Masters theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/495
Browse
189 results
Search Results
Item Detection of Colistin Resistance Genes (mcr-1,3and 5) in Gram Negative Bacteria Isolated from Khartoum Hospitals(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Amani Essa Alneamah AlsayedAbstract Background: Antimicrobial resistance is one of the most serious problems that faced human health in 21st century. Plasmids mediated colistin resistance (mcr-1 gene) is one of the mechanisms by which bacteria resist multiple antimicrobial agents. Bacteria that possess this gene are difficult to treat. Aim: To detect the presence of mcr-1 gene in gram negative bacteria clinical isolates. Methods: This is a cross sectional laboratory based study conducted in Khartoum state, a total of 105 clinical isolates of gram negative bacteria were obtained from different hospitals isolated from different clinical specimens including urine, wound swabs, sputum, blood, and others. These strains were re-identified using conventional biochemical tests. Antimicrobial sensitivity testing was done using desk diffusion method, followed by DNA extraction using boiling method then conventional PCR was performed to detect mcr-1 gene. Obtained data were analysed using SPSS 20. Results: A total of 105 gram negative bacteria were collected from 105 clinical specimens (one organism from each specimen) urine represented about 50% (52/105), followed by skin and wound (19%). E. coli was the most frequent isolate 36.2 % followed by Klebsiella spp 32,3%. Antibiotic sensitivity showed that 7.6% of all isolated bacteria were resistant to Colistin and 92.4% were sensitive. mcr-1 gene was detected in 4 isolates (3.8%). Statically there was no significant association between the presence of mcr-1 gene and the site of infection (p value = 0.62), type of isolated bacteria (p value =0.43) and the antimicrobial profile. Conclusion: The study found that the prevalence of mcr-1 gene is low in the isolated bacteria. المستخلص الخلفية: مقاومة مضادات الميكروبات هي واحدة من أخطر المشاكل التي واجهت صحة الإنسان في القرن الحادي والعشرين. تعد مقاومة الكوليستين بوساطة البلازميدات إحدى الآليات التي تقاوم بها البكتيريا العديد من العوامل المضادة للميكروبات. يصعب علاج البكتيريا التي تمتلك هذا الجين. الهدف: هدفت هذه الدراسه للبحث عن وجود جين مقاومة الكوليستين في العزلات السريرية للبكتيريا سالبة الجرام في ولاية الخرطوم. الطرق: هذه دراسة المقطعية أجريت في ولاية الخرطوم ، تم جمع 105 عزلة سريرية من البكتيريا سالبة الجرام من عينات مختلفة بما في ذلك البول والجروح والبلغم والدم وغيرها ثم أعيد التعرف عليها باستخدام الاختبارات الكيميائية الحيوية. تم إجراء إختبار حساسية المضادات الحيوية بستخدام طريقة انتشار القرص، استخرج الحمض النووي باستخدام طريقة الغليان ثم تم إجراء تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي للكشف عن جين مقاومة الكوليستين وتم تحليل البيانات باستخدام برنامج الحزمة الإحصائية للعلوم الاجتماعية. النتائج: من أصل 105 عينة سريرية تم تسجيلها في هذه الدراسة. كانت العينات الأكثر شيوعاً هي البول (52 عينة 50.5٪) ، يليها الجلد والجرح 19٪) ، البلغم (13.3٪) ، الدم (8.6٪) وعينات أخرى (8.6٪). من هذه العينات تم جمع 105 بكتيريا مسببة للأمراض وإعادة تحديدها من مختبرات علم الأحياء .الدقيقة السريرية المختلفة ، وكانت الإشريكية القولونية هي العزلة الأكثر شيوعا. أظهرت حساسية المضادات الحيوية أن 7.6٪ من جميع الكائنات المعزولة كانت مقاومة للكوليستين و 92.4٪ كانت حساسة. تم اكتشاف جين مقاومة الكوليستين في 4 عزلات (3.8٪). لم يكن هناك ارتباط بين وجود جين قاومة الكوليستن وموقع العزل, نوع البكتيريا المعزولة وتأثير مضادات الميكروبات. الخلاصة: وجدت الدراسة أن جين مقاومة الكوليستين mcr-1كان سائدا بتردد منخفض في البكتيريا المعزولة.Item Associations of Malaria among Refugees with Fever attending Health Centers at Alsalam Camp , Sudan EL Fasher – North Darfur(Al-Neelain University, 