كلية علوم المختبرات الطبية
Permanent URI for this communityhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/488
Browse
572 results
Search Results
Item Detection of Colistin Resistance Genes (mcr-1,3and 5) in Gram Negative Bacteria Isolated from Khartoum Hospitals(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Amani Essa Alneamah AlsayedAbstract Background: Antimicrobial resistance is one of the most serious problems that faced human health in 21st century. Plasmids mediated colistin resistance (mcr-1 gene) is one of the mechanisms by which bacteria resist multiple antimicrobial agents. Bacteria that possess this gene are difficult to treat. Aim: To detect the presence of mcr-1 gene in gram negative bacteria clinical isolates. Methods: This is a cross sectional laboratory based study conducted in Khartoum state, a total of 105 clinical isolates of gram negative bacteria were obtained from different hospitals isolated from different clinical specimens including urine, wound swabs, sputum, blood, and others. These strains were re-identified using conventional biochemical tests. Antimicrobial sensitivity testing was done using desk diffusion method, followed by DNA extraction using boiling method then conventional PCR was performed to detect mcr-1 gene. Obtained data were analysed using SPSS 20. Results: A total of 105 gram negative bacteria were collected from 105 clinical specimens (one organism from each specimen) urine represented about 50% (52/105), followed by skin and wound (19%). E. coli was the most frequent isolate 36.2 % followed by Klebsiella spp 32,3%. Antibiotic sensitivity showed that 7.6% of all isolated bacteria were resistant to Colistin and 92.4% were sensitive. mcr-1 gene was detected in 4 isolates (3.8%). Statically there was no significant association between the presence of mcr-1 gene and the site of infection (p value = 0.62), type of isolated bacteria (p value =0.43) and the antimicrobial profile. Conclusion: The study found that the prevalence of mcr-1 gene is low in the isolated bacteria. المستخلص الخلفية: مقاومة مضادات الميكروبات هي واحدة من أخطر المشاكل التي واجهت صحة الإنسان في القرن الحادي والعشرين. تعد مقاومة الكوليستين بوساطة البلازميدات إحدى الآليات التي تقاوم بها البكتيريا العديد من العوامل المضادة للميكروبات. يصعب علاج البكتيريا التي تمتلك هذا الجين. الهدف: هدفت هذه الدراسه للبحث عن وجود جين مقاومة الكوليستين في العزلات السريرية للبكتيريا سالبة الجرام في ولاية الخرطوم. الطرق: هذه دراسة المقطعية أجريت في ولاية الخرطوم ، تم جمع 105 عزلة سريرية من البكتيريا سالبة الجرام من عينات مختلفة بما في ذلك البول والجروح والبلغم والدم وغيرها ثم أعيد التعرف عليها باستخدام الاختبارات الكيميائية الحيوية. تم إجراء إختبار حساسية المضادات الحيوية بستخدام طريقة انتشار القرص، استخرج الحمض النووي باستخدام طريقة الغليان ثم تم إجراء تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي للكشف عن جين مقاومة الكوليستين وتم تحليل البيانات باستخدام برنامج الحزمة الإحصائية للعلوم الاجتماعية. النتائج: من أصل 105 عينة سريرية تم تسجيلها في هذه الدراسة. كانت العينات الأكثر شيوعاً هي البول (52 عينة 50.5٪) ، يليها الجلد والجرح 19٪) ، البلغم (13.3٪) ، الدم (8.6٪) وعينات أخرى (8.6٪). من هذه العينات تم جمع 105 بكتيريا مسببة للأمراض وإعادة تحديدها من مختبرات علم الأحياء .الدقيقة السريرية المختلفة ، وكانت الإشريكية القولونية هي العزلة الأكثر شيوعا. أظهرت حساسية المضادات الحيوية أن 7.6٪ من جميع الكائنات المعزولة كانت مقاومة للكوليستين و 92.4٪ كانت حساسة. تم اكتشاف جين مقاومة الكوليستين في 4 عزلات (3.8٪). لم يكن هناك ارتباط بين وجود جين قاومة الكوليستن وموقع العزل, نوع البكتيريا المعزولة وتأثير مضادات الميكروبات. الخلاصة: وجدت الدراسة أن جين مقاومة الكوليستين mcr-1كان سائدا بتردد منخفض في البكتيريا المعزولة.Item Genotyping of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGFA) and Interleukin 1 Alpha, Beta and Receptor Antagonist (IL1 A, IL1B and IL1RN) Genes and View Haematological Profile of Preeclamptic Sudanese Women(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2022-09) Hameed Mohamed HamidAbstract Background: Among the genetic factors, there is an association between preeclampsia and polymorphisms in some genes of different population samples, as