين النمط الوراثي كان الأكثر شيوعا (79%, 76.7% and 75.0%)، تليها الأيزوليوسين/ سيرين (13%, 21.6% and22.5%) و سيرين / سيرين((8%, 1.7% and 2.5%)) مستسلسلات بالتالي لمجموعه الشواهد , الموضى بالزبحه القلبيه مصحوبه بتغير وعدم تغير فى رسمات القلب متتاليا. اظهرت الدراسه,أن مستقبل الصائح الدمويه الموروثه ثلاثى ا, ليو / ليو ذات دلالة إحصائية مع تقليل خطر الاصابه بمرض باالزبحه القلبيه ( P.value: 0.000),بينما مستقبل الصائح الدمويه الموروثه ثلاثى ا ليو / برو يذيد من خطر الاصابه بمرض الزبحه القلبيه مصحوبه بتغير وعدم تغير فى رسمات القلب متتاليا (OR=6.0; P.value: 0.000 وOR=6.652; P.value: 0.000) مقارنه مع مجموعه الشواهد.فإن التفاعل بين عوامل الخطر لامراض القلب مع مستقبل الصائح الدمويه الموروثه ثلاثى ا ليو / ليو النمط الجيني يزيد بشكل كبير من خطر تطوير مرضى الزبحه القلبيه مصحوب بتغير رسمات القلب (OR: 5.744; P.value: 0.001). فإن وجود النمط الجيني ليو / برو لمستقبل الصائح الدمويه الموروثه ثلاثى ا والتاريخ العائلي للمرض بالزبحه القلبيه, يزيد بشكل كبير من خطر لتطوير مرض الزبحه القلبيه مصحوب بتغير ف رسمات القلب (OR: 13.571, P.value: 0.024). الخلاصه خلصت الدراسه ان, المرضى بالزبحه القلبيه مصحوب بتغير او عدم تغير ف رسمات القلب زيادة كبيرة في متوسط وحجم الصفائح الدموية. النمط الجيني لمستقبل الصفائح الدمويه ثلاثى ا ليو / برو عامل خطر لتطوير مرض الزبحه القلبيه. وجود النمط الجيني ليو / برو وتاريخ العائلي للمرض كعامل خطر يزيد من خطر تطوير مرض الزبحه القلبيه مصحوب بتغير فى رسمات القلب, بينما النمط الجيني لمستقبل الصفائح الدمويه ثلاثى ليو / ليو, يقلل من خطر لتطوير مرض الزبحات القلبيه. فإن التفاعل بين عوامل الخطر لمرض الزبحه القلبيه مع النمط الجيني لمستقبل الصفائح الدمويه ثلاثى ليو / ليو يزيد من خطر لتطوير مرض الزبحه القلبيه مصحوب بتغير فى رسمات القلب.
Bio-markers of Preeclampsia
(AL-Neelain University, 2016) Akram Elkheir Noor Eldaem
Abstract Background: Preeclampsia is a multisystem disorder of pregnancy, it is a major cause of maternal morbidity and mortality worldwide. Maternal mortality is extremely high in Sudan with pre-eclampsia which accounts 4.2% of the obstetric complications in Sudan and mainly in Kassala, Eastern Sudan and represents 18.1% of the direct causes of maternal deaths. The aim of the present study was to investigate biochemical, immunological, hematological and molecular detection tests to use in preeclampsia predictions. Materials and methods: Case control hospital based study. The study was carried out in Omdurman maternity hospital.200 pregnant women were enrolled in these study (100 with preeclampsia and 100 normal pregnant), venous blood samples were collected from every patients and controls. Uric acid, calcium, magnesium, phosphorus, albumin, aspartate aminotransferase enzyme (AST), alanine aminotransferase enzyme (ALT) were measured by using Mindray BS 200. Copper, zinc, and iron were measured by using Perkins Elmer 700 AAS. Total white blood cells and platelets count were measured by using Sysmex KX 21. The antisperms antibodies (ASA) were measured using ELISA (EUROIMMUNE, Germany) and PCR was carried out using allele specific primers for the important SNP in the TGF-β detection. Results: Uric acid, magnesium, AST, ALT, iron and TWBCs were significantly increased in preeclamptic women than the control group p = 0.033, p =0.043, p = 0.033, p =0.038, p =0.05 and p =0.042 respectively. On other hand calcium, phosphorus, copper, zinc, platelets and antisperms antibodies (ASA) were significantly decreased in preeclamptic women than the control group p =0.049, p = 0.04 p =0.039, p =0.031, p -= 0.032 and p = 0.04 respectively. TGFβ (+869 T/C) polymorphism TC genotype is higher in patients than control. Conclusion: The study concludes that’s the Uric acid, AST, ALT, TWBCs, PO4, Cu, Zn, PLTs, is useful predictor biomarker for preeclampsia, and the others markers need more research and study.
Bio-markers of Preeclampsia
(Al-Neelain University, 2016) Noor Eldaem, Akram Elkheir
Abstract Background: Preeclampsia is a multisystem disorder of pregnancy, it is a major cause of maternal morbidity and mortality worldwide. Maternal mortality is extremely high in Sudan with pre-eclampsia which accounts 4.2% of the obstetric complications in Sudan and mainly in Kassala, Eastern Sudan and represents 18.1% of the direct causes of maternal deaths. The aim of the present study was to investigate biochemical, immunological, hematological and molecular detection tests to use in preeclampsia predictions. Materials and methods: Case control hospital based study. The study was carried out in Omdurman maternity hospital.200 pregnant women were enrolled in these study (100 with preeclampsia and 100 normal pregnant), venous blood samples were collected from every patients and controls. Uric acid, calcium, magnesium, phosphorus, albumin, aspartate aminotransferase enzyme (AST), alanine aminotransferase enzyme (ALT) were measured by using Mindray BS 200. Copper, zinc, and iron were measured by using Perkins Elmer 700 AAS. Total white blood cells and platelets count were measured by using Sysmex KX 21. The antisperms antibodies (ASA) were measured using ELISA (EUROIMMUNE, Germany) and PCR was carried out using allele specific primers for the important SNP in the TGF-β detection. Results: Uric acid, magnesium, AST, ALT, iron and TWBCs were significantly increased in preeclamptic women than the control group p = 0.033, p =0.043, p = 0.033, p =0.038, p =0.05 and p =0.042 respectively. On other hand calcium, phosphorus, copper, zinc, platelets and antisperms antibodies (ASA) were significantly decreased in preeclamptic women than the control group p =0.049, p = 0.04 p =0.039, p =0.031, p -= 0.032 and p = 0.04 respectively. TGFβ (+869 T/C) polymorphism TC genotype is higher in patients than control. Conclusion: The study concludes that’s the Uric acid, AST, ALT, TWBCs, PO4, Cu, Zn, PLTs, is useful predictor biomarker for preeclampsia, and the others markers need more research and study. :
Biochemical Assessment of Malnutrition, Inflammation and Atherosclerosis Syndrome in Patients with Chronic Renal Failure on Maintenance Hemodialysis Therapy in Khartoum State
(Al-Neelain University, 2018-11) MOHAMED SIDDIG MOHAMED AHMED
