PHD theses : Science

Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/12104

Browse

Filters

2010 - 201941

Settings

Start date: 2010End date: 2019

Search Results

Now showing 1 - 10 of 41
  • Thumbnail Image
    Item
  • Thumbnail Image
    Item
    Simultaneous Determination of Binary Mixtures Cobalt“- Nickel2*& Iron2*- Cobalt“ by H-Point Standard Addition Method
    (AL-Neelain University, 2018) Tahany Mohammed Ahmed AL Hassan
    The study describes the optimization of an analytical procedures for the simultaneous detemination of binary metal ions pair in complex samples. Iron and cobalt are metals, which appear together in many real samples, both natural and artificial, so it is very important to develop reliable, fast and sensitive methods for analysis of iron and cobalt in environmental and biological samples. Simultaneous determination of iron and cobalt was carried out by H-point standard addition method (HPSAM). The proposed method aimed to solve the overlapping spectrum of Fer’ and Co“ complexes without the need to solve simultaneous equation. Using l-(2- pyridylazo)-2-naphthol (PAN) as chromogenic reactant with Fe“ and C02" fom1ing soluble brown and green colored complexes respectively. Using PAN as chromogenic 4- reagent and at pH 5.8 Beer‘s law was obeyed at 592 nm for Fez and 473 nrn for Co“ in the concentration range 5.0><10‘5 to 5.0>
  • Thumbnail Image
    Item
    Phytochemical Studies, Isolation and Characterization of Biologically Active Compounds from Ricinus communis L. Leaves and Seeds Extracts
    (Al-Neelain University, 2016) Hani Bushra Mohamed Gassim
    Abstract Medicinal plants have always played a vital role in human life, this study is intended to phytochemically screen Ricinus communis.L and isolate, characterize antioxidant, antimicrobial and cytotoxic compounds from leaves and seeds. Phytochemical screening showed that the plant has a wide range of saponins, coumarins, alkaloids, tannins, triterpenes, carbohydrates, cardinolides, flavonols and flavonoids. The results of antimicrobial potential against gram-positive and gram negative bacteria using disc diffusion method showed that petroleum ether extract of Riciuns communis. L leaves is resistant to Escherichia coli (EC) (10mm) and Candia albicans (Ca) (10mm) while moderate to Pseudomonas aeruginosa (Ps) (15mm), chloroform extract is moderate to Salmonella (Sa) (14mm), and Candia albicans (Ca) (15mm). Methanol extract of leaves was moderate against Ca (14mm) and Ps (14mm) and resistant to other pathogens. Methanol maceration extract of leaves has given moderate potential against Ps (14mm), Ca (15mm), and Bs (15mm) but resistant to EC. Petroleum ether extract of Ricinus communis.L seeds is moderate to EC (14mm), chloroform extract only moderate to Ca (15mm), methanol extract of seeds was resistant to all pathogens but moderate to Ca (17mm). Methanol maceration extract of seeds was moderate to EC (15mm) and Sa (14mm). Different concentrations of the methanol maceration extract were tested for their antimicrobial activities and the results showed that as the concentrations decreases the inhibition zones decreases except against EC at concentration of 50% and 25%. The results of antioxidant activity of Riciunis communis. L seeds showed that the petroleum ether extract has given the least result (9%) followed by chloroform extract (37%), methanol Soxhlet extract (53%) and finally the best result is in methanol maceration extract (80.7%). The antioxidant results of Riciunis communis.L leaves showed petroleum ether and chloroform extracts are inactive, while successive extract of methanol from Soxhlet is active with 85% (IC50 is 0.121 mg\l) compared with gallic acid standard (92%) ,and methanol maceration extract (49%). The GC-MS of methanol Soxhlet extract of Ricinus communis.L leaves showed the presence of 40 compounds but the most predominant compounds are n-hexadecanoic