PHD theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496
Browse
5 results
Search Results
Item Thesis submitted in fulfillment of the requirements of Ph.D. in Medical Parasitology (Molecular-Parasitology)(Al-Neelain University, 2011) Elamin Abdulkareem ElaminAbstract Introduction: In regions highly endemic for malaria, the prevalence of placental malaria ranges from 30% to 60% and has been associated with increased risk of adverse infant outcomes, particularly in primigravidae The study was conducted on mothers after delivery to detect hidden Plasmodium falciparum parasite, merozoite surface protein (msp1) & (msp 2) by PCR technique.75 pregnant women were enrolled in the study; the mean age of them was 26.30 ± 7.02. 5ml of venous blood were collected from the mothers after delivery. Materials and methods: Approximately, 5ml of venous and placental blood were obtained from 75 mothers after delivery, attended Omdurman Maternity Hospital, which is one of the largest maternity hospitals in the capital Khartoum. The mean age of the mothers was 26.3±7.02.The study was conducted during the period January to May 2009. Genomic DNA was extracted from peripheral and placental blood samples using modified phenol chloroform technique. The msp-1 allele (MAD20,) and msp-2 allele A1, A2, B1 and B2, P. falciparum primers were used for PCR. The PCR product was analyzed on 1.5% Agarose gel and visualized by gel documentation system after ethidium bromide staining. Results: The results revealed that the overall malaria detection rate in peripheral blood and placental blood using ICT was 10.7%. With the PCR (msp-1 alleles) the detection rate of malaria in peripheral blood was found to be 9.3%, while in placental blood the same technique showed a detection rate of 10.7%. For PCR (msp-2 alleles), the detection rate of malaria in peripheral blood was 12%, while in placental blood the same technique showed detection rate of 21.3% malaria. p The detection rate of the different combination of the positive and negative results in peripheral and placental blood by using msp-1 alleles revealed that the highest rate (84%) was reported among the peripheral negative & placental negative group while the lowest rate (4%) was reported among the peripheral positive and placental positive. The detection rate of the different combination of the positive and negative results in peripheral and placental blood by using msp-2 alleles revealed that the highest rate (72%) was reported among the peripheral negative & placental negative group while the lowest rate (5.3%) was reported among the peripheral positive and placental positive . When msp-1 and msp-2 alleles used in combined way for the detection of malaria parasite in peripheral and placental blood, they revealed that they were identical in 66.7% of examined samples, discordant in 10.7% of the samples, positive in peripheral blood and not in placental blood in 8% of the samples and positive in placental blood not in peripheral blood in 14.7% of the samples. Out of the 53 cases with no previous history of malaria when using the ICT, 14 were found negative for malaria and out of the 5 positive cases with previous history of malaria, 3 were found positive. For the msp-1 used in peripheral blood, out of 52 cases with no previous history of malaria, 16 were found positive for malaria and out of the 6 cases with previous history of malaria, 1 case was found positive for malaria. For the msp-1 used in placental blood, out of the 51 cases with no previous history of malaria, 16 were found positive for malaria and out of the 7 cases with previous history of malaria, 1 case was found positive for malaria. For the msp-2 used in peripheral blood, out of 51 cases with no previous history of malaria, 15 were found positive for malaria and out of the 7 cases with previous history of malaria, 2 cases were found positive for malaria. For the msp-2 used in placental blood, out of 46 cases of no previous history of malaria, 13 were found positive for malaria and out of the 11 cases with previous history of malaria, 4 cases were found positive for malaria. When using