2020-02) Mawahib Naser Aldeen Abdel Rahman BasharyAbstract This study was conducted on 380 blood samples collected from patients complaining from febrile fever attending in Al Salam camp , Out of blood samples examined 188 were found positive for malaria infection . This constituted a prevalence rate 49.5% . This study included 155 males , among them 77 were infected with malaria with a prevalence rate of 49.6% , The study also included 225 females with 111 infected with malaria constituting a prevalence rate of 49.3% . and the result was found to be statistically significant . The study showed that were variations in the infection rates among the different age groups . The highest infection rate ( 57.7% ) was found in the (1-20) years age group , while the lowest infection rate( 29.0%) was found in the (21-40) years age group . The lower prevalence rate of infection( 20%) was found in individuals who used nets , while the highest prevalence was ( 80% )in than don’t used mosquito net . The result indicated that malaria rate among refugees particularly those with suggestive symptoms like fever is high and that mosquito nets may aid in protection of several people . الخلاصة اجريت هّذه الدراسه متضمنه 380 عينه دم تم جمعها من مرضي يعانون من الحمى فى معسكر السلام للنازحين . وبعد فحصها وجد ان 188 عينه كانت تحتوى علي طفيل الملاريا ومن هنا نلاحظ ان معدل انتشار المرض كان بنسبه 49.8% . هّذه الدراسه تضمنت 155 من الّذكور , حيث وجد ان 77 منهم مصابين بمعدل انتشار 49.6% , و 225 من الاناث حيث وجد منهم 111 مصابين بمعدل انتشار 49.3% . اظهرت هده الدراسه ان اكبر معدل انتشار كان في الفئه العمريه (1-20) سنه بمعدل 57.7% , واقل معدل انتشار كان في الفئه العمريه (21-40) سنه بمعدل 29.0% اظهرت الدراسه ان استخدام الناموسيه يقلل من خطر الاصابه بالمرض , حيث ان الافراد اللدين يستخدمون الناموسيه قل خطر الاصابه بالمرض الي 20% , بما كان معدل الانتشار عند الاشخاص اللدين لايستخدمون الناموسيه الي 80% . هّذه النتائج تبين ان نسبه الملاريا في النازحين خاصه اللذين لديهم اعراض مثل الحمى عاليه و ان الناموسيات تساعد في حمايه هولاء الاشخاص .Item Frequency of Syphilis Abs among Homeless Individual in Khartoum State(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-01) Sahar Saeed Ibrahim IdreesAbstract Background: Syphilis is an infection caused by Treponema Pallidum, usually spread by sexual contact. The disease starts as a painless sore typically on genitals, rectum or mouth. Syphilis spreads from person to person via skin or mucous membrane contact with these sores. After the initial infection, the bacteria can remain (dormant) in the body for decades. In the late stage, the disease may damage your brain, nerves, eyes, heart, blood vessels, liver, bones and joints: Individuals and families experiencing homelessness are vulnerable to various kinds of hazards, including disorders with un-reversible outcomes, as they can’t reach out medical care, which in most cases either they live in remote areas or health care facilities do not respond enough to maintain well-care services. Here in Sudan, wars are number one causative agent for outbreak in homeless numbers beside poverty and other reasons count to communities. Aim: This study was aimed to detect syphilis antibodies among homeless Individuals in Khartoum state. Materials and methods: The current is descriptive crossectional study conducted from February 2019 to January 2023 at Khartoum state. Well struchured and pretested guestionnaire was used to collect demographic and clinical data. Whole blood samples were collected form 85 homeless. Serum was obtained and preserved at -20OC till time of testing. Enzyme linked immunoassay ¬(ELISA) was done to detect the T. pallidum antibodies. Results: Among 85 homeless enrolled in the current study, 53 were males (62.4%) and 32 were females (37.6%). Syphilis Antibodies was