acid with peak area 22.2%,3-pyridinecarbonitrile,1,2-dihyro-4-methoxy-1-methyl-2-oxo- with peak area 17.1% and gamolenic acid (10.4%). Antioxidant activity of first fraction separated from methanol successive extract of Ricinus communis.L leaves using column chromatography(100cm length and 2cm diameter) with mobile phase (petroleum ether, ethyl acetate and methanol 4:5:1) is 88%. The compounds hexadecanoic acid, 2-hydroxy-1-(hydroxymethyl) ethyl ester., 9,12-octadecadienoic acid, methyl ester., linolelaidic acid methyl ester., 5-(prop-2 enoyloxy) pentadecane., methyl 4,6-decadienyl ether and 1,2,3,4-butanetetrol have been isolated and characterized using PTLC, GC-MS, FT-IR and UV spectrometer. Ricinus communis.L seeds is more toxic than the leaves that is demonstrated with seeds petroleum ether extract LD50 100 mg\l compared with the leaves extracts (chloroform 206.608 µg\ml, petroleum ether 397.163µg\ml and methanol 341.861µg\ml) and the column fraction has weak toxicity of LD50 634.682µg\ml. Ricinus communis.L plant is rich of antioxidant and cytotoxic compounds, the isolated compounds can be subjected to H1,C13 NMR for full characterization مستخلص النباتات الطبيه لعبت دورا" مهما" في حياه الانسان. الغرض من هذه الدراسه هو المسح الكيميائي لنبات الخروع وفصل المركبات ذات مضادات الأكسده ومضادات البكتيريا والسميات من الاوراق والبذور. المسح الكيميائي اظهر ان هنالك كميه كبيره من الصابونينات والكومرينات والقلويدات والتاتينات والتربينات والسكريات والكاردينولات والفلافينودات. نتائج النشاطيه ضد الميكروبات وهي النوع موجب الجرام(العصويه الرقيقه) وثلاث انواع من الميكروبات السالبه (الشريكه القولونيه والزائفه الزنجباريه والسالمونيلا) ونوع من الفطريات (المبيضيه البيضاء) وذلك باستخدام طريقه الانتشارالقرصي. هذه الدراسه اظهرت ان مستخلص الايثر البترولي لأوراق الخروع مقاوم النشاطيه علي الشريكه القولونيه بمنطقه تثبيط (10ملم) والمبيضيه البيضاء (10ملم) بينما معتدل النشاطيه علي العصويه الرقيقه (15ملم). مستخلص الكلوروفورم معتدل النشاطيه علي السالمونيلا (14ملم)والمبيضه البيضاء(15ملم). مستخلص الكحول لاوراق الخروع كان معتدله النشاطيه علي المبيضه البيضاء (14 ملم) والعصويه الرقيقه(14 ملم) بينما مقاوم لبقيه مسببات الامراض. مستخلص نقع الكحول لاوراق الخروع اعطي نشاطيه معتدله علي الزائفه الزنجباريه (14 ملم)، المبيضه البيضاء (15 ملم)والعصويه الرقيقه (15 ملم) لكنه مقاوم للشريكه القولونيه. نتائج مستخلص الايثر البترولي لبذور نبات الخروع اظهرت انه معتدل النشاطيه علي الشريكه القولونيه (14 ملم) وكذلك مستخلص الكلوروفوم للبذور معتدل علي المبيضه البيضاء فقط (15 ملم). مستخلص الميثانول لبذور الخروع مقاوم لكل مسببات الامراض لكنه معتدل علي المبيضه البيضاء (17مام). بينما مستخلص الكحول المنقوع لبذور نبات الخروع معتدل النشاطيه علي الشريكه القولونيه (15 ملم) والسالمونيلا (14 ملم). مستخلص الايثر البترولي نشط علي الشريكه القولونيه (14ملم) ومستخلص الكلووروفوم نشط فقط علي المبيضيه البيضاء (15ملم)،مستخلص الميثانول نشط ايضا علي الشريكه البيضاء (17ملم). مستخاص الميثانول النقع لبذور الخروع كان نشطا علي الشريكه القولونيه (15 ملم ) والسالمونيلا( 14ملم ).تراكيز مختلفه تم اجرائها من مستخلص الميثانول المنقوع اظهرت النتائج انه كلما قل التركيز قلت المنطقه المثبطه ماعدا عند التراكيز 50% و25%. نتائج نشاطية مضادات التأكسد لبذور الخروع اثبتت ان مستخلص الايثر البترولي اعطي اقل النتائج (9%) بينما مستخلص الكلوروفوم(37%) ومستخلص الميثانول من جهاز السكسليت(53%). بينما النتيجه
  • Thumbnail Image
    Item
    Synthesis and Characterization of Manganese (II) Complex
    (Al-Neelain University, 2017) Hyder Babiker Abdalla Ibrahim
