علوم - دكتوراة
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/511
Browse
Item Analaysis of the pyrolysis products of terminalia brownii wood(Al Neelain University, 206) Elmubarak Elsiddig ElaminTerminalia brownii wood is used by Sudanese women to impart characteristic smoky odour and brown colour to the skin by exposing bodies to the destructive distillation volatile products of the wood chips. objective of this study was to analyze the volatile products of the wood to the presence of any hazardous pyrolytic products, with special emphasis on polycyclic aromatic hydrocarbons that are known to be For this purpose air dry T.br0wnii wood chips obtained from the market were used. Elemental analysis of the wood showed that it is of carbon, hydrogen, oxygen and minor amounts of nitrogen and sulphur. pyrolysis experiments were carried out with three different methods. In the method comminuted wood was carbonized in the temperature interval 650°C) in an electrically heated retort oven. In the second method wood were pyrolyzed in a specially designed and made for this study galvanized retort heated by gas. In the third method powdered wood meal was pyrolyzed a modern analytical pyrolyzer directly coupled with a high-resolution chromatograph combined with a mass spectrometer providing a fast, as well temperature-programmed analytical pyrolysis The condensable pyrolysis products formed two layers, a lighter organic layer and a heavier tar layer. The characteristic smoky odour \ concentrated in the tar layer especially in the water distillate of the tar, while aqueous organic layer had a mild smoky odour.Some subfractions of aqueous organic layer had sweet odours. Some diesters of phthalic acid with higher alcohols were detected in neutral fractions of both layers obtained by the first two methods, while temperature-programmed analytical pyrolysis showed that these esters w found among the products obtained at temperature interval 250-270 “C. The presence of such esters among the pyrolysis products of lignocellulosic materials has not been reported in literature. The study confirmed the already stated in literature fact that slow methods result in numerous products compared to the fast pyrolysis probably due to side and recombination reactions accompanying the formei method. Such numerous products can not be satisfactorily separated by thir layer or column chromatography, but only by high-resolution ga chromatography combined with mass spectrometry. The presence of polycyclic aromatic hydrocarbons, although not detected can not be excluded since some of the unidentified high-molecular-weigh1 compounds had prominent parent ion peaks in their mass spectra, characteristic of such compounds.Item ANTIMICROBIAL ACTIVITY AND CHEMICAL CHARACTERIZATION OF DIFFERENT FLORAL ORIGIN HONEY(Al Neelain University, 2010) Mahasen Ahmed Wadi HassanABSTRACT Objective: To evaluate the chemical characterization and antimicrobial activity of different floral origin honey samples against a wide range of bacterial strains , and to verify the nature of the active substance (s) . Methodology: Thirty –two different honey samples collected from different countries (raw and commercial honey ) were tested in vitro for antibacterial activity of standard and clinical isolates using cup plate diffusion technique . The same clinical isolates were tested in vitro for some antibiotics sensitivity. Different honey concentrations, ethyl acetate extracts and water residue were assessed in vitro for antibacterial activity . Topical dressing of cutaneous leishmaniasis of 25 hamsters with natural honey was compared with other 25 group treated by Pentostam injection. Extraction of honey was carried out by petroleum ether and ethyl acetate. The extracts were subjected to thin layer chromatography Ethyl acetate extracts were analyzed by HPLC and GC-MS for chemical Characterization to fingerprint honey samples according to their floral origin . 10 Results: All bacterial strains exhibited marked sensitivity to honey samples, even the most resistant bacterial strains to the commonly used antibiotics –MRSA and Pseudomonas spp. The clinical isolates showed remarkable resistance to the most antibiotics tested. Different honey concentrations inhibited bacterial growth even at low dilution 10%. Ethyl acetate extracts exhibited strong antibacterial activity while it is water residue showed no activity. Honey was found to be an effective treatment for the cutaneous leishmaniasis induced in hamsters as compared with control group which was treated by Pentostam injection. TLC of honey extracst resulted in different terpenoids and phenolic compounds. Analysis of honey samples by using HPLC and GC-MS revealed different phenolic compounds correlated with their botanical and geographical origin . Different honey samples showed different compounds according to their floral origin . Natural and commercial honeys samples exhibited potent antibacterial. Conclusion: The findings of the current study suggests that honey would be beneficial to control resistant bacterial strains without side effects. The active 11 fractions ( antibacterial of honey ) may be a valuable source of future therapeutic. Effectiveness of honey dressing in treatment of leishmanial ulcers gives a promising trend in controlling such cases. GC-MS profile reflect the floral source , and forms a basis of an attempt to fingerprint honey samples . Much of the effectiveness of honey as antibacterial activity was attributed to phenolics flavonoids, some of the volatile compounds , hydrogen peroxide normally present in honey due to the effect of some enzyme, the natural concentration and hygroscopic nature of honey, plus the cidic pH of honey . Honey can be used as a natural product without side effects . 12 مستخلص ا الأطروحة الأهداف : الهدف من دراسة البحث تقييم و تمييزأنواع عسل النحل المختلفة : الصفات الكيميائية والخصائص المضادة لنمو أنواع مختلفة من سلالات الباكتيريا المخبرية و السلالات الإكلينكية المعزولة من مرضى. و التعرف على طبيعة المادة الفعالة المضادة لنمو البكتيريا. طرق البحث : جمعت لهذه الدراسة 32 عينة عسل من مختلف أقطار العالم من عسل طبيعى من المناحل و عسل تجارى بأسماء ماركات عالمية بغرض معرفة خصائصه العلاجيه. أجريت الدراسات الميكروبيولوجية مخبريا لمعرفة تأثير عسل النحل على نموأنواع مختلفة من الباكتيريا المختبرية والإكلينكية المعزولة من المرضى و إستخدمت الأوساط الغذائيه المزروعة بالباكتيريا لمعرفة حساسيتها نحو عينات العسل المختلفه . وتم إختبار نفس المعزولات الباكتيريه لمعرفة حساسيتها لبعض المضادات الحيوية الشائعة الإستعمال. إستخدم العسل موضعيا علي تقرحات مرض اللشمانيا الجلدية المحدثة علي 25 من حيوانات التجارب - الهامستر – وتم علاج 25 من نفس الحيوانات بحقن البنتوستام. إشتملت الدراسات الكيمائية على إستخدام مستخلص الأثير البترولى و الإيثال أستيت على كروماتوغرافية الشرائح الرقيقة . و كذلك إستخدم جهاز الكروماتوغرافى ذو الأداء العالى للكشف عن مركبات الفينول الموجودة فى أنواع العسل المختلفة. تم تحليل خلاصة الإيثال أستيت بواسطة التحليل الكروماتوغرافى الغازى المقترن بمطياف - GC-MS النتائج : وجد أن جميع عينات العسل المختبرة أحدثت تأثيرا مثبطا على نمو كل أنواع البكتيريا المختبرية . أثبتت المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثاثلين حساسيتها لعينات العسل المختلفة حسب مصدر العينات الجغرافى والنباتى , حيث تعتبر هذه البكتيريا من الأحياء الدقيقة التى تهدد حياة الإنسان لمقاومتها لمجموعة من المضادات الحيوية المستخدمة . و أظهرت السلالات الإكلينكية مقاومة واضحة للمضادات الحيوية شائعة الإستعمال. لقياس أقل تركيز للعسل مثبط لنمو الباكتريا , أثبتت النتائج حساسية الباكتيريا لأقل تركيز 10% . مستخلص الإيثال أستيت أحدث مفعول مثبط قوى تجاه الباكتيريا المختبرية فى حين لم يظهر المتبقى المائى منه على تأثير مثبط . وعند استخدام العسل موضعيا علي تقرحات مرض اللشمانيا المحدثة علي حيوانات التجارب من الهامستر وجد أن التقرحات التي عولجت موضعيا بالعسل تماثلت للشفاء من نظافة القرحة و خلوها من طفيل اللشمانيا عند أخذ عينة وفحصها مخبريا وظهــر النسيج الحبيبي دليل علي خلو التقرحات من الطفيل و الالتهابات البكتيرية مقارنة مع التقرحات التي عولجت بحقن بنتوستام المضاد لطفيل اللشمانيا . اشتملت الدراسات الكيمائية علي استخدام مستخلص الاثير البترولي والايثال أستيت علي كروماتوغرافية الشرائح الرقيقة وظهرت مركبات عديدة من التربينات و الفينولات. و كذلك استخدم جهاز الكروماتوغرافى ذو الأداء العالي للتعرف علي مركبات الفينولHPLC الموجودة في أنواع العسل المختلفة ونتج وجود مركبات لها نفس الأداء الفينولي كروماتوغرافيا . و تم تحليل خلاصة الايثال استيت بواسطة التحليل الكروماتوجرافي الغازي المقترن بمطياف الكتلة GC -MS و أشارت التحليل الكروماتوغرافي علي وجود عدد أكبر من المركبات المختلفة واغلبها مركبات ذات طبيعة فينولية وأحماض دهنية وتميزت كل عينة بمركبات كيمائية مختلفة ونسب متفاوتة. ويتضح أن لكل عينة عسل صفاتها و مميزاتها من رائحة ولون و قوام حسب مكونات المواد الطيارة و الغير طيارة . وترجع فعالية العسل غالبا ضد نمو أنواع الباكتيريا لتأثير المواد الفينويلية مع احتمال تأثير بعض المواد الأخرى- كتأثير الماء الأوكسجيني والموجود أصلا في العسل نتاج تأثير بعض الإنزيمات – و تركيز العسل العالي وتأثيره الحمضي. الخلاصة : أظهرت النتائج إن عسل النحل فعال فى القضاء على أنواع البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية دون أى تأثير جانبى .المستخلص من عسل النحل ( إيثال إسيتيت ) له فعا لية علاجية فى مستقبل الطب البديل . إستجابة علاج تقرحات اللشمانيا الجلديه بعسل النحل تعطى أملا للعلاج بعسل النحل الموضعى مما يساعد فى التخلص من تقرحات اللشمانيا الجلديه فى خلال فترة قصيرة. التحليل الكيميائى لعسل النحل بواسطة التحليل الكروماتوغرافى الغازى المقترن بمطياف الكتلة يعكس المصدر النباتى والجغرافى مما يساعد على تكوين قاعدة بيانات وبصمات خاصة لكل عينة عسل. وترجع فعالية العسل غالبا ضد نمو أنواع البكتيريا المختلفة لتأثير مجموعة من العوامل منها تأثير المواد الفينيولية , المواد الطيارة , الماء الأوكسجينى الموجود أصلا فى العسل نتاج تأثير بعض الإنزيمات و تركيز العسل الطبيعى و تأثيره الحمضىItem ASSESSMENT OF THE ROLE OF GLUTATHIONE S-TRANSFERASE M1 & T1 NULL GENOTYPES IN THE DEVELOPMENT OF LEUKEMIA IN SUDAN(2015-10) AISHA OMER ABD ELGADER ALIAbstract Background: Most of the human (xenobiotics) metabolizing enzymes are genetically polymorphic, those polymorphisms may affect the enzyme activity and individual sensitivity to the environmental carcinogens, which may have importance in the processes of carcinogenesis. Objective: This case-control study aimed to assess the role of gene deletion in Glutathione- S Transferases GSTM1 and GSTT1 in the development of leukemia in Sudan. Methods: The study included 40 leukemia cases and 40 apparently healthy controls, demographic characteristics were completed by a standardized questionnaire. DNA was extracted from blood using salting out method. GSTM1 and GSTT1 genotypes were detected using conventional multiplex PCR technique. Results: The results revealed that, the frequency of the GSTM1*0 null genotype was found to be 37.5% in patients and 30% in the control group (OR =0.7143, P=0.478), while the frequency of the GSTT1*0 null genotype was found to be 40% in patients and only 22.5% in the controls (OR =0.8438 p = 0.7472). The combined effect GSTM1/GSTT1 null genotypes showed no association with the development of leukemia (OR =2.20 p = 0.2184) but the frequency of the GSTT1*0 null alone occurred with high percentage (47%) in CML. Conclusion: The GSTM1 and GSTT1 gene deletion may not associate with the increase risk of leukemia in Sudan, although the influence of GSTT1*0 null genotype seems to contribute to the developing of chronic myeloid leukemia. ملخص البحث مقدمة:معظم الإنزيمات الزائلة للسموم في الإنسان لها تباين وراثي, وهذه التباينات قد تؤثر في النشاط الإنزيمي وحساسية الشخص تجاه المواد البيئية المسرطنة, مما قد يجعل لها أهميه في عمليه التسرطن. الهدف:هدفت الدراسة لتقييم اثر الحذف الجيني في الإنزيم الناقل للقلوتاثايون س م1 وت1 في تطور سرطان كريات الدم البيضاء في السودان خطه الدراسة:عبارة عن دراسة الحالات مقارنه بالمجموعة الضابطة شملت 40حالة مصابه بسرطان كريات الدم البيضاء مقارنه مع 40 حالة سليمة كمجوعة ضابطة من السكان السودانيين. تم كشف الطراز الوراثي للإنزيم الناقل للقلوتاثايون س م1 و1ت عن طريق استخدام التفاعل العادي للسلسلة المتبلمر المتعدد. النتائج: في هذه الدراسة لوحظ أن الحذف الجيني في الطراز الوراثي للإنزيم الناقل للقلوتاثايون س م1 وجد بنسبه 37% في المصابين وبنسبة 30% في المجموعة الضابطة (النسبة الغريبة=0,7143 p=0,478 ) كذلك وجد الحذف الجيني في الطراز الوراثي للإنزيم الناقل للقلوتاثايون س ت1 بنسبة 40%من المصابين و22%من المجموعة الضابطة (النسبة الغريبة=0,8438 P=0,7472 ).