detected in 2 (2.4%). Significant association was found between infection and sexual behavior, age groups, gender, education level, partners and Iv drug use. Conclusion: This study showed noticeable occurrence of syphilis among homeless with significant association between infection and sexual behavior, age groups, education level, partners and Iv drug use. المستخلص الخلفية : مرض الزهري هو عدوى تسببها اللولبية الشاحبة ، وتنتشر عادة عن طريق الاتصال الجنسي. يبدأ المرض كقرح غير مؤلم عادة على الأعضاء التناسلية أو المستقيم أو الفم. ينتشر مرض الزهري من شخص لآخر عن طريق الجلد أو ملامسة الأغشية المخاطية لهذه القروح. بعد الإصابة الأولية، يمكن للبكتيريا أن تبقى كامنة في الجسم لعقود. في المرحلة المتأخرة، قد يؤدي المرض إلى تلف الدماغ والأعصاب والعينين والقلب والأوعية الدموية والكبد والعظام والمفاصل. الأفراد والعائلات الذين يعانون من التشرد معرضون لأنواع مختلفة من المخاطر، بما في ذلك الاضطرابات ذات النتائج غير القابلة للعكس ، حيث أنهم لا يمكنهم الوصول إلى الرعاية الطبية، والتي في معظم الحالات إما أنهم يعيشون في مناطق نائية أو أن مرافق الرعاية الصحية لا تستجيب بشكل كافٍ للرعاية بهم. هنا في السودان ، تعتبر الحروب العامل المسبب الأول لتفشي أعداد المشردين إلى جانب الفقر وأسباب أخرى تخص المجتمعات. الهدف : هدفت هذه الدراسة إلى تحديد مدى انتشار مرض الزهري بين المتشردين بولاية الخرطوم . الطريقة : الطريقة الدراسة حالية عبارة عن دراسة مقطعية وصفية اجريت من الفترة من أبريل إلى أكتوبر 2021 في الخرطوم . ثم استخدام الاستبيان منظم ومختبر مسبقاُ لجميع البيانات الديموغرافية والسريرية. ثم الكشف عن الأجسام المضادة لمرض الزهري باستخدام اختبار ELISA بين 85 شخص بلا مأوى. النتيجة : من بين 85 من المتشردين المسجلين في الدراسة الحالية كان هناك 53 من الذكور (%62.4) و 32 من الاناث (%37.6) ثم الكشف عن مرض الزهري وكانت النتيجة 2(2.40%) الخلاصة : أظهرت هذه الدراسة حدوث مرض الزهري بشكل ملحوظ بين المشردين مع ارتباط معنوي بين العدوى والسلوك الجنسي.Item Detection of Quinolone Resistance Genes among Selected Enterobacteriaceae Clinical Isolates(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Fatima Abubaker Salim AidrosAbstract Background Enterobacteriaceae are a large family of Gram-negative bacteria. Antibiotic resistance are major public health problems worldwide, that happens when bacteria develop the ability to defeat the drugs designed to kill them. Aim This study aimed to detect some quinolones (qnr) resistance genes in selected Enterobacteriaceae clinical isolates at Khartoum State. Methods The current was a descriptive cross-sectional study conducted from September to February 2023. A total of 100 Enterobacteriaceae clinical isolate was obtained from different laboratories in Khartoum states (Al Selah Hospital, Police Hospital, Fedal Hospital, Estak Hospital and Altra Laboratory). These strains (Escherichia coli, klebsiella spp, salmonella spp, pseudomonas spp and proteus spp) were re-identified using gram stain and conventional biochemical tetsts. All isolates were tested for selected type of antibiotic disk using modified Kirby-bauer testing. Qnr resistance genes (A&B) were detected using polymerase chain reaction (PCR). Results Urine was the most frequent specimens (50%), skin and wound (19%), sputum (13%), blood (10%), body fluid (5%), tissue (1%), stool (1%) and eye swab (1%). In antimaicrobial sensitivity test, 70% of isolates were resistance to Nalidixic acid and 49% were resistance to Ciprofloxacin. Among All clinical isolate 19% were positive for qnrA and (39%) for qnrB gene. Conclusion The qnrA and qnrB genes were highly prevalent in Enterobacteriaceae. They were not associated with the type of isolates and antimicrobials resistance profile. المستخلص الخلفية ﺗﻌﺘﺒﺮ البﻜﺘﻴﺮﻳﺎ المعوية ﻓﺼﻴﻠﺔ ﻛﺒﻴﺮة ﻣﻦ البكتيريا سالبة الجرام, وتعتبر مقاومة المضادات الحيوية من المشكلات الرئيسية للصحة العامة في جميع انحاء العالم . يحدث ﻋﻨﺪﻣﺎ ﺗﻨﻤﻲ اﻟﺠﺮاﺛﻴﻢ ﻣﺜﻞ اﻟﺒﻜﺘﻴﺮﻳﺎ اﻟﻘﺪرة ﻋﻠﻰ ﻫﺰﻳﻤﺔ اﻷدوﻳﺔ اﻟﻤﺼﻤﻤﺔ ﻟﻘﺘﻠﻬﺎ. الهدف ﻫﺪﻓﺖ ﻫﺬه اﻟﺪراﺳﺔ إﻟﻰ اﻟﻜﺸﻒ ﻋﻦ ﺟﻴﻦ ﻣﻘﺎوﻣﺔ اﻟﻜﻴﻨﻮﻟﻮﻧﺎت في اﻟﻌﺰﻻت اﻟﺴﺮﻳﺮﻳﺔ اﻟﻤﻌﻮﻳﺔ اﻟﻤﺨﺘﺎرة ﺑﻮﻻﻳة اﻟﺨﺮﻃﻮم. الطريقة كانت الدراسة الحالية عبارة عن دراسة مقطعية وصفية أجريت في الفترة من سبتمبر إلى فبراير 2022. تم الحصول على مجموعه 100 عزلة إكلينيكية من البكتيريا المعوية من معامل مختلفة بولاية الخرطوم. تم إعادة تحديد هذه السلالات باستخدام صبغة جرام و البيوكيميائية التقليدية. تم اختبار مقاومة جميع العزلات لمضادات الميكروبات باستخدام اختبار كيربي باور المعدل. تم الكشف باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل عن جينات مقاومة الكينولون ( أ) و( ب) النتائج ﻛﺎن اﻟﺒﻮل أﻛﺜﺮ اﻟﻌﻴﻨﺎت ﺷﻴﻮﻋا(50%) واﻟﺠﻠﺪ واﻟﺠﺮوح (19%) و البلغم(13%) والدم(10%) وسوائل الجسم(5%) والانسجه(1%) والبراز(1%) ومسحه العين(1%) في اختبار حساسيه مضادات الميكروبات, وجد ان 70% من العينات مقاومة لحمض النالديكسيك اسد و 49% مقاومة للسيبروفلوكساسين. من بين جميع العزلات السريرية, كانت نسبه 19% موجه لجين qnrA وبالنسبه لجين qnrB كانت 49% . الخلاصة كانت جينات مقاومة الكينولون ( أ) و( ب) منتشرة بشكل كبير بين اﻟﻌﺰﻻت اﻟﺴﺮﻳﺮﻳﺔ اﻟﻤﻌﻮﻳﺔ. لم تكن هذه الجينات مرتبطة بنوع العزلات وشكل مقاومة مضادات الميكروباتItem Association between Human Immunodeficiency Viral Load and Infectiousness of Hepatitis B Virus in HIV/HBV Co-infected Patients in Khartoum State Hospitals(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2022-06) Salah aldeen Hassan Mohamed DahawiABSTRACT Background The availability of antiretroviral therapy, with activity against both HBV and HIV has led to significant improvements in outcomes. However even with effective suppression of both HBV and HIV replication, morbidity and mortality are significantly higher in those with HBV-HIV co-infection than with HIV alone. The rate of progression and complications from viral hepatitis are accelerated in patients with HIV co-infection. Aim The aim of this study is to associate between HIV viral load and the infectiousness of HBV in HBV-HIV co-infected patients. Methods This is a descriptive cross-sectional study conducted at the voluntary counseling and treatment centers in Khartoum state during the period from March 2021 to August 2021. A total of 90 blood samples were collected from known HIV patients. HIV viral load has been counted by using Gene Expert technique. HBsAg, HBeAg and HBeAb have been screened by ELISA (RecombiLISATM - CTK, USA). Results Results of this study showed that the highest number of HIV infected patients were males (53.3%), ranging from 8 years old to 63 years old, with age group from (20-40) years old represented the highest infected group (58%), the prevalence of HBV / HIV co-infection was (4.4%). Conclusion The study concluded that there was significant association between high HIV viral load and the infectiousness of HBV (HBeAg/ marker of infectivity)Item Molecular Detection of Panton-Valentine Leukocidin Gene of Staphylococcus aureus Clinical Isolates From Different Hospitals in Khartoum state(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2023-02) Esra Dafalla Abdalla ALdaiAbstract Background: S.aureus is a major human pathogen and Panton-Valentine leukocidin (PVL) is a virulence factor produced by some strains of it that causes leukocyte lysis and tissue necrosis. PVL-associated S.aureus (PVL-SA) predominantly causes skin and soft-tissue infections (SSTIs) but can also cause invasive infections such as necrotizing pneumonia. It is carried by both community-associated methicillin susceptible S. aureus (CA-MSSA) and methicillin resistant S. aureus (CA-MRSA). This study aims to determine the prevalence of PVL-SA among isolates’ seen at Khartoum hospital. Objectives: Molecular detection of panton-valentine leukocidin gene of S.aureus Clinical isolates from different hospitals in Khartoum state. Methods: The current is descriptive