vascular endothelial growth factor (VEGFA) and the inflammatory mediators, as IL-1A, IL-1b and IL-1RN. The study aimed to determine genotyping of vascular endothelial growth factor (VEGFA) interleukin 1 Alpha (IL1A) genes, interleukin 1 beta (IL1B) genes and receptor antagonist and hematological profile among preeclamptic Sudanese women. Method: The study was case - control study conducted in Khartoum at Saad Abualila hospital in the period from 2015 to 2019. One hundred and twenty pregnant women were involved; sixty had preeclampsia and sixty were healthy controls. The participants were genotyped for vascular endothelial growth factor A (VEGFA) rs3025039, interleukin 1 Alpha (IL1A) rs1800587 interleukin 1 beta (IL1β) rs16944, and IL1β rs1143634, (IL1RN) receptor antagonist(rs2234663) by performing polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism analysis and haematological profile. Results: Genotypes distribution of VEGFA+936C/T, interleukin 1 ALPHA (IL1A)-889C/C, IL-1β–511T/C,IL-1β+3954C/T, IL1RN and haematological profile. VEGFA+936C/T polymorphism was significantly associated with preeclampsia. The proportion of heterozygotes (CT) was significantly higher in patients 45.0% compared to 26.7% of the controls. Likewise, the proportion of the T allele was significantly higher in women with preeclampsia compared to the healthy controls’ women (29.2% vs. 26.7%).IL-1A–889 C/C polymorphism was significantly higher in patients 55.0% compared to 45% of the controls. The proportion of the C allele in women with preeclampsia (65%) compared to the healthy controls (55%) women. IL-1β–511T/C polymorphism (the heterozygotes only) was significantly associated with preeclampsia, The proportion of heterozygotes (CT) higher in patients 45% compared to 23.3% of the controls. The proportion of the C allele in women with preeclampsia (25.8%) compared to the healthy controls (20.0%) women. IL-1β+3954 polymorphism was significantly associated with preeclampsia. The proportion of heterozygotes (CT) higher in patients 51.7% compared to 18.3% of the controls. Moreover, the proportion of the T allele was significantly higher in women with preeclampsia compared to the controls’ women (34.2% vs. 15.8%). ILRN (intron 2) (VNTR) (rs2234663) polymorphism was no significantly associated with preeclampsia. (In patients 10% compared to 11.6 % of the controls). The study of haematological profile, for patient 41% had low platelets below 150, 28% had high haematocrit and 56% had low haemoglobin levels. Among the control 38% % had low platelets below 150, 32% had high haematocrit and 52% had low haemoglobin levels. There was no statistically significant difference according to CBC. Conclusions: In this study significant association were observed between preeclampsia and VEGFA+936C/T,IL-1A–889 C/C, IL-1β+3954C/T, IL-1β-511T/C, (IL1RN) receptor antagonist(rs2234663) gene polymorphism and haematological profile among Sudanese women. Further research is needed. Recommendations: further studies are required with larger sample size and other molecular diagnostic tools. المستلخص الخلفية: من بين العوامل الوراثية ، هناك ارتباط بين تسمم الحمل وتعدد الأشكال في بعض الجينات من عينات سكانية مختلفة ، مثل عامل النمو البطاني الوعائي (VEGFA) والوسطاء الالتهابيين ، مثل IL-1A و IL-1b و IL-1RN. هدفت الدراسة إلى تحديد التنميط الجيني لعامل النمو البطاني الوعائي (VEGFA) وجينات إنترلوكين 1 ألفا (IL1A) وجينات إنترلوكين 1 بيتا (IL1B) ومضادات مستقبلات الدم لدى النساء السودانيات المصابات بالتهاب. المنهج: الدراسة كانت دراسة حالة - شواهد أجريت في ولاية الخرطوم بمستشفى سعد أبوالعلا في الفترة من 2015 م إلى 2019 م وشاركت فيها مائة وعشرون سيدة حاملكان ستون منهم بحالة جيدة ، وستين مصابًا بتسمم الحمل. تم التنميط الجيني للمشاركين من أجل عامل النمو البطاني الوعائي A (VEGFA) rs3025039 ، interleukin 1 Alpha (IL1A) rs1800587 interleukin 1 beta (IL1β) rs16944 ، و IL1β rs1143634 ، (IL1RN) مضاد مستقبلات (IL1RN) من خلال إجراء تفاعل سلسلة البوليمرات (rs2234663). تحليل طول تعدد الأشكال ، وتم تأكيد النتائج من خلال تسلسل الحمض النووي والملف الدموي. النتائج: كان توزيع الأنماط الجينية لـ VEGFA + 936C / T ، و interleukin 1 ALFA (IL1A) -889C / T ، و IL-1β – 511T / C و IL-1β + 3954C / T ، و IL1RN ملف تعريف الدم متسقًا مع HWE (P> 0.05). ارتبط تعدد الأشكال VEGFA + 936C / T بشكل كبير مع تسمم الحمل. كانت نسبة الزيجوت متغايرة الزيجوت (CT) أعلى بشكل ملحوظ في المرضى 45.0٪ مقارنة بـ 26.7٪ من المجموعة الضابطة. وبالمثل ، كانت نسبة الأليل T أعلى بشكل ملحوظ في النساء المصابات بمقدمات الارتعاج مقارنة بالنساء الأصحاء (29.2٪ مقابل 26.7٪) .