Abstract Background: MIA Syndrome in CKD is the most important factor in the genesis of several complications in renal disease, remains one of the major causes of morbidity and mortality characterized by changes in circulating levels of plasma proteins, cytokines and Athero-thrombogenic markers Materials and Methods: This was analytical case control study, Conducted at Ahmed Gasem Hospital, Omudrman Teaching Hospital, Khartoum Teaching Hospital and Ibn Sina Speacialized Hospital, from December 2014 to December, 2016. The study included one hundred CKD patients on regular hemodialysis maintenance therapy and one hundred age and sex matched healthy controls. Serum biochemical parameters measured spectrophotometrically by enzymatic methods using Mindray BS-200 Clinical Chemistry Analyser (China) and sandwich Enzyme-Linked Immunosorbent Assay using Stat Fax Micro-strip Reader (Awareness Technology, USA) while BMI calculated from a subject’s height and weight Results: the result of this study shows that hypertension was the most common cause of CKD (35.0% of respondents). Patient were age <40 years account 41% while age >40 years were 51%. 13% of our CKD patients were underweight followed by 58% normal weight, 23% overweight and 6% obese. Furthermore, 48% of the case group under dialysis treatment for <5years while 52% on Dialysis maintenance therapy for >5 years. Chi-square test analysis showed that, the frequency of serum hs-CRP was higher in CKD patients when compared with control group 60% of CKD patients were positive with hs-CRP, OR=6.0 (95% CI: 3.2-11.3, p-value<0,01).The mean serum level of IL-1β, TNF-α, IL-6, hs-CRP, Triglycerides, Fibrinogen, Lp(a) and Homocysteine were significantly increased in CKD (291+25.2, 283+22.2, 254+19.7, 16.6+3.83, 252+29.5, 499+56.5, 60.3+20.7 and 24.3+6.4) when compared with control group (155+ 36.3, 145+35.2, 104+32.0, 3.2+1.3, 121+51.3, 285+41.5, 7.57+ 5.6 and 7.49+ 3.1) with p-value (0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000 and 0.000) respectively. The mean serum level of Albumin, Pre-albumin, Transferrin, BMI, and HDL-Cholesterol were significantly decreased in CKD (3.12+0.69, 15.7+4.31, 308.7+20.8, 18.5+ 2.5 and 45.7+6.4) when compared with control group (4.70+ 0.4, 36.4+ 7.2, 320+ 24.3, 21.4+ 3.6 and 65.1+ 7.2) with p-value (0.000, 0.000, 0.000, 0.000 and 0.000) respectively. Our findings showed No significant difference between the Mean concentrations of study parameters of hemodialysis CKD patients and gender groups (Male, Female). In Pearson’s correlations test the BMI were Correlated positively with Serum Albumin and Prealbumin and correlated negatively with Serum IL-6, hs-CRP and duration of dialysis in CKD patient group, while the Age was correlated positively with IL-1 β and the Duration of Dialysis were correlated negatively with albumin, pralbumin and BMI and correlated positively with IL-6 and hs-CRP in CKD patient group. Serum hs-CRP was correlated negatively with Albumin, pralbumin and positively with IL-6. Conclusion: The study concluded that hypertension was the leading causes of CKD, CKD patients had higher levels of serum TNF-alpha, IL-1 Beta, IL-6, triglycerides, Lp(a), fibrinogen and homocysteine level, As well as decreased serum level albumin, pre-albumin, transferrin, BMI and HDL-Cholesterol. The hs-CRP suggested as highly sensitive and specific early predictor marker of cardiovascular risk event in CKD patients on maintenance haemodialysis therapy. الملخص نبذة تاريخية:متلازمة الميا في مرضى الفشل الكلوي المذمن تعتبر عامل مهم في تكوين العديد من التدهورات الخطيرة في أمراض الكلى. ولها دور أساسي وتظل من الأسباب الأساسية للمراضة والوفيات وتتميز بتغيرات في معدلات البروتينات والسايتوكينس وموسومات تصلب الشرايين والتجلط. الطرق والمواد:منھج الدراسة (ألإختبار-ألضبط)،أجريت الدراسة بمستشفى أحمد قاسم, أمدرمان التعليمي, الخرطوم التعليمي و بن سيناء التخصصي حيث بداءت الدراسة في ديسمبر 2014 وحتى ديسمبر 2016 وإشتملت الدراسة على 100 شخص من مرضى الفشل الكلوي المتعالجون بالدیال الدموي كمجموعة مرضیة و 100شخص من الأصحاء يتطابقون مع المجموعة الاولىمن حيث العمر والجنس كعینات ضابطة. تم قياس فحوصات الكيمياء الحيوية في المصل عن طريق الاسبكتروفوتوميترباستخدام جهاز مندراي بي اس 200 (الصين).والساندويش اليزا باستخدام جهاز ستات فاكس قارئ المايكروسترب من شركة اورنس تكنولوجي, امريكا. تم حساب مؤشر كتلة الجسم من أطوال وأوذان الاشخاص . النتائج:أظهرت النتائج أن إرتفاع ضغط الدم كان أكثرالامراض المسببة للفشل الكلوي المزمن (35%). المرضى زوي الاعمار أقل من 40 عاماً يمثلون 41% و المرضى زوي الاعمار أكثر من 40 عاماً يمثلون 51%.13% من المرضى يعانون من ضعف الوزن, 58% أوزان طبيعية, 23% زيادة في الوزن و6% يعانون من السمنة.كزلك 48% من مجموعة الإختبار يتعالجون بالديال الدموي أقل من 5 سنين و52% يتعالجون بالديال الدموي أكثر من 5 سنين. التحليل الإحصائي Chi-square أظهرأن تردد hs-CRP في المصل أعلى في مرضى الفشل الكلوي المزمن عند مقارنتهم بالمجموعة الضابطة و60% من مرضى الفشل الكلوي المزمن كانت نتائجهم أيجابية في إختبار hs-CRP, OR=6.0 (95% CI: 3.2-11.3, p-value<0,01). وأظهرت الدراسة أن متوسط نتائج IL-1β, TNF-α, IL-6, hs-CRP, Triglycerides, Fibrinogen, Lp(a) Homocysteine أعلى إحصائياً في مرضى الفشل الكلوي المزمن (291+25.2, 283+22.2, 254+19.7, 16.6+3.83, 252+29.5, 499+56.5, 60.3+20.7 and 24.3+6.4) عند مقارنتهم بالمجموعى الضابطة (155+ 36.3, 145+35.2, 104+32.0, 3.2+1.3, 121+51.3, 285+41.5, 7.57+ 5.6 and 7.49+ 3.1) وكانت قيمةالP تساوي 0.000 في جميع الإحصائيات. وكما أظهرت الدراسة أن متوسط نتائج Albumin, Pre-albumin, Transferrin, BMI, and HDL-Cholesterol أقل إحصائياً في مرضى الفشل الكلوي المزمن (3.12+0.69, 15.7+4.31, 308.7+20.8, 18.5+ 2.5 45.7+6.4) عند مقارنتهم بالمجموعى الضابطة (155+ 36.3, 145+35.2, 104+32.0, 3.2+1.3, 121+51.3, 285+41.5, 7.57+ 5.6 and 7.49+ 3.1))وكانت قيمةالP تساوي 0.000 في جميع الإحصائيات. وكذلك أظهرت نتائج الدراسة عدم وجود فروق معنوية بين النساء والرجال في الاختبارات التي أجريت على مرضى الفشل الكلوي المزمن. أظهرت نتائج إختبار الإرتباط Pearson’s بأن BMI إرتباط بعلاقة إيجابية مع Albumin,Prealbumin و علاقة سلبية مع IL-6, hs-CRP و duration of dialysisكما أن العمرإرتبط إيجابياً مع IL-1 β.وايضاً فترة المعالجة بالديال الدموي ارتبطة إيجابياً مع IL-6 and hs-CRP وسلبياً مع albumin, pralbumin and BMI وبالإضافة إرتبط hs-CRP إيجابياً مع IL-6 وسلبياً مع Albumin, pralbumin. ألخلاصة: خلصت ألدراسة الي أن إرتفاع ضغط الدم هو ألمسبب الرئيسي لمرض الفشل الكلوي المذمن, وأن مرضى الفشل الكلوي المزمن لديهم إرتفاع معدلات TNF-alpha, IL-1 Beta, IL-6, triglycerides, Lp(a), fibrinogen homocysteine وكذلك إنخفاض معدلاتalbumin, pre-albumin, transferrin, BMI and HDL-Cholesterol في مصل الدم. كما أوضحت نتائج الدراسة بأن إختبار hs-CRP حساس ومتخصص وذو قيمة تنبوٌية مبكرة لخطر اللإصابة بامراض القلب والأوعية الدموية عند مرضى الفشل الكلوي المزمن المتعالجون بالديال الدموي.