    Abstract In the present study a manganese(II) complex of a tridentate Schiff base ligand [(2Z,3E)-3[(2-aminoethyle) imino[-2-(hydroxyimino)butane], [HL] has been synthesized and characterized. The manganese(II) complex was oxidized to the corresponding manganese(III) complex using sodium periodate. The ligand HL was characterized on the basis of infrared spectra while manganese (II)/(III) complexes were characterized using infrared spectroscopy, UV-Vis spectroscopy, magnetic susceptibility measurements and spectrophotometer measurement. The IR spectrum confirmed the formation of the ligand. The NH2 bands of ethylenediamine has disappeared. The ligand showed bands at 1607.83 cm−1, 1065.32 cm-1 and 3349.69 cm-1 that can be assigned to υ(C=N), υ(N-O) and υ(N-O) respectively. The vibration bands observed in the spectrum of the manganese(II)/(III) complexes at (602.43 – 604.23 cm-1) which are assigned to (M—N) bond. Therefore, from the IR spectrum data, it is concluded that the ligand behaves as a tridentate ligand coordinated to the metal ion via nitrogen of azomethine groups, nitrogen of oxime groups and nitrogen of amine groups. The octahedral geometry has been assigned for manganese (II) complex. المستخلص في هذه الدراسة تم تحضير وتحليل معقد لأيون المنجنيز(ІІ) باستخدام احدى قواعد شيف ثلاثية الإرتباط كمتصلة. ثم تم أكسدت المنجنيز(ІІ) في المعقد الي المنجنيز(ІІІ) بإستخدام بيرايودات الصوديوم . تمت دراسة وتحليل المتصله بواسطة مطيافية الاشعة تحت الحمراء ، معقدي المنجنيز(ІІ) و(ІІІ) بواسطة مطيافية الاشعة تحت الحمراء ، مطيافية الاشعة المرئية وفوق البنفسجيه ، مطيافية الطيف الضوئي و قياس الحساسية المغنطيسية .وأكدت مطيافية الاشعة تحت الحمراء بيانات المتصلة وأختفاء الرابطة NH2 الموجوده في الايثلين ثنائي الامين .أظهرت المتصلة حزم إمتصاص للأطوال الموجية 1607.83 cm−1 , 1065.32 cm-1و3349.69 cm-1 والتى تدل على حزم إمتصاص الأهتزازات ( C=N), (N-O) و(N-H) علي التوالى. حزم طيف الإهتزازات المشاهده عند الاطوال الموجية (602.43 – 604.23 cm-1) لمعقدي المنجنيز(ІІ) و(ІІІ) تعذى الي الرابطة بين أيون الفلز والنيتروجين .لذا ومن مطيافية الاشعة تحت الحمراء نخلص الي أن المتصلة سلكت سلوك المتصلة ثلاثية المخلب ،وكان التناسق عن طريق ذرة نتروجين مجموعة الأزوميثان ، نتروجين مجموعة الاوكسيم و نتروجين مجموعة الأمين . و وفقآ لبيانات التحليل أقترحت بنية ثماني الاوجه لمعقد المنجنيز(ІІ) .
  • Thumbnail Image
    Item
    Frequency Dependence of Atomic Deffusivity and Electrical Properties of Gum Arabic Graphite Composite
    (Alneelain University, 2019) Bilquis Ibrahim Adham Babiker
    In this study, samples of Gum Arabic (GA) with different amount of graphite (Gr) was prepared in order to study the effect of high frequency domain on the graphite electrical conductivity and atomic diffusivity of Gum Arabic (GA)/ graphite (Gr) composite. The FTIR peaks obtained were referred to the binding of Gr with the active groups in GA. Atomic diffusivity of Gr in GA was calculated using simple model and was found to varied randomly. This randomness might be due to the attachment of Gr with different active groups of GA. The addition of Gr results in improvement of the conductivity of GA to a far extend as it reaches the semiconductor range. The random variation in conductivities of the samples can be attributed to the effect of high frequency range, where the effect of phonon-electron is dominant. The samples subjected to the impedance spectroscopy (IS) for second and third time were acquired different diffusivities as well as conductivities. Such variations might indicate that IS was a processing technique similar to thermal treatment since it boosted the Gr atomic diffusion. We also adopted solid states reaction kinetic model to calculate diffusion Coefficient of graphite (Gr) in Gum Arabic (GA) as the function of temperatures and concentration D(t,c). From the calculations we found that the diffusion coefficient D increases with increasing temperature. At higher temperature the Gr atoms might get enough thermal energy to overcome the activation energy (Ea) banier and hence can easily be transported to a new atomic position. Such increase can be attributed to the large number of jumps or jump frequency which found to be directly proportion to the Gr concentration. Electric conductivity, calculated by Nemst-Einstein equation, at high concentration of Gr had exceeded that at lower concentration might be attributed to the effective of charges interactions, which lead to enhance the recombination of charge carriers.