ولكن معدل الحذف الجيني في الطراز الوراثي للإنزيم الناقل للقلوتاثايون س ت1 حدث بنسبه عاليه (47%) في سرطان النخاع المزمن. أظهرت الدراسة عدم وجود علاقة بين الحذف الجيني في الإنزيم الناقل للقلوتاثايون س م1 وت1وتطور سرطان الدم, (النسبة الغريبة 2,20P= 0,2184). الخلاصة:تقترح النتائج انه قد لا توجد علاقة ارتباط بين الحذف الجيني في الإنزيم الناقل للقلوتاثايون س م1 وت1 و تطور سرطان كريات الدم البيضاء في السودان , ولكن قد يساهم اثر الحذف الجيني في الإنزيم الناقل للقلوتاثايون س ,ت1 في تطور سرطان النخاع المزمن.Item Bacteriological and Biochemical Studies of Fresh and Stored Camel Meat in Sudan(AL-Neelain University, 2016) Manal Omar Mohammed Abd ElgadirABSTRACT This study was carried out to evaluate the effect of bacterial contamination, muscle type, chilling and freezing time on the quality of camel meat (Camelus dromedaries). For this purpose samples (swabs and meat) were collected from Al Salam slaughter house from three sites of carcasses: neck, longissimus back and thigh muscles. All samples were put in crushed ice and transferred in an ice box to the Laboratory, Faculty of Agricultural Technology and Fish Science, University of Al Neelain. Samples were divided into three portions. One was fresh meat, the second was stored at temperature (40 C) for 4, 8, 12, 16, 20, 24 and 28 days, and the third was stored at freezing temperature (-100 C) for 1, 2, 3, 4, 5 and 6 weeks. Microbiological analysis, proximate chemical composition analysis and biochemical analysis were done. The different variances data were analyzed using SPSS (General Lenear Model) with Duncan multiple range test, at P = 0.05. In the present study the number of colony forming units (CFUs) and total Coliforms count of bacteria in neck, back and thigh muscle showed significant increase during cold storage time (40 C). While during frozen storage time the CFUs decreased significantly. A total of eight organisms were isolated from camel meat in this study and the isolated bacteria were E.coli (93.33%) followed by Citrobacter spp. (88.89%), Staphylococcus saprophyticus (75.56%), Proteus spp. (71.11%), Enterobacter spp. (66.67%), Pseudomonas spp. (55.56%), Staphylococcus aureus (46.67%) and Klebsiella spp. (40%). The mean of colony forming units (CFUs) cfu/cm2 and Coliform count cfu/cm2 in the surface of neck back and thigh muscles during slaughtering process showed lowest values after skinning process and the highest values was recorded after washing process. Also in this study seven types of bacteria were isolated from the hide, floor, hands, knifes and water during the different slaughtering process and they were S. aureus, E.coli ,Citrobacter spp., Enterobacter spp., Proteus spp., Pseudomonas spp and Klepsiella spp. The proximate analysis showed that the moisture content, crude protein and fat content of neck, back and thigh muscle of camel during cold (40C) and frozen storage (-100C) were decreased significantly over storage time (P<0.0). Ash content also decreased none significantly (P> 0.05) during cold and frozen storage time. Total volatile nitrogen (TVN) of neck, back and thigh muscles increased significantly during cold and frozen storage period. The pH of the three muscles decreased significantly (P<0.05) in the first 12 days of cold storage time (40C) then increased significantly after that time. But in frozen storage showed significant decrease after the first week and then after that increased non significantly (P>0.05). Water holding capacity (WHC) percentage increased non significantly (P>0.05) in the first 8 days and then decreased significantly (P<0.05) after 20 days of cold storage time. WHC values decreased significantly (P<0.05) with the frozen storage time. Cooking loss (%) of the three muscles decreased in the first 16 days and then increased significantly over cold storage time Also cooking loss increased significantly (P<0.05) after 6 weeks of frozen storage time. Peroxide values and Acid value of the neck, back and thigh muscles increased significantly during cold storage time and with non significant increase during frozen storage time. It could be concluded that cold storage time and freezing period have significantly affected camel meat quality, and the frozen storage is best preservation methods compared to cold storage. The main sources of contamination of carcasses were floor of slaughter house, knifes, animal skins, hands of workers, viscera, washing water and washing methods. Arabic abstract ملخص الدراسة أجريت هذه الدراسة لتقييم اثر التلوث، نوع العضلة، زمن الحفظ بالتبريد وزمن الحفظ بالتجميد على جودة لحوم الإبل. ولهذا الغرض جمعت العينات (مسحات وعينات لحم) من مسلخ السلام بولاية الخرطوم - محلية امدرمان- من ثلاث مناطق مختلفة من جسم الذبيحة هي: عضلة العنق، العضلة الظهرية و عضلة الفخذ. وتم نقل العينات في حافظة بها مكعبات من الثلج إلي معامل كلية التقانة الزراعية وعلوم الأسماك – جامعة النيلين. قسمت العينات إلي ثلاث أجزاء: الجزء الأول عينات لحم طازجة، الجزء الثاني تم حفظه في درجة حرارة (4 0م تبريد) لمدة 4، 8، 12، 16، 20، 24 و 28 أيام. أما الجزء الثالث فقد تم حفظه في درجة حرارة (-10 0م تجميد) لمدة 1، 2، 3، 4، 5 و6 أسابيع. أجريت التحاليل الميكروبية، التحاليل التقريبية للمكونات الكيميائية والتحاليل البيوكيميائية علي جميع العينات ثم قورنت الفوارق بين العوامل باستخدام اختبار دانكن تحت مستوى معنوية 5% بمساعدة برنامج التحليل الإحصائي SPSS. أظهرت النتائج في هذه الدراسة أن عدد وحدات البكتريا المكونة للمستعمرات وكذلك العدد الكلي لبكتريا القولون في الثلاث عضلات زاد معنوياً مع زيادة زمن التبريد وقل معنويا مع زيادة زمن التجميد. كما تم عزل 8 أنواع من البكتريا من لحوم الإبل وهي: E.coli (93.33%) Citrobacter spp. (88.89%), Staphylococcus saprophyticus (75.56%), Proteus spp. (71.11%), Enterobacter spp. (66.67%), Pseudomonas spp. (55.56%), Staphylococcus aureus (46.67%) and Klebsiella spp. (40%) . أظهرت الدراسة أن اقل قيمة لوحدات البكتريا المكونة للمستعمرات ولبكتريا القولون في السم2 من سطح الذبيحة كان بعد عملية السلخ بينما أعلى معدل كان بعد عملية الغسيل. كما تمItem Chemical Investigation of Datura metel L. Leaf Extracts and Assessment of their Antibacterial and Antiproliferative activities(2017) Adam Ibrahim Ahmed OsmanABSTRACT Search for potential antimicrobial agents is one of the several attempts to find effective and affordable ways to control microbial diseases. The aim of the present study is to screen for phytoconstituents and assess the antimicrobial activity of leaf hexane, chloroform, ethyl acetate and aqueous extracts of Datura metel /L. (Solanaceae) growing in Sudan. Four pathogenic bacteria were tested, namely: Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli, by using Agar well diffusion method and three concentrations (0.25, 0.50 and 1 mg/mL) of each extract were used. Phytochemical screening of the leaves revealed the presence of alkaloids, terpenoids and steroids, flavonoid, phenolic compounds and tannins. The tested bacteria were most susceptible to the leaf aqueous extract and resistant to the hexane leaf extract. The concentration of 1 mg/mL aqueous leaf extract, showed 21 mm zone of inhibition against E. coli and only 4 mm zone of inhibition against K. pneumoniae, while the same concentration of ethyl acetate leaf extract showed 17 mm zone of inhibition against E. coli. The antibacterial activity of the tested extracts may be due to one or more of the detected phytoconstituents in the leaves of D. metel. Further investigations were carried out to assess the antiproliferative activities of D. metel leaf, stem and root extracts prepared by maceration with methanol/ chloroform (1:1). The bio-guided investigations were performed by hyphenated techniques GC-MS and HPLC-TOF/MS. The GC-MS analysis of leaf, stem and root extracts revealed the presence of antiproliferative compounds, which was confirmed by HPLC-TOF/MS studies as source of saturated and unsaturated fatty acids. ملخص البحث Arabic Abstract البحث عن العوامل المضادة المحتملة للميكروبات وهي واحدة من عدة محاولات لإيجاد طرق فعالة وسهلة غير معقدة للسيطرة على الأمراض التي تسببها الميكروبات. والهدف من هذه الدراسة هو التقصي وتحليل المكونات وتقييم النشاط المضاد للميكروبات باستخدام المذيبات العضوية المختلفة الهكسان، الكلوروفورم، خلات الإيثيل والمستخلصات المائية لأوراق نبات الداتورة ميتيل التي تندرج تحت العائلة (الخبازية) وتنمو في السودان. تم اختبار أربع انواع للبكتريا المسببة للأمراض وهي: المكورات العنقودية الذهبية، الكليبسيلة الرئوية، الزائفة الزنجارية والإشريكية القولونية، باستخدام طريقة آجار بشكل جيد وثلاثة تركيزات مختلفة (0.25، 0.50 و 1 مغ / مل) استخدمت مع كل مستخلص. كشف التحليل الكيميائي للأوراق عن وجود قلويدات، تربينويدات وستيرويدات، فلافونويد، مركبات الفينول والعفص. وكانت المثانول المائي لمستخلص الأوراق أكثر تثبيطا للبكتيريا المختبرة ومقاومة لمستخلص الأوراق من الهكسان. اظهر تركيز مستخلص الأوراق للمثانول المائي 1 ملغم / مل منطقة تثبيط 21 ملم ضد E. كولاي و 4 مم فقط تثبيط المنطقة ضد K. بنيومونياي، في حين اظهر نفس تركيز لمستخلص الأوراق من خلات الايثيل 17 ملم منطقة تثبيط ضد E. القولونية. النشاط المضاد للبكتيريا من المستخلصات المختبرة قد يكون واحدة أو أكثر من المكونات الكيميائية التي تم التعرف عليها في أوراق نبات الداتورة ميتيل. أجريت المزيد من التحقيقات لتقييم الأنشطة المضادة لثبيط نمو الخلايا التكاثري من مستخلص الأوراق ، الساق والجذور لنبات الداتورة ميتل التي تم تحضيرها بعملية التنقيع في خليط من الميثانول / الكلوروفورم بنسبة (1: 1) وقد أجريت التحليل باستخدام تقنيه متطورة، كروماتوغرافيا الغاز المزدوج مع جهاز طيف الكتلة وكروماتوغرافيا الفصل الدقيق للمركبات مع استخدام طريقة فصل العمود الكروماتوغرافي لمعرفة مكونات الأوراق ، الساق والجذور موضع الدراسة وتنقيتها والنشاط البيولوجي المضادة للسرطان. الدراسات الموجهة بيولوجيا من مستخلص نبات الداتورا لديها أنشطة مضادة لتكاثر الخلايا ومصدر غني للأحماض الدهنية المشبعة وغير المشبعة.Item Comparative Study of Endocrine Glands Regulate Growth and Reproduction of Fin-Fish(Synodontis schall) with the Higher Vertebrates :Domestic Chicken (Gallus domesticus( and Wistar Rat (Rattus nervigus).(2016) Nadia Hussian Elzaki ElhajABSTRACT 60 R. nervigus and 30G. domesticus , and 120 S. schall mature and/ or immature. Freshly caught fish brought from Al mourada fish market at western Khartoum center. Immature chicken of White leghorn strain brought to laboratory from “Coral” Farm Khartoum, while mature ones bought from animal dealer at the local poultry market. Wistar rats bred in the laboratories of the Department of Biology and Biological technology, Faculty of Science and Technology, Al Neelain University. The living fishes transferred in tanks to the laboratory and kept in glass aquaria aided with aerators The aim of the present studies was to carry out on comparative investigation of endocrine glands of S. schall to other ones. The results showed that the glands which found in the higher target vertebrates present in the S. schall, but there were glands present only in S. schall such as ultimobranchial and corpuscles of stannius. In S. schall some of endocrine glands different for their locations, such as thyroid gland and adrenal glands. The pituitary gland in S. schall locality, anatomically found to be similar compared to others, that it is situated on the ventral side of the brain below the hypothalamus,. Whereas distributions of its type of cells differences. As for the effects of P.G.H. of S. schall on immature males and females R. nervigus. PGH of S. schall led to induced growth in weights(g.) and length(cm) of R. nervigus for both sex for single dose(0.26g/ml),but double doses(0.52g/m) caused reduction in growth for two sex. For its effect on growth in weights(g.) and length(cm) of G. domesticus significantly lower compared to R. nervigus. As for tibias width test treated G. domesticus with PGH of S. schall resulted positive for growth tibias for treated groups compared to control. Treated R. nervigus and G. domesticus with PGH of S. schall for increase