Cytogenetic and Molecular Cytogenetics (FISH) Study amang Sudanes Patients with Constitutional Chromosomal Changes and Microdeletion Syndromes
(AL-Neelain University, 2016) Safa Mohamed Hamid Mohamed
ABSTRACT Objectives: To evaluate the chromosomal changes in Sudanese patients with suspected chromosomal abnormality referred for cytogenetic analysis. Material and Methods: A total of 1500 patients referred during 2009 and 2013 for cytogenetic to Cytogenetic Unit at Al Neelian medical research center, faculty of medicine, Al Neelian University, Sudan. The patients had various presentation including mental retardation, multiple congenital malformations, dysmorphic feature, primary and secondary amenorrhea, ambiguous genitaliaو and recurrent miscarriage. Conventional Cytogenetic analyses performed in peripheral blood samples that cultured in RPMI 1640 medium for three days. microdeletion not detected by conventional light microscopy were submitted to the fluorescence In situ hybridization (FISH) technique, FISH technique was done according to modification of Pinkle, The clonality criteria and the karyotype descriptions were according to the international system for Human Cytogenetic Nomenclature recommendations (ISCN). 2009 recommendations Results: Of the 1500 patients investigated, 330 (22%) patients showed abnormal karyotypes and 1170 (78%) showed normal karyotypic findings. Out of the 330 patients with abnormal karyotypes, 310 (94%) patients showed numerical abnormalities whereas 20 (6%) patients revealed structural abnormalities. The most common karyotypic abnormalities were Down's syndrome seen in 230 (74.1%) patients. Abnormalities, of sex chromosome seen in 69 (20.9%) of all patients of which 52 showed karyotype consistent with turner's syndrome ( 16.7%), Nine patients 2.6% consistent with Klinefelter‘s syndrome, 3 patients 0.9% consistent with XXX, developmental of sexual diseases seen in 5 patients (1.6%). 8 patients (2.4%), consistent with Edwards's syndromes. Patau's syndromes were observed in two patients (0.6%). Abnormalities of Other chromosome were seen in seven patients (1.6%). 2 Structure abnormalities found in 20 patients,(79.2%) of them present with menatal retardation, deletion consistent in 3 patients (15%) inversion consistent in 2 patients (10%) translocation consistent in 11 patients (55%), fragile X consistent in 3 patients (15%), Derivative in one patient (5%). FISH technique was done for 17 cases that suspected of micro deletion syndrome of which, 9 patients, (52.9%) showed abnormality consistent with diagnosis of DiGeorge syndrome in 3 patients, Angelman syndrome in 2 patients, and Prader-Willi Syndrome in the remaining 4 patients. Conclusions: The present study, the first ever in Sudan, showed high incidence of chromosomal abnormalities (22%). This justifies the needs for cytogenetic analysis in patients with clinical suspicions. Cytogenetic tests are complicated, time consuming and expensive. Most laboratories can handle only a limited number of specimens and thus physician should request the cytogenetic test in cases with justified indication. The frequency of microdeletion detected (52.9%) in cases with normal initial karyotype justify the use of FISH analysis as complimentary test in microdeletion suspicious cases. Moreover, a multi-disciplinary strategy is needed to aid in clinical management and counseling.
Detection of Genetic polymorphisms of Methylene Tetrahydrofolate Reductase, N-acetyltrasferase-2 and Methionine Synthase Reductase and their possible effects among Sudanese Patients with chronic myeloid leukaemia
(Al-Neelain University, 2021) Entesar Mohammed Abdalla Tebein
Abstract Background: Xenobiotics are metabolized and eliminated from the body by a system of enzymes encoded by specific genes. Among them, Methylene tetrahydrofolate reductase (MTHFR), Methionine synthase reductase (MTRR), and N-Acetyltransferase 2 (NAT2) play crucial roles in phase II biotransformation of xenobiotics. Polymorphisms in these genes have been associated with the risk of hematological malignancies and therapeutic drug response. Objective: Our research was based on a case-controlled study designed to evaluate the genetic polymorphisms in MTHFR (C677T & A1298C), MTRR A66G and NAT2 (C481T, G590A, A803G and G857A) and the susceptibility to chronic myeloid leukaemia (CML). Method: Two hundred CML patients attended to Radiation and Isotope Centre of Khartoum (RICK) between August 2015 - August 2017 plus one hundred healthy volunteers as a control were recruited in this study. For all age, gender and ethnicity were determined through the questioner. All participants were genotyped for MTHFR (C677T & A1298C), MTRR A66G and NAT2 (C481T, G590A, A803G and G857A) polymorphisms using PCR-RFLP method. Results: The frequency of heterozygous MTHFR 677CT genotype in CML patients was significantly higher than in the control group (23.5% vs 0.5 %), and associated with increased risk of CML (OR = 6.405, 95% CI: 2.437-16.836, p value = 0.000). No comparable association was found for homozygous MTHFR 677TT genotype. (OR = 1.514, 95% CI: 0.809-2.835, p = 1.95). For the MTHFR A1298C polymorphism, a significant difference in the frequency of the heterozygous MTHFR 1298AC genotype between CML patients and the control group was observed (55.0% vs 44.0 %). In addition, the frequency of the homozygous MTHFR 1298CC genotype was higher in CML (11.0%) as compared to the controls (0.0%). And both the MTHFR 1289AC and 1298CC genotypes were considered as risk factors for CML compared to control groups were also detected (OR = 2.022, 95% CI: 1.228-3.329, p = 0.006 and OR = 17.794, 95% CI: 2.325-136.3205, p = 0.006) respectively. Furthermore, genotypic analysis revealed the following four combinations correlating to an elevated risk of CML: 677CC/1298CC, 677CT/1298AA, 677CT/1298AC and 677TT/1298AC. Individuals carrying heterozygous MTRR 66AG genotype showed a 2.7 fold decreased CML risk (OR=0.365, 95%CI: 0.179-0.746, P=0.006) than wild-types. Similarly, homozygous MTRRGG individuals showed a 3.4-fold CML risk reduction (OR = 0.292, 95% CI: 0.145- 0.590, P = 0.001). In addition, the data analysis revealed that the individuals with the combination of genotypes MTRR 66AG/MTHFR 677CC, MTRR 66AG/MTHFR 677TT, and MTRR 66GG/MTHFR 677CC have protective factors against CML development. As well as combined MTRR 66GG/MTHFR 1298AA genotypes. Moreover, our finding suggested that heterozygous NAT2 803AG genotype was associated with CML protection by a factor of 2.3, (OR = 0.44, 95% CI: 0.020-0.095, p = 0. 000). And the heterozygous 857GA and mutant 857AA genotype also offer protection, (OR = 0.002, 95% CI: 0.002-0.019, p = 0. 000) and (OR = 0.018, 95% CI: 0.002-0.133, p = 0. 