PHD theses : Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/12104
Browse
2 results
Search Results
Item Association of Genteic VEGF-A Polymorphisms ( (rs2010963) G/C and (rs35569394) (I/D) at 2549Position in diabetic retinopathy and nephropathy among Sudanese in Khartoum State)(Al-Neelain University, 2021-08) Hoyam Yousif Hussin AlimamBackground: Diabetes mellitus (DM), commonly known as diabetes, is a group of metabolic disorders characterized by a high blood sugar level over a prolonged period of time[1] .DM is a large problem worldwide. This disease can develop and lead to complications of the most famous of them diabetic retinopathy and nephropathy More recently, studies have discovered vascular endothelial growth factor (VGF) as biomarkers that aid in the diagnosis and progression of DM complications DR and DN.(VEGF), originally known as vascular permeability factor (VPF), is a signal protein produced by cells that stimulates the formation of blood vessels. Objectives: this study aimed to detect genetic polymorphism in vascular endothelial growth factor and estimate serum level of VEGF among Sudanese patients as well as to identify the association of this polymorphism and level of VEGF protein in diabetic retinopathy and nephropathy. Material and methods: this is a cross-sectional study conducted at Selma center of kidney disease for diabetic nephropathy and MAKAA HOSPITAL and ZENAM hospital for diabetic retinopathy during the period from June 2018 to June 2020. A structural questionnaire was designed to collect the demographic and clinical data concerning each participant. Biochemical test including glucose, HBA1c and measurement of vegf level by ELISA The genomic DNA was extracted from blood samples collected from patient have diabetic DR and DN and controls, then VEGF gene was amplified using polymerase chain reaction (PCR) The data were analyzed using SPSS with reference p.value of 5% (0.05) was considered to be statistically significant. The frequencies were obtained for clinical data. The test of goodness of fit and the test of independence using chi- square were performed to test the biochemical variables Results:This study included 252 subjects divided into four groups of 63 subjects each. Regarding the gender in the present study there was 55.6%, 41.3% and 54% males, and 44.4%, 58.7% and 46% females in healthy, DM without DR and DM with DR groups, respectively.The healthy group had age mean of 62.24±1.74, the DM group had age mean of 62.08±1.54 and the DR group had age mean of 67.92±1.13.The HBA1c levels had the highest mean in the DR group, DN group followed by DM without DR (compared with healthy control group similarly, the glucose levels.This study in diabetic retinopathy patient revealed that patients with GC genotypes will be 57.6 % higher at risk to develop DR and 40 % lower at risk to develop DM than those without GC genotype. While, patients with CC genotypes will be 83.2 % higher at risk developing DM and 36.8 % higher at risk developing DR than those without CC genotype. In addition, patients with GG genotypes will be 13.7 % higher at risk to develop DM and 50.9 % lower at risk to develop DR than those without GG genotype. In diabetic nephropathy The I allele was slightly dominant (50.7%) over the D allele (49.3%) in all studied group. The present study observed that all groups were significantly different form each other. Likewise, the I/D genotype (60.3%) in the DC group was the significantly the highest compared to the NC and DN groups (42.9% and 28.6% respectively). Also, the D/D genotype percentage (50.8%) in DN group