concentration of thyroid hormones in the sera recorded positive results (P<0.05) compared with control groups that for two sex. As for induced sexual maturation of immature males and females of R. nervigus. The PGH of S. schall resulted in significant effects presented by changes in gonads weights as well as anatomical and histological progression. The concentration levels of sex hormones (testosterone& progesterone) in sera of rats using ELISA, DAS ELISA plate reader used confirmed the positive effects. PGH of S. schall effect no significant results for induced sexual maturation of immature males and females of G. domesticus The PGH of S. schall resulted no significant effects presented by changes in gonads weights as well as anatomical and histological progression . The concentration levels of sex hormones(testosterone and progesterone)in sera of G. domesticus using ELISA, DAS ELISA plate reader used confirmed the negative effects these results relieved weak resemblance related to phylogeny relationship to fish. Results indicated a strong -cross identity or near identity between the vertebrates studied. Two methods of Immunodiffusion were used: double diffusion precipitation and ring test. Ring test precipitin reactions showed positive cross- reactions between pituitary homogenate of all the experimental animals against rabbit antiserum to PGH of S. schall indicated that these vertebrates immunologically identical. Moreover, this nearness was varied among the group. A clear and strong cross-reactions were between antiserum of fish pituitary homogenate and that of rats reflecting a positive and strong resemblance to the genetically make up of the two vertebrate classes, Pisces and Mammalian that restored during their evolution. The avian inter-correlation was unexpectedly weak with fish. ملخص الدراسة أجريت هذه الدراسة على مائة وعشرون من الأسماك العظمية shall S و ستـون من الجــرذان R. nervigus وثلاثون من الدجاج المنزلي domesticus . ناضجة وغير ناضجة. جمعت الأسماك الناضجة من منطقة الموردة غرب الخرطوم والدجاج المنزلي الناضج من أسواق الدجاج المنزلي بالخرطوم ,احضر الدجاج الغير ناضج من مزارع كورال بمنطقة الخرطوم بينما تمت تربية الجرذان بمعامل جامعة النيلين بقسم الأحياء والتقنيات الإحيائية وحفظت الأسماك داخل أحواض زجاجية مزودة بالأكسجين وذلك بهدف مقارنة جهاز الغدد الصماء في الأسماك العظمية بالفقاريات العليا موضع الدراسة ودراسة تأثير تحقين خلاصة الغدة لسمك القرقور على نمو وخصوبة الحيوانات المستهدفة بالدراسة.بالإضافة إلى دراسة تقارب النشوء والتطور بهذه الحيوانات باستخدام اختبارات مناعية مثل double diffusion precipitation و. ring test. أظهرت الدراسة و جود الغدد الصماء بالحيوانات موضع الدراسة غير أن بعضها خاص بسمكة القرقور مثل غدتا ultimobranchial و corpuscles of stannius بالإضافة إلى وجود غدد بالأسماك تتشابه تركيبيا وتشريحيا غير إنها مختلفة موضعيا مثل الغدة الكظرية والغدة الدرقية. تتشابه الغدة النخامية لـ.S. schall موضعيا وتركيبيا في أنواع الحيوانات التي أجريت عليها الدراسة وتختلف تشريحيا. تمت دراسة تأثير تحقين خلاصة الغدة النخامية لـ S. schall علي نمو وخصوبة الحيوانات موضع الدراسة. أثبتت النتائـج التأثيـر الايجابـي للجرعات الأحادية والمضاعفــة على زيـادة نمـو الجـرذان R. nervigus حيث أظهرت فروقات معنوية p<0.05 بالجنسين مقارنة بالمجموعات غير المعاملة، بينما كان لها تأثيرا اقل على نمو G. domesticus مقارنة بالجرذان. تم دراسة تأثير خلاصة الغدة النخامية لسمك القرقور S. schall على نمـو العظـــم epiphyseal tibias بالدجاج المنزلي حيث سجلت النتائج فروقات ايجابية بين الحيوانات المعاملة مقارنة بغيرها . تمت دراسة تأثير خلاصة الغدة النخامية لسمك القرقور S. schall. على تراكيز هرمونات الغدة الدرقية بسيرم الحيوانات تحت الدراسة حيث أدى تحقينها لكل من R. nervigus و G. domesticus إلى رفع مستويات تراكيزهرمونات الغدة الدرقية لكل وذلك متوافقا مع التغيير التشريحي بمقاطع الغدة الدرقية لـR. nervigus . كمــا أظهــرت النتائــــج التأثيــــر الفعـال لخلاصــة الغــدة النخاميـــة لـ S. Schall علــي خصوبــــــــة nervigus R.وتضمن التأثير زيادة نمو الغدد التناسلية للجنسين ونتج عنها تغيرات مورفولوجية وتشريحية ورفع مستوى تركيز الهرمونات الجنسية (البروجستيرون والتستوستيرون) بسيرم الحيوانات المعاملة مقارنة بالمجموعات غير المعاملة. أما بالنسبة لتأثيرها على خصوبة G. domesticus فقد أظهرت النتائج بعدم وجود تغيرات واضحة في نمو الغدد التناسلية وما تبع ذلك من تغيرات مورفولوجية وتشريحية ضعيفة بالجنسين مقارنة بالمجموعات غير المعاملة. أجريت دراسة تأثيرها علي تراكيز الهرمونات الجنسية بسيرم G. domesticus حيث لم يظهر أي فروقات معنوية p>0.05 على مستوى تراكيز الهرمونات الجنسية البروجستيرون والتستوستيرون. تمت دراسة مقارنة خلاصة الغدة النخامية للحيوانات موضوع الدراسة وذلك باستخدام immune-identity test و precipitin test حيث أظهرت الدراسة ردود الفعل الايجابية بين خلاصة الغدة النخامية من S. schall من جميع الحيوانات التجريبية ضد مصل أرنب مضاد لـ PGH من S. schall وجد أن هذه الفقاريات متطابقة مناعيا وعلاوة على ذلك قد تختلف هذه القرابة بين المجموعة كانت واضحة وقوية عبر التفاعلات بين المصل وخلاصة الغدة النخامية للأسماك والجرذان أظهرت تشابه قوى بينما كان ارتباط الطيور ضعيفا بشكل غير متوقع مع السمك مما يدل علي تقارب النشوء والتطور للثدييات والأسماك والبعد التطوري عن الطيور.Item Comparative Study of Endocrine Glands Regulate Growth and Reproduction of Fin-Fish(Synodontis schall) with the Higher Vertebrates :Domestic Chicken (Gallus domesticus( and Wistar Rat (Rattus nervigus).(AL-Neelain University, 2016-05) Nadia Hussian Elzaki ElhajABSTRACT 60 R. nervigus and 30G. domesticus , and 120 S. schall mature and/ or immature. Freshly caught fish brought from Al mourada fish market at western Khartoum center. Immature chicken of White leghorn strain brought to laboratory from “Coral” Farm Khartoum, while mature ones bought from animal dealer at the local poultry market. Wistar rats bred in the laboratories of the Department of Biology and Biological technology, Faculty of Science and Technology, Al Neelain University. The living fishes transferred in tanks to the laboratory and kept in glass aquaria aided with aerators The aim of the present studies was to carry out on comparative investigation of endocrine glands of S. schall to other ones. The results showed that the glands which found in the higher target vertebrates present in the S. schall, but there were glands present only in S. schall such as ultimobranchial and corpuscles of stannius. In S. schall some of endocrine glands different for their locations, such as thyroid gland and adrenal glands. The pituitary gland in S. schall locality, anatomically found to be similar compared to others, that it is situated on the ventral side of the brain below the hypothalamus,. Whereas distributions of its type of cells differences. As for the effects of P.G.H. of S. schall on immature males and females R. nervigus. PGH of S. schall led to induced growth in weights(g.) and length(cm) of R. nervigus for both sex for single dose(0.26g/ml),but double doses(0.52g/m) caused reduction in growth for two sex. For its effect on growth in weights(g.) and length(cm) of G. domesticus significantly lower compared to R. nervigus. As for tibias width test treated G. domesticus with PGH of S. schall resulted positive for growth tibias for treated groups compared to control. Treated R. nervigus and G. domesticus with PGH of S. schall for increase concentration of thyroid hormones in the sera recorded positive results (P<0.05) compared with control groups that for two sex. As for induced sexual maturation of immature males and females of R. nervigus. The PGH of S. schall resulted in significant effects presented by changes in gonads weights as well as anatomical and histological progression. The concentration levels of sex hormones (testosterone& progesterone) in sera of rats using ELISA, DAS ELISA plate reader used confirmed the positive effects. PGH of S. schall effect no significant results for induced sexual maturation of immature males and females of G. domesticus The PGH of S. schall resulted no significant effects presented by changes in gonads weights as well as anatomical and histological progression . The concentration levels of sex hormones(testosterone and progesterone)in sera of G. domesticus using ELISA, DAS ELISA plate reader used confirmed the negative effects these results relieved weak resemblance related to phylogeny relationship to fish. Results indicated a strong -cross identity or near identity between the vertebrates studied. Two methods of Immunodiffusion were used: double diffusion precipitation and ring test. Ring test precipitin reactions showed positive cross- reactions between pituitary homogenate of all the experimental animals against rabbit antiserum to PGH of S. schall indicated that these vertebrates immunologically identical. Moreover, this nearness was varied among the group. A clear and strong cross-reactions were between antiserum of fish pituitary homogenate and that of rats reflecting a positive and strong resemblance to the genetically make up of the two vertebrate classes, Pisces and Mammalian that restored during their evolution. The avian inter-correlation was unexpectedly weak with fish. ملخص الدراسة أجريت هذه الدراسة على مائة وعشرون من الأسماك العظمية shall S و ستـون من الجــرذان R. nervigus وثلاثون من الدجاج المنزلي domesticus . ناضجة وغير ناضجة. جمعت الأسماك الناضجة من منطقة الموردة غرب الخرطوم والدجاج المنزلي الناضج من أسواق الدجاج المنزلي بالخرطوم ,احضر الدجاج الغير ناضج من مزارع كورال بمنطقة الخرطوم بينما تمت تربية الجرذان بمعامل جامعة النيلين بقسم الأحياء والتقنيات الإحيائية وحفظت الأسماك داخل أحواض زجاجية مزودة بالأكسجين وذلك بهدف مقارنة جهاز الغدد الصماء في الأسماك العظمية بالفقاريات العليا موضع الدراسة ودراسة تأثير تحقين خلاصة الغدة لسمك القرقور على نمو وخصوبة الحيوانات المستهدفة بالدراسة.بالإضافة إلى دراسة تقارب النشوء والتطور بهذه الحيوانات باستخدام اختبارات مناعية مثل double diffusion precipitation و. ring test. أظهرت الدراسة و جود الغدد الصماء بالحيوانات موضع الدراسة غير أن بعضها خاص بسمكة القرقور مثل غدتا ultimobranchial و corpuscles of stannius بالإضافة إلى وجود غدد بالأسماك تتشابه تركيبيا وتشريحيا غير إنها مختلفة موضعيا مثل الغدة الكظرية والغدة الدرقية. تتشابه الغدة النخامية لـ.S. schall موضعيا وتركيبيا في أنواع الحيوانات التي أجريت عليها الدراسة وتختلف تشريحيا. تمت دراسة تأثير تحقين خلاصة الغدة النخامية لـ S. schall علي نمو وخصوبة الحيوانات موضع الدراسة. أثبتت النتائـج التأثيـر الايجابـي للجرعات الأحادية والمضاعفــة على زيـادة نمـو الجـرذان R. nervigus حيث أظهرت فروقات معنوية p<0.05 بالجنسين مقارنة بالمجموعات غير المعاملة، بينما كان لها تأثيرا اقل على نمو G. domesticus مقارنة بالجرذان. تم دراسة تأثير خلاصة الغدة النخامية لسمك القرقور S. schall على نمـو العظـــم epiphyseal tibias بالدجاج المنزلي حيث سجلت النتائج فروقات ايجابية بين الحيوانات المعاملة مقارنة بغيرها . تمت دراسة تأثير خلاصة الغدة النخامية لسمك القرقور S. schall. على تراكيز هرمونات الغدة الدرقية بسيرم الحيوانات تحت الدراسة حيث أدى تحقينها لكل من R. nervigus و G. domesticus إلى رفع مستويات تراكيزهرمونات الغدة الدرقية لكل وذلك متوافقا مع التغيير التشريحي بمقاطع الغدة الدرقية لـR. nervigus . كمــا أظهــرت النتائــــج التأثيــــر الفعـال لخلاصــة الغــدة النخاميـــة لـ S. Schall علــي خصوبــــــــة nervigus R.