000), respectively. There was no significant difference between CML patients and control regarding NAT2 C481T and G590A, polymorphisms. But patients with the compound NAT2 genotypes 481CT/803AG, 590AG/803AG, 590AG/803GG, 590AA/803AG and 590GG/803AA were found to have a reduced risk for CML when were compared to control groups. Furthermore, there was no significant difference between age, gender and ethnic groups concerning MTHFR, MTRR, and NAT2 polymorphisms (P>0.05). However, the frequency of Afro-asiatic was higher than Nilo-Saharan and Niger-Congo (63.5%, 27%, and 9.5%) respectively. Conclusions: This study found evidence of an association between genetic polymorphisms in MTHFR C677T and MTHFR A1298C and susceptibility to CML. In these data, heterozygous and homozygous mutant genotypes in MTRR A66G polymorphism were protected from CML risk. The current study demonstrates that polymorphisms of NAT2 A803G and G857A might also act as protective factors against developing the disease. Moreover, we could not find an association between age, gender and ethnic groups (Afro-Asiatic, Nilo-Saharan and Niger-Congo) regarding the genotype distribution of MTHR, MTRR, and NAT2 polymorphisms. المستخلص العربي الخلفية: يتم إستقلاب الأجسام الغريبة وإزالة سمومها من الجسم عن طريق إنزيمات إستقلابية يتم تشفيرها بواسطة جينات معينة. من ضمنها، إنزيم ميثيلين رباعي الهيدروفوليت (MTHFR) ، و ميثيونين سينثيز المختزل (MTRR)، و ان أسيتيل ترانسفيراز 2 (NAT2)الذين يلعبون دوراً مهما في المرحلة الثانية في الإستقلاب الحيوي للأجسام الغريبة . إرتبط تعدد الأشكال في هذه الجينات بخطر الإصابة بأورام الدم الخبيثة والإستجابة للأدوية العلاجية. الهدف : استند هذا البحث على منهج دارسة الحالة المضبوظة لتقييم دور تعدد الأشكال الجينية في MTHFR (C677T, A1298C) , MTRR A66G و NAT2 (C481T, G590A, A803G,G857A)وقابلية الإصابة بسرطان الدم النقوي المزمن (CML). الطريقة: تضمنت الدراسة مائتان من مرضى سرطان الدم النقوي المزمن الذين حضروا إلى مركز الإشعاع والنظائر في الخرطوم في الفترة بين أغسطس 2015 م- أغسطس 2017 م بالإضافة إلى مائة متطوع سليم كمجموعة ضابطة. كل من الأعمار،الجنس والعرق تم تحديدها من خلال الأستبانة . تم تحديد الأنماط الجينية المتعددة للجينات MTHFR (C677T, A1298C) , MTRR A66G و NAT2 (C481T, G590A, A803G,G857A) باستخدام تفاعلات البلمرة المتسلسلة وإنزيمات القطع (PCR-RFLP). النتائج: أظهر تواتر النمط الجيني MTHFR 677CT غير المتجانس في مرضى سرطان الدم النقوي المزمن ارتفاعا ملحوظا عن المجموعة الضابطة (23.5٪ مقابل 0.5٪) ، وله علاقة مع زيادة خطر الإصابة بالمرض (نسبة أرجحية= 6.405, 95% مجال الثقة =2.437-16.836, قيمة الإحتمالية = (0.000. بينما لم يتم العثور على أي علاقة للنمط الجيني المتجانس MTHFR 677TT بالمرض (نسبة أرجحية= 1.514, 95% مجال الثقة =0.809-2.835, قيمة الإحتمالية = (1.95. بالنسبة لتعدد أشكال MTHFR A1298C ، لوحظ أن هناك اختلافا جوهريا بين المرضى والمجموعة الضابطة في تواتر كل من النمط الوراثي غير المتجانس MTHFR 1298AC (55.0٪ مقابل 44.0٪) و النمط االوراثي المتجانس MTHFR 1298CC (11.0٪ مقابل0.0 ٪), واعتبر كل من هذين النمطين عامل خطر في الإصابة بالمرض مقا رنة بالمجوعة الضابطة (نسبة أرجحية= 2.022, 95% مجال الثقة =1.228-3.329, قيمة الإحتمالية = 0.006 ونسبة أرجحية= 17.794, 95% مجال الثقة =2.325-136.3205, قيمة الإحتمالية = 0.006 على التوالي). علاوة على ذلك ، كشف التحليل الوراثي عن أن الأفراد الذين يحملون مزيجا من الأنماط الجينية الأربعة التالية 677CC/1298CC, CT/1298AA677، 677CT/1298AC، و677TT/1298AC لديهم زيادة في خطر الإصابة بالمرض. أظهرت الدراسة أن الأفراد الذين يحملون النمط الجيني غير المتجانس MTRR 66AG يقل لديهم خطر الإصابة بالمرض بمقدار 2.7 (نسبة أرجحية= 0.365 95% مجال الثقة =0.179-0.746, قيمة الإحتمالية = (0.006. وبالمثل ، وجد أن النمط الجيني المتجانس MTRRGG يقلل خطر الإصابة بمقدار 3.4 (نسبة أرجحية= 0.292 , 95% مجال الثقة =0.145- 0.590, قيمة الإحتمالية = (0.001. بالإضافة إلى ذلك ، كشف تحليل البيانات أن مزيج الأنماط الجينية التالية MTRR 66AG / MTHFR 677CC و MTRR 66AG / MTHFR 677TT , MTRR 66GG / MTHFR 677CC و MTRR 66GG / MTHFR 1298AA يشكل عوامل وقائية ضد تطور المرض. توصلت النتائج إلى أن النمط الوراثي غير المتجانس NAT2 803AG يمثل عامل حماية من سرطان الدم النقوي المزمن (نسبة أرجحية= 0.44 , 95% مجال الثقة =0.020-0.095, قيمة الإحتمالية = (0.000. إضافة إلى ذلك ، فان النمط الوراثي غير المتجانس 857GA والنمط الوراثي المتجانس 857AA يعتبران أيضا عاملا وقاية من المرض (نسبة أرجحية= 0.002, 95% مجال الثقة =0.002-0.019, قيمة الإحتمالية = 0.000 ونسبة أرجحية= 0.018, 95% مجال الثقة =0.002-0.133, قيمة الإحتمالية = 0.000 على التوالي). لم يكن هناك فرق ذو دلالة معنوية بين المرضى والمجموعة الضابطة فيما يتعلق بتعدد أشكال NAT2 C481T و G590A , لكن المرضى الذين يحملون مزيج من الأنماط الجينية التالية للجين NAT2 481CT/803AG, 590AG/803AG, 590AG/803GG, 590AA/803AG و 590GG/803AA يقل لديهم خطر الإصابة بالمرض عند مقارنتهم بالمجوعة . علاوة على ذلك ، لم يكن هناك فرق جوهري بين العمر والجنس والمجموعات العرقية فيما يتعلق بتعدد الأشكال MTHR , MTRR و NAT2 ) قيمة الإحتمالية أ كبر من 0.05(. ومع ذلك ، فإن تواتر القبائل الأفرو آسيوية كان أعلى من Nilo-Saharan والنيجر-الكونغو (63.5٪ ، 27٪ و 9.5٪) على التوالي. الخاتمة: وجدت هذه الدراسة علاقة بين تعدد الأشكال الجينية في MTHFR C677T و MTHFR A1298C وقابلية الإصابة بسرطان الدم النقوي المزمن. كما أظهرت الأنماط الجينية المتجانسة وغير المتجانسة للجين MTRR A66G عامل حماية من خطر الاصابة بالمرض. توضح الدراسة الحالية أن تعدد الأشكال لـ NAT2 A803G و G857A قد
The Effect of Transfer Factor and BCG as Immunoprotective in Mice infected with Mycobacterium tuberculosis
(AL-Neelain University, 2017) Jamal Baid Salim Mohammed
ABSTRACT Background: Tuberculosis, caused by Mycobacterium tuberculosis was one of the most serious diseases in Sudan and elsewhere. The disease was quite prevalent in Eastern Sudan. Objective The aim of this experimental study is to determine the protective efficacy of transfer factor (TF) as immunoprotective for mice in comparison to BCG. Materials and Methods To evaluate the immunoprotection of experimental mice by several parameters including; survival of challenged mice, mortality rate and delayed type hypersensitivity A total number of 102 mice were used. Experiment(1) n=10 for each group A and B for the susceptibility and resistance of the strains of mice by immunization of mice with BCG for 21 days and testing by tuberculin skin test (TST). experiment(2) preparation of T.F. n = 10. Experiment(3) contains three groups of mice of 10 mice n = 10 each . The first group(A) were immunized with BCG (0.2ml) first dose (I.P) for 21 days. The second group (B) were immunized with BCG (I.P) as first dose for 15 days and boosting dose (second dose) for another 15 days. The third group(C) were not immunized with BCG. All the three groups were challenged with (0.5ml)virulent M.TB. Experiment(4) Three groups of mice were used n= 12 for each group (36mice), the groups were T1,T2 andT3 .The mice of group T1and T2 were given murine transfer factor(mTF) which prepared from the spleen of infected mice and 24 hours later all the mice of groups T1and T3 were challenged with virulent M. tuberculosis H37Rv strain (American Type Culture Collection, ATCC 35718)M.TB.107(CFU).Group T2 was not challenged with MTB . Experiment(5) n=6 for the study of humoral response by immunization of mice with immune serum and challenged with M. tuberculosis H37Rv strain. Results: After three weeks of observations the mice of experiment(1) were tested for tuberculin skin test and the result were positive. Following the results of experiment(2), survival mice in group (A) were 50%, group (B) 70% and group(C) 0%.The mortality rates for (A) 50%, (B) 30% and (C) 100%.Experiment(3) results of Effectiveness determination of murine transfer factor (mTF) of the experiment as the rate of challenged survival mice wereT1(83.3%), T2(100%) and T3 was (0 %) and mortality rates wereT1(16.7%), T2 (0 %)and T3(100%). Tuberculin skin test reaction for the BCG immunized mice were positive, hence the mice strain of BALB/c were susceptible and therefore T.F can be prepared, while the strain of Swiss white mice were resistant for BCG. The immunopotency and protective efficacy of BCG first dose and boosting dose were (50%) and (70%) respectively while effectiveness determination of TF as protective efficacy was (83.3%). Humoral immunity response against M.TB .showed negative reaction hence mortality rate was 100%. Conclusions: Transfer factor (TF) was shown to be capable of transferring antigen-specific cell-mediated immunity (CMI) to T lymphocytes and therefore TF can successfully be used as treatment for M.TB. and specially for MDR-TB and supplementary for conventional chemotherapy, in which CMI plays a relevant role in protection and control of the disease, such as intracellular bacterial diseases (tuberculosis, leprosy) and parasite infections (leishmaniasis, toxoplasmosis).The incidence of TB is high inspite of primary vaccination in neonatal period and therefore requires consideration for repeated immunization of BCG. Research concerning TF are going on to discover secrets of TF in protection from diseases, increasing and transferring of immunity in patients.
