PHD theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496
Browse
8 results
Search Results
Item Evaluation the Serum Levels of Carcino-embryogenic Antigen and Carbohydrate Antigen 19-9 in Monitoring Response to Chemotherapy in Sudanese Patients with Colorectal Carcinoma(Al-Neelain University, 2019-07) Waleed Ahmed Salim MohamedAbstract Background: Colorectal cancer (CRC) is one of the most common cancer related causes of morbidity and mortality in developed countries. Tumor markers are substances synthesized and excreted by tumor tissues that can be detected in abnormal concentrations in serum, urine, and other body fluids. Objective: This study attempted to investigate whether CEA and CA 19-9 levels can be used to monitor the impact of chemotherapy in patients with colorectal cancer (CRC). Method: Analytical cross-sectional study conducted during the period from June 2016 and February 2017. This study included 100 patients with CRC admitted to National Cancer Institute (NCI-Sudan) to receive chemotherapy, the concentration of CEA and CA 19-9 levels were measured pre and post chemotherapy in which all patients with CRC received chemotherapy with a 5-fluorouracil (5-FU). Tumor markers Carcinoembryonic antigen (CEA) and CA 19-9 were determined by Electrochemiluminescence Immunoassay (ECLIA) using commercial kits from Roche Company (Germany) and Cobas e 411Immunoassay Analyzer. Result: Patients with CRC showed a significant decrease (p < 0.05) between pre and post chemotherapy for CEA. The means± SD for pre versus post chemotherapy respectively in early stage of CRC patients: Stage I; (19.7±8.2) versus (10.7±7.3) ng/ml, (p= 0.009) for CEA. Stage 2; (25.4±28.6) versus (13.3±13) ng/ml, (p= 0.001) for CEA. Stage 3; (26.3±17.5) versus (18±27.3) ng/ml, (p= 0.048) for CEA. Also our result showed significant correlation between both CEA and CA 19-9 pre and post chemotherapy in elderly patients; (p=0.000, r=0.878 for CEA and p= 0.000, r=0.874 for CA 19-9) and younger patients; (p=0.000, r=0.891 for CEA and p=0.000, r=0.765 for CA 19-9). Furthermore the study showed there was a significant decrease (p < 0.05) between pre and post chemotherapy for CA 19-9. The means± SD for pre versus post chemotherapy respectively in early stage of CRC patients: Stage I; (32.9±20.8) versus (27.7±19.1) U/ml, (p= 0.045) for CA 19-9. Stage 2; (27.4±40.3) versus (19.8±24) U/ml, (p= 0.001) for CA 19-9. But there was no significant difference found (p > 0.05) between pre and post chemotherapy in the levels of CEA and CA 19-9 in more advanced tumor stage. The means± SD for pre versus post chemotherapy respectively in late stage of CRC patients: Stage 4; (106.1±115.8) versus (127.9±159) ng/ml, (p= 0.001) for CEA. Stage 3; (22.4±19.1) versus (29.1±65.6) U/ml, (p= 0.423) for CA 19-9. Stage 4; (74.3±83) versus (91±109) U/ml, (p= 0.197) for CA 19-9. Conclusion: The obtained data suggest that CEA and CA 19-9 are significantly decrease between pre and post chemotherapy in early stage of CRC. Also CEA is more sensitive in detection of colorectal cancer. مستخلص البحث سرطان القولون والمستقيم هو واحد من أكثر الأسباب الشائعة المرتبطة بالوفيات في البلدان النامية. واسمات الاورام هي المواد التي يتم انتاجها وإفرازها بواسطة أنسجة الورم التي يمكن اكتشافها بتركيزات غير طبيعية في مصل الدم والبول وسوائل الجسم الأخرى. الهدف من هذه الدراسة معرفة ما إذا كان من الممكن استخدام مستويات المستضد السرطاني المضغي والمستضد الكاربوهيدراتي 19-9 لمراقبة تاثير العلاج الكيميائي في مرضى سرطان القولون والمستقيم. اجريت هذه الدراسة المقطعية خلال الفترة من يونيو 2016 حتي فبراير 2017. شملت هذه الدراسة 100 مريض مصابين بسرطان القولون والمستقيم يترددون علي المعهد القومي للسرطان – السودان لتلقي العلاج الكيميائي ، حيث تم قياس تركيز مستويات المستضد السرطاني المضغي و والمستضد الكاربوهيدراتي 19-9 قبل وبعد العلاج الكيميائي حيث تلقي جميع المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم العلاج الكيميائي من النوع 5-fluorouracil (5-FU) . كشفت هذه الدراسة وجود انخفاض ملحوظ ذو دلالة احصائية معنوية حيث كان الاحتمال الاحصائي للمقارنة اقل من 0.01 لمستويات المستضد السرطاني المضغي بين ما قبل وبعد العلاج الكيميائي وذلك عند مقارنة المستويات الوسيطه للمراحل المبكرة للمرض: المرحلة الاولي: (19.7±8.2) ضد (10.7±7.3) نانوجرام/مل بالنسبة للمستضد السرطاني المضغي المرحلة الثانية: (25.4±28.6) ضد (13.3±13) نانوجرام/مل بالنسبة للمستضد السرطاني المضغي. وايضا اظهرت النتائج وجود ارتباط معنوي زو دلالة بين مستويات المستضد السرطاني المضغي والمستضد الكابوهيدراتي قبل وبعد العلاج الكيميائي في المرضى المسنين (اكثر من 60 عاما) وكذلك الأصغر (اقل من 60 عاما). وكذلك كان هناك انخفاض معنوي ذو دلالة حيث كان الاحتمال الاحصائي للمقارنة اقل من 0.05 لمستويات والمستضد الكاربوهيدراتي 19-9 بين ما قبل وبعد العلاج الكيميائي وذلك عند مقارنة المستويات الوسيطه للمراحل المبكرة للمرض: المرحلة الاولي: (23.9±20.8) ضد (19.1±7.3) نانوجرام/ مل بالنسبة للمستضد الكابوهيدراتي 19-9. المرحلة الثانية: (27.4±40.3) ضد (19.8±24) وجدة/ مل بالنسبة للمستضد الكابوهيدراتي 19-9. لكن لم يكن هناك فرق كبير ذو دلالة قبل وبعد العلاج الكيميائي في مستويات المستضد السرطاني المضغي و والمستضد الكاربوهيدراتي 19-9 في مراحل الورم الأكثر تقدما. خلصت هذه الدراسة إلى أن المستضد السرطاني و المستضد الكاربوهيدراتي يتناقصان بشكل كبير قبل وبعد العلاج الكيميائي في المرحلة المبكرة من مرض سرطان القولون والمستقيم. أيضا المستضد السرطاني أكثر حساسية للكشف عن مرض سرطان القولون والمستقيم.Item The role of BRCA1/2 genes mutations and The Epstein–Barr virus (EBV) in the Etiology of Breast cancer among Yemeni women patients.(Al-Neelain University, 2019-06) Ammar Saleh Abdullah OmarABSTRACT Background Breast cancer is a major health problems in both developing and undeveloped countries. It is the most frequently diagnosed malignant disease which affected most females in the Arab world including Yemen. Among many risk factors of BC, mutations in BRCA1/2 genes was found to be the primary cause in 5–10% of cases. The majority of deleterious mutations are frameshift, nonsense mutations and missense mutations. Most of the reported BRCA1/2 mutations are protein truncating mutations. The Epstein–Barr virus (EBV) is a widely researched candidate virus. Association of Epstein-Barr virus (EBV) with breast carcinomas uncertain for now. Aims The study aimed to reveal the presence of mutations in the two breast cancer susceptibility genes BRCA1 and BRCA2 and their possible contribution to a etiology of breast cancer and association of the Epstein–Barr virus (EBV) on the aetiology of breast cancer, in Yemeni women patients. Materials and methods This is a retrospective case-control study conducted at National Oncology