وتضمن التأثير زيادة نمو الغدد التناسلية للجنسين ونتج عنها تغيرات مورفولوجية وتشريحية ورفع مستوى تركيز الهرمونات الجنسية (البروجستيرون والتستوستيرون) بسيرم الحيوانات المعاملة مقارنة بالمجموعات غير المعاملة.Item Cytogenetic and Molecular Characterization of Disorders of Sex Development with special emphasis on SRY gene(Al Neelain University, 2011) Manal Mohammed Elhassan Awad ElkareemAbstract Introduction Disorders of sex development (DSD) refer to a group of congenital conditions in which the development of the chromosomal, gonadal and/or anatomical sex have been atypical. Worldwide, DSD has an incidence of 1:5000 live births, being more common in Jewish and Hispanic, but unfortunately there are no accurate records about the incidence of DSD in Sudan. Molecular studies of sex reversal patients by Sinclair and his group in 1990 had led to identification of the SRY gene and its role in male sex differentiation. Since that time and till now, the full spectrum of SRY gene mutations and the role of other autosomal genes were not fully understood. In the present study, we aimed to characterize the phenotype, and cytogenetic alterations in Sudanese patients with DSD. In addition to that, we aimed also to characterize SRY mutations associated with 46,XY DSD and to correlate the mutations with the clinical profile of the patients. Materials and methods A total of 60 patients referred with provisional diagnosis of DSD were enrolled in this study. Ten ml of venous blood were collected from each patient under complete aseptic conditions (5ml in sodium heparin container for cytogenetic analysis and another 5ml in EDTA container for DNA extraction). All patients signed a written consent that has been approved by Al Neelain University Ethical Committee prior the study. The lymphocyte culture, chromosomal analysis, and karyotype were performed according to the standard cytogenetic technique, and in accordance with ISCN guidelines (1995). Whereas genomic DNA was extracted using Guanidine Chloride method, detection of SRY gene was performed by polymerase chain reaction (PCR) using XES10 and XES11 primers. Reaction products were electrophoresed on 1% agarose –TBE gels and visualized with gel documentation system. Amplified region was directly sequenced in 19-46,XY-DSD-patients to identify and characterize mutations in SRY gene. Data were analyzed using SPSS 13 software. Descriptive statistics (frequencies and percentages) were obtained for categorical variables. Results Of the sixty patients examined, 65% grown up as females and 35% as males; age ranged between one month and 45 years. Of the 60 patients, 63.3% were presented after pubertal age while, 36.7% were accessible before puberty. Sixty percent of the patients have been referred due to their ambiguous genitalia, 30% due to primary amenorrhea, and the remaining 10% were due to other complains. The cytogenetic analyses showed that 46,XY karyotype was present in 61.7% of patients, 46,XX karyotype in 31.7%, and abnormal karyotype (46,XX/46,XY; 47,XYY; and 45,XO/46,XX) in 6.7%. In 61.7% of the patients, the sex of rearing was matching with correct genotype, whereas in 38.3% of the patients the results showed clashing between the sexes of rearing and the genotype. 33.3% of the patients had 46,XY karyotype and grown up as females, 75% of those have experienced female genital mutilation while 25% have not. According to the patient’s phenotypes, the phenotype was in complete accordance with the genotype in only 18.4% of the adult patients. The physical examination showed absent secondary sexual characteristics in 42.6% of the adult patients. XII SRY gene analysis showed physical presence of the gene in 60% of the cases, of which 51.7% had 46,XY, 5.0% had 46,XX, and 3.3% had mosaic karyotype (46,XX/46,XY). Complete absence of the SRY gene was seen in 40% of the patients, of which 26.6% had 46,XX, and 10% had 46,XY, and 1.7% had 47,XYY or 45,XO/46,XX karyotype. About 61.66% of the patients were diagnosed as 46,XY DSD, of those, 5% were finally diagnosed as Swyer syndrome and 3.33% as ovotesticular DSD. The result showed that 33.33% of the patients had the diagnosis of 46,XX DSD, of those, 5% had final diagnosis of complete gonadal dysgenesis (CGD), 6.7% had diagnosis of complete gonadal dysgenesis turner (CGD, Turner), ), 1.7% turn to be sex reversed with SRY gene translocation. The remaining patient (1.7%) was ovotesticular DSD. 5% of the patients were diagnosed as sex chromosome DSD. DNA sequencing of the selected samples revealed apparent single base changes in 7 cases, 5 different mutations were obtained, the detected mutations were not reported before. Two cases showed Heterozygous T to G transversion, at codon 71, resulting in Alanine (A) replacing Serine (S) in case of the mutant allele, this mutation lies inside the HMG box. Four cases showed Heterozygous G to A transition, at codon 132, resulting in Valine (V) replacing Alanine (A) in case of the mutant allele, this mutation lies inside the HMG box. Three cases showed Heterozygous G to C transversion, at codon 7, resulting in Tryptophan (W) replacing Serine (S) in case of the mutant allele this mutation lies inside the HMG box. Three Cases showed an insertion of A, at codon 180, resulting in Arginine (R) replacing serine (S) (This mutation lies outside the HMG-box of the SRY gene), whereas 1 case showed a mutation of A to C at position 93 (This mutation lies outside the ORF of the SRY gene) resulting in Threonine (T) replacing Asparagine (N). Conclusion: The present study revealed that, both cytogenetic and PCR techniques are reliable and efficient techniques in diagnosis and workup of DSD patients when used in combination. Another interesting finding is that genotype/phenotype and sex of rearing are not always in accordance in patients with DSD. Massive heterogeneity of SRY gene mutations was observed in the present study, and the missing SRY gene mutations suggest important role of autosomal genes in DSD and should be looked up in future studies. XIII المستخلص مقدمة يعتبر مرض إختلال التنميط النوعى من الامراض المعقدة والتى تحدث نتيجة خلل فى التركيب الصبغى او الغدد الجنسية مما يؤثر علي الاعضاء التناسلية والمظهر الجنسي الخارجى. حسب الاحصائيات العالمية تبلغ نسبة الاصابة بالمرض 5000:1 مولود جديد. تشير التقارير والدراسات الى ارتفاع هذه النسب فى اوساط اليهود وسكان امريكا الجنوبية (الهسبانك) ولكن وللاسف الشديد فإنه لا توجد إحصائيات دقيقة عن اعداد االمرضى فى السودان. على الرغم من إكتشاف الجين المتحكم فى النمط الجنسي (SRY (فى العام 1990 بواسطة العالم سنكلير يظل فهمنا محدودا للطفرات المصاحبة لهذا الجين ودور الجينات الاخرى فى خلل التنميط النوعى. هدفنا فى الدراسة الحاليه ان نحدد الخصائص السريرية والطفرات الصبغية عند مرضى التنميط النوعى السودانيون كما هدفت الدراسة الى تحديد واستكشاف طفرات الجين (SRY (عند مرض إعتلال التنميط النوعى ذوى الصبغيات الذكورية XY,46 لدى المرضى السودانين ومن ثم إستكشاف العلاقات بين الطفرات والحالة السريرية للمريض. العينات وطرق البحث ضمت الدراسة الحالية 60 مريضا سودانيا يعانون من اختلال التنميط النوعى حيث تم أخذ 10 مليمترات دم تم تقسيمها ووضعت 5 مليمترات فى انبوب يحتوى على الهبارين الملحى لاجراء فحص الصبغيات وتم حفظ المتبقى من الدم فى أنبوبة تحتوى على EDTA لكى يتم استخلاص الحمض النووى منها لاحقا. ا على ً قبل الشروع فى الدراسة طلبنا من كل المرضى التوقيع على إقرار الموافقة على المشاركة فى البحث وذلك بناء الموافقة التى حصلنا عليها من لجنة أخلاقيات البحث العلمى بجامعة النيلين. تم تزريع خلايا الدم الابيض وفحص الكرموسومات بالطريقة المتعارف عليها اما كتابة النتيجة فقد تمت وفقا لموجهات الجمعية الوطنية للمصطلحات الصبغية (1995 .(استخدم الجوانيدين كلوريد لاستخلاص الحمض النووى وتقنية التسلسل البلمرى لدراسة جين ال SRY بإستخدام الكاشف النووى XES10 و XES11 كما استخدمت تقنية الالكتروفوريسيس بإستخدام الجلى بتركيز 1 .%تمت قراءة الشفرة الوراثية لجين ال SRY لمرضى اختلال التنميط النوى XY,46 وذلك تم تحليل النتائج إحصائيا بإستخدام برنامج 13 SPSS حيث تم إعداد التحليل الوصفى للمعلومات الوصفية بالدراسة. ً لتحديد الطفرة فى هذا الجين. النتائج أظهرت نتائج الدراسة الحالية أن 65 %من المرضى الستون قد شبوا كنساء فى حين أن 35 %شبوا كرجال كما تراوحت اعمار المرضى بين شهرو 45 عاما. حوالى 3.63 %من المرضى تقدموا للعلاج بعد البلوغ فى حين تقدم 7.36 %قبل البلوغ وأظهرت النتائج ان 60 %من المرضى كانوا يعانون من تشوهات فى شكل الاعضاء التناسلية الخارجية فى حين كان 30 %يعانون من غياب الدورة الشهرية و 10 %يعانون من أعراض متنوعة. فحص الصبغيات اظهر أن7.61 %يحملون الصبغ XY,46 أما الذين يحملون الصبغ XX,46 فقد مثلوا حوالى 7.31 % فى حين أظهرت النتائج أن 7.6 %كانوا يجملون صبغيات غير طبيعية متمثلة فى التركيب الصبغى 6XY,4/XX,46 .45,XO/46,XX و 47,XYY; أظهرت الدراسة التوافق التام بين الجنس الذي تربوا عليه والتركيب الصبغى فى7.61%من المرضى كما أظهرت الدراسة التضارب بين الاثنين فى3. 38 %من الحالات. 3 . 33 % من الحالات حملوا التركيب الصبغى XY,46 و شبوا كنساء وعانوا من عملية ختان الأناث.أظهرت الدراسة التوافق التام بين التركيب النمطى والتركيب الصبغى فى4 .18% من المرضي البالغين.عند تحليل الصفات الجنسية الثانوية أظهرت الدراسة غياب هذه الصفات الجنسية الثانوية فى 6.42 % من المرضى البالغين. تحليل الطفرات المصاحبة للجين SRY أظهرت وجود الجين عند 60 %من الحالات حيث حمل 7.51 %التركيب الصبغى XY,46 و 5 %لديهم تركيب صبغى XX,46 و 3.3 %لديهم تركيب صبغى مزدوج XY,46/XX,46 .فى حين شكل غياب الجين فى 40 %من الحالات حمل 6.26 %التركيب الصبغى 46XX و 10 %حملوا التركيب الصبغى .45,XO/46,XX أو 47,XYY الصبغى التركيب حملوا% 1.7 و 46,XY أظهرت نتائج التشخيص أن 66 .13T61 %يعانون من 13Tخلل فى النمط الجنسى من النوع XY,46 من هولاء تم تشخيص 5 %كمتلازمة سوير و33.3 %شخصوا كمتلازمة المبيض الخصوى. أما بالنسبة للخلل الجنسى XX,46 والذى شكل 33.33 %فقد شكل 13Tخلل 13T6 تكون 13T6الغدد التناسلية 5 %من المرضى بعضهم من الخلل الكلى و من الخلل الكلى والمصاحب XIV 13Tمتلازمة تيرنر عانى 7.6 %بالاضافة الى 5 %الذين ثبت أنهم يعانون من متلازمة انعكاس الجين بسبب إزفاء الجين من% 5.الخصوى المبيض كمتلازمة شخصوا المرضى من 13T %13T 1.7.(SRY T gene translocation13) الصبغى المرضي شخصوا كخلل تنميط نوعي مرتبط بتركيب كرموسومي غير طبيعي . دراسة تسلسل الحمض النووى أظهرت تغيير فى قاعدة واحدة فى 7 من الحالات,شملت 5 طفرات جينية جديدة كانت الطفرة هيتروزاجوس فى حالاتان أدت الى إحلال T و G فى الكودون 71 مما أدى الى إحلال (A (Alanine مكان (S (Serine محدثا طفرة داخل ال box HMG .بالنسبة للحالات التى أظهرت طفرة من النوع الهيترزجوزيتى فقد ظهرت طفرات فى أربعة حالات في كل من ال G و A عند الكودون 132 أدت الى احلال ال (A (Alanine بواسطة (V (Valine محدثا طفرة داخل ال box HMG كما فى الطفرات السابقة. بالاضافة لهذا فقد اظهر التحليل ثلاث طفرات اخرى من النوع الهيتورزجوزتى فى 3 حالات شملت G و C عند الكودون السابع مما حدا بتغيير ال Serine (S (الى (W (Tryptophan محدثا طفرة داخل ال box HMG .ثلاث حالات اخرى أظهروا طفره بإضافة A فى الكودون 180 محدثا طفرة خارج ال box HMG نتج عنة إحلال (S (serine بواسطة (R (Arginine .طفرة أحرى وجدت فى كودون 93 حدث فيها إحلال C بواسطة A مما نتج عنه إحلال (N (Asparagine بواسطة Threonine (T . (محدثا طفرة خارج ال ORF لجين SRY. الخلاصة أثبتت الدراسة الحالية أن فحص الصبغيات والتسلسل البلمرى من الفحوصات الهامة والتى يعتمد عليها فى تشخيص مرضى خلل التنميط النوعى لا سيما إذا تم إستخدام الاثنين معا. كما أظهرت الدراسة أن التركيب الصبغى والجسمانى لا يتوافق دائما مع التثبيت الجنسي عند الولادة لدى مرضى خلل التنميط النوعى. أثبتت الدراسة أن هنالك تنوع فى طفرات جين SRY عند مرضى التنميط النوعى كما نبهت هذة الدراسة الى أهمية الجينات الاخرى كمسبب لخلل التنميط النوعى الامر الذى يحتاج الى دراسات مستقبلية لتحديد هذا الدور.Item Determination and Characterization of Tannin Material Extract From Three Common Acacia Species in Sudan(Al Neelain University, 2009) AYMAN AHMED AL-KHDIR ALI JACKNOONThis research is dealing with the analysis and comparative studies of tannins of three common Acacia species of Sudan. Since vegetab1e tannins are important for leather industry, A. nilotica and A. seyal samples were collected from Sunut forest in Khartoum State while A. tomentosa, samples were collected from the shmbata Forest. Bark samples From collections of the three acacia species ,were extracted with distilled water, 80% methanol and 70% acetone ;two sets of extraction were made, one by boiling, and the other by shaking the samples in the respective solvent for eight hours at room temperature. Although the amount of material extracted by these two procedures did not differ greatly , 70% acetone was a more efficient solvent than either water or 80% methanol. Qualitative analysis showed that the fruits (garad) contain tannins materials, flavinoid coumarins, and quantitative analysis showed that the fruits (pods) contain a higher percentage of tanning materials, that can be used commercially, barks contain XIII low tannin content compared with fruits. Also it was found that the unripe fruits give the highest percentage of the tannins content. Rotary system (with extraction changing in size of powder, rate of solvent to the fruits weight, and solvent temperatures), enabled access to extracts with high concentration when using crushed fruits, water at 70°C and ratio of (3:1) of water to fruits weight. Sodium fluoride and a mixture of oxalic acid and sodium sulphite showed high efficiency as antifungal reagents. With the mixture of acid - sulphite