cross sectional laboratory based study was carried in Khartoum from June to December 2022, 100 S.aureus clinical isolates obtained from different samples ,the strain were reidentified using conventional biochemical tests, PCR was used to detect PVL gene, data were recorded and statistical analysis was done by using SPSS software. Result: A total of 100 isolates were included in this study, The PVL - gene was detected in 24% of S.aureus strains of clinical origin, with higher frequency for strains associated with community origin (19%) and lower frequency in strains associated with hospital origin (5%). PVL-toxin gene was significantly associated with community strains (P. value: 0.038), PVL-gene-positive S. aureus is strongly associated with wound (15%) infection and nasopharyngeal infection (4%). Interestingly, the PVL gene has been rarely detected in S. aureus isolates recovered from patients with other infections, including septicemia, ear infection, urinary tract infection, meningitis, vaginal infection and other infection. Their age ranged between 25 days to 77 years with a mean of 32.4 years. The majority of them from age group 20_40 years and of male gender. PVL-toxin gene was significantly none associated with age (P. value: 0.72). Conclusion: The study demonstrated high prevalence and significant association between presence of PVL with patients and samples types but no association with age and gender of patients.Item Assessment of Thrombin Time and Complete Blood Count among Children under Five years affected with Malaria, at Al- Hasaheasa Teaching Hospital - Al- Gazira State(Al-Neelain University, 2020) Shama Ali SulimanAbstract Background Malaria remains the most serious and widespread protozoan infection of humans. Hematological changes are considered among the most common complications in malaria and they play a major role in malaria pathogenesis. Objective This study aimed to assess the CBC and TT among children under five years with malaria attended to Al-Hasaheasa Teaching Hospital, Al-Gazira State, Sudan, during 2019 Materials and Methods This is a case control based study conducted during June 2019, admitted at Al-Hasaheasa Teaching Hospital, Gazira state, Sudan in which 100 children under Five years were enrolled.50 children were known diagnosed with malaria used as case group. Further 50 were normal healthy children matched the case group in gender and age used as control group. The blood speciments were collected from all participants. Platelet Poor plasma was prepared from citrated blood, and then TTwas performed using automated coagulmeter. CBC performed from EDTA anticoagulant blood using automated hematological analyzer (sysmex). Data was collected using interviewed questionneire and analyzed using SPSS version 25. Results Based on patients age in this study it was found that 56% of cases group were more than three years in age and 44% were less than three years. According to patients, the present study reported that the ratio of males to females was male: female 1: 1.3. The current study showed that WBC, RBC, HGB, HCT, MCV, MCH, MCHC, PLT, LMY, MXD, and NEUT were statistically significantly Lower in patients group in comparison with normal control group with p value less than 0.05 while TT was significantly higher in patients group MSD(19.62±4.34) compared with normal group MSD(13.84±1.55) with p value less than 0.05 Conclusion This study concluded that complete blood count in children less than Five years with malaria was significant different compared with those normal healthy children. TT was significant elevated in children under Five years with malaria compared with those normal healthy children. المستخلص خلفية: لا تزال الملاريا أخطر أنواع العدوى التي تصيب البشر. تعتبر التغيرات