لقد ارتبط IL-1A-889 C / T تعدد الأشكال بشكل كبير مع مقدمات الارتعاج. نسبة الأليل C في النساء المصابات بمقدمات الارتعاج (55٪) بالمقارنة مع النساء الأصحاء (71.7٪). ارتبط تعدد الأشكال IL-1β-511T / C (متغاير الزيجوت فقط) بشكل كبير مع تسمم الحمل. نسبة الأليل C في النساء المصابات بمقدمات الارتعاج (25.8٪) مقارنة مع النساء الأصحاء (20.0٪). ارتبط IL-1β + 3954 تعدد الأشكال بشكل كبير مع تسمم الحمل. نسبة الزيجوت متغايرة الزيجوت (CT) أعلى في المرضى 51.7٪ مقارنة بـ 18.3٪ من الضوابط. علاوة على ذلك ، كانت نسبة الأليل T أعلى بشكل ملحوظ في النساء المصابات بمقدمات الارتعاج مقارنة بالنساء الضابطات (34.2٪ مقابل 15.8٪). ارتبط تعدد الأشكال ILRN (intron 2) (VNTR) (rs2234663) بشكل كبير مع تسمم الحمل.في دراسة عن الحالة الدموية كان لدي 40% من المرضي انخفاض في الصفائح الدموية دون 150 و28% لديهم ارتفاع في الهيماتوكريت و56% لديهم انخفاض في الهيموغلبين وفي الاصحاء كان لديهم 37% انخفاض في الصفائح الدموية اقل من 150 ولديهم ارتفاع في الهيماتوكرين وانخفاض في الهيموغلبين لم يكن هناك فرق احصائي في CBC الاستنتاجات: في هذه الدراسة لوحظ ارتباط كبير بين تسمم الحمل و VEGFA + 936C / T، IL-1β + 3954C / T,ILRN (intron 2) (VNTR) (rs2234663 وIL-1β-511T / C IL-1A–889 C/Tتعدد الأشكال بين النساء السودانيات. هناك حاجة إلى مزيد من البحث. التوصيات:هناك حاجة إلى مزيد من الدراسات مع حجم عينة أكبر وأدوات التشخيص الجزيئي الأخرى.Item The Effect of Prednisolone on Total Proteins and Albumin and Liver Histology in Waster Rats(Al-Neelain University, 2019) Saria Alamin AhmedABSTRACT Introduction: Recently in Sudan and African countries synthetic steroids such as Prednisolone were abused as cosmetics, in order to gain weight and whiten of the skin. Prednisolone is corticosteroid used to treat inflammatory diseases and also as immunosuppressive drugs. Therefore, abused of Prednisolone might be harmful and has many adverse effects. Aim: The present study aims to evaluate the effect of low and high dose of Prednisolone on biosynthetic liver function of proteins and body weight in Wistar Rats. Methodology: Prednisolone was purchased from pharmacy, Eighteen male Wister Rats (98-146g) weighting. Then classified randomly into three groups; group one received daily distell water, group two and group three received 10 and 30 µg/ kg/ day, respectively via oral route, to achieve the objective of these study the weight and weigh gain of rats was recorded on day 0, 13th, 20th and day 30th of the treatment. Blood samples were collected for biochemical analysis and the Livers were cut into small pieces for histopathological examination, the level of total protein and albumin were measured by chemical analyzer. Results: Administration of various dose of Prednisolone for 30 days showed significant increased body weight in group treated with low dose (14.8 ± 8.318), whereas group treated with high dose revealed significant decrease (-6.5 ± 28.06) than control group (-2.5 ± 9.57). In addition there are significant increased mean of total proteins level of groups treated with high dose (7.76 ± 0.251 u/L) in comparison with control group (6.96 ± 0.251 u/L) where as group treated with low dose reveled in significant change (6.52 ± 0.249 u/L). In contrast albumin insignificantly change of group treated with high dose and low dose (3.58 ± 0.44, 2.94 ± 0.351) respectively compared with control group (3.26 ± 0.279 u/L). Conclusion: Rats received low dose of Prednisolone for 30 days had significantly gained weight, while high dose of Prednisolone for the same period reduced weight. Moreover, administration of Prednisolone increased total protein level, whereas insignificant difference in albumin is noted. Thus indicates that, Prednisolone increase globulin level. الخلاصة مقدمة: في الآونة الأخيرة في السودان والدول الإفريقية تم تعاطي المنشطات الاصطناعية مثل بريدنيزولون كمستحضرات تجميل ، من أجل زيادة الوزن وتبييض الجلد. بريدنيزولون هو كورتيكوستيرويد يستخدم لعلاج الأمراض الالتهابية وأيضاً كأدوية مثبطة للمناعة. لذا ، فإن إساءة استعمال بريدنيزولون قد تكون ضارة ولها العديد من التأثيرات الضارة. الهدف: تهدف هذه الدراسة إلى تقييم تأثير جرعة منخفضة وعالية من بريدنيزولون على وظيفة الكبد الحيوي من البروتينات ووزن الجسم في فئران التجارب. المنهجية: تم شراء بريدنيزولون من الصيدلية ، وثمانية وثم ذكور الجرذان (98-146 جم). ثم تصنف بشكل عشوائي إلى ثلاث مجموعات ؛ مجموعة واحدة تلقى اليومي المياه المقطرة، تلقت المجموعة الثانية والمجموعة الثالثة 10 و 30 ميكروغرام / كغ / يوم على التوالي من طريق الفم، لتحقيق الهدف من هذه الدراسة وزنه ووزن ربح من الفئران تم تسجيلها في اليوم 0، 13، 20 و 30 يوم من العلاج. تم جمع عينات الدم للتحليل البيوكيميائي وتم تقسيم الكبد إلى قطع صغيرة لفحص الأنسجة ، وتم قياس مستوى البروتين الكلي والألبومين بواسطة محلل كيميائي. النتائج: إدارة جرعة مختلفة من بريدنيزولون لمدة 30 يوما وأظهرت كبير زيادة وزن الجسم في المجموعة التي تلقت العلاج بجرعة منخفضة (14.8 ± 8.318)، في حين أن المجموعة التي تلقت العلاج مع جرعة عالية كشفت انخفاضا كبيرا (-6.5 ± 28.06) من المجموعة الضابطة (-2.5 ± 9.57). بالإضافة إلى ذلك ، هناك متوسط معنوي كبير لمستوى البروتينات الكلي للمجموعات المعالجة بجرعة عالية (7.76 ± 0.251 ش / لتر) بالمقارنة مع المجموعة الضابطة (6.96 ± 0.251 ش / لتر) حيث تم علاج المجموعة بجرعة منخفضة عند حدوث تغير كبير ( 6.52 ± 0.249 ش / ل). على النقيض من الزلال تغير بشكل هام من مجموعة تعامل بجرعة عالية ومنخفضة الجرعة (3.58 ± 0.44 ، 2.94 ± 0.351) على التوالي مقارنة مع مجموعة التحكم (3.26 ± 0.279 ش / ل). الخلاصة: إن الجرذان التي تلقت جرعة منخفضة من بريدنيزولون لمدة 30 يوماً قد اكتسبت وزناً معنوياً ، في حين أن الجرعة العالية من بريدنيزولون لنفس الفترة قللت من الوزن. علاوة على ذلك ، زاد إعطاء بريدنيزولون مستوى البروتين الكلي ، في حين لوحظ وجود اختلاف طفيف في الألبومين. وهكذا يشير إلى أن ، بريدنيزولون زيادة مستوى الجلوبيولين.Item Associations of Malaria among Refugees with Fever attending Health Centers at Alsalam Camp , Sudan EL Fasher – North Darfur(Al-Neelain University, 2020-02) Mawahib Naser Aldeen Abdel Rahman BasharyAbstract This study was conducted on 380 blood samples collected from patients complaining from febrile fever attending in Al Salam camp , Out of blood samples examined 188 were found positive for malaria infection . This constituted a prevalence rate 49.5% . This study included 155 males , among them 77 were infected with malaria with a prevalence rate of 49.6% , The study also included 225 females with 111 infected with malaria constituting a prevalence rate of 49.3% . and the result was found to be statistically significant . The study showed that were variations in the infection rates among the different age groups . The highest infection rate ( 57.7% ) was found in the (1-20) years age group , while the lowest infection rate( 29.0%) was found in the (21-40) years age group . The lower prevalence rate of infection( 20%) was found in individuals who used nets , while the highest prevalence was ( 80% )in than don’t used mosquito net . The result indicated that malaria rate among refugees particularly those with suggestive symptoms like fever is high and that mosquito nets may aid in protection of several people . الخلاصة اجريت هّذه الدراسه متضمنه 380 عينه دم تم جمعها من مرضي يعانون من الحمى فى معسكر السلام للنازحين . وبعد فحصها وجد ان 188 عينه كانت تحتوى علي طفيل الملاريا ومن هنا نلاحظ ان معدل انتشار المرض كان بنسبه 49.8% . هّذه الدراسه تضمنت 155 من الّذكور , حيث وجد ان 77 منهم مصابين بمعدل انتشار 49.6% , و 225 من الاناث حيث وجد منهم 111 مصابين بمعدل انتشار 49.3% . اظهرت هده الدراسه ان اكبر معدل انتشار كان في الفئه العمريه (1-20) سنه بمعدل 57.7% , واقل معدل انتشار كان في الفئه العمريه (21-40) سنه بمعدل 29.0% اظهرت الدراسه ان استخدام الناموسيه يقلل من خطر الاصابه بالمرض , حيث ان الافراد اللدين يستخدمون الناموسيه قل خطر الاصابه بالمرض الي 20% , بما كان معدل الانتشار عند الاشخاص اللدين لايستخدمون الناموسيه الي 80% . هّذه النتائج تبين ان نسبه الملاريا في النازحين خاصه اللذين لديهم اعراض مثل الحمى عاليه و ان الناموسيات تساعد في حمايه هولاء الاشخاص .Item Frequency of Syphilis Abs among Homeless Individual in Khartoum State(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-01) Sahar