ENDOCRINE AND METABOLIC CHANGES IN SUDANESE WOMEM WITH POLYCYSTIC OVARIAN SYNDROME
(Al-Neelain University, 2019-12) Amel Abdulla Ahmed Sayed
Polycystic ovarian syndrome (PCOS) is the leading cause of infertility, affecting approximately six to eight percent of reproductive-age women, with a prevalence of up to 17.8% and is characterized by hyperandrogenism, irregular cycles, polycystic ovaries and obesity. In this case–control study, Sudanese women were recruited to participate, they were divided to 2 groups, one of PCOs patients set as case group and the other involved apparently healthy regular menstruating women, set as control, there were investigated for the impact of PCOs and obesity on the behavior of reproductive hormones and lipid profile among the two groups. , the two groups (case and control) divided into obese and non-obese subgroups. Hundred fifty eight samples were collected from Sudanese women, they divided in to four groups , 1st group contained 55 samples obese PCOs with age (20-45) year and body mass index BMI (27.7-37.6) kg/m2 , 2nd group contained 45 samples non obese PCOs with age (19-43) year and BMI (18.4-25.1) kg/m2 , 3rdgroup contained 28 samples obese healthy women with age (21-40) year and BMI (25.8 – 35.3) kg/m2 and the 4th group contained 30 samples of non-obese healthy women with age (20-40) year and BMI (18.9– 25) kg/m2. Measurement of fertility hormones, LH, FSH, testosterone and prolactin among all groups showed that significant increased levels of LH, testosterone and prolactin among obese PCOS more than obese control women, while decreased FSH level hormone among obese PCOS women less than levels of obese control didn’t showed significant difference. The data of non-obese PCOS group with non-obese control group, showed increased levels of LH, prolactin and testosterone levels in non-obese PCOS rather than non-obese control group women, with significant difference for each hormone, and decreased level of FSH (with no significant). Measurement of AMH level among all groups showed that levels of AMH were increased among obese PCOS and non-obese PCOS than control groups with significant for each comparison. AMH had negative correlation with age of obese PCOS women, and positive correlation with age of non-obese PCOS, Our study assessed for all groups adepokines; the level of leptin and Visfatin were increased among obese PCOS and non-obese PCOS more than control groups, but only leptin gave significant difference, and adeponectin level, which was decreased among both obese and non-obese PCOS rather than control groups showed high significant difference. Lipid profile in all groups and subgroups was identified. The lipids profile results showed significant difference in the average concentration of lipid profile parameters between obese and non-obese for the control and PCOS groups, as cholesterol, triglyceride and LDL were increased among obese PCOS and non-obese PCOS groups than obese control and non-obese control groups with significant defference, while HDL was decreased among obese PCOS and non-obese PCOS than obese and non-obese control groups. The present study revealed that leptin and vestaftin levels among obese –PCOS and non-obese PCOS were positively correlated with BMI and all lipid profile components, (cholesterol, triglyceride. LDL and HDL), while adeponectin level negatively correlated with BMI and lipid profile parameters. متلازمة تكيس المبايض هي المسبب الأساسي للعقم ,تصيب تقريبا 6- 8 % من النساء في سن الإنجاب , مع نسبة إنتشار تصل 17.8% وتتميز بزيادة في هرمون الذكورة , عدم انتظام الدورة الشهرية , تكيس المبايض و البدانة . تم توظيف نساء سودانيات للمشاركة في هذه الدراسة . تم تقسيمهن الى مجموعتين الأولى من مرضى تكيس المبايض كمجموعة تحت الدراسة و الأخرى شملت نساء أصحاء بدورة شهرية منتظمة كمجموعة ضابطة . تم إختبار مخاطر كل من تكيس المبايض و البدانة على سلوك الهرمونات التناسلية و مستويات الدهون في المجموعتين . المجموعتان (تحت الدراسة و الضابطة) قسمتا الى تحت مجموعتين نساء بدينات ونساء غير بدينات . تم جمع 185 عينة قسمت الى أربعة مجموعات المجموعة الأولى تتكون من 55 عينة لنساء بدينات مصابات بتكيس المبايض بعمر (20-45) سنة و كتلة جسم (27.7 – 37.6) كلجم/ م2 , المجموعة الثانية تتكون من 45 عينة لنساء غير بدينات مصابات بتكيس المبايض أعمارهم (19 – 43) سنة و كتلة جسم (18.4 – 25.1) كلجم / م2 , المجموعة الثالثة تتكون من 28 عينة لنساء بدينات أصحاء بعمر (21 – 40) سنة وكتلة جسم (25.8 – 35.3) كلجم /م2 و المجموعة الرابعة تتكون من 30 عينة لنساء غير بدينات أصحاء بعمر (20 – 40) سنة و كتلة جسم (18.9 – 25) كلجم / م2 . قياس هرمونات الخصوبة ؛ هرمون اللوتنة (LH), الهرمون المحفز للحويصلاتFSH) ), هرمون الذكورة ((Testosterone و هرمون اللبن (PRL) خلال كل المجموعات أظهرت إرتفاع معنوي في هرمون اللوتنة (LH) , الذكورة ((Testosterone و هرمون اللبن (PRL) في النساء البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من النساء البدينات الأصحاء . بينما إنخفض مستوى الهرمون المحفز للحويصلات FSH)) انخفاضا غير معنوي في النساء البدينات المصابات بتكيس المبايض أقل من مستواه في النساء البدينات الأصحاء . بيانات مجموعة النساء غير البدينات المصابات بتكيس المبايض مع النساء غير البدينات الأصحاء أظهرت زيادة معنوية في مستويات هرمونات اللوتنة (LH) , اللبن (PRL) و الذكورة (Testosterone) و إنخفاض غير معنوي للهرمون المحفز للحويصلات FSH)) في النساء غير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من النساء غير البدينات الأصحاء. قياس مستوى الأنتي موليرين هورمون (AMH) Anti-Mullerian Hormone في كل المجموعات أظهر زيادة معنوية في مجموعتي النساء البدينات و غير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من مجموعتي النساء البدينات و غير البدينات الأصحاء. ال AMH له إرتباط سلبي مع العمر في النساء البدينات المصابات بتكيس المبايض و إرتباط إيجابي مع العمر في النساء غير البدينات المصابات بتكيس المبايض . في دراستنا تم قياس هرمونات الدهون في كل المجموعات ,مستوى اللبتين و الفيسفاتين إرتفع خلال النساء البدينات و غير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من المجموعات الضابطة, لكن اللبتين وحده أعطى فروقات معنوية , وإنخفض مستوى الأديبونكتين إنخفاضا معنويا كبيرا خلال النساء البدينات و غير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من مجموعتي النساء البدينات و غير البدينات الأصحاء. تم التعرف على مستويات الدهون في كل المجموعات , و أظهرت النتائج إختلافات معنوية في متوسط تركيز مستويات الدهون بين البدانة و غير البدانة في مجموعات المصابات و الأصحاء, إرتفع معنويا مستوى كل من الكوليستيرول (Cholesterol) , الدهون الثلاثية (TG) و البروتينات الدهنية منخفضة الكثافة(LDL) خلال مجموعتي النساء البدينات و غير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من مجموعتي النساء البدينات و غير البدينات الأصحاء , بينما إنخفض مستوى البروتينات الدهنية مرتفعة الكثافة(HDL) خلال النساء البدينات وغير البدينات المصابات بتكيس المبايض أكثر من البدينات وغير البدينات الأصحاء . وأظهرت النتائج أيضا إرتباط إيجابي لمستوى كل من اللبتين و الفسفاتين مع كتلة الجسم و كل مستويات الدهون (الكوليستيرول , الدهون الثلاثية , البروتينات الدهنية منخفضة الكثافة و البروتينات الدهنية مرتفعة الكثافة) بينما مستوى الأديبونكتين له إرتباط سلبي مع كتلة الجسم و مستويات الدهون .
