Masters theses : Science

Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/12103

Browse

Now showing 1 - 20 of 422

'Amani Tag Elsir Khidir Yousif 1
. Osman Abuagla Daffalla Hamed 1
AbazarAlsiddigAljailyBabekir 1
Abd El Rahman Ahmed Abbas alnssi-rw 1
Abdalla Abdelgadir Abdalla Salim 1
Abdalla Nouralla Ahmed Elsherif 1
Abdallah Osman Mohmmed abdalkreem 1
ABDALMAGED BABEKER OMER AHMED 1
Abdalrawf Ismail Ali Ahmed 1
Abdel Rhman Hassan Shiekh Ldris 1
Abdelmonim Osman Abdelmonim Hamed 2
Abdulazeem Abdulsalam Ibrahim Alkhidir 1
Abeer AlfadilAbbaker Mohammed 1
abeer ali abdulmajeed mohamed ali 1
Abeer Ali Busharah Alsafy 1
Abobakr Abdourhaman Mohammed Salem 1
Abstract Background Current malaria control and elimination strategies rely mainly on efficacious antimalarial drugs. However, drug resistance is a major threat facing malaria control programs. Determination of drug resistance molecular markers is useful in the monitoring and surveillance of malaria drug efficacy. This study aimed to determine the mutations and haplotypes frequencies of different genes linked with antimalarial drug resistance in certain areas in Sudan. Methods A total of 356 dried blood spots (DBS) of microscopically diagnosed P. falciparum isolates were collected from Khartoum, Blue Nile State, New Halfa, Gezira state and North Kordofan, Sudan during 2015–2017. The samples collected from Blue Nile State were dried blood spots at day zero from two in vivo efficacy studies conducted in the state. Plasmodium falciparum confirmation and multiplicity of infection was assessed using the Sanger’s101 SNPs-barcode and speciation was confirmed using regions of the parasite mitochondria. Molecular genotyping of drug resistance genes (Pfcrt, Pfmdr1, Pfdhfr, Pfdhps, exonuclease, Pfk13, parasite genetic background (PGB) (Pfarps10, ferredoxin, Pfcrt, Pfmdr2)) was also performed. All genotypes were generated by selective regions amplicon sequencing of the parasite genome using the Illumina MiSeq platform at the Wellcome Sanger Institute, UK then genotypes were translated into drug resistance haplotypes and species determination. Findings A total of 355 samples confirmed to be P. falciparum. A higher proportion of multiplicity of infection was observed in Blue Nile (P<0.005) based on the Sanger 101 SNPs -barcode. The overall frequency of mutant haplotype Pfcrt 72–76 CVIET was 55.3%, the highest frequency of CVIET was detected in North Kordofan (P<0.001). For Pfmdr1, N86Y was detected in 42.1%, Y184F was observed in 88.7% and D1246Y was detected in 1.6% of the samples. The most frequently observed haplotype was NFD 50.1% and it is significantly variable between the studied areas (P<0.001). For Pfdhfr (codons 51, 59,108,164), the ICNI haplotype was the most frequent (76.1%). For Pfdhps (codons 436, 437, 540, 581, 613) the SGEAA was most frequent haplotype (37.6%) in the study while SGEGA was predominant in Blue Nile area (P<0.05). The Quadruple mutation (dhfr N51I, S108N + dhps A437G, K540E) ICNI / SGEAA was the highest frequent combined mutation (29.4 %). In Blue Nile area six of the seven treatment failure samples had quintuple mutation ICNI / SGEGA and the seventh was quadruple. In Pfkelch13 gene, 22 non-synonymous mutations were detected, 7 of them were detected in other African countries. The most frequent Pfk13 mutation was E433D detected in five samples. All