was significantly the highest compared to the NC and DC groups (17.5% and 14.3% respectively). Conclusion: there was a strong association between increased plasma VEGF levels in Sudanese diabetic patients with progress and development of DR, DN. This study in diabetic retinopathy patient revealed that patients with GC genotypes will be 57.6 % higher at risk to develop DR. The D/D genotype percentage (50.8%) in diabetic nephropathy group was significantly the highest compared to the NC and DC groups المستخلص الخلفية : داء السكري (DM) ، المعروف باسم مرض السكري ، هو مجموعة من الاضطرابات الأيضية التي تتميز بارتفاع مستوى السكر في الدم على مدى فترة طويلة من الزمن, ويمثل DM مشكلة كبيرة في جميع أنحاء العالم. يمكن أن يتطور هذا المرض ويؤدي إلى مضاعفات أشهرها اعتلال الشبكية السكري واعتلال الكلية في الآونة الأخيرة ، اكتشفت الدراسات عامل النمو البطاني الوعائي (VEGF) المعروف باسم عامل نفاذية الأوعية الدموية (VPF) وهو بروتين إشارة تنتجه الخلايا التي تحفز تكوين الأوعية الدموية كمؤشر لتطور المضاعفات. الهدف من الدراسة : الكشف عن تعدد الأشكال الوراثية في عامل نمو بطانة الأوعية الدموية وتقدير مستوى مصل VEGF بين المرضى السودانيين وكذلك التعرف على ارتباط تعدد الأشكال ومستوى بروتين VEGF في اعتلال الشبكية السكري واعتلال الكلية. طرق البحث : هذه دراسة مقطعية أجريت في مركز سلمى لأمراض الكلى لاعتلال الكلية السكري ومستشفى مكة ومستشفى زينام لاعتلال الشبكية السكري خلال الفترة من يونيو 2018 إلى يونيو 2020. تم تصميم استبيان هيكلي لجمع البيانات الديموغرافية والسريرية المتعلقة بكل مشارك. اختبار الكيمياء الحيوية بما في ذلك الجلوكوز ، HBA1c وقياس مستوى VEGF بواسطة ELISA تم استخراج الحمض النووي الجيني من عينات الدم التي تم جمعها من المريض المصاب ب DR و DN و DMو NC، ثم تم تضخيم جين VEGF باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) تم تحليل البيانات باستخدام برنامج SPSS.كما تم الحصول على الترددات للبيانات السريريةوإجراء اختبار جودة الملاءمة واختبار الاستقلالية باستخدام chi-square لاختبار المتغيرات البيوكيميائية. النتائج: اشتملت هذه الدراسة على 252 موضوعًا مقسمة إلى أربع مجموعات كل منها 63 فردًا. فيما يتعلق بالجنس في الدراسة الحالية كان هناك 55.6٪ و 41.3٪ و 54٪ من الذكور و 44.4٪ و 58.7٪ و 46٪ من الإناث الأصحاء ، DM وDR و DM على التوالي. كان لدى المجموعة الصحية متوسط عمر 62.24 ± 1.74 ، وكان متوسط عمر مجموعة DM 62.08 ± 1.54 وكان متوسط عمر مجموعة DR يبلغ 67.92 ± 1.13. كان لمستويات HBA1c أعلى متوسط في مجموعة DR ، ثم مجموعة DN تليها DM (مقارنة مع مجموعة التحكم الصحية بالمثل ، مستويات الجلوكوز. كشفت هذه الدراسة في مرضى اعتلال الشبكية السكري أن المرضى الذين يعانون من الأنماط الجينية GC سيكونون أكثر عرضة للخطر بنسبة 57.6 ٪ لتطوير DR و 40٪ أقل عرضة للإصابة بمرض السكري من أولئك الذين ليس لديهم النمط الوراثي GC. في حين أن المرضى الذين يعانون من الأنماط الجينية CC سيكونون 83.2٪ أكثر عرضة للإصابة بمرض DM و 36.8٪ أكثر عرضة لخطر الإصابة بـ DR من أولئك الذين ليس لديهم النمط الوراثي CC. بالإضافة إلى ذلك ، سيكون المرضى الذين يعانون من الأنماط الجينية GG أكثر عرضة للإصابة بمرض السكري بنسبة 13.7٪ وأقل بنسبة 50.9٪ للإصابة بمرض السكري مقارنة بأولئك الذين ليس لديهم النمط الجيني GG في اعتلال الكلية السكري ، كان الأليل I هو المسيطر بشكل طفيف (50.7٪) وD allele (49.3٪) علي التوالي في جميع المجموعات المدروسة. لاحظت الدراسة الحالية أن جميع المجموعات كانت مختلفة بشكل كبير عن بعضها البعض. وبالمثل ، كان النمط الوراثي (I/D60.3٪) في مجموعة DC هو الأعلى بشكل ملحوظ مقارنة بمجموعات NC و DN(42.9٪ و 28.6٪ على التوالي). أيضا ، كانت نسبة التركيب الوراثي D/D (50.8٪) في مجموعة DN الأعلى معنويا مقارنة بمجموعتي NC و DC( 17.5٪ و 14.3٪ على التوالي) الخلاصة: كان هناك ارتباط قوي بين زيادة مستويات VEGF في البلازما في مرضى السكري السودانيين مع تقدم وتطور DR، DN. كشفت هذه الدراسة التي أجريت على مريض اعتلال الشبكية السكري أن