the msp-1 for peripheral blood, the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.187 and it was 3.1833 among the positives. When using the msp-1 for placental blood the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.1967 and it was 3.1000 among the positives. When using the msp-2 for peripheral blood the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.1705 and it was 3.3286 among the positives. When using the msp-2 for placental blood the result showed that the mean body weight among the negative was 3.1786 and it was 3.1889 among the positives. Conclusion: In the vast majority of cases, some sequestered genotypes remain hidden, undetected in the peripheral circulation, indicating that analysis of peripheral parasites generates a partial picture of a P. falciparum infection. The cord blood must be collected from the umbilical cord to detected placental P. falciparum infection particularly in primigravidae الخلاصة مقدمة:- فى المناطق التى تنتشر فيها الملاريا بكثافة , تكون نسبة الاصابة للمشيمة حوالى 30% الى 60% وهذا يؤثر على الجنين بصورة مباشرة خاصة فى الحمل الاول . هذه الدراسة على السيدات بعد الولادة مباشرة لاكتشاف اقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجلية المتصورة عن طريق تقنية تفاعل البلمرة السلسلى. المواد و الاساليب:- تم جمع حوالى 5 مل من دم الوريد و المشيمة من السيدات (75) موضوع الدراسة بعد الولادة مباشرة وذلك فى مستشفى امدرمان للولادة احد اكبر المستشفيات للولادة فى العاصمة الخرطوم خلال الفترة ما بين يناير و مايو من العام 2009.كان المتوسط العمرى للنساء 7.02 ± 26.3 . تم استخراج الحمض النووى من عينات الدم الطرفية و المشيمية بواسطة طريقة الفينول كلوروفورم المعدلة . كما تم استخدام البرايمرات الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1و2 ف تقنية تفاعل البلمرة السلسلى , المستخلص من هذه التقنية تمت معالجته بحوالى 1.5 من الجل ومن ثم القراءة بواسطة التصوير الهلامى بواسطة الاشعة بعد تلطيخه بالاسيديوم بروميد. النتائج:- اظهرت نتيجة الفحص للدم الطرفى و المشيمى عن طريق التفاعلات المناعية الكروموتقرافية ان نسبة الاصابة كانت حوالى %10.7. بينما كانت نسبة الاصابة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 هى %9.3 للعينات الطرفية. بينما كانت النتيجة فى عينات المشيمة هى%10.7 . بينما كانت نسبة الاصابة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 هى %12 للعينات الطرفية . بينما كانت النتيجة فى عينات المشيمة هى %21.3 . اظهرت النتائج نسب مختلفة للمجموعات من حيث سلبية وايجابية النتيجة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 حيث كانت اعلى نسبة عندما كانت النتيجة سلبية فى عينات الدم الطرفية و المشيمية وهى (%84). بينما كانت ادنى نتيجة عندما كانت النتيجة ايجابية فى الدم الطرفى و المشيمى وهى (%4). كما اظهرت النتائج نسب مختلفة للمجموعات من حيث سلبية وايجابية النتيجة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 حيث كانت اعلى نسبة عندما كانت النتيجة سلبية فى عينات الدم الطرفية و المشيمية وهى (%72). بينما كانت ادنى نتيجة عندما كانت النتيجة ايجابية فى الدم الطرفى و المشيمى وهى (%5.3) . عندما تم استعمال تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 و 2 للدم الطرفى و المشيمى كانت النسب , متماثلة فى %66.7 من العينات , مختلفة فى %10.7, كما كانت النسب ايجابية فى الدم الطرفى وسلبية فى المشيمى فى %8, وايجابى فى الدم المشيمى وسلبى فى الطرفى فى %14.7 . فى حوالى 53 من من ليس لهم اصابة سابقة بالملاريا وجد فقط 14 لهم نتيجة ايجابية ومن 5 كان لهم تاريخ اصابه بالمرض ظهر واحد فقط بنتيجة ايجابية. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم الطرفى فمن حوالى 52 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 16 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 6 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا فقط واحد ايجابى لنتيجة. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى فمن حوالى 51 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 16 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 7 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان عينتين فقط ايجابيتين اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم الطرفى فمن حوالى 51 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 15 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 7 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان عينتين فقط ايجابيتين. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى فمن حوالى 46 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 13 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 11 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان 4 عينات ايجابية . عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم الطرفى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.187 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1833 .اما عندما استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1967 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1000 . عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم الطرفى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1705 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.3286 .اما عندما استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم المشيمى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1786 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1889Item The Role of Immunoglobulin Heavy Chain Gene Rearrangement in The Diagnosis of B-cell line Non-Hodgkin’s Lymphoma(Al-Neelain University, 2016) Nour Mahmoud Abdelateif AliAbstract Background: Lymphomas are a group of malignant diseases generally present as solid tumors of the lymphoid system. The major forms of malignant lymphomas (B- and T-cell) are broadly categorized into Hodgkin’s and non-Hodgkin’s types. Majority of NHL are B-cell origin.One of the major requirements in clinical oncology is early and accurate diagnosis of cancer and monitoring of disease progression. The importance of accurate diagnosis and effective management of lymphomas has been heightened by their increasing incidence.Molecular analysis, aimed not only at a more precise disease definition, but also at recognising factors that can predict prognosis and response to treatment. Aim: to reveal the usefulness of polymerase chain reaction analysis of the IgH chain gene rearrangement in the diagnosis of B-cell NHLs in Sudan. Samples and methods:A total of 113 patients were prospectively enrolled in this study from January 2013 to December 2014. The patients were divided into two groups, group of them were diagnosed as B-NHL morphologically then confirmed by immunohistochemistry (81 cases). Another group of patients were suspected to have B-NHL only by morphology while immunohistochemistry was failed to confirm the diagnosis and those were reported as inconclusive (32 cases).The specimens were extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded sections and used forIgHgene rearrangement polymerase chain reaction analyses. Results: IgHgene rearrangement was detected in 106 cases (93.8%) using FR3 primers and in 85 cases (75.2%) using FR2 primers. Simultaneous use of FR2 and FR3 increase the detection rate of monoclonality to 99.1%. FR2 primers detect the clonality in all cases with inconclusive immunohistochemistry (100%) while FR3 primers detect the clonality in 28 cases (87.5%). Comparable to immunohistochemistry IgH gene rearrangements were detected using FR3 with insignificant difference (P.value: 0.08), while a significant differences were detected with FR2 and combined clonality (FR2 and FR3) (P.value: 0.00) and (P.value: 0.03) respectively. A significant difference was detected when examining detection of clonality using FR3 primers in relation to the site of biopsy (P.value: 0.00). Conclusion: The results of this study further emphasize the value of gene rearrangement study in cases without a definite diagnosis in immunomorphologic studies. FR3 assay was superior to FR2 assay, although FR2 helped to increase the overall clonality rate to 99.1%.Application of primers directed against different frameworks increases the reliability of the detection of clonal IgH gene rearrangements. الخلاصة الخلفية:الليمفوما هي مجموعة من الامراض الخبيثة التي تتمثل بصفة عامة في الأورام الصلبة للنظام الليمفاوي.الاشكال الرئيسية للأورام الليمفاوية الخبيثة (خلايا ب وت)يتم تصنيفها بشكل عام الي هودجكن وغير هودجكن.غالبية النوع غير هودجكن من اصل الخلايا ب.واحدة من المتطلبات الرئيسية في علم الاورام السريري هي التشخيص المبكر والدقيق للسرطان والتحكم في تطور المرض. اهمية التشخيص الدقيق و الادارة الفعالة لورم الغدد الليمفاوية اصبحت واضحة عن طريق زيادة معدل الاصابة بها.