Endothelial Protein C Receptor Gene Polymorphisms, Plasma Endothelial Protein C Receptor Level, and the Risk of Deep Venous Thrombosis in Sudanese Subjects
(AL-Neelain University, 2016) Hytham Ahmed Abuagla Jahelrasool
Abstract Background Deep venous thrombosis is a condition occurs when a blood clot forms in deep veins of the body. It mainly affects the veins of lower limbs and to a lesser degree the upper limbs. Blood clots may form when the blood flow rate decreases in the veins. Factors that contribute to the decrement in blood flow rate can be genetic or acquired such as decreased anticoagulant activity of Protein C, which may be due to changes in endothelial protein C receptor or increased concentration of its soluble form in the plasma. Aim This study aimed to explore the role of single nucleotide polymorphisms of the PROCR gene and sEPCR level as risk factors for deep venous thrombosis in Sudanese patients. Materials and methods In a case control study, 200 individuals were recruited, 100 cases of DVT and 100 apparently healthy individuals as control. From each participant 5 ml of venous blood were collected for DNA extraction and sEPCR level determination, blood specimens were processed accordingly. The level of sEPCR was determined using ELISA, while extracted DNA was subjected to PCR for amplification of desired fragments of PROCR gene. Prior to sequence determination of each DNA fragment with advanced sequencing technique, the size of each fragment was ascertained with agarose gel electrophoresis. An ethical approval from the technical and ethical committee of Khartoum state ministry of health, Sudan, and written informed consent from each participant were obtained prior to specimen collection. Results The demographic data of this study showed that cases group comprised of 45% males and 55% females with ages ranging from 15 to 59 years. 26% were Nilo-Saharan, 60% were Afro-Asiatic, and 14% were Congo-Niger, 10% were underweight, 72% were normal weight, 12% were overweight and 6% were obese. While the control group were 58% males, 42% females, with ages ranging from 17 to 55 years. 22% were Nilo-Saharan, 56% Afro-Asiatic, and 22% Congo-Niger, 4% underweight, 70% normal weight, 20% over weight, and 6% obese. The results of this study showed that sEPCR level has significantly high level in DVT patients than healthy individuals (P-value < 0.05), in male more than females (P-value < 0.05), and in those carrying the mutated allele of SNP-4 than those carrying the ancestral one (P-value < 0.05). A significant positive correlation was also found between sEPCR and age of individual (P-value < 0.05). The results also showed that an increase in the sEPCR level by 1ng/ml increases the risk of DVT by 0.006 (P-value < 0.05) and the presence of mutated allele of SNP-4 increases the level of sEPCR by 44.7 ng/ml (P-value < 0.05). Carriers of the mutated allele of SNP-4 were shown to be 2 folds at risk to develop DVT (P-value < 0.05) and individuals with sEPCR level more than 119.75ng/ml were at higher risk to develop the disease as compared to those with level less than 80 ng/ml (P-value < 0.05). Conclusions It can be concluded that Sudanese individuals carrying the mutated allele of SNP-4 are at higher risk to develop DVT. High levels of sEPCR is a potential risk factor for the disease. 7 The results are suggestive of strong association between mutated allele of SNP-4 and elevated levels of sEPCR. الملخص مقدمة جلطة الأوردة العميقة عبارة عن جلطة تحدث عندما يتجلط الدم داخل الأوردة العميقة للجسم حيث تصيب بشكل رئيسي أوردة الأطراف السفلى و بدرجة أقل الأطراف العليا. تحدث الجلطة الدموية عندما يقل معدل سريان الدم داخل الأوردة نتيجة لعوامل وراثية أو مكتسبة مثل إنخفاض النشاط المانع للتخثر لبروتين سي الذي يمكن أن ينتج عن التغير في مستقبلات بروتين سي على للخلايا البطانية أو زيادة تركيز مستقبلات بروتين سي الذائبة في مصل الدم. الغرض من الدراسة تهدف هذه الدراسة لبحث دور أشكال التغاير أحادي النيوكليوتيدة في مورثة مستقبل بروتين سي على الخلايا البطانية و زيادة مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم كعوامل خطورة لجلطة الأوردة العميقة لدى المرضى السودانيين. المواد و الطرق شملت هذه الدراسة التحليلية للحالة و الشاهد 200 شخص، 100 مصاب بجلطة الأوردة العميقة يمثلون مجموعة الحالة، و 100 شخص صحيح ظاهريا يمثلون مجموعة الشواهد. حيث تم سحب 5 مليليترات من الدم الوريدي من جميع المشاركين في الدراسة بغرض إستخلاص الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين و قياس مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم. أستخدمت تقنية مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالإنزيم لقياس مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم. كما تم إستخدام تفاعل البلمرة التسلسلي لمضاعفة الأجزاء المراد دراستها من مورثة مستقبل بروتين سي على الخلايا البطانية. تلى ذلك التأكد من أحجام قطع الحمض النووي الريبي منقوص الأكسجين المضاعفة بإستخدام الرحلان الكهربائي على هلامة الأقاروز و من ثم حددت كل سلسلة من قطعة الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين تحت الدراسة بواسطة تقنية التسلسل الحديثة. تم الحصول على الموافقة لإجراء هذه الدراسة من اللجنة الفنية لأخلاقيات البحث بوزارة الصحة ولاية الخرطوم - السودان، كما أخذت موافقة خطية مسبقة من كل المشاركين قبل جمع العينات. النتائج أظهرت البيانات الديموغرافية لهذه الدراسة أن مجموعة الحالة مكونة من 45 % ذكور و 55 % إناث بأعمار تتراوح بين 15 و 59 سنة، 26 % ينتمون للمجموعة العرقية النيلية الصحراوية، 60 % المجموعة الآفرواسيوية، 14 % مجموعة الكنغو نيجرية، و 10 % ناقصي الوزن، 72 % طبيعي الوزن، 12 % زائدي الوزن، 6 % مصابين بالسمنة. بينما مجموعة 8 الشواهد شملت 58 % ذكور و 42 % إناث بأعمار تتراوح بين 17 الى 55 سنة. 22 % ينتمون للمجموعة العرقية النيلية الصحراوية، 56 % للمجموعة الآفرواسيوية، 22 % للمجموعة الكنغو نيجرية، و 4% ناقصي الوزن، 70 % طبيعي الوزن، 20 % زائدي الوزن، و 6 % مصابين بالسمنة. حيث أظهرت نتائج هذه الدراسة إرتفاع كبير في مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم لدى المرضى المصابين بجلطة الأوردة العميقة مقارنة بالأصحاء)القيمة الإحتمالية > 0.05 (، ولدى الذكور مقارنة بالإناث )القيمة الإحتمالية > 0.05 (، و لدي حاملي الأليل المتحور لشكل التغاير أحادي النيوكليوتيدة - 4 مقارنة بحاملي الأليل غير المتحور )القيمة الإحتمالية > 0.05 (. كما إتضح من نتائج هذه الدراسة أن الزيادة في مستوى الشكل الذائب لمستقبل بروتين سي للخلايا البطانية في مصل الدم بمقدار 1 نانوجرام/مل يزيد إحتمال الإصابة بجلطة الأوردة العميقة بمقدار 0.006 )القيمة الإحتمالية > 0.05 (، كما أن وجود الأليل المتحور لشكل التغاير أحادي النيوكليوتيدة - 4 يزيد مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم بمقدار 44.7 نانو جرام/مل )القيمة الإحتمالية > 0.05 (. يزيد إحتمال الإصابة بجلطة الأوردة العميقة بمقدار الضعفين لدى حاملي الأليل المتحور لشكل التغاير أحادي النيوكليوتيدة - 4 )القيمة الإحتمالية > 0.05 (، كما يزيد إحتمال الإصابة بجلطة الأوردة العميقة لدى الأشخاص ذوي مستوى مستقبل بروتين سي للخلايا البطانية الذائب في مصل الدم أعلى من 119.75 نانوجرام/مل مقارنة بذوي المستويات الأقل من 80 نانوجرام/مل )القيمة الإحتمالية > 0.05 .) الخاتمة خلصت هذه الدراسة إلى أن السودانيين حاملي الأليل المتحور لشكل التغاير أحادي النيوكليوتيدة - 4 عرضة للإصابة بجلطة الأوردة العميقة، كما أن المستويات المرتفعة من مستقبل بروتين سي للخلايا البطانية الذائب في مصل الدم تشكل عامل خطورة محتمل للإصابة بجلطة الأوردة العميقة. و تشير النتائج إلى علاقة قوية بين الأليل المتحور لشكل التغاير أحادي النيوكليوتيدة - 4 و الإرتفاع في مستوى مستقبلات بروتين سي للخلايا البطانية الذائبة في مصل الدم