المرضى الذين يعانون من الأنماط الجينية GC سيكونون أكثر عرضة بنسبة 57.6 ٪ لتطوير DR. كانت نسبة التركيب الوراثي D / D (50.8٪) في مجموعة اعتلال الكلية السكري (DN) أعلى معنوياً مقارنة بمجموعتي NC و DC.Item Molecular Characterization of ApoE Gene Polymorphism and Biochemical Profile in Traumatic Brain Injury among Sudanese Patients with Head Injury(Neelain University, 2019-03) Salma Hussein Abdalla ElhassanAbstract Background: Traumatic brain injury (TBI) is defined as an alteration in brain function caused by an external force; it is responsible for high mortality around the world. Prognosis of patient’s outcome after TBI primarily incorporates clinical predictors, such as age, pupillary reactivity, motor score, and computerized tomography characteristics. S-100B proteins are one of the most recent biomarkers that aid in diagnosis and prognosis for individuals sustaining TBI. Apo lipoprotein E gene one of the genes associated with outcome from brain injury and plays a role in the transportation of lipids in cerebrospinal fluid, while also contributing to the maintenance of microtubules within neurons, and to the neural transmission itself. Objectives: this study aimed to detect the genetic polymorphisms in Apolipoprotein E and estimate serum S100 B protein level among Sudanese TBI patients as well as to identify the association of this polymorphism and the level of the S100 B protein with outcome after TBI. Material and methods: this is a cross-sectional study conducted at the National Center for Neurological Sciences, Khartoum, Sudan, during the period from October 2015 to October 2018. A structural questionnaire was designed to collect the demographic and clinical data concerning each participant. Biochemical tests including glucose, calcium and electrolytes and measurement of S-100 B by ELISA were conducted. CT image findings of each patient were recorded and the outcome of patients was determined using Glasgow Outcome Score (GOS). The genomic DNA was extracted from blood samples collected from the traumatic brain injury patients and controls, and then ApoE gene was amplified using polymerase chain reaction (PCR). Thereafter, 66 ApoE PCR products were sent for sequencing to Macrogen Europe Laboratory. The data were analyzed using SPSS version (21), with reference p. value of 5% (0.05) was considered to be statistically significant. The Frequencies were obtained for clinical data. The test of goodness of fit and the test of independence using chi-square were performed to test the biochemical variables. The sequencing results were analyzed using different bioinformatics soft wares and tools. The obtained sequences, aligned using BioEdit- ClustalW software with a normal sequence from GenBank retrieved from National Center of Biotechnology Information were examined for the presence of polymorphisms. Results: Two hundred and ten patients with traumatic brain injury and one hundred and fifty normal healthy individuals were selected as control. Males constituted 91.0 % of the study population. The most affected age group was 19-34 years (35.7%), followed by the age group 51-66 years (19.0%) (P = 0.000). There was a statistically significant association between blood glucose, sodium, calcium and the outcome of TBI. S-100 B protein was performed in 89 patients and the results indicated that 97.7% of the patients presented with S-100 B protein results more than 100 ng/L, and S-100 B protein was correlated with the CT findings, GCS, and GOS. The ApoE4 allele was detected in 93% of patients. The sequencing results showed that G>A substitution was detected in 16 of