Masters theses : Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/12103
Browse
Item Molecular detection and the Association between Ocular Bacterial Carriage and Active Trachoma among Sudanese children in Gadarif State-Sudan(Al-Neelain University, 2019-10) Abdulazeem Abdulsalam Ibrahim AlkhidirABSTRACT Trachoma, caused by ocular Chlamydia trachomatis strains, is the leading infectious cause of blindness, but its prevalence is now falling in many countries. As the prevalence falls, an increasing proportion of individuals with clinical signs of follicular trachoma (TF and TI) is not infected with C. trachomatis. A descriptive cross sectional population-based survey study was conducted to determine the prevalence of Chlamydia trachomatis and active trachoma (TF and TI) in communities covered by mass drug administration (MDA) with Azithromycin, to test the hypothesis of association between non-chlamydial microbial pathogens (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis) and clinical signs of active trachoma in trachoma-endemic communities with a low prevalence of ocular Chlamydia trachomatis infection. The present study was conducted in Gadarif State during the period from Nov 2016 to Sep 2019 in two localities, Alrahad locality at Jarmai and Gargosha villages and Alglabat eastern locality at Alsaraf Alahmar villages ( Bawi East, Bawi West, Bawi Suth and Bawi Centre ) and Saraf Tabldia village . A total of 3529 children in the age between 1 to 9 years old were clinically examined for the sign of active trachoma, distributed over all villages as following: Tabaldia village (900 children), Bawi East village (507 children), Bawi West (631 children), Bawi Center village (282 children), Bawi South village (200 children) , Gargosha village (500 children) and Jarmai village (509 children). Which are represent all the children of these age that were resident at the villages at time of the study . A number of 409 (11.6%) from all children that were investigated had signs of active trachoma . A total of 409 Samples collected from children who clinically diagnosed as having active trachoma (TF and TI ) and 409 from healthy children of same age, gender and villages for detection of Chlamydia trachomatis DNA and for detection of DNA of Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae and Moraxella catarrhalis. Out of the total 409 children those had trachoma, 35 (6 TF and 29 TF +TI ) were not participating in mass drug administration (MDA) with Azithromycin, while 374 were covered by MDA with Azithromycin, 270 (48 TF and 222 TF +TI ) of them had one annual round, 94 (24 TF and 70 TF +TI ) had two annual round and 10 (5 TF and 5 TF +TI ) had three annual round of drug . Data and results were analyzed using SPSS program version 25 to determine the frequency and significant rates, illustration of graphs and build logistic regression models to assess the association between Ocular Bacterial Carriage of four pathogens commonly found in the nasopharnyx (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae and Moraxella catarrhalis) . The overall result revealed that the Prevalence of Chlamydia trachomatis among active trachoma was 24.7% (101/409) distributed over all villages as following: Tabaldia village 13.1% (13/99) children, Bawi East village 23.7% (18/76) children, Bawi West 23.7% (14/59) children, Bawi Center village 43.8% (32/73) children, Bawi_South village 54.5% (6/11) children, Gargosha village 32.1 (9/28) children and Jarmai village14.3% (9/ 63) children . From101 children those had Chlamydia trachomatis , 92(91.10%) were covered by MDA with Azithromycin, while 9 (8.90%) were not participate in mass drug administration (MDA) with Azithromycin. In this study, According to age the prevalence of active trachoma increases remarkably from 2-5 years of age with highest prevalence of (19.8%) among the age of 3 years . Regarding gender there was no big difference of prevalence of active trachoma between Males (52.30%) and females (47.70%). There was strong significant correlation between the absence of tap water in the houses and trachoma infection P value < 0.001, also there was significant correlation between the absence of latrine in the houses and trachoma infection P value = 0.036 , and more over there was