التحليلات الجزيئية التي تهدف ليس فقط الي تعريف المرض اكثر دقة , ولكن ايضا في معرفة العوامل التي تمكن من التنبؤ بتطور المرض والاستجابة للعلاج. الهدف:للكشف عن فائدة تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل في اعادة ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد واهميته في تشخيص الليمفوما غير هودجكن نوع(ب) في السودان. العينات وطريقة البحث:تضمنت هذه الدراسة مجموع113 مريضا في الفترة من يناير 2013 الي ديسمبر 2014. وقد تم تقسيم المرضي الي مجموعتين, مجموعة منهم تم تشخيصها كغير هودجكن نوع(ب) شكليا ثم اؤكد مناعيا (81حالة). والمجموعة الثانية كان يشتبه ان لديهم المرض غير هودجكن نوع(ب) شكليا في حين فشل تاكيد التشخيص مناعيا وتم تسجيلهم كحالات غير محددة التشخيص(32 حالة). تم استخراج العينات من اقسام البارافين المثبتة بالفورمالين واستخدمت في تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل في اعادة ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد. النتائج:تم الكشف عن ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد في 106 حالة(93.8%) باستخدامFR3 و85 حالة(75.2%) باستخدام FR2 . زاد معدل الكشف عن التنسيل الي 99.1%.FR2و FR3 الاستخدام المتزامن ل كشف FR2عن التنسيل في جميع الحالات غير محددة التشخيص(100%), بينما كشفFR3 عن 28 حالة(87.55). مقارنة بالتحليل المناعي وجد اختلاف غير معنوي مع ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد باستخدام FR3 (p.value: 0.08) بينما وجد اختلاف معنوي في حالة استخدام FR2والتنسيل المزدوج( FR2 و FR3 ) (p.value: 0.00) و( (p.value0.03. وجد اختلاف معنوي عند الكشف عن التنسيل باستخدام FR3 فيما يتعلق بموقع الخزعة(p.value:0.00 ) الملخص:نتائج هذه الدراسة دعمت فائدة دراسة ترتيب الجينات في الحالات غير معروفة التشخيص شكليا ومناعيا. طريقة FR3 كانت متفوقة علي طريقة FR2 بالرغم من ان FR2 ساعدت في زيادة معدل التنسيل الكلي بنسبة 99.1%.استخدام بادئات موجهة ضد مواقع مختلفة يزيد من موثوقية الكشف عن اعادة ترتيب الجينات النسيلي.Item Evaluation of Tumor Necrosis Factor Alpha, Interleukin 6, Microalbuminuriaand Renal Function Test inSudanese Patients with Hypertension(Al-Neelain University, 2016) Rihab Akasha Mohamed AliABSTRACT This study was included 500 subjects, 250 of them were patients came to Elmoalem Medical Center with essential hypertension and 250 were volunteers as control. Blood and urine samples were collected from all study subjects. The fasting blood sample for analysis of IL6, TNF-α, urea, creatinine, glucose, cholesterol and triglyceride, the urine sample for analysis of microalbuminuria. The aim of this study was the early diagnosis of renal damage in hypertension by introduces some new markers like IL6 and TNF-α. According to the results of microalbumin/creatinine ratio patients were classified to three groups: the first group with normal protein in urine (74%), the second group with microalbuminuria (15.6%) and the third group with macroalbuminuria (10.4%). The study showed that the number of male was approximately half the number of female in the different groups.The majority 30.8% of patients were at age between 46 – 56 years while only 2% were at age between 24 – 34 years.According to BMI score hypertensive patients were classified to normal (healthy weight) 28.4 %, overweight 51.6 %, obese class I (moderately obsess) 15.2 % and obese class II (severely obese) 4.8 %. There was significant increase in MCR, IL-6 and TNF-α in essential hypertension patients when compared with control group with (P-value 0.000, 0.000, 0.000) respectively. The study also represented a significant increase in glucose, blood urea, creatinine, triglyceride level, SBP and DBP in patients than controls, (P-value 0.000), while there was in significant differences in total cholesterol in patients versus control group, (P-value 0.093). There were significant increase of cholesterol, BMI and MCR in female in comparison with male with (P-value 0.002, 0.042 and 0.021) respectively. While other parameters showed insignificant differences. The study showed a highly significant correlation between MCR and gender, age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol and duration of hypertension, with (P-value 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 and 0.000) respectively. While no correlation with other