Saeed Ibrahim IdreesAbstract Background: Syphilis is an infection caused by Treponema Pallidum, usually spread by sexual contact. The disease starts as a painless sore typically on genitals, rectum or mouth. Syphilis spreads from person to person via skin or mucous membrane contact with these sores. After the initial infection, the bacteria can remain (dormant) in the body for decades. In the late stage, the disease may damage your brain, nerves, eyes, heart, blood vessels, liver, bones and joints: Individuals and families experiencing homelessness are vulnerable to various kinds of hazards, including disorders with un-reversible outcomes, as they can’t reach out medical care, which in most cases either they live in remote areas or health care facilities do not respond enough to maintain well-care services. Here in Sudan, wars are number one causative agent for outbreak in homeless numbers beside poverty and other reasons count to communities. Aim: This study was aimed to detect syphilis antibodies among homeless Individuals in Khartoum state. Materials and methods: The current is descriptive crossectional study conducted from February 2019 to January 2023 at Khartoum state. Well struchured and pretested guestionnaire was used to collect demographic and clinical data. Whole blood samples were collected form 85 homeless. Serum was obtained and preserved at -20OC till time of testing. Enzyme linked immunoassay ¬(ELISA) was done to detect the T. pallidum antibodies. Results: Among 85 homeless enrolled in the current study, 53 were males (62.4%) and 32 were females (37.6%). Syphilis Antibodies was detected in 2 (2.4%). Significant association was found between infection and sexual behavior, age groups, gender, education level, partners and Iv drug use. Conclusion: This study showed noticeable occurrence of syphilis among homeless with significant association between infection and sexual behavior, age groups, education level, partners and Iv drug use. المستخلص الخلفية : مرض الزهري هو عدوى تسببها اللولبية الشاحبة ، وتنتشر عادة عن طريق الاتصال الجنسي. يبدأ المرض كقرح غير مؤلم عادة على الأعضاء التناسلية أو المستقيم أو الفم. ينتشر مرض الزهري من شخص لآخر عن طريق الجلد أو ملامسة الأغشية المخاطية لهذه القروح. بعد الإصابة الأولية، يمكن للبكتيريا أن تبقى كامنة في الجسم لعقود. في المرحلة المتأخرة، قد يؤدي المرض إلى تلف الدماغ والأعصاب والعينين والقلب والأوعية الدموية والكبد والعظام والمفاصل. الأفراد والعائلات الذين يعانون من التشرد معرضون لأنواع مختلفة من المخاطر، بما في ذلك الاضطرابات ذات النتائج غير القابلة للعكس ، حيث أنهم لا يمكنهم الوصول إلى الرعاية الطبية، والتي في معظم الحالات إما أنهم يعيشون في مناطق نائية أو أن مرافق الرعاية الصحية لا تستجيب بشكل كافٍ للرعاية بهم. هنا في السودان ، تعتبر الحروب العامل المسبب الأول لتفشي أعداد المشردين إلى جانب الفقر وأسباب أخرى تخص المجتمعات. الهدف : هدفت هذه الدراسة إلى تحديد مدى انتشار مرض الزهري بين المتشردين بولاية الخرطوم . الطريقة : الطريقة الدراسة حالية عبارة عن دراسة مقطعية وصفية اجريت من الفترة من أبريل إلى أكتوبر 2021 في الخرطوم . ثم استخدام الاستبيان منظم ومختبر مسبقاُ لجميع البيانات الديموغرافية والسريرية. ثم الكشف عن الأجسام المضادة لمرض الزهري باستخدام اختبار ELISA بين 85 شخص بلا مأوى. النتيجة : من بين 85 من المتشردين المسجلين في الدراسة الحالية كان هناك 53 من الذكور (%62.4) و 32 من الاناث (%37.6) ثم الكشف عن مرض الزهري وكانت النتيجة 2(2.40%) الخلاصة : أظهرت هذه الدراسة حدوث مرض الزهري بشكل ملحوظ بين المشردين مع ارتباط معنوي بين العدوى والسلوك الجنسي.Item Detection of Quinolone Resistance Genes among Selected Enterobacteriaceae Clinical Isolates(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Fatima Abubaker Salim AidrosAbstract Background Enterobacteriaceae are a large family of Gram-negative bacteria. Antibiotic resistance are major public health problems worldwide, that happens when bacteria develop the ability to defeat the drugs designed to kill them. Aim This study aimed to detect some quinolones (qnr) resistance genes in selected Enterobacteriaceae clinical isolates at Khartoum State. Methods The current was a descriptive cross-sectional study conducted from September to February 2023. A total