was found to be the best bleaching agent compared with sodium fluoride The amount of tannins present in the bulk samples was determined by folindenis method for total phenolic materials, followed by precipitation with hide-powder. The difference between the amount of phenolic materials present before and after addition of hide-powder represent the amount of tannins present. The extracts of the bark of A. nilotica A. seyal and A. tomentosa, contain (80.45% ,59.9% and 33.5%) tannins respectively. The amount of iron content of the extracts and samples of Acacia species was determined since the Iron hinders the process of retanning leather of Iron content was determined by atomic absorption spectrophotometry. The iron content of bark extracts of A nilotica, A tomentosa and A seyal is 0.0044%, 0.0040% and 0.0029% respectively. In contrast, the iron content of bark extract of the three species of Acacia had lower percentage compared to that of Mimosa (0.00475%), which is imported from Kenya. The tannins of a mixture of powder of Acacia nilotica and bark of the acacia seyal were identified by using thin layer chromatography (TLC), ultraviolet and infrared spectroscopy. Comparisons of the absorption spectra and TLC of the reference tannins and some phenolics with that of a mixture extracts revealed the presence of both condensed and hydrolysable tannins, since it consists of catechin, tannin and gallic acids. The leaching materials were powdered using spray drier. They exhabited excellent properties, when used for tannage of leather. Better physical and chemical properties of leather were achieved compared with leather tanned using mimosa powder.Item The Effect of Aluminum Salts as water Coagulants on Lipid profile, Liver and Kidney function in Wistar Rats(Al Neelain University, 2016) Salah Elsadig Idris AbdallaThe main.objective of this study were, to assess the toxic effect of Aluminum Salts concentration on lipid profile, liver and kidney function in Wistar rats, while specific objectives of this study are to assess the effects of Aluminum salts on: Blood Profile, The liver enzymes (AST and ALT) and kidney creatinine, the histopathology change of Liver and kidney in wistar rats. The study includes 150 rats classified into 50 rats for each (Aluminum sulphate, Aluminum chloride and mixture of Aluminum sulphate and Aluminum chloride). Rats were randomly divided into five groups (50 male per experiment and 10 rats for each group) as follow: Group one (G1) represented control (without treatment), Group two (G2) received tap water, Group three (G3) received dose of 50 mg/kg/day Al (SO4)3. 16H2O, Group four (G4) received orally 60 mg/kg/day dose of Al (SO4)3. 16H2O and Group five (G4) received 70 mg/kg/day dose of Al (SO4)3. 16H2O.The same design for aluminum chloride and mixture of both aluminum sulphate & aluminum chloride. The experimental study was carried out at Al- Neelain University from February 2014 up to October 2014. Rats were initially located in the metabolic cage for eleven days to adapt the lab environment. After eight weeks all rats were sacrificed and blood or serum samples, kidney and livers were taken for analysis of lipid profile, liver enzymes, aspartate aminotransferase (AST) & alanine aminotransferase (ALT), creatinine, hematological parameters and histopathology of kidney and liver respectively. Then results of blood parameters for rats treated with aluminum sulphate showed significantly decreased (P ≤0.05) in PCV%, Hb and Neutrophils and significantly increased (P ≤0.05) in Lymphocytes &WBCs. Lipid profile (Triglycerides, LDL and HDL) significantly increased (P ≤0.05). 8 Creatinine significantly increased (P ≤0.05) ALT activity was significantly decreased (P ≤0.05) whereas AST activity was significantly increased (P ≤0.05) compared to the control. The results of blood profile for rats treated with aluminum chloride revealed significantly decreased (P ≤0.01) in Hb, RBCs Neutrophils and PCV, whereas Lymphocytes, MCHC and WBCs were significantly increased (P ≤0.05).lipid profile (Triglycerides, LDL) significantly increased (P ≤0.01) whereas HDL significantly decreased (P ≤0.01). Creatinine & liver enzymes (ALT &AST) showed significant increased (P ≤0.01). The results of blood profile for rats treated with mixture of aluminum sulphate & aluminum chloride showed significantly decreased in WBCs ,Hg , RBCs and Neutrophils (P ≤0.01), whereas there were significantly increased in Lymphocytes, MCV and MCH (P ≤0.05) . Lipid profile (Triglycerides, LDL) significantly increased (P ≤0.01) whereas HDL significantly decreased (P ≤0.01). Creatinine & liver enzymes (ALT &AST) revealed significantly increased (P ≤0.01) compare to control. Lastly there were histological changes in liver and kidney slides for rats treated with all different doses of aluminum sulphate, aluminum chloride and mixture of aluminum sulphate & aluminum chloride .In addition to significant changes in histology of kidney and liver of treated wistar rats. The study conclude that, aluminum ion decrease red blood cell counts, hemoglobin, hematrocrit and increase white blood cell counts, lymphocytes, corpuscular volume, corpuscular hemoglobin concentration, triglycerides, cholesterol, creatinine and the activity levels of alanine aminotransferase, aspartate amino transferase. Consequently, there was cytogenetic injuries and damage of liver and kidney which may a raised due to Aluminum salts toxicity. 9 10Item Effect of Season, and some Cultural Practices on Growth and Oil Content of Sweet Basil (Ocimum basilicum L.) under Khartoum Conditions .(Al Neelain University, 2016) Rania Mohamed HamdallaAfield experiment was carried out at Shambat- Khartoum during 2011 season in order to study the effect of seasons (summer and autumn), sowing date (1st March, mid April, 1st July and mid August) and stage of harvest (before flowering, 50% flowering and 50% fruiting) on growth and yield of sweet basil (Ocimum basilcum L.) Split plot design with four replications was used to conduct the experiment and analyze the data. Another experiment dealing with the same crop was conducted during two consequative seasons namely 2011 and 2012 at the demonstration farm of Aromatic and Medicinal Plant Research Institute to investigate the effect of application of different types of fertilizers and number of cutting on basil growth and oil production. Fertilizers applied were NPK, compost and Argel, in addition to the control. Four cuttings were done and from each plant fresh and dry weight, oil content and plant moisture content were determined. The same above mentioned design was also used for this experiment. Plant height and number of branches/plant (which were taken at the 4th, 6th, 8th, 10th, 12th and 14th week from planting were significantly higher at autumn planting as compared to summer planting),also number of days to germination ,flowering and fruiting. These parameters were also significantly higher at 1st July sowing date, followed by mid August. Autumn planting and 1st July sowing date also achieved a significantly higher mean of plant fresh and dry weight as well as oil content of basil. Harvesting of basil plants at 50% fruiting obtained a significantly higher mean of plant fresh and dry weight, whereas harvesting at 50% flowering resulted in a significantly higher percentage of oil and moisture content/plant. Application of NPK as a chemical fertilizer gave a significantly higher means of plant fresh and dry weight and moisture content in both seasons as compared to the control, compost and Argel, whereas oil content was significantly higher under compost and Argel treatments in both seasons. The first cutting of basil plants in both seasons recorded a significantly higher mean of plant fresh and dry weight as compared to the three other studied cuttings. Oil content was not significantly affected by number of cutting in this study. ملخص الدراسة: إجريت تجربة حقلية بشمبات- الخرطوم موسم 2011 بغرض دراسة أثر الموسم (صيف وخريف)، موعد الزراعة (أول مارس، منتصف أبريل، أول يوليو ومنتصف أغسطس) زمن الحصاد (قبل الإزهار، 50% إزهار و50% إثمار) علي نمو وإنتاج الزيت لمحصول الريحان الحلو (Ocimum basilcum L.). إستخدم تصميم القطع المنشقة بأربعة مكررات لتنفيذ التجربة وتحليل بياناتها إحصائياً. تجربة أخري تختص بنفس المحصول نفذت لموسمين متتاليين هما موسم 2011 وموسم 2012 بالمزرعة الإيضاحية للمركز القومي للبحوث للتحقق من أثر إستخدام أنواع مختلفة من الأسمده وعدد القطعات علي نمو ومحتوي الزيت المنتج من محصول الريحان. الأسمده التي تم إستخدامها شملت NPK، الدبال، الحرجل بالإضافة للشاهد. نفذ عدد أربع قطعات ومن كلٍ تم حساب الوزن الرطب والجاف للنبات ومحتوي كلٍ من الزيت ورطوبة النبات الواحد. التحليل الإحصائي للبيانات التي تم جمعها إجري بإستخدام التصميم المذكور أعلاه. إرتفاع النبات وعدد الأفرع للنبات والتي أخذت للأسابيع الرابع، السادس، الثامن، العاشر، الثاني عشر والرابع عشر من تاريخ الزراعة كانت أعلي معنوياً عند الزراعة الخريفية مقارنة بالزراعة الصيفية. هذه المعايير أيضاً كانت أعلي معنوياً عند الزراعة في بداية يوليو متبوعة بالزراعة في منتصف أغسطس. زراعة الخريف ومع بداية يوليو أيضاً حققت أعلي متوسط معنوي لكل من وزن النبات الرطب والجاف إضافة لمحتوي الزيت بالنسبة للريحان. حصاد نبات الريحان عند 50% إثمار أعطت أعلي متوسط معنوي لوزن النبات الرطب والجاف في حين أن الحصاد عند 50% إزهار نتج عنه أعلي نسبة معنوية من محتوي كلٍ من الزيت والرطوبة للنبات. سماد الNPK (النتروجين والفسفور والبوتاسيوم) كسماد كيميائي أعطي أعلي متوسط معنوي للوزن الرطب والجاف ومحتوي الرطوبة للنبات في الموسمين مقارنة بمعاملات الشاهد، الدبال والحرجل في حين أن محتوي الزيت كان أعلي معنوياً تحت معاملتي الدبال والحرجل في الموسمين. القطعة الأولي لنباتات الريحان في الموسمين سجلت أعلي متوسط لوزن النبات الرطب والجاف مقارنة بالثلاث قطعات الأخري التي تمت دراستها ولكن محتوي الزيت لم يتأثر معنوياً بعدد القطعات في هذه الدراسة.Item The effects of hyperthyroidism and hypothyroidism hormones on gonadotrophins and lipids profile in female Wistar rats(AL-Neelain University, 2013-01) Mohammed Abdel Rhman AdrisAbstract Thyroxine and tri-iodothyronine are essential for normal organs growth, development and functions. These hormones regulate the basal metabolic rate (BMR) of all cells and play a critical role in the development of several organs systems, include the reproductivesystem. This study focuses on the effects of iodothyronines on plasma lipids and FSH, LH concentrations in female Wistar rats and answer specific questions, what is worse to have low or excess thyroid hormones in female Wistar rats. Adult female Wister rats (number 48), these divided into two main groups hyperthyroidism and hypothyroidism forty eight rats in each group. The two main groups devided into 12 rats as treated and 12 rats as control (euthyroid). The experimental study was located at the UKZN, Faculty of Science and Agriculture School of Biochemistry, Genetics and Microbiology, University of Kwa Zulu-Natal, Westville campus, South Africa from October 2009 up to May 2010. The rats became hyperthyroidism by administrating thyroxine orally 90-100 μg/kg b.w for 21 days or hypothyroidism by administrating carbimazole orally 50 mg/kg b.w for 21 days, euthyroid received 3 ml of deionized water. The rats firstly were put in the metabolic cage 24 hours for three days for acclimatized. On day one of experimental base line rats were put in metabolic cages for 24 hours. Every third day of experimental rats weight, water and food consumption, urine production and blood pressure were recorded. On day 23 all rats were sacrificed from both groups treated and control. Blood samples were taken directly from the right atrium for analysis of thyroid hormones TSH, T3 and T4 gonadotrophins FSH,LH lipids profile (total cholesterol, triglycerides and HDLcholesterol) and total proteins. Also organs were dissected out and weights include liver, thyroid gland, spleen and ovaries from all animals. Thyroid and gonadotrophins hormones were measured by using of enzyme immunoassay kits from ( TOSOH, Corporation Japan). Lipids profile and total proteins were measured by using