variables. The study also represents positive correlation between IL-6 in pg/ml and age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol, duration of hypertension and SBP with (P-value 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 and 0.002) respectively. While no correlation with other variables.The same trend was also noticed in TNF-α with the study variables. This study concludes that the hypertension is more common in females than males. Also concludes that advance age is associated with the prevalence of hypertension. By showing strong association between microalbuminuria and hypertension, our findings suggest that microalbuminuria could be a useful marker to assess risk management of renal disease. TNF-α and IL-6 also are remarkably increased in hypertensive patients and may play an important role in the pathogenesis and the development of renal damage in hypertensive patients. مستخلص شملت هذه الدراسة500 شخص، 250 منهم مرضى يترددون على مركز المعلم الطبي ويعانون من ارتفاع ضغط الدم المجهول السبب، والـ250 الآخرون متطوعون يمثلون المجموعة الضابطة. وقد جُمعت عينات دم وعينات بول من جميع الأشخاص الذين خضعوا للدراسة، حيث أُخذت عينات الدم اثناء الصيام لتحليل إنترلوكين وعامل نخر الورم-ألفا واليوريا والكرياتينين والجلوكوز والكوليسترول والجليسريدات الثلاثية، بينما أُخذت عينات البول لتحليل الارتفاع الطفيف في ألبومين البول. هدف هذه الدراسة هو التشخيص المبكر للتلف الكلوي لدى مرضى ارتفاع ضغط الدم من خلال استخدام بعض العلامات الجديدة مثل إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا. ووفقاً لنتائج نسبة الارتفاع الطفيف في الألبومين/الكرياتينين صُنِّف المرضى إلى ثلاث مجموعات: المجموعة الأولى تتميز بمعدل بروتين طبيعي في البول (74%)، والمجموعة الثانية تعاني من ارتفاع طفيف في ألبومين البول (15.6%)، والمجموعة الثالثة تعاني من ارتفاع شديد في ألبومين البول (10.4%). وأظهرت الدراسة أن عدد الذكور تقريباً نصف عدد الإناث في مختلف المجموعات. وتتراوح أعمار غالبية المرضى من 46 إلى 56 سنةً(30.8%)، بينما تتراوح أعمار ما نسبته 2% فقط من المرضى من 24 إلى 34 سنة. وحسب مؤشر كتلة الجسم تم تقسيم المرضى الى:وزن طبيعى (وزن صحى) 28.4% , وزن زايد 51.6%, سمنة متوسطة 15.2%, وسمنة شديدة 4.8%. وأظهرت الدراسة أن هنالك زيادة كبيرة فى الألبومين/الكرياتينين ,إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا لوحظت فى المرضى الذين يعانون من ارتفاع ضغط الدم مقارنةًبالمجموعة الضابطة (الثابت 0.000, 0.000 و0.000) على التوالى. تمثل هذه الدراسة أيضاً زيادة كبيرة في مستويات الجلوكوز, تركيز اليوريا في الدم, تركيز الكرياتنين في مصل الدم, تركيز الجليسريدات الثلاثية, متوسط الدم الانقباضى و في متوسط الدم الانبساطي عند المرضى مقارنةً بالأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.000). بينما لوحظ أنهلا توجد زيادة كبيرة في الكوليسترول الكلي عند المرضى مقابل الأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.093). هنالك زيادة كبيرة في نسبة الكلوليسترول, مؤشر كتلة الجسم و الألبومين/الكرياتينين في الأناث مقارنةً مع الذكور (الثابت 0.002, 0.042 و 0.021) على التوالي.بينما اظهرت بقية الأختبارت أنه لأتوجد فروقات ذات دلألة إحصائية. وأظهرت الدراسة وجود ارتباط كبير للغاية بين الألبومين/الكرياتينين وكلاً من الجنس, العمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول و مدة ارتفاع ضغط الدم (الثابت 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 و 0.000) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى. تمثل الدراسة أيضاً علاقة اجابية بين إنترلوكين-6 بيكوجرام/مل والعمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول, مدة ارتفاع ضغط الدم و متوسط ضغط الدم النقباضي (الثابت 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 و 0.002) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى.ولوحظ نفس الاتجاه أيضاً فيعامل نخر الورم ألفا مع متغيرات الدراسة. وتخلص هذه الدراسة الى أن ارتفاع ضغط الدم هو أكثر شيوعًا فى الأناث من الذكور. يستنتج ايضاً أن العمر يرتبط مع ارتفاع ضغط الدم. من خلال اظهار علاقة قوية بين الزلالى وارتفاع ضغط الدم, تشير النتائج التى توصلنا اليها أن الزلالى يمكن ان يكون علامة مفيدة لتقييم مخاطر الاصابة بامراض الكلى. إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا تزداد بشكل ملحوظ فى مرضى ارتفاع ضغط الدم, ويمكن أن تلعب دورًا هامًا فى التسبب وتطوير تلف الكلى فى المرضى المصابين بارتفاع ضغط الدم.Item Successful isolation, culturing, proliferation and transdifferentiation of stem cells obtained from Umbilical Cord blood and Wharton jelly A thesis submitted in fulfillment for the requirements of the PhD degree in medical hematolo(Al-Neelain University, 2011) Hiba BadrEldin Khalil Ahmed KhalilAbstract Introduction Mesenchymal s tem cel ls ( MSCs) and Haemopoietic s tem cel l ( CD34) coul d be i solated from human umbilical cord blood. In addition to that MSCs like, could also be isolated from Wharton jelly which represent a rich source of primitive cells, with the same properties of cord blood and bone marrow MSCs. Mesenchymal s tem cel ls and haemopoietic stem cells have the cap acity of self-renewal, proliferation and in vivo or ex vivo differentiation. This s tudy was condu cted to compare s tem cells f rom umbilical cord bl ood a nd W harton j elly, focusing on i solation techniques, identification and proliferation using various m edium, (MesenCult a nd DMEM), and differentiation in vivo (albino r ats) and ex vivo (MethoCult medium), transdifferentiation into hepatocyte like cells and expression of CD34,CD45 and CD10. Materials and Methods Thirty female a lbino rats a ge 5 -6 week-old; weight 40 -60 g, 20 w ere us ed for hum an c ells engraftment, whereas the remaining 10 served as negative controls. Twenty t o f ourty ml of 25 cord blood samples and l ength of 12 cm of 25 umbilical cords for Wharton jelly samples were obtained from 25 newborns delivered after full term following ethical consent. XV The c ord bl ood s amples w ere gr ouped a ccording t o t he t ime of c ollection after bi rth into t hree groups. Group one (G1) include samples processed after 5 - 7 hours, group (G2) after 3 - 9 hours and 9-13 hours for group three (G3), whereas Wharton jelly samples were grouped as G1 which include samples processed after 56 - 93 hours, G2 after 19 - 24 hours and 42 - 48 hours for G3 and time of tr ypsin digestion was 45 m inutes for G 1 and 30 minutes for G 2 &G3.Ficoll P aque w as used to obtain the mononuclear cells from cord blood samples while trypsin enzymatic treatment was used f or W harton jelly s amples. P urification of C D34 was done us ing R osetteSep a nd EasySep techniques. The expression and count of CD34, CD45 and CD10 was detected by desired monoclonal antibodies and analyzed using flowcytometric. The ex vivo proliferation of MSCs was performed in DMEM at da y 7 for G2 and day 14 for G 1, whereas fo r MesenCult media it w as performed at day 14 for G3. The differentiation process was done by CFU-F fibroblast assay and hepatocyte growth factor protocol, and checked by monitored microscopic, immunocytochemistry and micro albumin assay. CD34 positive cells were cultured for 16 days in MethoCult media after which viable cells count, colonies count assays, and calculation of fold expansion and plating efficiency were done. In vivo engraftment and cell proliferation was tested using CD34 positive cells in experimental irradiated albino r ats (n=10) a nd CD34 i mproved b y hu man M SCs ( n=10) infused b y intravenous a nd intraperitoneal modality. XVI Statistical methods The da ta w as analyzed using S PSS 13 , p.value considered s tatistically significant below 0.05. Descriptive s tatistics ( mean and standard de viation) obtained f or num erical va riables w hile frequency distribution and percent for categorical variables. Mean differences were tested by t-test or ANOVA. Results The results showed no significant differences in the count of mononuclear cells isolated from cord blood and Wharton jelly s amples based on mother a ge, w eeks of gestation, length of um bilical cord and t ime of pr ocessing. The r esults also s howed t hat t he M esenCult m edia gave t he best MSCs viable cells count and fold expansion compared with DMEM. According to the incubation time, DMEM produced the best viable cells count and fold expansion in 7 days in contrast to the 14 days incubation. A statistical significant difference (p-value = 0.04) was observed when compared the MSCs viable cells count and fold expansion of cord blood group 1 and Wharton jelly group 2 i n DMEM. The results also showed that the plating efficiency