of the Pfk13 mutant alleles were not belonged the mutations associated with delayed parasite clearance in reported in Southeast Asia. PGB mutations were detected only in Pfcrt N326S\I (32.4%) and Pfcrt I356T (6.5%). The exonuclease mutation was not detected. Conclusions There was high frequency of mutations in Pfcrt, Pfdhfr and Pfdhps in this study. These mutations are associated with chloroquine and sulfadoxine-pyrimethamine (SP) resistance. Many SNPs in Pfk13 were not linked with delayed parasite clearance. The exonuclease E415G mutation which is linked with piperaquine resistance was not observed. الخلاصة خلفية تعتمد الاستراتيجيات الحالية لمكافحة الملاريا والقضاء عليها بشكل رئيسي على الأدوية الفعالة المضادة للملاريا. ومع ذلك ، فإن مقاومة الأدوية هي تهديد رئيسي يواجه برامج مكافحة الملاريا. إن تحديد العلامات الجزيئية لمقاومة الأدوية مفيد في رصد ومراقبة فعالية أدوية الملاريا. هدفت هذه الدراسة إلى تحديد الطفرات وتكرار الأنماط الفردانية للجينات المختلفة المرتبطة بمقاومة الأدوية المضادة للملاريا في مناطق متعددة من السودان. الطرق تم جمع 356 بقعة دم جافة من عينات الملاريا المنجلية التي تم تشخيصها مجهرياً من الخرطوم ، ولاية النيل الأزرق ، حلفا الجديدة ، ولاية الجزيرة وشمال كردفان خلال الفترة 2015-2017. العينات التي تم جمعها من ولاية النيل الأزرق تم تجفيف بقع الدم في اليوم صفر من دراستين لفعالية أدوية الملاريا في الجسم أجريت بالولاية. تم تأكيد الملاريا المنجلية وتعدد العدوى باستخدام التسلسل الجيني. تم أيضًا إجراء التنميط الجيني الجزيئي للجينات المقاومة للأدوية Pfcrt، Pfmdr1 ،Pfdhfr، Pfdhps، exonulease ، Pfk13، Pfarps10 ،ferroxin ،Pfcrt، Pfmdr2 تم إنشاء جميع الأنماط الجينية عن طريق تسلسل أمبليكون المناطق الانتقائية لجينوم الطفيل باستخدام منصة Illumina MiSeq في معهد ويلكوم سانجر بالمملكة المتحدة ، ثم تمت ترجمة الأنماط الجينية إلى أنماط فردية مقاومة للأدوية وتحديد الأنواع النتائج تم تأكيد 355 عينة من الملاريا المنجلية. لوحظ نسبة أعلى من تعدد العدوى في النيل الأزرق0.001 >P التكرار الإجمالي للنمط الفرداني الطافر Pfcrt 72–76 CVIET كان 55.3% ، أعلى تواتر لـ CVIET تم الكشف عنها في شمال كردفان 0.001 >P. بالنسبة لـ Pfmdr1 تم اكتشاف N86Y في 42.1% ، ولوحظ Y184F في 88.7% وتم اكتشاف D1246Y في 1.6% من العينات. كان النمط الفرداني الأكثر شيوعًا هو NFD 50.1% وهو يختلف اختلافًا كبيرًا بين المناطق المدروسة 0.001 > P. بالنسبة لـ Pfdhfr(الكودونات 51 ، 59 ، 108 ، 164) ، كان النمط الفرداني ICNI هو الأكثر شيوعًا76.1%. بالنسبة لـ Pfdhps (الكودونات 436 ، 437 ، 540 ، 581 ، 613) كان SGEAA هو النمط الفرداني الأكثر شيوعًا (37.6%) في الدراسة بينما SGEGA كان سائدًا في منطقة النيل الأزرق0.001 >P. كانت الطفرة الرباعية ICNI / SGEAA هي أعلى طفرة مشتركة متكررة. في منطقة النيل الأزرق ، كانت ستة من سبع عينات فشل العلاج بها طفرة خماسية ICNI / SGEGA والسابعة كانت رباعية. في جين Pfkelch13 تم اكتشاف 22 طفرة غير مترادفة ، تم اكتشاف 7 منها في بلدان أفريقية أخرى. كانت طفرة Pfk13 الأكثر شيوعًا هي E433D التي تم اكتشافها في خمس عينات. جميع الطفرات في Pfk13 لا تنتمي إلى الطفرات المرتبطة بمقاومة علاج الارتيميسنين في جنوب شرق آسيا. لم يتم الكشف عن أي طفرة في جين exonulease. الخلاصة خلصت الدراسة الى ان هناك طفرات عالية التردد في Pfcrt و Pfdhfr و Pfdhps في هذه الدراسة. ترتبط هذه الطفرات بمقاومة الكلوروكين والسلفادوكسين-بيريميثامين. لوحظ أن العديد من SNPs في Pfk13 غير مرتبطة بمقاومة علاج الارتيميسنين. لم يتم الكشف عن طفرة exonulease E415G المرتبطة بمقاومة البيبيركوين. 1
Abu Sandal Adam Abu Sandal Ismael 1
Abu-bakr mahmoud hamid hassan 1
Abubakar Elzein Mohammed Ahmed Malik 1