الدموية أكثر المضاعفات شيوعا في الملاريا وتلعب دورا رئيسيا في التسبب في مرض الملاريا. الهدف : هدفت هذه الدراسة إلى تقييم فحص دم شامل و وقت التخثر بين الأطفال الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات المصابين بالملاريا الذين حضروا إلى مستشفى الحصاحيصا التعليمي ، ولاية الجزيرة ، السودان ، خلال عام 2019. الطريقة المستخدمة: هذه دراسة قائمة على حالة وحالة ضابطة التي أجريت خلال شهر يونيو عام 2019 ، في مستشفى الحصاحيصا التعليمي بولاية الجزيرة بالسودان وتغطي 100 طفل تقل أعمارهم عن خمس سنوات .50 كانوا من الأطفال الذين تم تشخيص إصابتهم بالملاريا كمجموعة حالات. 50 آخرين كانوا أطفال أصحاء طبيعية تطابق مجموعة الحالة في الجنس والعمر كمجموعة ضابطه. تم جمع الدم من جميع المشاركين. تم تحضير بلازما من الصفائح الدمويه الفقيره من عينات تم الاستشهاد بها ، ثم تم إجراء وقت التخثر باستخدام تجلط الدم الآلي. تم إجراء فحص الدم الكامل من دمُEDTA المضاد للتخثر باستخدام محلل أمراض الدم الآلي (sysmex). تم جمع البيانات باستخدام السائل الذي تم مقابلته وتحليله باستخدام التحليل الإحصائي الإصدار 25. النتائج : بناءً على عمر المرضى ، وجد في هذه الدراسة أن مجموعة الحالات 56٪ كانت أكبر من ثلاث سنوات من العمر وان 44% تقل اعمارهم عن ثلاث سنوات. وفقا للمرضى ، ذكرت الدراسة الحالية أن نسبة الذكور إلى الإناث كانت الذكور: الإناث 1: 1.3. أظهرت الدراسة الحالية أن خلايا الدم البيضاء، و خلايا الدم الحمراء ، و الهيموغلوبين ، حجم الخلايا المضغوطة ، و متوسط حجم الكرية، و هيموغلوبين الكرية الوسطي، تركيز الهيموغلوبين الجسيمية، و عدد الصفائح الدموية، و نسبة الخلايا اللمفاوية، و نسبة الخلايا المختلطة، و نسبة العدلات كانت إحصائية ادني في مجموعة المرضى مقارنة مع مجموعة التحكم العادية مع قيمة p أقل من 0.05 بينما وقت التخثر كانت أعلى بكثير في مجموعة المرضى مقارنة مع المجموعة العادية. قيمة p أقل من 0.05 استنتاج: تخلص هذه الدراسة إلى أن تعداد الدم الكامل عند الأطفال الذين تقل أعمارهم عن خمس سنوات بالملاريا كان مختلفًا بشكل ملحوظ مقارنةً بهؤلاء الأطفال الأصحاء الطبيعيين. وكان وقت التخثر مرتفعا بشكل ملحوظ في الأطفال أقل من خمس سنوات مع الملاريا مقارنة مع هؤلاء الأطفال الأصحاء الطبيعيين.Item Molecular Detection of the frame shift mutation (C.75544_7545delCT SNP) in NOTCH 1 gene in breast tumors(Al-Neelain University, 2022) Sahar Hussien YousifAbstract: Background: NOTCH1 gene is an important gene that works as tumor suppressor and oncogene on the same time. The gene has sophisticated function in angiogenesis and tumorogenesis. NOTCH 1 has important role in breast cancer development. The c.7541_7542delCT SNP were found in almost 50% of chronic myeloid leukemia and some other leukemia. In a previous study; we have analyzed the SNP in the DNA from blood in some patients diagnosed with breast cancer, however we didn’t find association that is why, here we analyzed the SNP in breast cancer tissue and compared our findings with the immunihistochemical expression of the ER, PR and HER2/nue. Materials and Methods: Descriptive cross sectional study This was a case control study that included 81 females; 31 cases group and 50 control group. From Omdurman teaching hospital. All cases were diagnosed with adenocarcinoma of the breast. The SNP was analyzed using Allele specific PCR. Then for the caner tissue we retrieved the immunohistochestry results for PR, ER and HER2/neu. Results: put the frequencies The mean age of the cases group was 51.9 years and for the controls group was 21.4 years. All cases were adenocarcinoma and controls were benign lesions of the breasts. Grade II breast adenocarcinoma constituted the majority of the cases and there was a lack of proper, detailed of some cases other than adenocarcinoma without mentioning the grade. The c.7544-7545 delCT didn’t show association with adenocarcinoma of the breast in the studied group. VIConclusion: The mean age is similar to that of breast cancer in developing countries. The early grade of cancer in this study seems to be