and colonies count of MSCs to form CFU-fibroblast from Wharton jelly samples was higher with no significant s tatistical di fference (p-value = 0.2) than M SCs f rom c ord bl ood s amples. The activation of hepatocyte cell like obtained from the Wharton jelly samples was higher compared with MSCs obtained from umbilical cord blood. However, the difference turned to be statistically insignificant. Although C D10 w as expressed by MSCs, w e obs erved no s ignificant di fference between cord blood and Wharton jelly samples. XVII Although EasySep technique gave the best purification count of CD34 and haemopoietic colonies count (CFU-E, BFU-E and CFU-GM) in ex vivo methoCult media, RosetteSep gave the best self renewal, pr oliferation i nto C D45 a nd e ngraftment in albino r ats. In a ddition t he combination of CD34 and MSCs gave the best engraftment and the best site for administration was the intravenous one. Conclusions According to the results, Wharton jelly was the best source of MSCs when as compared to cord blood. Regarding CD10 expression, the cord blood was the best compared to Wharton jelly. The best m edia f or s tem cel l r esearch was t he M esenCult obtained from Stem C ell T echnologies Company. The best technique for CD34 isolation was the positive selection concerning EasySep technique, although the best in vivo engraftment can be obtained by RosetteSep technique. MSCs look t o ha ve t he s ame pr operties of bone m arrow stroma, w hen it is combined w ith t he haemopoietic stem cell (CD34) in case of in vivo engraftment. ملخص الدراسه المقدمه يمكن عزل الخلايا الجذعية الوسيطه و الخلايا الجذعية المكونه للدم من دم الحبل السري البشري والتي لديها القدره على الانتشار ، وتجديد الذات والتمايز إلى خلايا مختلفة في جسم الانسان, كما يمكن التعرف على هذه الخلايا ومميزاتها بالتجارب و البحوث العلميه داخل الانسان او الحيوان او عبر زراعتها في مزارع متخصصه بأستخدام اوساط متباينه . بالإضافة الى دم الحبل السرى هنالك مصدر اخر لهذه الخلايا و هو النسيج المحيط بالاوعيه الدمويه في الحبل السري ويسمى بالوارتون جلي و يمثل مصدرا غنيا للخلايا الوسيطه والتي لها نفس خصائص الخلايا الجذعيه المعزوله من دم الحبل السري ونخاع العظم. هدفت هذه الدراسة للمقارنة بين الخلايا الجذعية الوسيطه المستخلصه من دم الحبل السري والوارتون جلي باستخدام طرق مختلفه للعزل ومن ثم قياس قدرة هذه الخلايا على الانقسام وتجديد الذات و ذلك باستخدام نوعين من الوسائط هما من دم الحبل السري باستخدام تقنيتين CD كما هدفت الدراسه ايضا" الى عزل الخلايا الجذعيه 34 ، DMEM و MesenCult و من ثم قارنت القدره على الانقسام و التكاثر. RosetteSep و EasySep هما 9العينه و طرق البحث T 9T 9دم الحبل السري لاطفال حديثي الولاده و ذلك بعد اخذ الموافقه T 19T 9من T 19T شملت الدراسه 25 عينه دم تراوحت بين 20 الى 40 مل 9T . 9سم T 19T 9 ادنى بلغ 121 T 19T الاخلاقيه من ذويهم اضافه الى 25 عينه وارتون جل اخذت من حبال سريه لاطفال حديثى الولاده بطول 9T 9ابيض تراوحت اعمارهم بين 5 الى 6 اسابيع بوزن يتراوح بين 40 الى 60 جرام , 20 T كما شملت العينه استخدام ثلاثون فأر 1 29،اما ال 10 المتبقيين كانوا بمثابه ضوابط سلبيه. T 19استخدموا لزراعة الخلايا الجذعيه المكونه للدم المعزوله من الانسان T منهم 9 العينه, كما تم T 19T 29تجهيز T 29اء" علي زم ن T 9بن T 19T 9, المجموعه الاولى والثانيه والثالثه و ذلك T 19T 9تم تقسيم عينات الدم الى ثلاثه مجموعات T 9T 19T 29تجهيز T 29اء" علي زم ن T 9بن T 19T 9, المجموعه الاولى والثانيه والثالثه و ذلك T 19T ايضا" تقسيم عينات الوارتن جل الى ثلاثه مجموعات 9من عينات الدم الماخوذه T 19T 9احادية النواة1 T 19T 19استخدام محلول الفيكول لعزل الخلايا T 9كما تم T . 9 ووقت حفظ العينه في انزيم التربسين 1 T 19T العينه .29T 29 و استخدم انزيم التربسين لعزل الخلايا الشبيهه بالخلايا الوسيطه في عينات الوارتون جل T من الحبل السري XIX 9تم زراعة الخلايا الجذعيه الوسيطه المعزوله مسبقا" ف ي وس ط الدلبكو لفترة حضانه 14 يوم للمجموعه الاولى و 7 ايام T 9وقد تم ايضا" زراعة الخلايا في وسط المزنكلت لفترة حضانها 14 يوما للمجموعه الثالثه و ذلك لمعرفة T.12T 129T للمجموعه الثانيه قدرتها على الانقسام و الانتشار و التحول الى مستعمرات الفايبروبلاست. اما طرق تنقية الخلايا الجذعيه المكونه للدم فهي 9T 1 1T2T.2T 19TEasySep29T و1 RosetteSep 9T 2المخصصه لكل كاشف و تحليلها عبر T 19T 29الاجسام المضادة T 9الكواشف المناعيه ( سي دي 45 و 34 و 10 ) تم استخدام T 19T لمعرفة جهاز الانسياب الخلوي. اما عن معرفة الخلايا الجذعيه المكونه للدم, ومقدرتها على انشاء المستعمرات المكونه للدم فقد تم استخدام مزرعة الميزوكلت لفترة حضانه 16 يوما". 