Center, Sana'a, Yemen and Histopathology Laboratory of USTH, AL Kuwait University Hospital Histopathology laboratory and Aulaqi Specialized Med lab, during the period from May 2015 to May 2019. Archived paraffin embedded tissue blocks from 100 Yemeni women who were, pathologically diagnosed with breast cancer, were used as cases, 50 with benign breast diseases were used as a control. In this study a specific region of BRCA1 exon 11, exon 20 and exon 11 in BRCA2 was targeted using PCR and DNA sequencing. Conventional PCR and immunohistochemistry (IHC) were done separately for all samples to identify EBV latent member protein-1 (LMP-1) in breast cancer cells and controls. Results In this study, 150 sample patients were distributed based on age, breast lesions were 100 (66.7%) with breast cancer females were considered as a (case group) ranging their age between 20-75 years with a mean of 40.03 ± 1.332 years. While, another 50 sample patients were selected (33.3%) with benign breast tumors were considered as (control group) ranging between 19 to 62 years, with a mean age of 26.50 ± 1.340 years with statistically significant difference P value (< 0.0001). In this study, breast cancer was discovered rate of (72.3%) in the right breast and (27.2%) in the left breast. Out of forty mutation variants (26.7%) of the total number of samples with p value (0.0001 and Odd ratio 8.333) identified in the two exons of BRCA1, 27 in exon 11 and 6 in exon 20 were novel. Among them one nonsense, 6 frames-shift deletions, 2 frames-shift insertions, and 7synonymous were identified. The first three mutations comprised respectively 2.5%, 12.5% and 5% of all identified mutations and 1.9%, 7.1% and 1.3% of the total mutation frequency. In BRCA2 exon 11 identified for 35 (23.33% P value 0.0070 and Odds ratio 3.308) mutations (26/35; 74.2%) were also novel. Among them frameshift deletions comprised 8.6% of the identified mutations. Percentages of frameshift deletion and nonsense mutations calculated on the basis of the total number of mutation frequency were respectively 8.3% and 1.9%. Missense mutations in BRCA1and BRCA2 genes in the case group accounted to 44.2% and 38.2% of the total mutation frequency respectively. Seventeen novel missense mutations were identified in BRCA1 and 16 in BRCA2. Fourteen in BRCA1 and 7 in BRCA2 were predicted as deleterious by SIFT software. The damaging nature of 11 nsSNPs in BRCA1 and 3 in BRCA2 was further confirmed by PolyPhen software prediction. A novel missense mutation (c.1215G>T) in region D of exon 11 (BRCA1) was identified in two cases of the control group. In BRCA2 three cases in the control were nonsense mutation carriers and six more were missense mutation carriers in the same region of exon 11. Out of nine previously reported mutations two missense, one synonymous and one nonsense mutations were identified in region A of exon 11. Nine synonymous mutations were specified in the case group; 6 of them were novel variants and the remaining were previously reported. In EBV specimen is consider positive when LMP-1 was detected using PCR or IHC for same sample. PCR method was performed for EBV LMP-1, 37 out of 100 in case group were positive and 63 were negative. 50 controls 15 of them were positive for LMP-1 expression by PCR and 35 were negative. P value and Odd ratio were 0.4682, 1.370 respectively the p value non-significant when Odd ratio more than 1 that indicate related between EBV infections and breast cancer. However, when IHC was done 24 out of 100 cases were positive and 74 were negative and 10 out of 50 controls were positive and 40 were negative. Odd ratio were 0.6811. Conclusion This study concluded that in the identification of 40 mutation variants in two exons (11and 20) of BRCA1 out of them 33/40 (82.5 %) was a novel mutation and 35 variants in exon 11 of BRCA2 26/35, (74.3 %) of them was a novel. The finding of this study provide strong association between mutations in BRCA1 and BRCA2 genes and breast cancer amongst Yemeni women patients. EBV LMP-1, 37 out of 100 were positive and 63 were negative. Fifteen controls were positive for LMP-1 by PCR and 35 were negative, however, when IHC was done, 24 and 76 cases and 10 and 40 controls were respectively positive and negative, this finding provide significant association between EBV infection and breast cancer. الملخص المقدمة يعتبر سرطان الثدي من المشاكل الصحية الرئيسية في الدول المتقدمة وغير المتقدمة، ويعد كذلك من أكثر أنواع السرطانات الخبيثة انتشاراً في أوساط النساء في الوطن العربي بما في ذلك الجمهورية اليمنية. وتعد الطفرات الوراثية في جيني بركا1 وبركا2 من أكثر الأسباب شيوعاً للإصابة بسرطان الثدي، حيث تمثل ما نسبته 5-10 % من إجمالي الإصابة، حيث وغالبية الطفرات الوراثية في جيني بركا1 وبركا2 المنشورة في الدراسات السابقة ذات تأثير ضار في البروتينات. كما يعد فيروس الابشتاين بارا فيرس من أكثر أنواع الفيروسات انتشاراً، ولكن علاقة الفيروس بسرطان الثدي غير معروفة حتى الآن. الأهداف تهدف هذه الدراسة إلى التعرف على الطفرات الوراثية المحتملة في جيني بركا1 وبركا2، وكذلك الكشف عن فيروس الابشتاين بارا في أنسجة الثدي، واحتمالية كونه من المسببات لهذا السرطان لدى النساء اليمنيات المصابات بهذا النوع من السرطان. المواد والطرق تم إجراء هذه الدراسة المقارنة الرجعية في مدينه صنعاء (اليمن) في الفترة من مايو 2015م إلى مايو 2019م، حيث تم أخذ (150) عينية (عينة) نسيجية محفوظة في قوالب شمعية من كلٍ من: مركز الأورام، مستشفى جامعة العلوم والتكنولوجيا، مستشفى الكويت التعليمي، وكذلك مختبرات العولقي التخصصية. من هذه المائة والخمسين عينة هنالك 100 عينة تم تشخيصها مسبقاً بسرطان الثدي إضافة إلى خمسين عينة تحكيمية شُخصت بالورم الليفي. وفي هذه الدراسة تم استهداف 4 مناطق محددة في اكسون 11 جين بركا1 ومنطقة مستهدفة في اكسون 20، كما تم استهداف منطقتين في اكسون 11 في جين البركا 2 لدراستها، والكشف عن الطفرات الوراثية فيها باستخدام تفاعل سلاسل انزيم البوليمر وتسلسل الحمض النووي الدنا. وكذلك تم استخدام كيمياء الأنسجة المناعية وتفاعل سلاسل انزيم البوليمر مستهدفة جين البروتين الجداري الكامن1 للكشف عن فيروس الابشتاين بارا فيرس. النتائج في هذه الدراسة يتراوح العمر بين 20 –ا75عاماً في 100 حالة المرضية بسرطان الثدي بمتوسط عمري بين 40.03 ± 1.332، و 19-62 سنة بالنسبة للخمسين حالة التحكيمية بمتوسط عمري يتراوح بين 26.50 ± 1.340، وكانت القيمة الاحتمالية <0.0001. توزعت العينات في هذه الدراسة بين (72.3%) من الثدي الأيمن و(27.2%) من الثدي الأيسر. تم التعرف على 40 طفرة وراثية في اكسون 11 واكسون 20 في جين بركا1 منها 33 طفرة وراثية نادرة وبدلالة احتمالية 0.0001. كما تم التعرف على 35 طفرة وراثية في اكسون 11 جين بركا 2 منها 26 طفرة نادرة وبدلالة احتمالية 0.0070. وتم الكشف عن البروتين الغشائي الكامن لفيروس الابشتاين بار