of 100 Enterobacteriaceae clinical isolate was obtained from different laboratories in Khartoum states (Al Selah Hospital, Police Hospital, Fedal Hospital, Estak Hospital and Altra Laboratory). These strains (Escherichia coli, klebsiella spp, salmonella spp, pseudomonas spp and proteus spp) were re-identified using gram stain and conventional biochemical tetsts. All isolates were tested for selected type of antibiotic disk using modified Kirby-bauer testing. Qnr resistance genes (A&B) were detected using polymerase chain reaction (PCR). Results Urine was the most frequent specimens (50%), skin and wound (19%), sputum (13%), blood (10%), body fluid (5%), tissue (1%), stool (1%) and eye swab (1%). In antimaicrobial sensitivity test, 70% of isolates were resistance to Nalidixic acid and 49% were resistance to Ciprofloxacin. Among All clinical isolate 19% were positive for qnrA and (39%) for qnrB gene. Conclusion The qnrA and qnrB genes were highly prevalent in Enterobacteriaceae. They were not associated with the type of isolates and antimicrobials resistance profile. المستخلص الخلفية ﺗﻌﺘﺒﺮ البﻜﺘﻴﺮﻳﺎ المعوية ﻓﺼﻴﻠﺔ ﻛﺒﻴﺮة ﻣﻦ البكتيريا سالبة الجرام, وتعتبر مقاومة المضادات الحيوية من المشكلات الرئيسية للصحة العامة في جميع انحاء العالم . يحدث ﻋﻨﺪﻣﺎ ﺗﻨﻤﻲ اﻟﺠﺮاﺛﻴﻢ ﻣﺜﻞ اﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺎ اﻟﻘﺪرة ﻋﻠﻰ ﻫﺰﻳﻤﺔ اﻷدوﻳﺔ اﻟﻤﺼﻤﻤﺔ ﻟﻘﺘﻠﻬﺎ. الهدف ﻫﺪﻓﺖ ﻫﺬه اﻟﺪراﺳﺔ إﻟﻰ اﻟﻜﺸﻒ ﻋﻦ ﺟﻴﻦ ﻣﻘﺎوﻣﺔ اﻟﻜﻴﻨﻮﻟﻮﻧﺎت في اﻟﻌﺰﻻت اﻟﺴﺮﻳﺮﻳﺔ اﻟﻤﻌﻮﻳﺔ اﻟﻤﺨﺘﺎرة ﺑﻮﻻﻳة اﻟﺨﺮﻃﻮم. الطريقة كانت الدراسة الحالية عبارة عن دراسة مقطعية وصفية أجريت في الفترة من سبتمبر إلى فبراير 2022. تم الحصول على مجموعه 100 عزلة إكلينيكية من البكتيريا المعوية من معامل مختلفة بولاية الخرطوم. تم إعادة تحديد هذه السلالات باستخدام صبغة جرام و البيوكيميائية التقليدية. تم اختبار مقاومة جميع العزلات لمضادات الميكروبات باستخدام اختبار كيربي باور المعدل. تم الكشف باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل عن جينات مقاومة الكينولون ( أ) و( ب) النتائج ﻛﺎن اﻟﺒﻮل أﻛﺜﺮ اﻟﻌﻴﻨﺎت ﺷﻴﻮﻋا(50%) واﻟﺠﻠﺪ واﻟﺠﺮوح (19%) و البلغم(13%) والدم(10%) وسوائل الجسم(5%) والانسجه(1%) والبراز(1%) ومسحه العين(1%) في اختبار حساسيه مضادات الميكروبات, وجد ان 70% من العينات مقاومة لحمض النالديكسيك اسد و 49% مقاومة للسيبروفلوكساسين. من بين جميع العزلات السريرية, كانت نسبه 19% موجه لجين qnrA وبالنسبه لجين qnrB كانت 49% . الخلاصة كانت جينات مقاومة الكينولون ( أ) و( ب) منتشرة بشكل كبير بين اﻟﻌﺰﻻت اﻟﺴﺮﻳﺮﻳﺔ اﻟﻤﻌﻮﻳﺔ. لم تكن هذه الجينات مرتبطة بنوع العزلات وشكل مقاومة مضادات الميكروباتItem Association between Human Immunodeficiency Viral Load and Infectiousness of Hepatitis B Virus in HIV/HBV Co-infected Patients in Khartoum State Hospitals(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2022-06) Salah aldeen Hassan Mohamed DahawiABSTRACT Background The availability of antiretroviral therapy, with activity against both HBV and HIV has led to significant improvements in outcomes. However even with effective suppression of both HBV and HIV replication, morbidity and mortality are significantly higher in those with HBV-HIV co-infection than with HIV alone. The rate of progression and complications from viral hepatitis are accelerated in patients with HIV co-infection. Aim The aim of this study is to associate between HIV viral load and the infectiousness of HBV in HBV-HIV co-infected patients. Methods This is a descriptive cross-sectional study conducted at the voluntary counseling and treatment centers in Khartoum state during the period from March 2021 to August 2021. A total of 90 blood samples were collected from known HIV patients. HIV viral load has been counted by using Gene Expert technique. HBsAg, HBeAg and HBeAb have been screened by ELISA (RecombiLISATM - CTK, USA). Results Results of this study showed that the highest number of HIV infected patients were males (53.3%), ranging from 8 years old to 63 years old, with age group from (20-40) years old represented the highest infected group (58%), the prevalence of HBV / HIV co-infection was (4.4%). Conclusion The study concluded that there was significant association between high HIV viral load and the infectiousness of HBV (HBeAg/ marker of infectivity)Item Molecular Detection of