the samples constituting 24%, in addition, G>T (G138V) was found in 10.6% of the samples, A>G (K164R), was seen in 7.6%. Moreover, known mutations with registered numbers in the NCBI database (rs7412, rs773479792, rs779569800, rs868094551) were detected in our data. Polymorphic C>A was detected in 20% samples. The control samples were analyzed and confirmed using BLASTn data base, the result indicated that only 3 samples were matched ApoE reference sequence, only G>A substitution was detected within these samples. Conclusion: There was a strong association between hypernatremia and an increased rate of mortality in Sudanese patients with TBI. S- 100 B protein level was higher in patients with TBI and there was an association between S-100 B protein level>150 ng/L and outcome after TBI. Ninety three percent (93%) of the patients in our study were associated with ApoE4 allele. G138V and K164R were detected in SDH and brain edema; moreover, G138V was detected in HC, SAH, and axonal injury, while K164R was detected in epidural hemorrhage. All mutations of ApoE gene at exon 4 were detected only in patients with poor outcome. المستخلص الخلفية: الاصابات الدماغية الرضخية هي تغيير في وظائف الدماغ نتيجة لقوة خارجية وهي سبب رئيسي لارتفاع معدلات الوفاة في العالم،هناك مؤشرات مختلفةتؤثر على تطور المرض ،منها ماهو سريري كالعمرواستجابة حدقة العين للضوءومعدل الاستجابة الحركية وصور الاشعة المقطعية. في الأونة الأخيرة اكتشف بروتين اس 100 كأحد المؤشرات البيولوجية التي تساعد في تشخيص ومتابعة تطور حالات اصابات الدماغ . بالإضافة لذلك يتأثر تقدم الحالة في إصابات الدماغ الرضخية بالطفرات في الجين المسؤول عن تكوين البروتين الشحمي E والذي يلعب دورا في انتقال الدهون من والى سائل الدماغ الشوكي ويساهم في المحافظة على الأنابيب الدقيقة في الأعصاب و ايضا الحفاظ على الارسال العصبي . الهدف من الدراسة: اكتشاف التعدد الشكلي لجين البروتين الشحمي (E) والكشف عن مستوى البروتين S-100 ودراسة العلاقة بينهما وبين التطور التشخيصي للإصابات الدماغية الرضخية . طرق البحث: أجريت هذه الدراسة المستعرضة في المركز القومي لأمراض الجهاز العصبي في الفترة بين اكتوبر 2015 واكتوبر 2018 . صممت استبيانات لجمع البيانات الديموغرافية والسريرية للمرضى المشاركين في الدراسة. ثم اجريت فحوصات لقياس المحتوى الكيميائي والذي يشمل السكر و الكالسيوم والشوارد الكهربية . كما تم قياس مستوى بروتين (S-100) عن طريق الفحص الممتز المناعي المرتبط بالانزيم. كما سجلت نتائج فحوصات الأشعة المقطعية ومقياس غلاسكو للاستجابة للمرض. أخذت عينات من دم المصابين لاستخلاص الحمض النووي وعولجت بتفاعل سلسلة البوليمرات لاكتشاف جين البروتين الشحمي. وقورنت بعينات لأشخاص سليمين، ارسلت 66 عينة لمختبر مايكروجين لعرض التسلسل النكليوتيدي لجين البروتين الشحمي . حللت البيانات السريرية والكيموحيوية إحصائيا عن طريق برنامج الحزمة الإحصائية للعلوم الاجتماعية النسخة 21 مع اعتماد قيمة احتمال اقل اومساوي لخمسة في المائة معتمدة احصائيا. حللت البيانات الجينية بواسطة برامج تحليل المعلوماتية الحيوية.تمت دراسة العلاقة الإحصائية للمؤشرات السريرية والكيموحيوية والمناعية مع تطور التشخيص المرضي باختبار مربع كاي.اما التسلسل النيوكلوتيدي للجين فقد حلل ببرامج معلومات حيوية مختلفة كالتحرير الحيوي وكلوستال دبليو وتمت مقارنتها بعينات من بنك جينات المركز القومي للمعلومات التقنية الحيوية للكشف عن التعدد الشكلي للجين. النتائج: وجدت الدراسة في 210 شخص مصاب دماغيا و150 شخص سليم ان اغلب المصابين كانوا ذكور بنسبة 91%، من بين المصابين 35,7 % كانت اعمارهم تتراوح مابين 19 الى 34سنة نزولا الى 19% مابين 51-66 سنة باحتمال مصادفة صفر . كما وجدت علاقة ذات دلالة احصائية لسكر الدم والصوديوم والكالسيوم مع تطور المرض. تم فحص مستوى بروتين S-100 في 98 منالمصابين وكانت كميته اعلى من 100 نانوقرام لكل لتر بنسبة 97.7% وعلاقة معتمدة مع نتائج صور الأشعة المقطعية ومقياس غلاسكو للوعي ومقياس غلاسكو للحصيلة المرضية.