commercial kits from BioSystem S.A. Costa Brava 30, Bracelona (Spain), by the Hitach 906 analyzer. The results of body weight in hyperthyroidism female rats group showed significant decrease (P ≤ 0.05), and these results were associated with reduction in food and water consumption compared to control rats group. The results of T3 concentrations showed in hyperthyroidism female Wistar rats group showed significant (P ≤ 0.05) increased, but T4 showed highly significant (P ≤ 0.05) increased compared to control group. The results of gonadotrophins in both treated groups showed conflict results. The results of lipids profile in hyperthyroidism rats (TC and HDL-C) 11 showed decreased not significant, but TG was significantly decreased (P ≤ 0.05) compared to control group. Hypothyroidism rats group showed for both (TC and TG) showed increased not significant, but HDL-C was significantly (p <0.05) increased compared to control group. Thyroid gland, liver and ovaries were removed from hyperthyroidism and hypothyroidism female Wistar rats and control for histopathological examination under light microscope. Nine glass slides were examined by light microscopy. The examination results observed there is change in thyroid gland cells which collapsed in hypothyroidism and converted to large follicular collid in hyperthyroidism and ovaries of tow treated group due to the effect thyroxine and carbmizole used in inducing two conditions. From this study we published two papers the first (The effects of Induced Hyperthyroidism on plasma FSH and LH Concentration in Female of Wistar Rats ) in Research Journal of Recent Science Vol.1(6),55-57,June (2012) the second paper ( the effect of carbmaizole induced hypothyroidism on plasma lipids profile concentration in female Wistar rats) in the University of Dongola Journal for Scientific Research, Third Year Issue No.4 – January - 2013. 12 مستخلص الدراسة: تعتبر ھرمونات الغدة الدرقیة ضروریة للنمو الطبیعي وتطوره والوظائف الحیویة. تعمل ھذه الھرمونات علي تنظیم معدلات التمثیل الغذائي لجمیع خلایا الجسم وأیضا تلعب دوراً حاسماً في تطویر مجموعة من أنظمة أجھزه الجسم تشمل الصحة الإنجابیة. ھذه الدراسة ركزت علي تأثیرات التجارب التحفیزیة لحالتي فرط ونقص ھرمونات الغدة الدرقیة المستحث و مستویات الدھون والبروتینات الكلیة في إناث فئران FSH و LH علي مستویات ھرمونات الخصوبة تجارب من النوع وستر. تمت الدراسة التجریبیة في دولة جنوب أفریقیا جامعة كوازول ناتال كلیة العلوم والزراعة مدرسة الكیمیاء الحیویة وعلم الوراثة والأحیاء الدقیقة في الفترة من أكتوبر 2009 حتى مایو 2010 . حیث قمنا بالتحقیق من تأثیرات فرط ونقصان ھرمونات الغدة لدي إناث فئران من النوع وستر. مع محاولة FSH و LH الدرقیة المستحث علي تركیز ھرمونات الخصوبة الإجابة علي السؤالین ماھو أثر حالتي فرط ونقص ھرمونات الغدة الدرقیة المستحث علي تراكیز ھرمونات لدیي إناث الفئران من النوع وستر كما تم التحقیق من التأثیرات المصاحبة علي FSH و LH الخصوبة مستویات الدھون والبروتینات الكلیة. مع محاولة الإجابة علي السؤال ماھو الاسوء حدوثا في الحالتین فرط ونقصان ھرمونات الغدة الدرقیة علي مستویات الدھون بالتركیز علي عنصر الكلسترول لارتباطة بتصنیع ھرمونات الخصوبة. تم إستخدام عدد 48 أنثي فئران تجارب من نوع وستر تتراوح الاوزان بین 250 الي 300 جرام قسمت الي مجموعتین أساسیین بكل 24 أنثي فار الأولي تسمي المجموعة (المستحثة الي فرط ھرمونات الغدة الدرقیة) حقنت عن طریق الفم بمادة الثیروكسن بجرعة مقدارھا 100 میكروجرام لكل كیلوجرام من وزن الفار الكلي لاستحداث حالة فرط ھرمونات الغدة الدرقیة بھذة المجموعة عدد 12 فار عبارة عن مجموعة ضابطة تلقت 3 مل من الماء المؤین و المجموعة الرئیسیة الثانیة تسمي ( المستحثة الي نقص ھرمونات الغدة الدرقیة ) حقنت عن طریق الفم بمادة الكاربمیزول بجرعة مقدارھا 50 ملغم لكل كیلوجرام من الوزن الكلي للفار لاستحداث حالة نقص ھرمونات الغدة الدرقیة أما المجموعة الضابطة عددھا 12 فار تلقت ماء مؤین 3 مل فقط. تم وضع جمیع الفئران منفردة في أقفاص الاستقلاب فترة 24 ساعة لمدة ثلاثة أیام للملائمة قبل بدایة التجربة. بعد ذلك تم وضع كل فائرفي قفص إستقلابي منفرد كل ثلاثة أیام طیلة فترة التجربة ثلاثة أسابیع. حیث تم تسجیل أوزان جسم الفار و أستھلاكة للماء من 100 مل متاحة وأستھلاكة للغذاء من 40 جرام متاحة وكمیة البول المنتج كل ثلاثة أیام حتي نھایة مدة التجربة ثلاثة أسابیع. و تم قیاس ضغط الدم للمجموعة الأولي المستحثة بواسطة الثیروكسین لزیادة فرط الغدة الدرقیة فقط وذلك لتحقیق من تأثیر زیادة ھرمونات الغدة الدرقیة المستحث علي ضغط الدم كاختبار تأكیدي أثناء سیر التجربة. تم قیاس ھرمونات الغدة وكذلك مستویات الدھون والبروتینات الكلیة (Enzyme immunoassay) الدرقیة والخصوبة بواسطة تقنیة في جھاز الھیتاش. أظھرت نتائج قیاس أوزان الفئران المحفزة بواسطة (Bio System Kits) بواسطة الثیروكسین نقصان ذو دلالة إحصائیة وھذا النقصان أیظاً أتضح بأنة لة ارتباط وثیق في ظاھرة إختزال أستھلاك الماء والغذاء بواسطة ھذة المجموعة مقارنة بالمجموعة الظابطة. أظھرت نتائج تراكیز ھرمون ال أظھر T عند مجموعة فئران فرط ھرمونات الغدة الدرقیة زیادة ذات دلالة إحصائیة. أما ھرمون ال 4 T3 زیادة عالیة ذات دلالة إحصائیة مقارنة مع بالمجموعة الضابطة . أظھر نتائج تراكیز ھرمونات الخصوبة نتائج متضاربة في المجموعتین (فرط ونقصان ھرمونات الغدة الدرقیة). نتائج تراكیز LH و FSH أظھرت نقصان لیس (HDL-Cholesterol الدھون عند الفئران فرط الغدة الدرقیة ( الكلسترول الكلي و ذات دلالة إحصائیة لكن ثلاثي الجلسرول أظھر نقصان ذو دلالة إحصائیة مقارنة مع مجموعة الفئران الضابطة. مجموعة الفئران المحثة الي نقصان ھرمونات الغدة الدرقیة أظھرت نتائج الدھون ( الكلسترول أظھر زیادة ذات دلالة إحصائیة HDL-C الكلي وثلاثي الجلسرول) زیادة لیست ذات دلالة إحصائیة لكن مقارنة بالمجموعة الضابطة. تم أخذ نسیج من الكبد والغدة الدرقیة والمبایض من جمیع الفئران المعالجة والضابطة لاجراء أختبارات أنسجة مرضیة حیث تم تحضیر عدد تسع شرائح زجاجیة من الانسجة الثلاثة.Item The effects of hyperthyroidism and hypothyroidism hormones on gonadotrophins and lipids profile in female Wistar rats(Al Neelain University, 2010) Mohammed Abdel Rhman Adris10 Abstract Thyroxine and tri - i odothyronine are essential for normal organs growth, development and functions. These hormones regulate the basal metabolic rate (BMR) of all cells and play a critical role in the development of several organs systems, include the reproductivesystem. This study focuses on the effects of iodothyronines on plasma lipids and FSH, LH concentrations in female Wistar rats and answer specific questions, what is worse to have low or excess thyroid hormones in female Wistar rats. Adult female Wister rats (number 48 ), these divided into two main groups hyperthyroidism and hypothyroidism forty eight rats in each group. The two main groups devided into 12 rats as treated and 12 rats as control (euthyroid). The experimental study was located at the UKZN, Faculty of Sci ence and Agriculture School of Biochemistry, Genetics and Microbiology, University of Kwa Zulu - Natal, Westville campus, South Africa from October 2009 up to May 2010. The rats became hyperthyroidism by administrating thyroxine orally 90 - 100 μg/kg b.w for 2 1 days or hypothyroid ism by administrating carbimazole orally 50 mg/kg b.w for 21 days, euthyroid received 3 ml of deionized water. The rats firstly were put in the metabolic cage 24 hours for three days for acclimatized. On day one of experimental base l ine rats were put in metabolic cages for 24 hours. Every third day of experimental rats weight, water and food consumption, urine production and blood pressure were recorded. On day 23 all rats were sacrificed from both groups treated and control. Blood sa mples were taken directly from the right atrium for analysis of thyroid hormones TSH, T 3 and T 4 gonadotrophins FSH,LH lipids profile (total cholesterol, triglycerides and HDL - cholesterol) and total proteins. Also organs were dissected out and weights inclu de liver, thyroid gland, spleen and ovaries from all animals. Thyroid and gonadotrophins hormones were measured by using of enzyme immunoassay kits from ( TOSOH, Corporation Japan). Lipids profile and total proteins were measured by using commercial kits f rom BioSystem S.A. Costa Brava 30, Bracelona (Spain), by the Hitach 906 analyzer. The results of body weight in hyperthyroid ism female rats group showed significant decrease (P ≤ 0.05), and these results were associated with reduction in food and water consumption compared to control rats group . The results of T 3 concentrations showed in hyperthyroid ism female Wistar rats group showed significant (P ≤ 0.05) inc reased, but T 4 showed highly significant (P ≤ 0.05) increased compared to control group . The results of gonadotr o phins in both treated groups showed conflict results . The results of lipid s profile in hyperthyroidism rats (TC and HDL - C) 11 showed decreased not significant , but TG was significantly decreased (P ≤ 0.05) compared to control group . H ypothyroidism rats group showed for both (TC and TG) showed increased not significant, but HDL - C w as significantly (p <0.05) increased compared to control group . Thyroid gland, liver and ovaries were removed from hyperthyroidism and hypothyroidism female Wistar rats and control for histopathological examination under light microscope. Nine glass slides were examined by light microscopy. The examination results obse rved there is change in thyroid gland cells which collapsed in hypothyroidism and converted to large follicular collid in hyperthyroidism and ovaries of tow treated group due to the effect thyroxine and carbmizole used in inducing two conditions. From th is study we published two papers the first (The effects of Induced Hyperthyroidism on plasma FSH and LH Concentration in Female of Wistar Rats ) in Research Journal of Recent Science Vol.1(6),55 - 57,June (2012) the second p aper ( the effect of carbmaizo le induced hypothyroidism on plasma lipids profile concentration in female Wistar rats) in the University of Dongola Journal for Scientific Research, Third Year Issue No.4 – January - 2013 .Item EPID BASED INVIVO TREATMENT VERIFICATION for ADVANCED RADIOTHERAPY TECHNIQUES(Al Neelain University, 2016) Ali Sid Ahmed Mohammed AliRadiotherapy is an essential method for the treatment of cancer diseases, it can be used alone to destroy the cancer cells, also it can be used as a combination with other treatment modalities to shrink the tumor volume. The key factor for successful radiotherapy treatment is the accuracy in localizing the tumor cells and delivering the dose to the patient (treatment verification). Inaccurate radiation treatment might cause severe side effects because radiation damages the tumor cells, as well as the healthy normal cells. However, with the improvement of technologies, targeting the tumor became possible. This thesis concerns with improvements to in-vivo treatment verification for intensity modulation radiation therapy. The treatment verification model is basically based on the electronic portal imaging device, and mainly compares the measured portal dose image to the predicted one. For the improvement of the model, first an experimental method was used to model the treatment couch, and afterwards it was included in the portal dose image prediction; this couch model compensates the beam attenuation by the treatment couch in the measured portal dose image. The model was verified using phantom measurements for different gantry angles, in addition to in-vivo clinical validation using head and neck and prostate cancer patients. In the second part of this thesis, the influence of the changing in patient anatomy during the radiotherapy treatment course was investigated. It was hypothesized that an in-room acquired cone beam CT would better represent the patient’s anatomy during acquisition of the Electronic Portal Imaging Device (EPID) images than the planning CT would do, therefore, the kilovoltage cone-beam CT scan (CBCT), acquired during the same day of the fraction, was used to calculate the portal dose image prediction instead of the planning CT. For evaluation purposes, predictions were also calculated using the patients’ planning CT. The method was verified firstly using phantom measurements with different fields, then for 50 prostate cancer patients, 5 fractions each, measured portal dose images were compared to the predicted ones using predictions based on the planning CT, and