  • Thumbnail Image
    Item
    Effect of Some Isolated Actinomycetes Indigenous to Sudanese Soils on Fusarium oxysporum, Aspergillus fumigatus and Candida albicans
    (Alneelain University, 2014) Shami Elhaj Alssafi Bakhiet
    The test-organisms include two moulds and a yeast-like fungus; Fusarium oxysporum which was obtained from Faculty of Agriculture — University of Khartoum, while Aspergillus fumigatus and Candida albicans were obtained from Quality Control Laboratory of General Medicine Company. All test organisms were examined microscopically to confirm their purity and cultured into Sabouraud dextrose agar medium to test their viability. Thirty samples were collected from the soil of Tuti Island’s farms and the Blue Nile river bank. During this study, twenty five Actinomycetes species were isolated using Starch Casein agar medium, and characterized by their morphological appearance and by biochemical tests. These isolates, after characterization were found to belong to three genera, namely; Streptomyces (19 species), Actinomyces (5 species) and one species belongs to Arachnia (formerly Actinomyces). All the isolates were screened and evaluated for their antifungal activity against three test organisms using Cross Streak and Modified Cross Streak methods and incubated for 3 days and 5 days. Sixteen of the isolated Actinomycetes showed antifungal activities against the two moulds at both incubation periods (3 and 5 days). While only six isolates Actinomycetesshowed inhibitory effect against C. albicans. The result showed that F‘. oxysporum has resistance to the inhibitory effect more than A. fumigatus and it has an ability to utilize the secondary metabolites and decrease the intensity of Actinomycetes growth of some isolates and grow over them. The crude filtrates of fermented actinomycetal broth were analyzed by thin layer chromatography (TLC) technique and seventeen different antifungal drugs were characterized according to their Rfvalues.
  • Thumbnail Image
    Item
    Serum level of Zinc and Copper in Polycystic Ovarian Disease in Sudanese women
    (Al-Neelain University, 2018) Manal Nour Eldaym Mohamed Sharief
    Abstract We aim to evaluate the serum level of zinc and copper in women with polycystic ovary syndrome (PCOS). It is a case-control study was conducted at Saad Abualila Hospital, Khartoum, Sudan during the period from November 2015 to October 2017. The cases were women who had a confirmed PCOS based on Rotterdam criteria. The controls were infertile women with no evidence of PCOS. The socio-demographic characteristic a medical history were gathering using questionnaire. Zinc and copper levels were measured using atomic absorption spectrophotometer. There is no difference in the level of zinc and copper between the two groups 50 women in each arm. The body mass index was significantly higher in women with PCOS compared to the control [28.4 (4.2) Vs. 25.6 (5.7) Kg/m2 ; P= 0.06] respectively. There were no significant differences in the levels of TSH, LH, FSH, LH/FSH, anti-TPO, anti TG antibodies, cholesterol, triglycerides, and LDL between the cases and the controls. In a linear regression analyses, none of the investigated factors is associated with PCOS. We conclude that, Zinc and copper were not associated with PCOS in this study. مستخلص الدراسة الهدف من هذه الدراسه هو قياس مستوى نسبة الذنك والنحاس عند النساء المصابات بمرض تكيس المبايض. اجريت هذه الدراسة فى مستشفى سعد ابو العلى فى الخرطوم فى السودان فى الفترة ما بين نوفمبر 2015 وحتى اكتوبر2017. وتم اختيار مجموعتين للمقارنة كل مجموعة بها 50 مصابه بمرض تكيس المبايض وتم التشخيص بناء على معايير روتر دام اما المجموعة الثانية هى مجموعة الكنترول يعانوا من العقم وليس لديهم اعراض مرض تكيس المبايض . وخسب السمات الديموغرافية الاجتماعية تم اخذ التاريخ المرضى مع تعبئة الاستبيانات وتم حساب الذنك والنحاس عن طريق استخدام جهاز مطياف الامتصاص الذرى. النتيجة كانت لايوجد فرق فى نسبة الذنك والنحاس بين المجموعتين كما وجدت ذيادة واضحة فى كتلة الجسم لدى المصابات بمرض تكيس المبايض. كما لا يوجد فرق واضح فى نسبة الهرمون كالهرمون الذى يعمل على حس الغدة الدرقية (TSH) وكذلك هرمون الغدة النخامية (FSH) ومعدل LH/FSH, والاجسام المضادة للدهون الثلاثية والكوليسترول بين المجموعتين. واستنتجنا من هذه الدراسة بان ليس هنالك علاقة بين الذنك والنحاس ومرض تكيس المبايض.