9شملت الدراسه عينة الفئران التي تم حقنها عبر وريد الذيل( 9 فئران) و جدار البطن ( 9 فئران) لاختبارمقدرة الخلايا المكونه للدم T الي الوصول الى النخاع و البدء بالانقسام, كما تم ايضا حقن بعض هذه الفئران بخلايا جذعيه مكونه للدم مدعومه بخلايا جذعيه 9T وسيطه.1 النتائج أسابيع T 9T الأم ،و عدد T 9T وفقا لعمر T 9T او الواتون جلي T 9T دم الحبل السري T 9T عينات T 9T المعزولة من T 9T الخلايا T 9T في عدد T 9T اختلاف كبير T 9T 9لم يكن هنالك T مزرعة المزنكلت اعطت نتائج لاعداد الخلايا الجذعيه الوسيطه مقارنة بمزرعة الدلبكو. أفضل عدد T 9T . معالجة العينه T 9T ووقت T 29T،29T الحمل أن T 9T أظهرت النتائج T 9T، اضافة الى ذلك T 9T. للخلايا الوسيطه تم حصده كان من مزرعة الدلبكو التي كانت فترة حضانتها 7 ايام بنسبه اعلى في وسط مزرعة المزنكلت مقارنة بخلايا دم الحبل T 9T المستعمرات T 29T 29عدد T المعزولة من الوارتون جيلى اعطت T 9T الخلايا 9كما اظهرت النتائج نجاح الخلايا الجذعيه الوسيطه و المكونه للدم في التحول الى خلايا شبيه بخلاي ا الكبد تملك نفس T.2T 29 يT السر دم T 9T 9مقارنة بعينات T لبروتينات الكبد T مقدرات الخلايا الكبديه , حيث اعطت الخلايا الجذعيه المعزوله من الوارتون جلى اعلي نسبه9 طريقه لعزل الخلايا المكونه للدم و اعطاء افضل عدد من T 9T أفضل T 9T 9 هي TEasySep9T 9T 9طريقة T كانت T 9T 9 ومن ناحية أخرى T.2T 29T الحبل السري للفئران كانت انجح من T 9T التي تم حقنها RosetteSep2T 9T 29. كما ان تطعيم الخلايا المكونه للدم المعزوله ب T المكونه للدم T 9T المستعمرات ايضا افضل النتائج كانت بعد الحقن الوريدي للخلايا المدعومه بالخلايا الجذعيه الوسيطه . EasySep خلايا الخلاصه وفقا للنتائج , فأن الوارتون جل يعتبر افضل مصدر للخلايا الجذعيه الوسيطه . في المقابل كانت الخلايا الجذعيه الوسيطه .CD المعزوله من دم الحبل السري قد اعطت افضل ظهور لمستضد ال 10 XX عل ى الرغ م م ن ا ن تقني ة ,(CD هي أفضل تقنية لعزل الخلايا المكونه للدم ( 34 EasySep اثبتت الدراسه ان تقنية قد اعطت افضل النتائج داخل الفئران وفقا لمعدل انتشار الخلايا المكونه للدم و عدد المستعمرات.Item INVESTIGATION OF ACTIVATION PRODUCTS IN MEDICAL LINEAR ACCELERATORS(Al-Neelain University, 2011) Mohammed Khalil SaeedAbstract Study of induced activity in a medical linear accelerator room was carried out on Clinac 2100C running 15 MV at Maggiore Hospital, Trieste, Italy. Mathematical model to calculate the induced dose rate has been derived and compared to measurements results. Both of experimental method and mathematical model present a good agreement. The experimental method was performed using filter papers and portable spectroscopy. The activation level reached its practical saturation value after a 30 min continuous irradiation, corresponding to 12000 MU at a dose rate of 240 MU/min. The filter paper method was first time used for the purpose of this measurement. Typical radionuclides produced in the treatment room were identified. The results obtained by this new method, consisting of filter paper, can represent a reliable tool. Moreover, the measurements uncertainty using portable spectrometer was decreased and determined to be 6.02%. In addition, the Clinac 2100C has been simulated with Monte Carlo code Geant4 and the neutron fluence, as a function of the neutron energy, has been calculated in the isocenter and outside the treatment room to estimate the equivalent dose to technologist and patients. The ambient dose equivalent for patient and radiotherapy technologist has been reported in this study using the above mentioned methods. The derived data using different field sizes have been used to evaluate the ambient dose equivalent from neutrons to a patient receiving radiation treatment. The maximum of annual ambient dose equivalent present for 15 MV photon beam is about 1.96 mSv for the technologists, in addition to 1.032 mSv/year received by them in the control room. The maximum of ambient dose equivalent received by patients for minimum field size present 1.79 mSv/Gy for 20 MV photon beam. These values represent neglected doses for technologists, but at same time cannot be ignored for patients, where they can represent a risk for healthy tissues and contribute to secondary malignancy insurgence.