affected by the cancer diagnostic center but still national cancer registry would give a clearer picture for the grading. Lack of proper and detailed diagnosis for cancer could affect treatment strategy that is why doctors should give detailed pathological reports. The SNP was not associated with adenocarcinoma of the breast in this study, but it seems there is a correlation between NOTCH1 and HER2/neu2 results. Further functional studies would give a better story in this aspect الملخص مقدمة: جين NOTCH1 هو جين مهم يعمل ككابح للورم وجين سرطاني في نفس الوقت. للجين وظيفة متطورة في تكوين الأوعية الدموية وتكوين الأورام و له دور مهم في تطور سرطان الثدي. لقد تم أكتشاف أن المتغير c.7541_7542delCT يوجد في حوالي 50٪ من سرطان الدم النخاعي المزمن وبعض أنواع اسرطانات الدم الاخرى. في دراسة سابقة قمنا بتحليل SNP في الحمض النووي من الدم في بعض المرضى الذين تم تشخيص إصابتهم بسرطان الثدي ، ولكن لم نجد ارتباطًا ربما ان المتغير ذو علاقة بالنسيج السرطانى لهذا السبب ، قمنا هنا بتحليله في أنسجة سرطان الثدي وقارنا نتائجنا مع التعبير الكيميائي المناعي لـ .PR,PR, HER2/neu المواد والأساليب: كانت نوع هذه دراسة حالة ضابطة شملت 100 أنثى ؛ مجموعة 50 حالة و 50 مجموعة تحكم. تم تشخيص جميع الحالات بسرطان غدي في الثدي. تم تحليل SNP باستخدام. AS- PCR بالنسبة لأنسجة السرطان ، استرجعنا نتائج التحليل المناعي لـ PR و ER و. HER2 / neu النتائج: كان متوسط عمر مجموعة الحالات 51.9 سنة وللمجموعة الضابطة 21.4 سنة. كانت جميع الحالات عبارة عن سرطان غدي وكانت المجموعة الضابطة عبارة عن اورام حميدة في الثدي. شكّل سرطان الثدي من الدرجة الثانية غالبية الحالات وكان هناك نقص في التفاصيل التشخيصية لبعض الحالات. لم يُظهر c.7544-7545 delCT ارتباطًا بالسرطان الغدي للثدي في المجموعة المدروسة. و أظهرت المقارنة مع نتائج التحليل المناعى أرتباط ما بين بروتينى NOTCH1 و HER2/neu المناقشة: متوسط العمر مشابه لسرطان الثدي في البلدان النامية. يبدو أن الدرجة المبكرة من السرطان في هذه الدراسة قد تأثرت بمركز تشخيص السرطان ولكن لا يزال السجل الوطني للسرطان ذو أهمية كبيرة فهو يعطي صورة أوضح لمراحل السرطان الاكثر شيوعا. يمكن أن يؤثر عدم وجود تشخيص مناسب ومفصل للسرطان على استراتيجية العلاج ولهذا يجب على الأطباء تقديم تقارير مرضية مفصلة. لم يكن SNP مرتبطًا بالسرطان الغدي للثدي في هذه الدراسة ، ولكن يبدو أن هناك ارتباطًا بين نتائج NOTCH1 و HER2 / neu2 المزيد من الدراسات الوظيفية ستعطي نتائج أكثر توضيحا في هذا الجانب.Item Estimation of S (Spike) antibodies against CoVID-19 among vaccinated and Post infected Healthcare Workers in Selected Hospitals, in Khartoum State.(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2022-11) Manal Mohammed Adam SalimAbstract Background: Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-COv-2) which causes the coronavirus disease 2019 (COVID-19) that became a global pandemic and public health crisis, during COVID-19 pandemic, the absence of immunity in the population left them susceptible to infection with SARS-CoV-2 and healthcare workers (HCWs) being in the highest risk group. Aim: To quantify the antibody titer against COVID19 in vaccinated and un-vaccinated Healthcare Workers in selected hospitals in Khartoum state. Methods: This study was a cross-sectional study conducted in Khartoum state. During the period from June to November 2022. A list of the healthcare workers were chosen randomly by simple random sampling technique and 02 of healthcare workers (HCWS) was un-vaccinated and 70 HCWS was vaccinated group. ELISA technique was used to detect the immunoglobulin G for vaccinated and not vaccinated group collected data were competent and analyzed by using the application SPSS version 25. Results: The positive rate of anti-S antibodies after vaccination and post infection was 100%. Prevalence of antibody was higher in males than in females in post infected group only P.value (0.305) and (0.873) in post infected and vaccinated groups respectively. The