  • Thumbnail Image
    Item
    Calculation of Structural, Electronic and Optical Properties of Alkaline Earth Halides CaF2, BaF2 and SrF2 Using Quantum Espresso and Yambo Codes
    (Al-Neelain University, 2019-08) Gamar Alanbia Bilal Mansour Hassan
    Abstract The naturally occurring calcium fluorides and the potential uses in optical devices in a wide range of spectrum beside the high output technological applications for barium fluorides and strontium fluorides, due to all of these alkaline-earth fluorides have been the subject of several experimental and theoretical studies in recent decades. A first principle calculations within the Density Functional frame work with the plane wave basis set as implemented in the Quantum Espresso code was carried out in this work, the interactions between atomic cores and electrons were described using non-relativistic norm-conserving pseudo-potentials with non-linear correction and with semi-core electrons. The electronic structure, the band structure, and density of states in the ground state of the three bulk compounds CaF2, BaF2 and SrF2 were investigated respectively. The band gaps values of CaF2 and BaF2 are 7.6 eV and 7.4 eV respectively which are lower than the experimental values and that may due to the choices of GGA pseudo potentials. On the other hand good agreement was found with the available experimental result for the SrF2 band gap which is 9.6 eV compared with 9.7 eV. For the exited states - to the best of our knowledge for the first time- solving the Bethe Salpeter equation that yields the excitation energies, the excited state wave functions and the optical absorption spectra. A special methodology was carried out starting with the dielectric constant (!) for the estimation of the following optical parameters : optical conductivity, refractive index in addition to extinction coefficient, absorption coefficient, energy loss function and reflectivity of the three compounds CaF2, BaF2 and SrF2, respectively were computed using norm-conserved pseudo-potentials as implemented in the Yambo code. i مستخلص تعتبر فلوريدات الكالسيوم والتي توجد بشكل طبيعي ذات استخدامات محتملة في الاجهزة والمكونات الضوئية والبصرية لمدى واسع من الطيف، اضافة الى التطبيقات التكنولوجية عالية الانتاج لفلوريدات الباريوم وفلوريدات السترانشيوم ونسبة لكل هذا وذاك كانت هاليدات القلويات الارضية موضوعا للعديد من الدراسات النظرية والتجريبية في العقود الاخيرة. في هذه الدراسة تم اجراء الحسابات من المبادئ الاولية باستخدام نظرية الكثافة الوظيفية باستخدام الموجات المستوية المضمنة في برنامج كوانتوم اسبرسو، وتم توصيف التفاعلات بين النوى الذرية والاليكترونات باستخدام الجهد الفعال مع تصحيح لاخطي للاليكترونات القريبة من نواة الذرة. لقد تم التحقق من البنية الاليكترونية وتركيب الحزم وكثافة الاحتمال في الحالة الارضية المستقرة للثلاث مركبات لفلوريد الكالسيوم وفلوريد الباريوم بالاضافة الى فلوريد السترانشيوم على الترتيب. ان قيم فجوة الطاقة لمركبات فلوريد الكالسيوم وفلوريد الباريوم كانت 7.6 الكترون فولت 7.4 الكترون فولت على التتالي وهي أقل من القيمة التجريبية وذلك نسبة لاختيار الجهود الفعالة من نوع GGA ومن ناحية أخرى هنالك اتفاق جيد مع القيمة التجريبية لفجوة الطاقة لمركب السترانشيوم فلورايد والتي كانت 9.6 اليكترون فولت مقارنة مع 9.7 اليكترون فولت للقيمة التجريبية. وعلى حد علمنا للمرة الاولى وباستعمال حل معادلة بيت سالبيتر التي تنتج طاقات الاثارة وتحسب دالة الموجة لها، واستعمال طريقة معينة ابتداءا من قيمة دالة ثابت العزل ابسلون (اوميغا) تم حساب وايجاد أطياف الامتصاص والخواص الضوئية التالية: الموصلية الضوئية ومعامل الانكسار بالاضافة الى معامل الاختصار ومعامل الامتصاص ودالة فقد الطاقة والانعكاسية للمركبات الثلاثة باستخدام برنامج يامبو.