compared to the predictions based on the cone beam CT. The results of the treatment couch model showed improvements in the agreement between measured and predicted portal dose images, especially when the beam was passing through the holder of the treatment couch. The results of using the CBCT instead of the planning CT for portal dose image predictions showed a better agreement when the cone beam CT was used instead of the planning CT. However, for some patient’s fractions VI still some deviations were observed, due to the fact that using the cone beam CT resolves the problem of intra-fraction anatomy changes. To solve the problem of inter-fraction anatomy changes, it was investigated whether combining in-vivo measurements performed in the first 1–5 fractions could enhance agreement between measurements and predictions, comparable to pre-treatment verification.Item EPID BASED INVIVO TREATMENT VERIFICATION for ADVANCED RADIOTHERAPY TECHNIQUES(Al Neelain University, 2016) Ali Sid Ahmed Mohammed AliV Abstract Radiotherapy is an essential method for the treatment of cancer diseases, it can be used alone to destroy the cancer cells, also it can be used as a combination with other treatment modalities to shrink the tumor volume. The key factor for successful radiotherapy treatment is the accuracy in localizing the tumor cells and delivering the dose to the patient (treatment verification). Inaccurate radiation treatment m ight cause severe side effects because radiation damages the tumor cells, as well as the healthy normal cells. However, with the improvement of technologies, targeting the tumor became possible. This thesis concerns with improvements to in - vivo treatment v erification for intensity modulation radiation therapy. The treatment verification model is basically based on the electronic portal imaging device, and mainly compares the measured portal dose image to the predicted one. For the improvement of the model, f irst an experimental method was used to model the treatment couch, and afterwards it was included in the portal dose image prediction; this couch model compensates the beam attenuation by the treatment couch in the measured portal dose image. The model wa s verified using phantom measurements for different gantry angles, in addition to in - vivo clinical validation using head and neck and prostate cancer patients. In the second part of this thesis, the influence of the changing in patient anatomy during the r adiotherapy treatment course was investigated. It was hypothesized that an in - room acquired cone beam CT would better represent the patient’s anatomy during acquisition of the Electronic Portal Imaging Device (EPID) images than the planning CT would do, th erefore, the kilovoltage cone - beam CT scan (CBCT), acquired during the same day of the fraction, was used to calculate the portal dose image prediction instead of the planning CT. For evaluation purposes, predictions were also calculated using the patients ’ planning CT. The method was verified firstly using phantom measurements with different fields, then for 50 prostate cancer patients, 5 fractions each, measured portal dose images were compared to the predicted ones using predictions based on the planning CT, and compared to the predictions based on the cone beam CT. The results of the treatment couch model showed improvements in the agreement between measured and predicted portal dose images, especially when the beam was passing through the holder of the treatment couch. The results of using the CBCT instead of the planning CT for portal dose image predictions showed a better agreement when the cone beam CT was used instead of the planning CT. However, for some patient’s fractions VI still some deviations wer e observed, due to the fact that using the cone beam CT resolves the problem of intra - fraction anatomy changes. To solve the problem of inter - fraction anatomy changes, it was investigated whether combining in - vivo measurements performed in the first 1 – 5 fr actions could enhance agreement between measurements and predictions, comparable to pre - treatment verification VII المستخلص العلاج الإشعاعي هو وسيلة أساسية لعلاج أمراض السرطان ويمكن استخدامها وحدها لتدمير الخلايا ألسرطانية كما أنها يمكن أن تستخدم مع مجموعة من طرق العلاج الأخرى لتقليص حجم الورم . إن العامل الرئيسي لنجاح العلاج بالأشعة هو الدقة في استهداف الخلايا السرطانية للمريض وكيفية إعطاء الجرعة للمريض ( التحقق من العلاج .) جرعة العلاج الإشعاعي غير الدقيقة قد تتسبب في آثار جانبية خطيرة نس بة لان الإشعاع يؤثر على الخلايا السرطانية ، فضلا عن الخلايا الطبيعية السليمة . مع التقدم ألتكنولوجي اصبح من السهل استهداف الورم . هذه الاطروحة تتعلق بالتحسينات على نموذج التحقق من جودة العلاج باستخدام تقنية تعديل كثافة الاشعاع لعلاج الاورام السرطانية . هذا ال نموذج مبنى اساسا على جهاز تصوير البوابة الالكترونية ، ويقارن أساسا بين صورة الجرعة التى يتم قياسها وتلك المتوقعة . من أجل تحسين النموذج تم اشتقاق نموذج لطاولة العلاج ومن ثم تم إدراجها فى صورة البوابة الالكترونية المتوقعة ؛ هذا النموذج يعوض توهين الاشعاع من خلال مروره فى طاولة العلاج فى صورة البوابة الالكترونية التى يتم قياسها . تم التحقق من هذا النموذج باستخدام قياسات على شبح يشبه من حيث المكونات جسم الانسان هذه القياسات تمت لعدة زوايا مختلفة بالإضافة الى استخدام بيانات مرضى سرطان البروستاتا والرأس والعنق . فى الجزء الثانى من هذا البحث تم التحقيق في تأثير التغييرات التى تحدث في تشريح المريض أثناء العلاج الإشعاعي . بافتراض أن صورة الاشعة المقطعية ذات الشعاع المخروطي التى يتم اخذها داخل غرفة العلاج ستمثل أفضل صورة لتشريح المريض . وبناء على هذا الافتراض تم إست خدام صورة الاشعة المقطعية الكيلوفولتية ذات الشعاع المخروطى والتى تؤخذ فى نفس يوم جلسة العلاج فى حسابات الجرعة المتوقعة لصورة البوابة الالكترونية . ة ر و ص ى ل ع ء ا ن ب ة ع ق و ت م ل ا ة ع ر ج ل ا ب ا س ح م ت ا ض ي أ م ي ي ق ت ل ا و ة ن ر ا ق م ل ا ض ا ر غ لإ الاشعة المقطعية التى استخدمت لتخطيط ال علاج الاشعاعي . ت ا س ا ي ق ل ا ض ع ب م ا د خ ت س ا ب لا و أ ة ق ي ر ط ل ا ه ذ ه ن م ق ق ح ت ل ا م ت الشبحية لعدة حزم من الاشعة وبعد ذلك تم تطبيقها على مجموعة من مرضى سرطان البروستاتا ( عدد 05 مريض ) حيث تمت مقارنة خمسة جلسات لكل مريض . أظهرت النتائج المتعلقة بنموذج طاولة العلاج أن هناك تحس ينات في الاتفاق بين الصورة المتوقعة فى البوابة الالكترونية وتلك المقاسة ، وخصوصا عند مرور الشعاع من خلال حامل طاولة العلاج ب ا س ح ى ف ة ي ع ط ق م ل ا ة ع ش لا ا ة ر و ص ن م لا د ب ي ط و ر خ م ل ا ع ا ع ش ل ا ت ا ذ ة ي ع ط ق م ل ا ة ع ش لا ا ة ر و ص م ا د خ ت س ا ج ئ ا ت ن ت ر ه ظ أ ك ل ذ ك ، صورة الجرعة المتوقعة وجود ا ن م لا د ب ي ط و ر خ م ل ا ع ا ع ش ل ا ت ا ذ ة ي ع ط ق م ل ا ة ع ش لا ا ة ر و ص م ا د خ ت س إ م ت ا م د ن ع ل ض ف أ ق ا ف ت صورة الاشعة المقطعية التى استخدمت لوضع الخطة العلاجية للمريض . ومع ذلك ، لوحظت بعض الانحرافات فى بعض الجلسات لبعض المرضى ، ويرجع ذلك إلى حقيقة أن استخدام صورة الاشعة المقطعية ذات ا لشعاع المخروطى حلت مشكلة التغيرات التشريحية داخل جلسة العلاج . لحل مشكلة التغيرات التشريحية بين الجلسات ، كان التحقيق ما إذا كان الجمع في القياسات التي أجريت في الجلسات من الاولى وحتى الخامسة يمكن أن تعزز اتفاق بين القياسات والتنبؤات وقابلة للمقارنة إلى م ا قبل المعالجة التحقق .Item EVALUATION OF RADIATION EXPOSURE TO PATIENT AND STAFF DURING UROLOGIC INVESTIGATION IN KHARTOUM STATE(AL-Neelain University, 2017) Hanaa Mohammed Barakat Ahmedهدفت هذه الدراسة لتحديد قيمة الجرعات الاشعاعية لفحوصات مرضي الجهاز البولى (IVU,ASU,MCUG) ممثلة في الجرعه السطحية والجرعه المكافئة وايضا مستوي الجرعه المرجعيه للمستشفيات فى ولاية الخرطوم. أمكن تحديد قيمة الجرعات الاشعاعية ل 229 حاله تحت فحص IVU ل ثمانية مستشفيات بصوره مباشره بأستخدمت كواشف التألق الحراري ( TLD) المعاير (GR200A LiF المطعم بMg, Cu ً P) أو بصورة مباشره باستخدام معادلة الجرعه الاشعاعيه السطحيه .أيضا قيست الجرعات الاشعاعيه لعدد243 مريض لفحص ASU 118 طفل مريض لحفص MCUG لثلاثة جهاز فلوره .وايضاً 145 أخصائي اشعة تضمن خلال هذه الدراسة . حيث وجدت قيم الجرعة السطحية والجرعة المكافئة لفحوصات IVU وASU على التوالى 6.01 ملى قري ، 0.70 ملى سيفيرت لمدى الاعمار 46-15 سنة و 17.2 ملى قري ، 1.99 ملى سيفيرت لمدى الاعمار 46 <، و 15.8 ملى قري ، 1.8 ملى سيفيرت لمدى الاعمار 15-46 سنة و10.2 ملى ، 1.19 ملى سيفرت لمدى الاعمار 46< . قيم الجرعة السطحية والجرعة المكافئة لفحص MCUG في ثلاثة فئات عمرية هى 7.04 ملى قري ، 0.18 ملي سيفيرت لمدى اقل من 1-6 سنة، ملى قري ، 0.99 ملي سيفيرت لمدى < 6-11 سنة ،و 2.69 ملي قري ، 0.32 ملي سيفرت للفئة العمرية > 11-16 سنة على التوالى . وتمت التوصية بتحديد المستوى المرجعى للجرعة المكافئة لمدى الاعمار (16-46) و(>46) لفحص IVU هو 6.01 ملي قري و 17.2 ملي قري ولفحص ASU هو 15.8 ملي قري و 10.2 ملي قري علي التوالي لفحص MCUG 7.04 ملى قري ، 8.49 ملي قري، و 2.69 ملي قري للفئات العمرية لمدى اقل من 1-6 سنة ، اقل من 6 -11 و15-10 <سنة و15 -10 سنة على التوالى . Abstract This study aimed to determine the entrance skin dose (ESD) and the effective dose (E) for patient underwent urological investigations (IVU, ASU and MCUG) and also and the local dose reference levels at Khartoum state in Sudan. Entrance skin dose (ESD) and the effective dose (E) for 229 patients underwent IVU test were directly determined using calibrated TLD (GR200A LiF doped with Mg, Cu and P), or indirectly using the entrance skin dose equation in eight hospitals. Furthermore entrance skin dose (ESD) and the effective dose (E) for 243 adult patients in ASU test and 118 children patients in MCUG test were determined in three different fluoroscopic X-ray machines .Also 145 workers (doctors, nurses, and technologist) in ASU examination were included in this study. It was found that the value of ESD, and the effective dose of IVU and ASU patients in two age ranges were 6.01mGy, and 0.70 mSv for 16- 46 years, 17.2 mGy, and 1.99mSv for >46 years, and15.8mGy and 1.8 mSv for 15-46 years, and 10.2 mGy and 1.19 mSv for >46 years respectively. For MCUG the mean ESD, and the effective dose of patients in three age ranges were 7.04 mGy, and 0.81 mSv for 0-6 years, 8.49 mGy, and 0.99 mSv for >6 11 years, 2.69 mGy, and 0.32 mSv for >11-16 years respectively. Dose reference levels 6.01mGy, 17.2mGy for IVU and 15.8mGy, 10.2 mGy for ASU equivalent to age range 16-46 and >46 years were concluded For MCUG 7.04 mGy 8.49 mGy and 2.69 mGy for ages range 0-6 years, >6 11 years and >10-15 years respectively were concluded .Item Evaluation of sudanese crude oil of the production of lubridcants base stoks(Al Neelain University, 2009) AbdElmahmod Saad Ahmed ElaminAbstract Due to fast growing of the petroleum industry in the Sudan and the very huge need for lubricating oils, they are considered to be the back bone of the modern industry. This study is carried out to determine the suitability of saponin as a natural detergent to be used in engine lubricating oil and also to determine the visibility of producing base oil stocks to supply the local demand of the Sudanese market. Three different blends of crude oils are produced in the Sudan namely: Nile blend, Dar blend block 5B blend. These were preliminary evaluated to choose the most suitable crude oil to produce base oil stocks by comparing of their percentage yields, pour point and wax content. It was found that block 5B blend is the most suitable one for the producing of base oil stocks due to many technical and economical reasons. The studied crude oil samples were collected from the fields and distillated atmospherically using the minitop-combi apparatus which is very advanced automatic equipment complying with the ASTM D2892 (15theoretical plate column) to separate the light component from the crude oil. Then appropriate lube cuts were collected by vacuum distillation according to ASTM D 5236 using the same equipment. The cuts collected at predetermined temperature ranges were analyzed and tested to determine their characteristics. As in the industry all cuts were subjected to several processes either to eliminate some of the undesired components or to enhance some other properties. XV The vacuum residues were subjected to deasphalting process to remove all the asphalts from the cut after that all cuts were dewaxed including the deasphalted oil (DAO) using solvent system "methyl ethyl keton (MEK) and toluene" to