highest titer level was seen in age group (43 – 54) years among vaccinated and un-vaccinated HCWS. The mean titer of anti-RBD IgG levels was insignificantly diverse among different types of vaccines. (P.value= 0.247) The highest titers of antibody was in vaccinated groups (mean 56.5) at duration (>=3 Month) more than post infected groups (mean 34.6), but there was no significant differences. The mean of antibodies titer was insignificantly different among workers occupied at the departments serving COVID‐19 patients than among those working in other departments. (P.value=.940) & (P value= 0.226) on post infected and vaccinated groups respectively. Conclusion: Seropositivity was higher among males than females and that a relatively high frequency of humoral immunity was produced in HCWs aged (43 – 54) after vaccination and post infection. Antibody titers after vaccination and post infection independently of age or gender. Antibodies against SARS-CoV-Were maintained for at least 12 months after infection and vaccination. Vaccination has positive impact on volunteers who received Jonshon and XII AstraZeneca anti-coronavirus vaccine. Since there was no significant difference between the mean of IgG titers and types of vaccine, it is less likely that there no any effect of booster’s dose and seroconversion rate or titer measured in the serum of HCWs Finally according to occupational the study showed that there was insignificant differences between IgG titers and the contact among post infected and vaccinated groups.Item Assessment of Hepatitis B Surface Antibody among End Stage Renal Disease Patients in Khartoum State.(ALNEELAIN UNIVERSITY, 2022-02) Lubaba Awad-Elkarim Hag-Ahmed ElmukhtarABSTRACT Background: Hemodialysis patients are at increased risk of infection by hepatitis B viruses, which are significant causes of mortality and morbidity. Prevention of their transmission in hemodialysis units remains a challenge worldwide. Aim: The aim of this study was to associate the antibody titer with demographic data (age, gender), times of dialysis per week, duration of disease and duration from last dose of vaccine. Methods: This study was descriptive cross sectional study , conducted among chronic kidney disease (ESRD), Blood samples were collected from 82 patient's during the period from September to November 2022, all sample were tested for Hepatitis B surface Antibody By quantitative ELISA method. Results: All samples were reactive to HBs Ab , 51 out of 82 samples have protective Ab Titer, (30) of them were males and (21) were females. also the rang of protective Ab was detected 5 IU/ML As minimum and 333IU/ML As maximum and 37 IU/ML As mean. In duration of regular hemodialysis the protictive antibody was showed in.52(63.4%) patient's during different years distributed from(one up to 20)years which detected insignificant Association and negative correlation. (P value 0.843) and (Pearson correlation -0.108). In Frequency of regular hemodialysis protictive antibody Titer was detected in patient's wear dialysis 3 times per week by insignificant Association(p value:0.245) In duration from last dose of vaccine, protective antibody titer was showed in 52(63.4%).in different duration distributed from(One up to 20)years. 46 (56%), which detected insignificant Association (p value0.225) .and negatively correlation.(Pearson correlation -.072). Conclusion: In this study it concluded that HB vaccine have low response and seroconversion to protictive antibody in patient with ESRD, No significant association of protective. Ab titer with gender, times of dialysis, Negative or reversely correlation of Ab Titer with duration of disease and duration from last dose of vaccine, age. in decline of protictive antibody in patient with elder age.