  • Thumbnail Image
    Item
    Study of the Produced Water in Heglig and Neem Oil Fields and Evaluation of the Effectiveness of Bioremediation
    (Al-neelain University, 2019) Mohamed Osman Zooalnoon Mohamed
    Abstract This thesis studied the physiochemical properties, heavy metals and radioactivity of produced water in Heglig and Neem oil fields to propose processing technology for pollution measurements that exceed the limits of environmental legislation, and review bioremediation system applied for hydrocarbons removal form produced water in Heglig oil field by using Phragmites australis plant. In addition, study the significance of evaporation for cumulative pollutants after the bioremediation system in Heglig oil field, beside evaluating of the water quality of produced water using various water quality evaluation indices. Produced water samples collected and analyzed for three locations in Heglig and Neem oil fields in order to determine the physicochemical, radioactive and heavy metal variables. To evaluate the effectiveness of bioremediation system for removing of oil gravimetric method, UV-visible spectrophotometric method and IR method used for determination of oil in water for Heglig field produced water. The results showed that the determination of oil content by IR method is more accurate than by UV-visible spectrophotometric and gravimetric methods. According to the IR results, the effectiveness of bioremediation treatment by Phragmites australis plant is more than 86.72%. GC method results showed that most hydrocarbons treated by bioremediation system were n-C10 and n-C11 while components of high number of carbon atoms (n-C22 to n-C29) were untreated. Experimental results of produced water of Neem oil field showed low oil content and high radioactive levels, high concentration of heavy metals like Pb, Al, Cd, Ag, Ti, and Ba and high measurement of total hardness, pH alkalinity, TDS, electrical conductivity, and TSS. The HEI place Neem oil field produced water in high contamination level and heavy metal pollution index HPI on the other hand considered Neem produced water is of very poor quality. According to WAWQI and CCME WQI, the produced water quality of Neem oil field was assessed as very poor and marginal respectively. Concentrations of elements in produced water before Heglig bioremediation system were all within the standard limits, to be according to the heavy metals evaluation index at a low level of pollution. The high levels of Al, Zn, Fe and Ti due to evaporation led to reduction of the produced water quality before Heglig bioremediation system to become an average level of heavy metal pollution. According to the water quality index (WAWQI), the quality of water produced from Heglig field assessed as very poor before the bioremediation system and poor after bioremediation system due to concentrations of oil content, chemical oxygen demand and suspended solids were significantly affected by the bioremediation system. المستخلص في هذه الأطروحة تمت دراسة الخواص الفيزيائية والكيميائية والمعادن الثقيلة والنشاط الإشعاعي للمياه المنتجة في حقلي هجليج ونيم لاقتراح تقنيات مناسبة لمعالجة الملوثات التي تجاوزت الحد المسموح به وفقا للقوانين والتشريعات البيئية ، كما اشتملت الدراسة علي تقيم لأداء نظام المعالجة البيلوجية المطبق لإزالة المواد الهيدروكربونية من المياه المنتجة مع النفط في حقل هجليج بإستخدام نبات (Phragmites australis). بالاضافة الي دراسة أهمية التبخر في تركيز الملوثات بعد نظام المعالجة البيلوجية في حقل هجليج النفطي، بجانب تقييم جودة المياه المنتجة باستخدام مؤشرات مختلفة لتقييم نوعية المياه. تم أخذ عينات المياه المنتجة من ثلاثة مواقع في حقلي هجليج ونيم وتم تحديد الخواص الفيزيائية والكيميائية والمعادن الثقيلة والنشاط الإشعاعي. لتقيم اداء نظام المعالجة البيولوجية بحقل هجليج تم استخدام الطريقة الوزنية ومطياف الاشعة فوق البنفسجية والمرئية ومطياف الأشعة تحت الحمراء حيث أظهرت نتائج التحليل ان تحديد محتوي الزيت عن طريق مطياف الأشعة تحت الحمراء اكثر دقة من الطريقة الوزنية وطريقة مطياف الاشعة فوق البنفسجية والمرئية. وفقا لطريقة مطياف الأشعة تحت الحمراء فإن فعالية نظام المعالجة البيولوجية في إزالة محتوي الزيت وصلت الي 86.72%. أظهرت نتائج التحليل باستخدام طريقة كروماتوجرافيا الغاز ان معظم المركبات الهيدروكربونية التي تمت معالجتها بواسطة نظام المعالجة البيولوجية هي المركبات الهيدروكربونية التي تحتوي علي عشر ذرات كربون واحدي عشرة ذرة كربون بينما المركبات التي تحتوي علي عدد كبير من ذرات الكربون ( 22 ذرة الى 29 ذرة ) لم تتم معالجتها بيولوجياً. النتائج التجريبية للمياه المنتجة من حقل نيم اظهرت محتوي زيت منخفض و مستويات إشعاعية عالية ، وتركيز عال من المعادن الثقيلة مثل الرصاص والالمونيوم والكادميوم والفضة والتيتانيوم والباريوم وقيم عالية للعسر الكلي والقلوية والاملاح الكلية الذائبة و الموصلية الكهربائية ودرجة الحموضة والمواد الصلبة العالقة. وضع مؤشر تقييم المعادن الثقيلة المياه المنتجة من حقل نيم في مستوى عالي التلوث بينما تعتبر المياه المنتجة من حقل نيم وفقا لمؤشر تلوث المعادن الثقيلة بانها مياه ذات نوعية سيئة للغاية. وفقا لمؤشر جودة المياه (WAWQI) و (CCME WQI) تم تقييم جودة المياه المنتجة من حقل نيم بأنها فقيرة جدا وشبه فقيرة على التوالي. يعتبر تركيز المعادن الثقيلة في المياه المنتجة من حقل هجليج قبل نظام المعالجة البيولوجية ضمن الحد المسموح به وفقا لقوانين وزارة الطاقة والتعدين للتخلص من المياه المنتجة لتصبح وفقًا لمؤشر تقييم المعادن الثقيلة في مستوي منخفض من التلوث في حين ان القيم المرتفعة لنتائج تحليل الألمونبوم والخارصين والحديد والتيتانيوم نتيجة للتأثير التراكمي بسبب التبخر ادت الي خفض نوعية المياه المنتجة من حقل هجليج بعد نظام المعالجة البيلوجية لتصبح في مستوي متوسط من التلوث بالمعادن الثقيلة. وفقا لمؤشر جودة المياه (WAWQI) تم تقييم جودة المياه المنتجة من حقل هجليج بانها فقيرة جدا قبل نظام المعالجة البيولوجية وفقيرة بعد نظام المعالجة البيولوجية بسبب تراكيز محتوي الزيت وطلب الاكسجين الكيميائي والمواد الصلبة العالقة قد تأثرت بشكل كبير بنظام المعالجة البيلوجية.