Panton-Valentine Leukocidin Gene of Staphylococcus aureus Clinical Isolates From Different Hospitals in Khartoum state(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Esra Dafalla Abdalla ALdaiAbstract Background: S.aureus is a major human pathogen and Panton-Valentine leukocidin (PVL) is a virulence factor produced by some strains of it that causes leukocyte lysis and tissue necrosis. PVL-associated S.aureus (PVL-SA) predominantly causes skin and soft-tissue infections (SSTIs) but can also cause invasive infections such as necrotizing pneumonia. It is carried by both community-associated methicillin susceptible S. aureus (CA-MSSA) and methicillin resistant S. aureus (CA-MRSA). This study aims to determine the prevalence of PVL-SA among isolates’ seen at Khartoum hospital. Objectives: Molecular detection of panton-valentine leukocidin gene of S.aureus Clinical isolates from different hospitals in Khartoum state. Methods: The current is descriptive cross sectional laboratory based study was carried in Khartoum from June to December 2022, 100 S.aureus clinical isolates obtained from different samples ,the strain were reidentified using conventional biochemical tests, PCR was used to detect PVL gene, data were recorded and statistical analysis was done by using SPSS software. Result: A total of 100 isolates were included in this study, The PVL - gene was detected in 24% of S.aureus strains of clinical origin, with higher frequency for strains associated with community origin (19%) and lower frequency in strains associated with hospital origin (5%). PVL-toxin gene was significantly associated with community strains (P. value: 0.038), PVL-gene-positive S. aureus is strongly associated with wound (15%) infection and nasopharyngeal infection (4%). Interestingly, the PVL gene has been rarely detected in S. aureus isolates recovered from patients with other infections, including septicemia, ear infection, urinary tract infection, meningitis, vaginal infection and other infection. Their age ranged between 25 days to 77 years with a mean of 32.4 years. The majority of them from age group 20_40 years and of male gender. PVL-toxin gene was significantly none associated with age (P. value: 0.72). Conclusion: The study demonstrated high prevalence and significant association between presence of PVL with patients and samples types but no association with age and gender of patients.Item GENOME WIDE SEARCH FOR VISCERALLEISHMANIASIS SUSCEPTIBILITY GENESIN SUDANESE POPULATION(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2005-10) MANAL AHMED MOHAMED AHMED FADLABSTRACT Sudan is one of the major foci of visceral leishinaniasis (VL) globally (the other two foci are Brazil and India). Familial clustering and ethnic differences suggest genetic factors may be involved in the infection. In this study a two stages genome-wide scan was employed using two independent sets of families from two villages: El-Rugab and Um—Salala. located 40 kilometers apart in the heart of the endemic area of eastem Sudan. These villages are inhabited by the Masalit ethnic group who migrated from westem Sudan in the 1980s. In the first stage (= scanl) we genotyped 400 highly polymorphic microsatellite markers (approximately 10 cM apart) in 220 individuals from 38 multicase pedigrees (= scanl families) comprising 48 nuclear families (1 18 affected sibs). Scan] was followed by grid tightening strategy in which 35 additional markers were added close to regions that gave suggestive evidence for linkage of VL susceptibility in scan 1. These markers were typed in scanl families. ln the second stage (scan2). 20 markers from positive regions of linkage and the 35 additional markers were all typed in family set 2 (=scan2 families: 21 nuclear families, 48 affected sibs). ln scan 1, the multipoint analysis performed provided evidence for linkage of VL susceptibility to 5 regions on chromosome lp22, ]q3l.3. 