فيرس بواسطة تفاعل التسلسلي البوليمير حيث كانت 37 إيجابية و63 سلبية في العينات المائة المصابة بسرطان الثدي مقارنة بعدد 15 حالة إيجابية و35 حالة سلبية من الخمسين حالة التحكيمية، بينما تم اكتشاف البروتين الغشائي الكامن لفيروس الابشتاين بارا فيرس بواسطة تفاعل النسيج الكيمائي حيث كانت 24 إيجابية و76 سلبية في المائة عينة المشخصة بسرطان الثدي، بينما كانت عدد الحالات الإيجابية 10 والسلبية 40 في الحالات الخمسين التحكيمية. الخاتمة تعطي هذه الدراسة دليل مقنع بوجود علاقة بين الطفرات الوراثية في جيني بركا1 وبركا2 وسرطان الثدي بين النساء اليمنيات. من ناحية أخرى أثبت هذه الدراسة وجود علاقة ذات دلالة إحصائية بين الإصابة بفيروس الابشتاين بارا وسرطان الثدي.Item Assessment of 25(OH) Vitamin D level among Sudanese Patients with Type 2 Diabetes Mellitus Related to Diabetic Microvascular Complications at Jaber Abu Eliz Diabetic Center Khartoum(جامعة النيلين, 2018-11) Dalia Ibrahim Wagea Alla BallaAbstract Background: Vitamin D plays critical role in calcium and phosphorus homeostasis and bone mineralization. Numerous research studies documented that 25 (OH) vitamin D deficiencies has extra skeletal effects including glycemic control and diabetic microvascular complications. Objectives: To estimate vitamin D concentration among Sudanese patients with type 2 diabetes mellitus related to diabetic microvascular complications. Materials and Methods: A cross-sectional case control and hospital based study was conducted at Jaber Abu Eliz Diabetic Center, ninety patients with microvascular complications (nephropathy, retinopathy and neuropathy), and thirty diabetic patients without microvascular complications, in addition to one-hundred and twenty healthy subjects were compared in terms of levels of 25 (OH) vitamin D, C peptide, lipid profile, HbA1C, C-reactive protein, fasting blood glucose and urine microalbuminuria. SPSS software (version 23) was used for analysis of clinical variables. Results: 25 (OH) vitamin D level is significantly decreased in patient with type 2 diabetes mellitus .25 (OH) vitamin D levels is highly significantly reduced in diabetic group with microvascular complication (nephropathy p=0.00,retinopathyp= 0.000),and neuropathy=0.03) when compared with control group. 25(OH) vitamin D level recorded significant decreases (p=0.04) in diabetic patients with nephropathy treated with oral hypoglycemic, and insignificantly decreased in insulin therapy of the hyperglycemia (p=0.083).25(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with disease duration and FBG ( p < 0.05) and insignificant with patient’s age, BMI, HbA1c, MAU and CRP(p > 0.5). In 90.0% of nephropathy patients 25(OHD) vitamin D3 level is deficient and in 10% is insufficient In group with diabetic retinopathy 25(OH) vitamin D level is significantly decreased in patients on diet control only, using oral hypoglycemic drug and using insulin p= (0.00, 0.04, 0.04 respectively), furthermore 25(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with disease duration, BMI HbA1C and CRP and insignificantly with: patients’ age, FBG and MAU. In 80.0% of the retinopathy patients 25OHD3 is deficient, in 16.7% is insufficient, and in 3.3% is sufficient. In patients with diabetic neuropathy 25(OH) vitamin D recorded significantly decreased in patients on diet control only ,using oral hypoglycemic drug and using insulin(p=0.01, 0.03,0.01 )respectively, furthermore(OH) vitamin D is inversely significantly correlated with age , CRP and insignificantly with disease duration, BMI, FBG, HbA1C and MAU(p > 0.05). In 86.8% of the neuropathy patients 25OHD3level is deficient, in 6.6% is insufficient and in 6.6 % is sufficient. Across the progressing of the microvascular complication 25(OH) vitamin D level is significantly reduced with the increased severity of the complication (nephropathy, retinopathy, and neuropathy) (P < 0.05). Conclusion: Vitamin D level was significantly decreased in patients with Type 2 diabetes mellitus especially patients’ with microvascular complication; the progress of microvascular complications is significantly correlated to the severity of vitamin D deficiency. Recommendation: Type 2 diabetic patients should be screened for 25(OH) vitamin D level during follow up. Vitamin D supplementation should be prescribed to correct the deficiency. Further studies are needed to assess the role of vitamin D replacement therapy prevention of microvascular complications, and to asses vitamin D receptor genes as genetic factor in development of microvascular complication. المستخلص الخلفیة : اوضحت الدراسات وجود علاقة بين نقص فتامين د وتطور مرض السكر وظهور مضاعفات اعتلال الاوعية الدموية الدقيقة الناتجة من مرض السكري من النوع الثاني. الاھداف: هدفت الدراسة الي تحديد مستوي فتامين د في البلازما للسودانيين المصابين بمرض السكري من النوع الثاني وايجاد علاقة بين نقص فتامين د وظهور مضاعفات الاوعية الدموية الدقيقة لمرضي السكري من النوع الثاني. الطریقة: أجريت هذه الدراسة المقطعية في ولاية الخرطوم في الفترة ما بين 2015 وحتي 2018.تم اختيار 120من المرضي المصابين بداء السكري من النوع الثاني كمجموعة اختبار من مركز جابر ابو العز للسكري(90 مريض يعانون من مضاعفات اعتلال الاوعية الدموية الدقيقة الناتجة من مرض السكري و30 مريض لايعانون) حيث تمت مقارنة هذه المجموعة مع مجموعة ضابطه تضم 120 من المتطوعين الاصحاء. تم جمع عينات الدم والبول من كلتا المجموعتين ومن ثم تحديد مستويات بلازما الدم لكل من فتامين د, الببتايد المتصل,الدهون,السكر التراكمي , بروتين سي التفاعلي ,مستوي سكرالجلكوز في الدم, بالاضافة لزلالي البول. وفي هذه الدراسة تمت مطابقة اعمار واجناس مجموعة الاختبار مع المجموعة الضابطه. النتائج: في المرضي المصابين باعتلال الاوعية الدقيقة للكلية الناتج من مرض السكري, اوضحت نتائج الدراسة الحالية انخفاض ذو دلالة احصائية لفتامين د., كذلك اوضحت نتائج هذه الدراسة انخفاض مستوي البلازما لفتامين د عند المرضي الذين يتناولون ادويه السكري عند المقارنه مع المرضي الذين يستخدمون الحمية . اوجدت نتائج الدراسة الحالية علاقة ذات دلاله احصائية بين فتامين د ومدة المرض , مستوي الجلكور في الدم, بينما اوجدت علاقة ذات دلالة غير احصائيه بين فتامين د مع موشر كتلة الجسم,بروتين سي التفاعلي , السكر التراكمي,عمر المرضي بالاضافه الي الزلال في البول . 90% من المرضي المصابين باعتلال الاوعية الكلية يعانون من نقص فتامين د و10% لديهم فتامين د غير كافي. كلما نقص مستوي فتامين د ذادت حدة اعتلال الكلية وهذة العلاقة ذات دلالة احصائية في جميع مستويات اعتلال الكليةItem Thesis submitted in fulfillment of the requirements of Ph.D. in Medical Parasitology (Molecular-Parasitology)(Al-Neelain University, 2011) Elamin Abdulkareem ElaminAbstract Introduction: In regions highly endemic for malaria, the prevalence of placental malaria ranges from 30% to 60% and has been associated with increased risk of adverse infant outcomes, particularly in primigravidae The study was conducted on mothers after delivery to detect hidden Plasmodium falciparum parasite, merozoite surface protein (msp1) & (msp 2) by PCR technique.75 pregnant women were enrolled in the study; the mean age of them was 26.30 ± 7.02. 