  • Thumbnail Image
    Item
    Molecular Characterization of ApoE Gene Polymorphism and Biochemical Profile in Traumatic Brain Injury among Sudanese Patients with Head Injury
    (Neelain University, 2019-03) Salma Hussein Abdalla Elhassan
    Abstract Background: Traumatic brain injury (TBI) is defined as an alteration in brain function caused by an external force; it is responsible for high mortality around the world. Prognosis of patient’s outcome after TBI primarily incorporates clinical predictors, such as age, pupillary reactivity, motor score, and computerized tomography characteristics. S-100B proteins are one of the most recent biomarkers that aid in diagnosis and prognosis for individuals sustaining TBI. Apo lipoprotein E gene one of the genes associated with outcome from brain injury and plays a role in the transportation of lipids in cerebrospinal fluid, while also contributing to the maintenance of microtubules within neurons, and to the neural transmission itself. Objectives: this study aimed to detect the genetic polymorphisms in Apolipoprotein E and estimate serum S100 B protein level among Sudanese TBI patients as well as to identify the association of this polymorphism and the level of the S100 B protein with outcome after TBI. Material and methods: this is a cross-sectional study conducted at the National Center for Neurological Sciences, Khartoum, Sudan, during the period from October 2015 to October 2018. A structural questionnaire was designed to collect the demographic and clinical data concerning each participant. Biochemical tests including glucose, calcium and electrolytes and measurement of S-100 B by ELISA were conducted. CT image findings of each patient were recorded and the outcome of patients was determined using Glasgow Outcome Score (GOS). The genomic DNA was extracted from blood samples collected from the traumatic brain injury patients and controls, and then ApoE gene was amplified using polymerase chain reaction (PCR). Thereafter, 66 ApoE PCR products were sent for sequencing to Macrogen Europe Laboratory. The data were analyzed using SPSS version (21), with reference p. value of 5% (0.05) was considered to be statistically significant. The Frequencies were obtained for clinical data. The test of goodness of fit and the test of independence using chi-square were performed to test the biochemical variables. The sequencing results were analyzed using different bioinformatics soft wares and tools. The obtained sequences, aligned using BioEdit- ClustalW software with a normal sequence from GenBank retrieved from National Center of Biotechnology Information were examined for the presence of polymorphisms. Results: Two hundred and ten patients with traumatic brain injury and one hundred and fifty normal healthy individuals were selected as control. Males constituted 91.0 % of the study population. The most affected age group was 19-34 years (35.7%), followed by the age group 51-66 years (19.0%) (P = 0.000). There was a statistically significant association between blood glucose, sodium, calcium and the outcome of TBI. S-100 B protein was performed in 89 patients and the results indicated that 97.7% of the patients presented with S-100 B protein results more than 100 ng/L, and S-100 B protein was correlated with the CT findings, GCS, and GOS. The ApoE4 allele was detected in 93% of patients. The sequencing results showed that G>A substitution was detected in 16 of the samples constituting 24%, in addition, G>T (G138V) was found in 10.6% of