5q34-35.3, 6q27 and l3q 31.1 (0.0002Item Assessment of Thrombin Time and Complete Blood Count among Children under Five years affected with Malaria, at Al- Hasaheasa Teaching Hospital - Al- Gazira State(Al-Neelain University, 2020) Shama Ali SulimanAbstract Background Malaria remains the most serious and widespread protozoan infection of humans. Hematological changes are considered among the most common complications in malaria and they play a major role in malaria pathogenesis. Objective This study aimed to assess the CBC and TT among children under five years with malaria attended to Al-Hasaheasa Teaching Hospital, Al-Gazira State, Sudan, during 2019 Materials and Methods This is a case control based study conducted during June 2019, admitted at Al-Hasaheasa Teaching Hospital, Gazira state, Sudan in which 100 children under Five years were enrolled.50 children were known diagnosed with malaria used as case group. Further 50 were normal healthy children matched the case group in gender and age used as control group. The blood speciments were collected from all participants. Platelet Poor plasma was prepared from citrated blood, and then TTwas performed using automated coagulmeter. CBC performed from EDTA anticoagulant blood using automated hematological analyzer (sysmex). Data was collected using interviewed questionneire and analyzed using SPSS version 25. Results Based on patients age in this study it was found that 56% of cases group were more than three years in age and 44% were less than three years. According to patients, the present study reported that the ratio of males to females was male: female 1: 1.3. The current study showed that WBC, RBC, HGB, HCT, MCV, MCH, MCHC, PLT, LMY, MXD, and NEUT were statistically significantly Lower in patients group in comparison with normal control group with p value less than 0.05 while TT was significantly higher in patients group MSD(19.62±4.34) compared with normal group MSD(13.84±1.55) with p value less than 0.05 Conclusion This study concluded that complete blood count in children less than Five years with malaria was significant different compared with those normal healthy children. TT was significant elevated in children under Five years with malaria compared with those normal healthy children. المستخلص خلفية: لا تزال الملاريا أخطر أنواع العدوى التي تصيب البشر. تعتبر التغيرات الدموية أكثر المضاعفات شيوعا في الملاريا وتلعب دورا رئيسيا في التسبب في مرض الملاريا. الهدف : هدفت هذه الدراسة إلى تقييم فحص دم شامل و وقت التخثر بين الأطفال الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات المصابين بالملاريا الذين حضروا إلى مستشفى الحصاحيصا التعليمي ، ولاية الجزيرة ، السودان ، خلال عام 2019. الطريقة المستخدمة: هذه دراسة قائمة على حالة وحالة ضابطة التي أجريت خلال شهر يونيو عام 2019 ، في مستشفى الحصاحيصا التعليمي بولاية الجزيرة بالسودان وتغطي 100 طفل تقل أعمارهم عن خمس سنوات .50 كانوا من الأطفال الذين تم تشخيص إصابتهم بالملاريا كمجموعة حالات. 50 آخرين كانوا أطفال أصحاء طبيعية تطابق مجموعة الحالة في الجنس والعمر كمجموعة ضابطه. تم جمع الدم من جميع المشاركين. تم تحضير بلازما من الصفائح الدمويه الفقيره من عينات تم الاستشهاد بها ، ثم تم إجراء وقت التخثر باستخدام تجلط الدم الآلي. تم إجراء فحص الدم الكامل من دمُEDTA المضاد للتخثر باستخدام محلل أمراض الدم الآلي (sysmex). تم جمع البيانات باستخدام السائل الذي تم مقابلته وتحليله باستخدام التحليل الإحصائي الإصدار 25. النتائج : بناءً على عمر المرضى ، وجد في هذه الدراسة أن مجموعة الحالات 56٪ كانت أكبر من ثلاث سنوات من العمر وان 44% تقل اعمارهم عن ثلاث سنوات. وفقا للمرضى ، ذكرت الدراسة الحالية أن نسبة الذكور إلى الإناث كانت الذكور: الإناث 1: 1.3. أظهرت الدراسة الحالية أن خلايا الدم البيضاء، و خلايا الدم الحمراء ، و الهيموغلوبين ، حجم الخلايا المضغوطة ، و متوسط حجم الكرية، و هيموغلوبين الكرية الوسطي، تركيز الهيموغلوبين الجسيمية، و عدد الصفائح الدموية، و نسبة الخلايا اللمفاوية، و نسبة الخلايا المختلطة، و نسبة العدلات كانت إحصائية ادني في مجموعة المرضى مقارنة مع مجموعة التحكم العادية مع قيمة p أقل من 0.05 بينما وقت التخثر كانت أعلى بكثير في مجموعة المرضى مقارنة مع المجموعة العادية. قيمة p أقل من 0.05 استنتاج: تخلص هذه الدراسة إلى أن تعداد الدم الكامل عند الأطفال الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات بالملاريا كان مختلفًا بشكل ملحوظ مقارنةً بهؤلاء الأطفال الأصحاء الطبيعيين. وكان وقت التخثر مرتفعا بشكل ملحوظ في الأطفال أقل من خمس سنوات مع الملاريا مقارنة مع هؤلاء الأطفال الأصحاء الطبيعيين.