enhance the cooling properties of the collected cuts i.e. pour point. A solvent extraction process was then carried out to all cuts to improve the viscosity index and quality of the produced base oil cuts. The produced cuts were tested to determine their characteristics and the production yield was calculated. This study came to conclude that block 5B blend is quite suitable for the manufacturing of lube base oils and it gave different grades of lube base stocks with reasonable yields. The extraction of saponin was carried out from three different plants (Ziziphus abyssinica, Citrullus colocynthis, Balanistes aegyptiaca). The quantity of saponin in these species is 0.3823, 0.1779 and 3.5626 respectively. Then the thin layer chromatography was done for the three saponin to determine the best one. The saponin from Balanistes aegyptiac is the best one and the quantity is greater than the other two saponin. Then the blend of sea w30 was done between cut 480-520°C and cut 520+ and its clearly was done and it found 432mg in 240 hour and classify that it is very clean.Item Faculty of Petroleum and Minerals Al Neelain University(AL-Neelain University, 2015) Anas Jafar Ali MohammedABSTRACT The study area situated between latitudes 120 55/ - 130 46/ N and longitudes 250 00/ - 260 27/ E. The study area suffer from an acute scarcity of water quantity and quality in addition to most of the study area is located in the areas of basement rocks, the natural population growth and its impact on sources of water, increase of the population in the area due to displacement, the lack of the regular checking of wells, there is high concentration of salt in some wells over time in the area and use effect the fertilizers and pesticides in agricultural operations near water sources in the area. The aim of the study are to assess the groundwater chemistry and delineate the sources of salinity and hydrochemical facies in the aquifers system, and evaluate the groundwater flow regime in Sag El Naam Basin (Case Study) based on visual MODFLOW computer Code with aid of pre- and post- processing using GIS, AquiCham, Surfer and Aquitest. A field work was carried out several times to the study area as to collect water samples and field observations. Chemical analyses have been done at Water and Environmental Sanitation Project laboratory (WES) in El Fasher, according to standard methods for water examination. GIS technique was used to construct water sample location sites, Surfer software for distribution the concentration of elements values in the study area and Strater Demo-4 software for lithostratigraphic cross-sections. Chemical data were manipulated using Piper diagram for chemical facies and SPSS software for statistical analyses such as basic statistics (mean and standard deviation). The results show that groundwater in the study area are good in nature and excellent for domestics uses with few exception found to be above the recommended values according to WHO, (2009) and SSMO, (2002) standards. The calibration of three-dimensional finite difference flow model of Sag El Naam basin was realized through the calibration which is acceptable with average (RMS) of 0.14 m, residual mean error of 0.09 m, average absolute mean error (AM) of 0.12 m, average standard error of the estimate (SEE) of 0.02 m and average normalized root mean square (NRMS) of 1.49 %. The main components of water budget were calculated for four years with total Inflow 19, total Outflow 22 and recharge 345 mcm/year. Sensitivity analyses showed that the model is more sensitive to hydraulic conductivity and least sensitive to specific storage and more sensitive to recharge factor compared to the hydraulic conductivity. The predictive simulation for 5 years starting from 2013 shows that the continued pumping will create relatively high changes in head distribution in the model area, and gives a maximum drawdown of 3 m at 2017. Generally this study successfully formulated a new method of groundwater modeling, confirmed that visual MODFLOW can be used as a comparative technique for evaluation of groundwater flow regime in Sag El Naam Basin. الخلاصة تقع منطقة الدراسة بين دائرتى عرض 120 55/ - 130 46/ شمالا وخطى طول 250 00/ - 260 27/ شرقا. تعانى منطقة الدراسة من نقص حاد فى كمية ونوعية المياه بالاضافة الى أغلبها واقعة فى نطاق الصخور الاساسية، النمؤ السكانى الطبيعى والزيادة السكانية الناتجة من النزوح بسبب الحرب وتاثيرها على مصادر المياه، عدم وجود كشف دورى للآبار وذيادة تركيز الاملاح فى بعض الآبار بمرور الزمن و أثر استعمال المبيدات والمخصبات فى العمليات الزراعية بالقرب من مصادر المياه بالمنطقة. أن هدف الدراسة تقييم كيمياء المياه الجوفية و تحديد مصادر الملوحة و السحنة الهيدروكيميائية لنظام الطبقات الحاملة للمياه الجوفية فى المنطقة و تقييم نظام تدفق المياه الجوفية فى حوض ساق النعام الجوفى إستناداً على نمذجة المياه الجوفية وبمساعدة استعمال برامج جى آى أس، أكوكم، سيرفر وأكوتيست. تم عمل العديد من الزيارات الميدانية للمنطقة بغرض جمع عينات المياه للتحليل الكيميائى مع الملاحظات الحقلية. تم تحليل العينات بمعمل مشروع المياه و إصحاح البئية بالفاشر طبقا للطرق القياسية لتحليل المياه. تم إستخدام تقنيات نظام تحديد المواقع العالمى لتحديد مواقع الآبار وبرنامج السيرفر لتوزيع تركيز قيم العناصر وبرنامج استراتر ديمو-4 لعمل القطاع الجيولوجى أيضاءً تم إستخدام مخطط بايبر لمعالجة و معرفة السحنة الهيروكيميائية فى المنطقة و برنامج التحليل الاحصائى لمعرفة المتوسط و الانحراف المعيارى لهذه البيانات. نتائج التحليل الكيميائى للمياه الجوفية فى المنطقة كانت جيدة و ممتازة للاستخدام الآدمى ماعدا بعض العينات القليلة وجدت أعلى من الحد المسموح به على حسب مواصفات منظمة الصحة العالمية (2009) و المواصفات السودانية لمياه الشرب (2002). نموذج التدفق فى حوض ساق النعام الجوفى الحسابات كانت مقبولة وكان متوسط خطأ الجزر التربيعى 0.14 م ومتوسط خطأ الانخفاض المتبقى 0.09 م ومتوسط الخطأ المطلق 0.12 م و متوسط خطأ الانحراف المعيارى 0.02 م ومتوسط جزر التربيع العادى 1.94%.الميزانية المائيه حسبت لفترات الاجهاد الاربعة على التوالى وكان الحجم الكلى للخزن بمتوسط 19 و حجم الضخ بمتوسط 22 و حجم التغذية بمتوسط 345م م3/السنة. أظهرت تحليلات الحساسية بإن النموذج أكثر حساسية للتوصيل الهيدروليكى وأقل حساسية الى الخزن المعين و أكثر حساسية للتغذية مقارنتة للتوصيل الهيدروليكى. المحاكاة التنبؤية لخمسة سنوات من 2013م أظهرت أن الضخ المستمر سيخلق تغيير عالى نسبى فى مستوى الماء الرئيسى فى المنطقة ويعطى أقصى مستوى إنخفاض 3م فى 2017م. عموماً تعتبر نمذجة المياه الجوفية طريقة جديدة وجيدة لتقييم نظام تدفق المياه الجوفية فى حوض ساق النعام الجوفى.Item A GENERAL VARIATIONAL PRINCIPLE OF f(R) GRAVITY ACTION WITH APPLICATIONS IN ASTRONOMY AND COSMOLOGY(Al-Neelain University, 2021-07) FAISAL AMIN YASSEIN ABDELMOHSSINAbstract Application of The Euler-Poisson equation derived from the calculus of variation by varying the Lagrangian function - including second derivative of the Lagrangian function with respect to the dependent variable - of a physical system has very few applications in theoretical and Mathematical physics. The reason that it gains no much interest is higher order ordinary differential equations - fourth-order - it produces, which is very difficult to solve because of the many boundary conditions it requires. Despite that difficulty, it has found an importance in engineering applications in studying bending and deformations of elastic beams under a load, such as wooden or iron girders in a building or a bridge made of steel. The successful application of the Euler-Poisson equation in studying deformation of elastic beams has motivated us to apply it in the field of the general theory of relativity. Our success in arriving at the standard Einstein field equations in empty space-time for the Einstein-Hilbert linear Lagrangian using Euler-Poisson equation-(unpublished work)-has consolidated our motive to extend its application to consider nonlinear Lagrangians. We have studied the variation of action of a general Lagrangian as a functional of the Ricci curvature scalar - which is a function of the fundamental metric tensor, first and second derivative of the fundamental metric tensor with respect to space-time coordinates - that generalizes the Einstein-Hilbert action which a fundamental action in deriving Einstein field equations that describe and used to study gravitation and gravitational related phenomena. The Lagrangian functional of Ricci scalar of the Einstein-Hilbert action is linear in the Ricci scalar, whereas its generalization accommodates non-linear functions of the Ricci scalar, which is an excellent tool in studying gravitational phenomena at varying Ricci scalar functions. مُستخلص في هذه الرسالة تم استنباط معادلات المجالات التثاقلية لدالات لاجرانج غير خطية بإستخدام معادلة لاجرانج وبواسون الغير خطية لانها لا تعاني من مشكلة إيجاد قيمة الحد الطرفي (او الحد الحدودي) ومساواة قيمتة بالصفر والذي تعاني منه النظرية الأصلية التي لم تعالج هذه الحد الحدودي. معادلة المجالات التثاقلية لدالات لاجرانج الغير خطية تم استنباطها من قبل بواسطة هـ . أ . بوخداهل عام 1970 - بإستخدام مبدأ تغاير الفعل الادنى وكان هدفه من ذلك هو ماذا سوف يحدث لو انه تم تغيير الفعل لدالة هيلبرت - اينشتاين الخطية ومن ثم ايجاد معادلات حركة المجال التثاقلي. وتعتبر هذه امتداد وتوسعة لمعادلات اينشتاين للمجال التثاقلي التي عرضها اينشتاين في عام 1915. في إستنباطنا لهذه المعادلات تم إجراء تفاضلات حتى الدرجة التفاضلية الثانية للممتدات بالنسبة للممتد الهندسي الأساس في الزمان - المكان الرباعي الأبعاد لدالة لاجرانج للمجال التثاقلي. لأول مرة فقد توصلنا لإستنباط دالة هاميلتون المحلية لمعادلات المجالات التثاقلية لدالات لاجرانج غير خطية ، ولقد إفتراضنا ان دالة هاميلتون تكافي دالة "طاقة" المجالات التثاقلية عموماً ولإثبات صحة افتراضنا تم تطبيق هذه على دالة إينشتاين وهيلبرت الخطية ، فكانت النتيجة هي ان طاقة المجال التثاقلي المحلية تساوي الصفر وهذه هي بالضبط النتيجة التي توصل اليها اينشتاين في انه في الزمان - المكان المحلي ولبرهة زمنية صغيرة في مجال تثاقلي ، فأنه لا يوجد مجال تثاقلي! وبالتالي ليس هنالك طاقة وهذه هي نظريته التي تسمى "مبدأ التكأفؤ". أيضاً ولأول مرة توصلنا الى ان متغير الإندفاع المصاحب المحلي تساوي قيمته الصفر. تم تطبيق هذه المعادلات الناتجة في علم الفلك على الثقب الاسود وفي علم دراسة الكونيات على كون فريدمان - لاميترى - والكر و روبنسون المتجانس مكانياً ومتجانس أيضاً في كل الإتجاهات. إن دراسة الثقب الأسود والكون في نموذج إنحناءة ريتشي القياسية الثابتة للزمان - المكان في هذه المعادلات الناتجة أوضح سلوك مغاير ومتميز عما نتج من النظرية القياسية لأينشتاين. من هذا النموذج خرجت نظريتنا عن علاقة قيمة إنحناءة ريتشي القياسية الثابتة للزمان - المكان مع قيمة الثابت الكوني الذي ادخله أينشتاين في معادلات المجال التثاقلي الأصلية في الختام تم وضع المعادلات التفاضلية لعدة نماذج اُخرى من هذه المعادلات الناتجة لحلها والذي يتطلب وقت كثير وجهد وبرامج حاسوبية متطورة الى حد مناسب.Item The Geometrical Techniques of Fluid Mechanics(2017) Salma Abbas Abdelgadir KhalilAbstract In this research we deal with the important equations of fluid mechanics. These equations are considered to be of prime importance because they model besides fluids, other phenomena such as cosmos. Being of global nature, they need a geometrical formulation that is free of coordinates. For this reason the geometric concepts such as tensor fields and differential forms on manifolds have been studied. Exterior calculus has been the methodology involved in the geometric formulation of the major equations of fluid mechanics, such as the Continuity equation, the momentum equation, Euler equation and others, the Lie group of diffeomorphisms and the associated concepts that classified flows have also been studied. الخلاصة في هذا البحث تناولنا المعادلات الرئيسية في ميكانيكا الموائع مثل معادلة الأستمرارية، معادلة اويلرو معادلة نافير- ستوكس و معادلات اخرى ولكن بصورة موسعة خاليه من الاحداثيات. حيث ان معادلات حركة الموائع تستخدم ايضا لوصف ظواهر طبيعية مثل حركة الكواكب في الفضاء و علية يجب ان تكون هذه المعادلات شمولية وخاليه من الحداثيات.لصياغة حركة الموائع بهذه الصورة تناولنا اولا مفاهيم هندسية مثل الحقول الموترة (الممتده)ّ،نظرية الاشكال التفاضلية على متعدد الطيات كما استخدمنا التشاكل التفاضلي لمشتقات لاي. وقد كانت نظرية المشتق الخارجي هي المنهجيه التي استخدمت في الصياغ الهندسية لمعادلات حركة الموائع.
- «
- 1 (current)
- 2
- 3
- »