Establishment and evaluation of RT-LAMP for HIV-1 P24 gene detection in comparison with RT-PCR, and COBAS TaqMan real time RT-PCR among Sudanese
(Alneelain University, 2014-12) Mustafa Eltigani Mustafa Yassin
Abstract Background: A rapid, simple, cost efﬁcient, nucleic acid based test for detecting HIV-1 in resource poor or ﬁeld settings is highly desirable. Recent molecular techniques based on genomic sequence detection such as RT- PCR, real-time PCR are sensitive and rapid, but these methods use thermocycling equipment and so are impractical for ﬁeld applications and for use in less developed laboratories. Loop-mediated isothermal ampliﬁcation (LAMP) is a new developed technique which can amplify nucleic acids DNA and RNA (LA1\/IP and RT-LAMP, respectively) with high speciﬁcity, sensitivity and rapidity under isothermal conditions. Objective: The objective of this study is establishment and evaluation of RT- LAIVIP, for HIV-1 P24 gene in comparison with RT-PCR, and COBAS TaqMan real time RT-PCR. Materials and Methods: Ninety EDTA anticoagulated blood samples were collected, 70 from HIV -1 positive participants (ELISA, and western blot), and the remaining 20 samples were collected from HIV-1 negative participants (ELISA), all samples were tested for HIV-1 P24 gene with RT-LAIVIP and RT-PCR, nine HIV-1 positive sample viral load were detected using COBAS® TaqMan® HIV-1 Test, version 2.0 (v2.0) for use with the high pure system. Results: All samples were tested for HIV-1 P24 gene using RT-LAl\/[P and RT- PCR, 68/70 were positive with RT-LAl\/[P (97.1%), and 61/70 were positive with RT-PCR (87.1%). All 20 HIV-1 negative sample were negative with RT-LAMP 20/20 (100%) and 18 were negative with RT-PCR 18/20 (90 The detection limit of RT-LAl\/[P assay were detected by diluting RNA with 6.69 X105 HIV-1 copies/ml, and 1.3 X104 copies/ml, the reproducible 100% detection limit of the RT-LAMP assay was 130 and 162 copies/ml, compared to 522 and 325 copies/ml with RT-PCR. Conclusion: I RT-LAMP is an inexpensive, rapid assay and valuable tool for the detection of HIV-1 RNA in plasma. The RT-LA1\/IP was performed under isothermal conditions at 63 °C and no sophisticated equipments were needed, which make it more reliable for use in developing countries, like Sudan.
Estimation of the Incidence and Molecular Characterization of I-IIV Among Adults Visiting a Voluntary Counseling and Testing Centers at Khartoum State
(Alneelain University, 2014-12) Hamza Abdallah Mohammed
Abstract Detecting newly HIV-infected people has gained much attention recently for extending the usefulness of HIV testing and surveillance in providing information about HIV incidence, monitoring transmission of uncommon subtypes or drug resistance, and examining possible clinical implications for infected individuals. Measuring HIV incidence has proved challenging over the years. A number of serological HIV assays have been proposed, and among these, the BED Capture Enzyme Immunoassay (CEIA) and avidity EIA test are widely used. Although the assays perform well among known seroconverting panels, they has been shown to classiﬁr some long term infected patients as being recently infected. The main aim of this study was to estimate the incidence of HIV among adults aged (l5- 25) years visiting voluntary counseling and testing centers at Khartoum State. - ‘ Individuals were enrolled from Khartoum Voluntary Counseling and Testing (VCT) centers. Initial HIV screening was done based on current national Rapid HIV screening algorithm. Based on the WHO criteria, those who were identiﬁed as HIV -positive were classiﬁed as recently infected if< 25years of age. Moreover the HIV-positive specimens were subjected to conﬁrmatory test by 4TH gen Elisa and other confumatory test called determine combo and I~HV-positive specimens were subjected to HIV-1 BED incidence assay and lag Avidity test and ﬁnally the positive specimens were subjected to PCR. The ﬁrst test was done using Determine HIV 1/2 as a screening test and followed by a second test (unigold) as conﬁnnatory test and concluded with a third test colloidal as tiebreaker. Of all the screened samples, (n=985) were conﬁrmed positive by the national algorithm of Sudan. Among those conﬁrmed HIV positive (376) samples were positive by the set algorithm rmder the criteria of selection (15- 25) years of age. ~ All samples under the criteria (376) obtained from the Rapid test algorithm were verified using conventional EIA (Biorex P4“ gen). All samples tested by EIA were positive . This was further conﬁnned using the Determine combo test and also all the samples were positive. , The serology-based detection of recent IHV infection (RHI) was confirmed HIV-seropositiveresults. All test specimens are initially run singly on the Awarem BEDTM and there were 106 specimens with ODn< 1.2 and considered as recent and were tested again in triplicate to conﬁrm, their ODn values and out of 106 there were 85 specimens their ODn< 0.8 and consider as recent. All the samples their ODn< 0.8 on the IgG-capture BED-EIA incidence assay were initially run singly by LAg-Avidity EIA and out of 85 specimens there were 85 specimens their ODn< 2.0 and considered as low avidity and retested again in triplicate to conﬁrm, their ODn values and out of 85 specimens there were 84 specimens their ODn< 1.0 and consider as recent . So the HIV incidence using the IgG-capture BED-EIA incidence assay and avidity EIA test was 22.3 %,( 84/376). The recent infection was comparable between male and female, the study found the recent infection among male was 9.3% (35/376) and among female was 13.0% (49/376), giving and estimated incidence of 3.4% per year. In the present work, an HIV-1 molecular epidemiological study conducted to disclose new trends in recently-infected individuals of Khartoum state. By analyzing the HIV-1 genes to describe the distribution characteristic of HIV- 1 subtypes. Study found that the subtype D was the most common one which predominated in Sudan. Study found that women became HIV-infected more frequently, and at an earlier age than the male counterparts like study done in Uganda, observed that new HIV infections were highest in young women. Also‘ there was similar study in Ethiopia using the same technique BED immunoassay and the same subject have been observed in a population similar to those visiting this facility reported an estimated HIV incidence of 2.36 %.( Wolday D et al, (2007).In another study in Kenya for estimating HIV-1 incidence in adults visiting Kenyatta National Hospital VCT centre in Nairobi was estimated using the same immunoassay, for detecting recent ‘infections, reported an estimated HIV incidence of 1.3%. Conclusions. The HIV incidence estimation reﬂects the underlying transmission dynamics that are currently at work in Sudan. The ﬁndings suggest that the current prevention needs more efforts, particularly among young women and men. '