5ml of venous blood were collected from the mothers after delivery. Materials and methods: Approximately, 5ml of venous and placental blood were obtained from 75 mothers after delivery, attended Omdurman Maternity Hospital, which is one of the largest maternity hospitals in the capital Khartoum. The mean age of the mothers was 26.3±7.02.The study was conducted during the period January to May 2009. Genomic DNA was extracted from peripheral and placental blood samples using modified phenol chloroform technique. The msp-1 allele (MAD20,) and msp-2 allele A1, A2, B1 and B2, P. falciparum primers were used for PCR. The PCR product was analyzed on 1.5% Agarose gel and visualized by gel documentation system after ethidium bromide staining. Results: The results revealed that the overall malaria detection rate in peripheral blood and placental blood using ICT was 10.7%. With the PCR (msp-1 alleles) the detection rate of malaria in peripheral blood was found to be 9.3%, while in placental blood the same technique showed a detection rate of 10.7%. For PCR (msp-2 alleles), the detection rate of malaria in peripheral blood was 12%, while in placental blood the same technique showed detection rate of 21.3% malaria. p The detection rate of the different combination of the positive and negative results in peripheral and placental blood by using msp-1 alleles revealed that the highest rate (84%) was reported among the peripheral negative & placental negative group while the lowest rate (4%) was reported among the peripheral positive and placental positive. The detection rate of the different combination of the positive and negative results in peripheral and placental blood by using msp-2 alleles revealed that the highest rate (72%) was reported among the peripheral negative & placental negative group while the lowest rate (5.3%) was reported among the peripheral positive and placental positive . When msp-1 and msp-2 alleles used in combined way for the detection of malaria parasite in peripheral and placental blood, they revealed that they were identical in 66.7% of examined samples, discordant in 10.7% of the samples, positive in peripheral blood and not in placental blood in 8% of the samples and positive in placental blood not in peripheral blood in 14.7% of the samples. Out of the 53 cases with no previous history of malaria when using the ICT, 14 were found negative for malaria and out of the 5 positive cases with previous history of malaria, 3 were found positive. For the msp-1 used in peripheral blood, out of 52 cases with no previous history of malaria, 16 were found positive for malaria and out of the 6 cases with previous history of malaria, 1 case was found positive for malaria. For the msp-1 used in placental blood, out of the 51 cases with no previous history of malaria, 16 were found positive for malaria and out of the 7 cases with previous history of malaria, 1 case was found positive for malaria. For the msp-2 used in peripheral blood, out of 51 cases with no previous history of malaria, 15 were found positive for malaria and out of the 7 cases with previous history of malaria, 2 cases were found positive for malaria. For the msp-2 used in placental blood, out of 46 cases of no previous history of malaria, 13 were found positive for malaria and out of the 11 cases with previous history of malaria, 4 cases were found positive for malaria. When using the msp-1 for peripheral blood, the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.187 and it was 3.1833 among the positives. When using the msp-1 for placental blood the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.1967 and it was 3.1000 among the positives. When using the msp-2 for peripheral blood the result showed that the mean body weight among the negatives was 3.1705 and it was 3.3286 among the positives. When using the msp-2 for placental blood the result showed that the mean body weight among the negative was 3.1786 and it was 3.1889 among the positives. Conclusion: In the vast majority of cases, some sequestered genotypes remain hidden, undetected in the peripheral circulation, indicating that analysis of peripheral parasites generates a partial picture of a P. falciparum infection. The cord blood must be collected from the umbilical cord to detected placental P. falciparum infection particularly in primigravidae الخلاصة مقدمة:- فى المناطق التى تنتشر فيها الملاريا بكثافة , تكون نسبة الاصابة للمشيمة حوالى 30% الى 60% وهذا يؤثر على الجنين بصورة مباشرة خاصة فى الحمل الاول . هذه الدراسة على السيدات بعد الولادة مباشرة لاكتشاف اقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجلية المتصورة عن طريق تقنية تفاعل البلمرة السلسلى. المواد و الاساليب:- تم جمع حوالى 5 مل من دم الوريد و المشيمة من السيدات (75) موضوع الدراسة بعد الولادة مباشرة وذلك فى مستشفى امدرمان للولادة احد اكبر المستشفيات للولادة فى العاصمة الخرطوم خلال الفترة ما بين يناير و مايو من العام 2009.كان المتوسط العمرى للنساء 7.02 ± 26.3 . تم استخراج الحمض النووى من عينات الدم الطرفية و المشيمية بواسطة طريقة الفينول كلوروفورم المعدلة . كما تم استخدام البرايمرات الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1و2 ف تقنية تفاعل البلمرة السلسلى , المستخلص من هذه التقنية تمت معالجته بحوالى 1.5 من الجل ومن ثم القراءة بواسطة التصوير الهلامى بواسطة الاشعة بعد تلطيخه بالاسيديوم بروميد. النتائج:- اظهرت نتيجة الفحص للدم الطرفى و المشيمى عن طريق التفاعلات المناعية الكروموتقرافية ان نسبة الاصابة كانت حوالى %10.7. بينما كانت نسبة الاصابة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 هى %9.3 للعينات الطرفية. بينما كانت النتيجة فى عينات المشيمة هى%10.7 . بينما كانت نسبة الاصابة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 هى %12 للعينات الطرفية . بينما كانت النتيجة فى عينات المشيمة هى %21.3 . اظهرت النتائج نسب مختلفة للمجموعات من حيث سلبية وايجابية النتيجة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 حيث كانت اعلى نسبة عندما كانت النتيجة سلبية فى عينات الدم الطرفية و المشيمية وهى (%84). بينما كانت ادنى نتيجة عندما كانت النتيجة ايجابية فى الدم الطرفى و المشيمى وهى (%4). كما اظهرت النتائج نسب مختلفة للمجموعات من حيث سلبية وايجابية النتيجة عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 حيث كانت اعلى نسبة عندما كانت النتيجة سلبية فى عينات الدم الطرفية و المشيمية وهى (%72). بينما كانت ادنى نتيجة عندما كانت النتيجة ايجابية فى الدم الطرفى و المشيمى وهى (%5.3) . عندما تم استعمال تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 و 2 للدم الطرفى و المشيمى كانت النسب , متماثلة فى %66.7 من العينات , مختلفة فى %10.7, كما كانت النسب ايجابية فى الدم الطرفى وسلبية فى المشيمى فى %8, وايجابى فى الدم المشيمى وسلبى فى الطرفى فى %14.7 . فى حوالى 53 من من ليس لهم اصابة سابقة بالملاريا وجد فقط 14 لهم نتيجة ايجابية ومن 5 كان لهم تاريخ اصابه بالمرض ظهر واحد فقط بنتيجة ايجابية. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم الطرفى فمن حوالى 52 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 16 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 6 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا فقط واحد ايجابى لنتيجة. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى فمن حوالى 51 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 16 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 7 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان عينتين فقط ايجابيتين اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم الطرفى فمن حوالى 51 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 15 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 7 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان عينتين فقط ايجابيتين. اما عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى فمن حوالى 46 من من لم يكن لهم تأريخ بالاصابة بالمرض كان هناك حوالى 13 نتيجة ايجابية وكان فى حوالى 11 من من كان لهم سابق اصابة بالملاريا اظهرت النتيجة ان 4 عينات ايجابية . عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم الطرفى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.187 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1833 .اما عندما استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 1 للدم المشيمى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1967 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1000 . عندما تم استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم الطرفى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1705 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.3286 .اما عندما استخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلى الخاصة باقسومة البروتين السطحى لطفيل المنجليات المتصورة 2 للدم المشيمى لمن كانت نتائجهم سلبية كان متوسط وزن الجنين هو 3.1786 اما من كانت نتائجهم ايجابية فكان المتوسط هو 3.1889Item The Role of Immunoglobulin Heavy Chain Gene Rearrangement in The Diagnosis of B-cell line Non-Hodgkin’s Lymphoma(Al-Neelain University, 2016) Nour Mahmoud Abdelateif AliAbstract Background: Lymphomas are a group of malignant diseases generally present as solid tumors of the lymphoid system. The major forms of malignant lymphomas (B- and T-cell) are broadly categorized into Hodgkin’s and non-Hodgkin’s types. Majority of NHL are B-cell origin.One of the major requirements in clinical oncology is early and accurate diagnosis of cancer and monitoring of disease progression. The importance of accurate diagnosis and effective management of lymphomas has been heightened by their increasing incidence.Molecular analysis, aimed not only at a more precise disease definition, but also at recognising factors that can predict prognosis and response to treatment. Aim: to reveal the usefulness of polymerase chain reaction analysis of the IgH chain gene rearrangement in the diagnosis of B-cell NHLs in Sudan. Samples and methods:A total of 113 patients were prospectively enrolled in this study from January 2013 to December 2014. The patients were divided into two groups, group of them were diagnosed as B-NHL morphologically then confirmed by immunohistochemistry (81 cases). Another group of patients were suspected to have B-NHL only by morphology while immunohistochemistry was failed to confirm the diagnosis and those were reported as inconclusive (32 cases).The specimens were extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded sections and used forIgHgene rearrangement polymerase chain reaction analyses. Results: IgHgene rearrangement was detected in 106 cases (93.8%) using FR3 primers and in 85 cases (75.2%) using FR2 primers. Simultaneous use of FR2 and FR3 increase the detection rate of monoclonality to 99.1%. FR2 primers detect the clonality in all cases with inconclusive immunohistochemistry (100%) while FR3 primers detect the clonality in 28 cases (87.5%). Comparable to immunohistochemistry IgH gene rearrangements were detected using FR3 with insignificant difference (P.value: 0.08), while a significant differences were detected with FR2 and combined clonality (FR2 and FR3) (P.value: 0.00) and (P.value: 0.03) respectively. A significant difference was detected when examining detection of clonality using FR3 primers in relation to the site of biopsy (P.value: 0.00). Conclusion: The results of this study further emphasize the value of gene rearrangement study in cases without a definite diagnosis in immunomorphologic studies. FR3 assay was superior to FR2 assay, although FR2 helped to increase the overall clonality rate to 99.1%.Application of primers directed against different frameworks increases the reliability of the detection of clonal IgH gene rearrangements. الخلاصة الخلفية:الليمفوما هي مجموعة من الامراض الخبيثة التي تتمثل بصفة عامة في الأورام الصلبة للنظام الليمفاوي.الاشكال الرئيسية للأورام الليمفاوية الخبيثة (خلايا ب وت)يتم تصنيفها بشكل عام الي هودجكن وغير هودجكن.غالبية النوع غير هودجكن من اصل الخلايا ب.واحدة من المتطلبات الرئيسية في علم الاورام السريري هي التشخيص المبكر والدقيق للسرطان والتحكم في تطور المرض. اهمية التشخيص الدقيق و الادارة الفعالة لورم الغدد الليمفاوية اصبحت واضحة عن طريق زيادة معدل الاصابة بها.التحليلات الجزيئية التي تهدف ليس فقط الي تعريف المرض اكثر دقة , ولكن ايضا في معرفة العوامل التي تمكن من التنبؤ بتطور المرض والاستجابة للعلاج. الهدف:للكشف عن فائدة تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل في اعادة ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد واهميته في تشخيص الليمفوما غير هودجكن نوع(ب) في السودان. العينات وطريقة البحث:تضمنت هذه الدراسة مجموع113 مريضا في الفترة من يناير 2013 الي ديسمبر 2014. وقد تم تقسيم المرضي الي مجموعتين, مجموعة منهم تم تشخيصها كغير هودجكن نوع(ب) شكليا ثم اؤكد مناعيا (81حالة). والمجموعة الثانية كان يشتبه ان لديهم المرض غير هودجكن نوع(ب) شكليا في حين فشل تاكيد التشخيص مناعيا وتم تسجيلهم كحالات غير محددة التشخيص(32 حالة). تم استخراج العينات من اقسام البارافين المثبتة بالفورمالين واستخدمت في تحليل تفاعل البلمرة المتسلسل في اعادة ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد. النتائج:تم الكشف عن ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد في 106 حالة(93.8%) باستخدامFR3 و85 حالة(75.2%) باستخدام FR2 . زاد معدل الكشف عن التنسيل الي 99.1%.FR2و FR3 الاستخدام المتزامن ل كشف FR2عن التنسيل في جميع الحالات غير محددة التشخيص(100%), بينما كشفFR3 عن 28 حالة(87.55). مقارنة بالتحليل المناعي وجد اختلاف غير معنوي مع ترتيب جينات السلسلة الثقيلة للجسم المضاد باستخدام FR3 (p.value: 0.08) بينما وجد اختلاف معنوي في حالة استخدام FR2والتنسيل المزدوج( FR2 و FR3 ) (p.value: 0.00) و( (p.value0.03. وجد اختلاف معنوي عند الكشف عن التنسيل باستخدام FR3 فيما يتعلق بموقع الخزعة(p.value:0.00 ) الملخص:نتائج هذه الدراسة دعمت فائدة دراسة ترتيب الجينات في الحالات غير معروفة التشخيص شكليا ومناعيا. طريقة FR3 كانت متفوقة علي طريقة FR2 بالرغم من ان FR2 ساعدت في زيادة معدل التنسيل الكلي بنسبة 99.1%.