statistical correlation between the trachoma infection and the presence of trachoma in the family P value = 0.019. Chlamydia trachomatis and Haemophilus influenzae was the only pathogens associate with active trachoma in this study . ملخص الإطروحة التراكوما ، التي تسببها سلالات المتدثرة الحثرية في العين ، تعتبر من الاسباب الرئيسية المسببه للعمى ، لكن انتشاره يتناقص الآن في العديد من البلدان. مع انخفاض معدل انتشار الإصابة تتزايد نسبة عدم وجود باكتريا المتدثرة الحثرية لدى الأفراد الذين يعانون من علامات سريرية لمرض التراكوما . هذه دراسة وصفية مستعرضة أجريت لتحديد مدى انتشار المتدثرة الحثرية والتراكوما النشطة في الاطفال الذين تم اعطائهم عقار الازيثرومايسين في اطار البرنامج العالمي للقضاء علي مرض التراكوما والاطفال الذين لم يتناولو المضاد الحيوي لاختبار فرضية الارتباط بين مرض الاعراض السريريه لمرض التراكوما وبعض انواع البكتريا غير المتدثره الحثريه التي تتسبب بمرض التراكوما مثل (المكورات العنقودية الذهبية ، العقدية الرئوية ، المستدمية النزلية ، والموراكسيلا النزليه) في المجتمعات الموبوءة بمرض التراكوما علي ضوء انخفاض وجود باكتريا المتدثرة الحثريه في العين. أجريت هذه الدراسة في ولاية القضارف خلال الفترة من نوفمبر 2016 إلى سيتمبر 2019 في منطقتين ، محلية الرهد في قريتي جرماي وقرقوشا ومحلية القلابات الشرقية في قري السرف الأحمر (قرى باوي الشرقية ، باوي الغربيه ، باوي وسط وباوي الجنوبيه) و قرية سرف تبلديه . تم فحص ما مجموعه 3529 طفلاً تتراوح أعمارهم بين 1 إلى 9 سنوات بحثًا عن علامة التراكوما النشطة ، موزعة على جميع القرى على النحو التالي: قرية تبلديه 900 طفل ، قرية باوي الشرقية 507 طفل ، قرية باوي الغربيه 631 طفل ، قرية باوي وسط 282 طفلاً ، وقرية باوي الجنوبيه 200 طفل ، وقرية قرقوشة 500 طفل ، وقرية جرماي 509 أطفال. والتي تمثل جميع أطفال القرى في هذه السن. كان لدى 409 (11.6٪) من جميع الأطفال الذين تم فحصهم علامات التراكوما النشطة موزعة على جميع القرى على النحو التالي: قرية تبلديه (24.38٪)99 طفل ، قرية باوي الشرقية76 (18.58٪) طفل ، قرية باوي الغربيه 59 (14.43٪) طفل ، وقرية باوي وسط 73 (17.85٪) طفل ، وقرية باوي الجنوبية 11 (2.69٪) طفل ، وقرية قرقوشة 28 (6.85٪) اطفل ، وقرية جرماي 63 (15.40٪) طفل. من بين 409 طفلاً كان لديهم علامات مرض التراكوما ، لم يشارك 35 (6 TF و 29 TF + TI) في حملات التوزيع الجماعى السنوي للدواء(MDA) بدواء الازيثرومايسين ، بينما تمت تغطية 374 بالأزيثروميسين ، 270 منهم اخذ جرعة سنوية واحدة ، 94 منهم اخذ جرعتات سنويتان و 10 منهم اخذ ثلاث جرعات سنوية. ما مجموعه 409 عينة تم جمعها من كل الاطفال الذين تم تشخيصهم وفق علامات التراكوما النشطة و409 عينة تم جمعها من الأطفال الأصحاء من نفس العمر والجنس والقرى (لبناء نمذج الانجدار اللوجستي) للكشف عن الحمض النووي للكلاميديا الحثرية و للكشف عن الحمض النووي للمكورات العنقودية الذهبية والمكورات العقدية الرئوية ، المستدمية النزلية و الموراكسيلا النزليه . تم تحليل البيانات والنتائج باستخدام الإصدار 25 من برنامج SPSS لتحديد التواتر والمعدلات المعنويه ، وتوضيح الرسوم البيانية وبناء نماذج الانحدار اللوجستي لتقييم فرضية الارتباط بين العينية البكتيريات الاربع التي توجد بشكل طبيعي في العين وهى من مسببات للأمراض الشائعة الموجودة في البلعوم الأنفي (المكورات العنقودية الذهبية ، المكورات العقدية الرئوية ، المستدمية النزلية و الموراكسيلا النزليه) . كان انتشار المتدثرة الحثرية بين ألاطفال الذين يعانون من التراخوما النشطه الذين تتراوح أعمارهم بين 1 و 9 سنوات 24.7 ٪ (101/409): قرية تبلدية 13.1٪ (13/99) ، قرية باوى الشرقية23.7 ٪ (18/76) ، باوي الغربية 23.7 ٪ (14/59) ، قرية باوي وسط 43.8 ٪ (32/73) ، قرية باوي الجنوبيه 54.5 ٪ (6/11) ، قرية قرقوشة 32.1 (9/28) وقرية جرماي 14.3 ٪ (9/63) طفل. وكانت الحثرية الكلاميديا والمستدمية النزليه هما اللتين اثبتتا وجود ترابط بينهما ومرض التراكوما في المرحله النشطه في هذه الدراسة . من 101 من الأطفال الذين أصيبوا بالمتدثرة الحثرية ، 9 (8.90 ٪) لم يتعاطو دواء الازيثرومايسين خلال حملات التوزيع الجماعى السنوي للدواء(MDA) ، بينما تمت تغطية 92 (91.10 ٪) بالأزيثروميسين، 63 (62.40 ٪) منهم اخذ جرعة سنوية واحدة ، 26 (25.70 ٪) منهم اخذ جرعتات سنويتان و 3 (3.00 ٪) منهم اخذ ثلاث جرعات سنوية. في هذه الدراسة ، ووفقًا للفئات العمرية ، يزيد معدل انتشار التراخوما النشطة بشكل ملحوظ في عمر 2-5 سنوات مع أعلى معدل انتشار (19.8٪) في سن 3 سنوات. لا يوجد فرق كبير في انتشار التراخوما النشطة بين الذكور (52.30 ٪) والإناث(47.70%) . كانت هناك علاقة معنوية قوية بين عدم وجود ماء الصنبور في المنازل وعدوى التراكوما P <0.001 ، وكان هناك أيضًا ارتباط كبير بين عدم وجود مرحاض في المنازل وعدوى التراكوما P = 0.036 ، بينما لم يكن هناك ارتباط إحصائي بين عدوى التراكوما ووجود التراكوما في افراد الأسرة الاخرين .