Evaluation of Tumor Necrosis Factor Alpha, Interleukin 6, Microalbuminuriaand Renal Function Test inSudanese Patients with Hypertension
(Al-Neelain University, 2016) Rihab Akasha Mohamed Ali
ABSTRACT This study was included 500 subjects, 250 of them were patients came to Elmoalem Medical Center with essential hypertension and 250 were volunteers as control. Blood and urine samples were collected from all study subjects. The fasting blood sample for analysis of IL6, TNF-α, urea, creatinine, glucose, cholesterol and triglyceride, the urine sample for analysis of microalbuminuria. The aim of this study was the early diagnosis of renal damage in hypertension by introduces some new markers like IL6 and TNF-α. According to the results of microalbumin/creatinine ratio patients were classified to three groups: the first group with normal protein in urine (74%), the second group with microalbuminuria (15.6%) and the third group with macroalbuminuria (10.4%). The study showed that the number of male was approximately half the number of female in the different groups.The majority 30.8% of patients were at age between 46 – 56 years while only 2% were at age between 24 – 34 years.According to BMI score hypertensive patients were classified to normal (healthy weight) 28.4 %, overweight 51.6 %, obese class I (moderately obsess) 15.2 % and obese class II (severely obese) 4.8 %. There was significant increase in MCR, IL-6 and TNF-α in essential hypertension patients when compared with control group with (P-value 0.000, 0.000, 0.000) respectively. The study also represented a significant increase in glucose, blood urea, creatinine, triglyceride level, SBP and DBP in patients than controls, (P-value 0.000), while there was in significant differences in total cholesterol in patients versus control group, (P-value 0.093). There were significant increase of cholesterol, BMI and MCR in female in comparison with male with (P-value 0.002, 0.042 and 0.021) respectively. While other parameters showed insignificant differences. The study showed a highly significant correlation between MCR and gender, age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol and duration of hypertension, with (P-value 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 and 0.000) respectively. While no correlation with other variables. The study also represents positive correlation between IL-6 in pg/ml and age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol, duration of hypertension and SBP with (P-value 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 and 0.002) respectively. While no correlation with other variables.The same trend was also noticed in TNF-α with the study variables. This study concludes that the hypertension is more common in females than males. Also concludes that advance age is associated with the prevalence of hypertension. By showing strong association between microalbuminuria and hypertension, our findings suggest that microalbuminuria could be a useful marker to assess risk management of renal disease. TNF-α and IL-6 also are remarkably increased in hypertensive patients and may play an important role in the pathogenesis and the development of renal damage in hypertensive patients. مستخلص شملت هذه الدراسة500 شخص، 250 منهم مرضى يترددون على مركز المعلم الطبي ويعانون من ارتفاع ضغط الدم المجهول السبب، والـ250 الآخرون متطوعون يمثلون المجموعة الضابطة. وقد جُمعت عينات دم وعينات بول من جميع الأشخاص الذين خضعوا للدراسة، حيث أُخذت عينات الدم اثناء الصيام لتحليل إنترلوكين وعامل نخر الورم-ألفا واليوريا والكرياتينين والجلوكوز والكوليسترول والجليسريدات الثلاثية، بينما أُخذت عينات البول لتحليل الارتفاع الطفيف في ألبومين البول. هدف هذه الدراسة هو التشخيص المبكر للتلف الكلوي لدى مرضى ارتفاع ضغط الدم من خلال استخدام بعض العلامات الجديدة مثل إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا. ووفقاً لنتائج نسبة الارتفاع الطفيف في الألبومين/الكرياتينين صُنِّف المرضى إلى ثلاث مجموعات: المجموعة الأولى تتميز بمعدل بروتين طبيعي في البول (74%)، والمجموعة الثانية تعاني من ارتفاع طفيف في ألبومين البول (15.6%)، والمجموعة الثالثة تعاني من ارتفاع شديد في ألبومين البول (10.4%). وأظهرت الدراسة أن عدد الذكور تقريباً نصف عدد الإناث في مختلف المجموعات. وتتراوح أعمار غالبية المرضى من 46 إلى 56 سنةً(30.8%)، بينما تتراوح أعمار ما نسبته 2% فقط من المرضى من 24 إلى 34 سنة. وحسب مؤشر كتلة الجسم تم تقسيم المرضى الى:وزن طبيعى (وزن صحى) 28.4% , وزن زايد 51.6%, سمنة متوسطة 15.2%, وسمنة شديدة 4.8%. وأظهرت الدراسة أن هنالك زيادة كبيرة فى الألبومين/الكرياتينين ,إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا لوحظت فى المرضى الذين يعانون من ارتفاع ضغط الدم مقارنةًبالمجموعة الضابطة (الثابت 0.000, 0.000 و0.000) على التوالى. تمثل هذه الدراسة أيضاً زيادة كبيرة في مستويات الجلوكوز, تركيز اليوريا في الدم, تركيز الكرياتنين في مصل الدم, تركيز الجليسريدات الثلاثية, متوسط الدم الانقباضى و في متوسط الدم الانبساطي عند المرضى مقارنةً بالأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.000). بينما لوحظ أنهلا توجد زيادة كبيرة في الكوليسترول الكلي عند المرضى مقابل الأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.093). هنالك زيادة كبيرة في نسبة الكلوليسترول, مؤشر كتلة الجسم و الألبومين/الكرياتينين في الأناث مقارنةً مع الذكور (الثابت 0.002, 0.042 و 0.021) على التوالي.بينما اظهرت بقية الأختبارت أنه لأتوجد فروقات ذات دلألة إحصائية. وأظهرت الدراسة وجود ارتباط كبير للغاية بين الألبومين/الكرياتينين وكلاً من الجنس, العمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول و مدة ارتفاع ضغط الدم (الثابت 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 و 0.000) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى. تمثل الدراسة أيضاً علاقة اجابية بين إنترلوكين-6 بيكوجرام/مل والعمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول, مدة ارتفاع ضغط الدم و متوسط ضغط الدم النقباضي (الثابت 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 و 0.002) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى.ولوحظ نفس الاتجاه أيضاً فيعامل نخر الورم ألفا مع متغيرات الدراسة. وتخلص هذه الدراسة الى أن ارتفاع ضغط الدم هو أكثر شيوعًا فى الأناث من الذكور. يستنتج ايضاً أن العمر يرتبط مع ارتفاع ضغط الدم. من خلال اظهار علاقة قوية بين الزلالى وارتفاع ضغط الدم, تشير النتائج التى توصلنا اليها أن الزلالى يمكن ان يكون علامة مفيدة لتقييم مخاطر الاصابة بامراض الكلى. إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا تزداد بشكل ملحوظ فى مرضى ارتفاع ضغط الدم, ويمكن أن تلعب دورًا هامًا فى التسبب وتطوير تلف الكلى فى المرضى المصابين بارتفاع ضغط الدم.