استخدام بادئات موجهة ضد مواقع مختلفة يزيد من موثوقية الكشف عن اعادة ترتيب الجينات النسيلي.Item Evaluation of Tumor Necrosis Factor Alpha, Interleukin 6, Microalbuminuriaand Renal Function Test inSudanese Patients with Hypertension(Al-Neelain University, 2016) Rihab Akasha Mohamed AliABSTRACT This study was included 500 subjects, 250 of them were patients came to Elmoalem Medical Center with essential hypertension and 250 were volunteers as control. Blood and urine samples were collected from all study subjects. The fasting blood sample for analysis of IL6, TNF-α, urea, creatinine, glucose, cholesterol and triglyceride, the urine sample for analysis of microalbuminuria. The aim of this study was the early diagnosis of renal damage in hypertension by introduces some new markers like IL6 and TNF-α. According to the results of microalbumin/creatinine ratio patients were classified to three groups: the first group with normal protein in urine (74%), the second group with microalbuminuria (15.6%) and the third group with macroalbuminuria (10.4%). The study showed that the number of male was approximately half the number of female in the different groups.The majority 30.8% of patients were at age between 46 – 56 years while only 2% were at age between 24 – 34 years.According to BMI score hypertensive patients were classified to normal (healthy weight) 28.4 %, overweight 51.6 %, obese class I (moderately obsess) 15.2 % and obese class II (severely obese) 4.8 %. There was significant increase in MCR, IL-6 and TNF-α in essential hypertension patients when compared with control group with (P-value 0.000, 0.000, 0.000) respectively. The study also represented a significant increase in glucose, blood urea, creatinine, triglyceride level, SBP and DBP in patients than controls, (P-value 0.000), while there was in significant differences in total cholesterol in patients versus control group, (P-value 0.093). There were significant increase of cholesterol, BMI and MCR in female in comparison with male with (P-value 0.002, 0.042 and 0.021) respectively. While other parameters showed insignificant differences. The study showed a highly significant correlation between MCR and gender, age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol and duration of hypertension, with (P-value 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 and 0.000) respectively. While no correlation with other variables. The study also represents positive correlation between IL-6 in pg/ml and age, blood glucose, urea, creatinine, cholesterol, duration of hypertension and SBP with (P-value 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 and 0.002) respectively. While no correlation with other variables.The same trend was also noticed in TNF-α with the study variables. This study concludes that the hypertension is more common in females than males. Also concludes that advance age is associated with the prevalence of hypertension. By showing strong association between microalbuminuria and hypertension, our findings suggest that microalbuminuria could be a useful marker to assess risk management of renal disease. TNF-α and IL-6 also are remarkably increased in hypertensive patients and may play an important role in the pathogenesis and the development of renal damage in hypertensive patients. مستخلص شملت هذه الدراسة500 شخص، 250 منهم مرضى يترددون على مركز المعلم الطبي ويعانون من ارتفاع ضغط الدم المجهول السبب، والـ250 الآخرون متطوعون يمثلون المجموعة الضابطة. وقد جُمعت عينات دم وعينات بول من جميع الأشخاص الذين خضعوا للدراسة، حيث أُخذت عينات الدم اثناء الصيام لتحليل إنترلوكين وعامل نخر الورم-ألفا واليوريا والكرياتينين والجلوكوز والكوليسترول والجليسريدات الثلاثية، بينما أُخذت عينات البول لتحليل الارتفاع الطفيف في ألبومين البول. هدف هذه الدراسة هو التشخيص المبكر للتلف الكلوي لدى مرضى ارتفاع ضغط الدم من خلال استخدام بعض العلامات الجديدة مثل إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا. ووفقاً لنتائج نسبة الارتفاع الطفيف في الألبومين/الكرياتينين صُنِّف المرضى إلى ثلاث مجموعات: المجموعة الأولى تتميز بمعدل بروتين طبيعي في البول (74%)، والمجموعة الثانية تعاني من ارتفاع طفيف في ألبومين البول (15.6%)، والمجموعة الثالثة تعاني من ارتفاع شديد في ألبومين البول (10.4%). وأظهرت الدراسة أن عدد الذكور تقريباً نصف عدد الإناث في مختلف المجموعات. وتتراوح أعمار غالبية المرضى من 46 إلى 56 سنةً(30.8%)، بينما تتراوح أعمار ما نسبته 2% فقط من المرضى من 24 إلى 34 سنة. وحسب مؤشر كتلة الجسم تم تقسيم المرضى الى:وزن طبيعى (وزن صحى) 28.4% , وزن زايد 51.6%, سمنة متوسطة 15.2%, وسمنة شديدة 4.8%. وأظهرت الدراسة أن هنالك زيادة كبيرة فى الألبومين/الكرياتينين ,إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا لوحظت فى المرضى الذين يعانون من ارتفاع ضغط الدم مقارنةًبالمجموعة الضابطة (الثابت 0.000, 0.000 و0.000) على التوالى. تمثل هذه الدراسة أيضاً زيادة كبيرة في مستويات الجلوكوز, تركيز اليوريا في الدم, تركيز الكرياتنين في مصل الدم, تركيز الجليسريدات الثلاثية, متوسط الدم الانقباضى و في متوسط الدم الانبساطي عند المرضى مقارنةً بالأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.000). بينما لوحظ أنهلا توجد زيادة كبيرة في الكوليسترول الكلي عند المرضى مقابل الأشخاص في المجموعة الضابطة (قيمة الثابت 0.093). هنالك زيادة كبيرة في نسبة الكلوليسترول, مؤشر كتلة الجسم و الألبومين/الكرياتينين في الأناث مقارنةً مع الذكور (الثابت 0.002, 0.042 و 0.021) على التوالي.بينما اظهرت بقية الأختبارت أنه لأتوجد فروقات ذات دلألة إحصائية. وأظهرت الدراسة وجود ارتباط كبير للغاية بين الألبومين/الكرياتينين وكلاً من الجنس, العمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول و مدة ارتفاع ضغط الدم (الثابت 0.000, 0.000, 0.005, 0.000, 0.000, 0.007 و 0.000) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى. تمثل الدراسة أيضاً علاقة اجابية بين إنترلوكين-6 بيكوجرام/مل والعمر, مستوى السكر في الدم, اليوريا, الكرياتنين, الكوليسترول, مدة ارتفاع ضغط الدم و متوسط ضغط الدم النقباضي (الثابت 0.000, 0.002, 0.000, 0.000, 0.010, 0.000 و 0.002) على التوالي. بينما لاتوجد علاقة مع المتغيرات الأخرى.