the samples, A>G (K164R), was seen in 7.6%. Moreover, known mutations with registered numbers in the NCBI database (rs7412, rs773479792, rs779569800, rs868094551) were detected in our data. Polymorphic C>A was detected in 20% samples. The control samples were analyzed and confirmed using BLASTn data base, the result indicated that only 3 samples were matched ApoE reference sequence, only G>A substitution was detected within these samples. Conclusion: There was a strong association between hypernatremia and an increased rate of mortality in Sudanese patients with TBI. S- 100 B protein level was higher in patients with TBI and there was an association between S-100 B protein level>150 ng/L and outcome after TBI. Ninety three percent (93%) of the patients in our study were associated with ApoE4 allele. G138V and K164R were detected in SDH and brain edema; moreover, G138V was detected in HC, SAH, and axonal injury, while K164R was detected in epidural hemorrhage. All mutations of ApoE gene at exon 4 were detected only in patients with poor outcome. المستخلص الخلفية: الاصابات الدماغية الرضخية هي تغيير في وظائف الدماغ نتيجة لقوة خارجية وهي سبب رئيسي لارتفاع معدلات الوفاة في العالم،هناك مؤشرات مختلفةتؤثر على تطور المرض ،منها ماهو سريري كالعمرواستجابة حدقة العين للضوءومعدل الاستجابة الحركية وصور الاشعة المقطعية. في الأونة الأخيرة اكتشف بروتين اس 100 كأحد المؤشرات البيولوجية التي تساعد في تشخيص ومتابعة تطور حالات اصابات الدماغ . بالإضافة لذلك يتأثر تقدم الحالة في إصابات الدماغ الرضخية بالطفرات في الجين المسؤول عن تكوين البروتين الشحمي E والذي يلعب دورا في انتقال الدهون من والى سائل الدماغ الشوكي ويساهم في المحافظة على الأنابيب الدقيقة في الأعصاب و ايضا الحفاظ على الارسال العصبي . الهدف من الدراسة: اكتشاف التعدد الشكلي لجين البروتين الشحمي (E) والكشف عن مستوى البروتين S-100 ودراسة العلاقة بينهما وبين التطور التشخيصي للإصابات الدماغية الرضخية . طرق البحث: أجريت هذه الدراسة المستعرضة في المركز القومي لأمراض الجهاز العصبي في الفترة بين اكتوبر 2015 واكتوبر 2018 . صممت استبيانات لجمع البيانات الديموغرافية والسريرية للمرضى المشاركين في الدراسة. ثم اجريت فحوصات لقياس المحتوى الكيميائي والذي يشمل السكر و الكالسيوم والشوارد الكهربية . كما تم قياس مستوى بروتين (S-100) عن طريق الفحص الممتز المناعي المرتبط بالانزيم. كما سجلت نتائج فحوصات الأشعة المقطعية ومقياس غلاسكو للاستجابة للمرض. أخذت عينات من دم المصابين لاستخلاص الحمض النووي وعولجت بتفاعل سلسلة البوليمرات لاكتشاف جين البروتين الشحمي. وقورنت بعينات لأشخاص سليمين، ارسلت 66 عينة لمختبر مايكروجين لعرض التسلسل النكليوتيدي لجين البروتين الشحمي . حللت البيانات السريرية والكيموحيوية إحصائيا عن طريق برنامج الحزمة الإحصائية للعلوم الاجتماعية النسخة 21 مع اعتماد قيمة احتمال اقل اومساوي لخمسة في المائة معتمدة احصائيا. حللت البيانات الجينية بواسطة برامج تحليل المعلوماتية الحيوية.تمت دراسة العلاقة الإحصائية للمؤشرات السريرية والكيموحيوية والمناعية مع تطور التشخيص المرضي باختبار مربع كاي.اما التسلسل النيوكلوتيدي للجين فقد حلل ببرامج معلومات حيوية مختلفة كالتحرير الحيوي وكلوستال دبليو وتمت مقارنتها بعينات من بنك جينات المركز القومي للمعلومات التقنية الحيوية للكشف عن التعدد الشكلي للجين. النتائج: وجدت الدراسة في 210 شخص مصاب دماغيا و150 شخص سليم ان اغلب المصابين كانوا ذكور بنسبة 91%، من بين المصابين 35,7 % كانت اعمارهم تتراوح مابين 19 الى 34سنة نزولا الى 19% مابين 51-66 سنة باحتمال مصادفة صفر . كما وجدت علاقة ذات دلالة احصائية لسكر الدم والصوديوم والكالسيوم مع تطور المرض. تم فحص مستوى بروتين S-100 في 98 منالمصابين وكانت كميته اعلى من 100 نانوقرام لكل لتر بنسبة 97.7% وعلاقة معتمدة مع نتائج صور الأشعة المقطعية ومقياس غلاسكو للوعي ومقياس غلاسكو للحصيلة المرضية.