ولوحظ نفس الاتجاه أيضاً فيعامل نخر الورم ألفا مع متغيرات الدراسة. وتخلص هذه الدراسة الى أن ارتفاع ضغط الدم هو أكثر شيوعًا فى الأناث من الذكور. يستنتج ايضاً أن العمر يرتبط مع ارتفاع ضغط الدم. من خلال اظهار علاقة قوية بين الزلالى وارتفاع ضغط الدم, تشير النتائج التى توصلنا اليها أن الزلالى يمكن ان يكون علامة مفيدة لتقييم مخاطر الاصابة بامراض الكلى. إنترلوكين-6 وعامل نخر الورم ألفا تزداد بشكل ملحوظ فى مرضى ارتفاع ضغط الدم, ويمكن أن تلعب دورًا هامًا فى التسبب وتطوير تلف الكلى فى المرضى المصابين بارتفاع ضغط الدم.Item Successful isolation, culturing, proliferation and transdifferentiation of stem cells obtained from Umbilical Cord blood and Wharton jelly A thesis submitted in fulfillment for the requirements of the PhD degree in medical hematolo(Al-Neelain University, 2011) Hiba BadrEldin Khalil Ahmed KhalilAbstract Introduction Mesenchymal s tem cel ls ( MSCs) and Haemopoietic s tem cel l ( CD34) coul d be i solated from human umbilical cord blood. In addition to that MSCs like, could also be isolated from Wharton jelly which represent a rich source of primitive cells, with the same properties of cord blood and bone marrow MSCs. Mesenchymal s tem cel ls and haemopoietic stem cells have the cap acity of self-renewal, proliferation and in vivo or ex vivo differentiation. This s tudy was condu cted to compare s tem cells f rom umbilical cord bl ood a nd W harton j elly, focusing on i solation techniques, identification and proliferation using various m edium, (MesenCult a nd DMEM), and differentiation in vivo (albino r ats) and ex vivo (MethoCult medium), transdifferentiation into hepatocyte like cells and expression of CD34,CD45 and CD10. Materials and Methods Thirty female a lbino rats a ge 5 -6 week-old; weight 40 -60 g, 20 w ere us ed for hum an c ells engraftment, whereas the remaining 10 served as negative controls. Twenty t o f ourty ml of 25 cord blood samples and l ength of 12 cm of 25 umbilical cords for Wharton jelly samples were obtained from 25 newborns delivered after full term following ethical consent. XV The c ord bl ood s amples w ere gr ouped a ccording t o t he t ime of c ollection after bi rth into t hree groups. Group one (G1) include samples processed after 5 - 7 hours, group (G2) after 3 - 9 hours and 9-13 hours for group three (G3), whereas Wharton jelly samples were grouped as G1 which include samples processed after 56 - 93 hours, G2 after 19 - 24 hours and 42 - 48 hours for G3 and time of tr ypsin digestion was 45 m inutes for G 1 and 30 minutes for G 2 &G3.Ficoll P aque w as used to obtain the mononuclear cells from cord blood samples while trypsin enzymatic treatment was used f or W harton jelly s amples. P urification of C D34 was done us ing R osetteSep a nd EasySep techniques. The expression and count of CD34, CD45 and CD10 was detected by desired monoclonal antibodies and analyzed using flowcytometric. The ex vivo proliferation of MSCs was performed in DMEM at da y 7 for G2 and day 14 for G 1, whereas fo r MesenCult media it w as performed at day 14 for G3. The differentiation process was done by CFU-F fibroblast assay and hepatocyte growth factor protocol, and checked by monitored microscopic, immunocytochemistry and micro albumin assay. CD34 positive cells were cultured for 16 days in MethoCult media after which viable cells count, colonies count assays, and calculation of fold expansion and plating efficiency were done. In vivo engraftment and cell proliferation was tested using CD34 positive cells in experimental irradiated albino r ats (n=10) a nd CD34 i mproved b y hu man M SCs ( n=10) infused b y intravenous a nd intraperitoneal modality. XVI Statistical methods The da ta w as analyzed using S PSS 13 , p.value considered s tatistically significant below 0.05. Descriptive s tatistics ( mean and standard de viation) obtained f or num erical va riables w hile frequency distribution and percent for categorical variables. Mean differences were tested by t-test or ANOVA. Results The results showed no significant differences in the count of mononuclear cells isolated from cord blood and Wharton jelly s amples based on mother a ge, w eeks of gestation, length of um bilical cord and t ime of pr ocessing. The r esults also s howed t hat t he M esenCult m edia gave t he best MSCs viable cells count and fold expansion compared with DMEM. According to the incubation time, DMEM produced the best viable cells count and fold expansion in 7 days in contrast to the 14 days incubation. A statistical significant difference (p-value = 0.04) was observed when compared the MSCs viable cells count and fold expansion of cord blood group 1 and Wharton jelly group 2 i n DMEM. The results also showed that the plating efficiency and colonies count of MSCs to form CFU-fibroblast from Wharton jelly samples was higher with no significant s tatistical di fference (p-value = 0.2) than M SCs f rom c ord bl ood s amples. The activation of hepatocyte cell like obtained from the Wharton jelly samples was higher compared with MSCs obtained from umbilical cord blood. However, the difference turned to be statistically insignificant. Although C D10 w as expressed by MSCs, w e obs erved no s ignificant di fference between cord blood and Wharton jelly samples. XVII Although EasySep technique gave the best purification count of CD34 and haemopoietic colonies count (CFU-E, BFU-E and CFU-GM) in ex vivo methoCult media, RosetteSep gave the best self renewal, pr oliferation i nto C D45 a nd e ngraftment in albino r ats. In a ddition t he combination of CD34 and MSCs gave the best engraftment and the best site for administration was the intravenous one. Conclusions According to the results, Wharton jelly was the best source of MSCs when as compared to cord blood. Regarding CD10 expression, the cord blood was the best compared to Wharton jelly. The best m edia f or s tem cel l r esearch was t he M esenCult obtained from Stem C ell T echnologies Company. The best technique for CD34 isolation was the positive selection concerning EasySep technique, although the best in vivo engraftment can be obtained by RosetteSep technique. MSCs look t o ha ve t he s ame pr operties of bone m arrow stroma, w hen it is combined w ith t he haemopoietic stem cell (CD34) in case of in vivo engraftment. ملخص الدراسه المقدمه يمكن عزل الخلايا الجذعية الوسيطه و الخلايا الجذعية المكونه للدم من دم الحبل السري البشري والتي لديها القدره على الانتشار ، وتجديد الذات والتمايز إلى خلايا مختلفة في جسم الانسان, كما يمكن التعرف على هذه الخلايا ومميزاتها بالتجارب و البحوث العلميه داخل الانسان او الحيوان او عبر زراعتها في مزارع متخصصه بأستخدام اوساط متباينه . بالإضافة الى دم الحبل السرى هنالك مصدر اخر لهذه الخلايا و هو النسيج المحيط بالاوعيه الدمويه في الحبل السري ويسمى بالوارتون جلي و يمثل مصدرا غنيا للخلايا الوسيطه والتي لها نفس خصائص الخلايا الجذعيه المعزوله من دم الحبل السري ونخاع العظم. هدفت هذه الدراسة للمقارنة بين الخلايا الجذعية الوسيطه المستخلصه من دم الحبل السري والوارتون جلي باستخدام طرق مختلفه للعزل ومن ثم قياس قدرة هذه الخلايا على الانقسام وتجديد الذات و ذلك باستخدام نوعين من الوسائط هما من دم الحبل السري باستخدام تقنيتين CD كما هدفت الدراسه ايضا" الى عزل الخلايا الجذعيه 34 ، DMEM و MesenCult و من ثم قارنت القدره على الانقسام و التكاثر. RosetteSep و EasySep هما 9العينه و طرق البحث T 9T 9دم الحبل السري لاطفال حديثي الولاده و ذلك بعد اخذ الموافقه T 19T 9من T 19T شملت الدراسه 25 عينه دم تراوحت بين 20 الى 40 مل 9T . 9سم T 19T 9 ادنى بلغ 121 T 19T الاخلاقيه من ذويهم اضافه الى 25 عينه وارتون جل اخذت من حبال سريه لاطفال حديثى الولاده بطول 9T 9ابيض تراوحت اعمارهم بين 5 الى 6 اسابيع بوزن يتراوح بين 40 الى 60 جرام , 20 T كما شملت العينه استخدام ثلاثون فأر 1 29،اما ال 10 المتبقيين كانوا بمثابه ضوابط سلبيه. T 19استخدموا لزراعة الخلايا الجذعيه المكونه للدم المعزوله من الانسان T منهم 9 العينه, كما تم T 19T 29تجهيز T 29اء" علي زم ن T 9بن T 19T 9, المجموعه الاولى والثانيه والثالثه و ذلك T 19T 9تم تقسيم عينات الدم الى ثلاثه مجموعات T 9T 19T 29تجهيز T 29اء" علي زم ن T 9بن T 19T 9, المجموعه الاولى والثانيه والثالثه و ذلك T 19T ايضا" تقسيم عينات الوارتن جل الى ثلاثه مجموعات 9من عينات الدم الماخوذه T 19T 9احادية النواة1 T 19T 19استخدام محلول الفيكول لعزل الخلايا T 9كما تم T . 9 ووقت حفظ العينه في انزيم التربسين 1 T 19T العينه .29T 29 و استخدم انزيم التربسين لعزل الخلايا الشبيهه بالخلايا الوسيطه في عينات الوارتون جل T من الحبل السري XIX 9تم زراعة الخلايا الجذعيه الوسيطه المعزوله مسبقا" ف ي وس ط الدلبكو لفترة حضانه 14 يوم للمجموعه الاولى و 7 ايام T 9وقد تم ايضا" زراعة الخلايا في وسط المزنكلت لفترة حضانها 14 يوما للمجموعه الثالثه و ذلك لمعرفة T.12T 129T للمجموعه الثانيه قدرتها على الانقسام و الانتشار و التحول الى مستعمرات الفايبروبلاست. اما طرق تنقية الخلايا الجذعيه المكونه للدم فهي 9T 1 1T2T.2T 19TEasySep29T و1 RosetteSep 9T 2المخصصه لكل كاشف و تحليلها عبر T 19T 29الاجسام المضادة T 9الكواشف المناعيه ( سي دي 45 و 34 و 10 ) تم استخدام T 19T لمعرفة جهاز الانسياب الخلوي. اما عن معرفة الخلايا الجذعيه المكونه للدم, ومقدرتها على انشاء المستعمرات المكونه للدم فقد تم استخدام مزرعة الميزوكلت لفترة حضانه 16 يوما". 9شملت الدراسه عينة الفئران التي تم حقنها عبر وريد الذيل( 9 فئران) و جدار البطن ( 9 فئران) لاختبارمقدرة الخلايا المكونه للدم T الي الوصول الى النخاع و البدء بالانقسام, كما تم ايضا حقن بعض هذه الفئران بخلايا جذعيه مكونه للدم مدعومه بخلايا جذعيه 9T وسيطه.1 النتائج أسابيع T 9T الأم ،و عدد T 9T وفقا لعمر T 9T او الواتون جلي T 9T دم الحبل السري T 9T عينات T 9T المعزولة من T 9T الخلايا T 9T في عدد T 9T اختلاف كبير T 9T 9لم يكن هنالك T مزرعة المزنكلت اعطت نتائج لاعداد الخلايا الجذعيه الوسيطه مقارنة بمزرعة الدلبكو. أفضل عدد T 9T . معالجة العينه T 9T ووقت T 29T،29T الحمل أن T 9T أظهرت النتائج T 9T، اضافة الى ذلك T 9T. للخلايا الوسيطه تم حصده كان من مزرعة الدلبكو التي كانت فترة حضانتها 7 ايام بنسبه اعلى في وسط مزرعة المزنكلت مقارنة بخلايا دم الحبل T 9T المستعمرات T 29T 29عدد T المعزولة من الوارتون جيلى اعطت T 9T الخلايا 9كما اظهرت النتائج نجاح الخلايا الجذعيه الوسيطه و المكونه للدم في التحول الى خلايا شبيه بخلاي ا الكبد تملك نفس T.2T 29 يT السر دم T 9T 9مقارنة بعينات T لبروتينات الكبد T مقدرات الخلايا الكبديه , حيث اعطت الخلايا الجذعيه المعزوله من الوارتون جلى اعلي نسبه9 طريقه لعزل الخلايا المكونه للدم و اعطاء افضل عدد من T 9T أفضل T 9T 9 هي TEasySep9T 9T 9طريقة T كانت T 9T 9 ومن ناحية أخرى T.2T 29T الحبل السري للفئران كانت انجح من T 9T التي تم حقنها RosetteSep2T 9T 29. كما ان تطعيم الخلايا المكونه للدم المعزوله ب T المكونه للدم T 9T المستعمرات ايضا افضل النتائج كانت بعد الحقن الوريدي للخلايا المدعومه بالخلايا الجذعيه الوسيطه . EasySep خلايا الخلاصه وفقا للنتائج , فأن الوارتون جل يعتبر افضل مصدر للخلايا الجذعيه الوسيطه . في المقابل كانت الخلايا الجذعيه الوسيطه .CD المعزوله من دم الحبل السري قد اعطت افضل ظهور لمستضد ال 10 XX عل ى الرغ م م ن ا ن تقني ة ,(CD هي أفضل تقنية لعزل الخلايا المكونه للدم ( 34 EasySep اثبتت الدراسه ان تقنية قد اعطت افضل النتائج داخل الفئران وفقا لمعدل انتشار الخلايا المكونه للدم و عدد المستعمرات.Item INVESTIGATION OF ACTIVATION PRODUCTS IN MEDICAL LINEAR ACCELERATORS(Al-Neelain University, 2011) Mohammed Khalil SaeedAbstract Study of induced activity in a medical linear accelerator room was carried out on Clinac 2100C running 15 MV at Maggiore Hospital, Trieste, Italy. Mathematical model to calculate the induced dose rate has been derived and compared to measurements results. Both of experimental method and mathematical model present a good agreement. The experimental method was performed using filter papers and portable spectroscopy. The activation level reached its practical saturation value after a 30 min continuous irradiation, corresponding to 12000 MU at a dose rate of 240 MU/min. The filter paper method was first time used for the purpose of this measurement. Typical radionuclides produced in the treatment room were identified. The results obtained by this new method, consisting of filter paper, can represent a reliable tool. Moreover, the measurements uncertainty using portable spectrometer was decreased and determined to be 6.02%. In addition, the Clinac 2100C has been simulated with Monte Carlo code Geant4 and the neutron fluence, as a function of the neutron energy, has been calculated in the isocenter and outside the treatment room to estimate the equivalent dose to technologist and patients. The ambient dose equivalent for patient and radiotherapy technologist has been reported in this study using the above mentioned methods. The derived data using different field sizes have been used to evaluate the ambient dose equivalent from neutrons to a patient receiving radiation treatment. The maximum of annual ambient dose equivalent present for 15 MV photon beam is about 1.96 mSv for the technologists, in addition to 1.032 mSv/year received by them in the control room. The maximum of ambient dose equivalent received by patients for minimum field size present 1.79 mSv/Gy for 20 MV photon beam. These values represent neglected doses for technologists, but at same time cannot be ignored for patients, where they can represent a risk for healthy tissues and contribute to secondary malignancy insurgence.