Masters theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/495
Browse
17 results
Search Results
Item Measurement of Herpes Simplex Virus Type-1 IgG Avidity in Human Immunodeficiency Virus Patients in Khartoum State(Al-Neelain University, 2022) Eslam Ahmed Saeed SharifABSTRACT Background: Herpes simplex Virus is ubiquitously infected in populations land leads to severe morbidity and mortality, in the setting of advanced HIV disease, more serious and systemic manifestations. The IgG avidity assay is a tool that can be used to more accurately detect a primary infection than IgM alone antibodies produced at the time of a primary infection have lower antigen avidity than those produced during a nonprimary response or later in a primary immune response over time. Aim: This is study aimed to measure herpes simplex virus type - 1 IgG Avidity in Human Immunodeficiency Virus patients in Khartoum State from June to August . Method: Cross-sectional study has been conducted to detect and measure the HSV-1 IgG avidity using an Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) in 85 HIV samples. Results: This study revealed that the frequency of HSV 1 in HIV is very high, an anti-HSV 1 IgG antibody was found in 59 (69.4%) of the patients, and 98% of the total HSV 1 IgG avidity was high. The prevalence of HSV-1 among persons aged 21-40 was 36 (61.0%) which high than other groups. prevalence was higher among males 57.6% than females 42.4%. Conclusion: The exposure rate to HSV 1 infection was high, and the avidity of HSV 1 also shows high and has no significant association between viral load and demographic data. المستخلص الخلفية: يُصاب فيروس الهربس البسيط في كل مكان في الأرض مما يؤدي إلى المراضة الشديدة والوفيات ، في وضع مرض فيروس نقص المناعة البشرية المتقدم ، وتشمل المظاهر الأكثر خطورة والجهازية لعدوى فيروس الهربس البسيط ، و IgG avidity assay هو أداة يمكن استخدامها للكشف بدقة أكبر عن العدوى الأولية من الأجسام المضادة IgM وحدها المنتجة في وقت العدوى الأولية لديها Avidity مستضد أقل من تلك المنتجة خلال استجابة غير أولية أو في وقت لاحق في استجابة مناعية أولية مع مرور الوقت. الهدف: هذه الدراسة هدفت إلى قياس نوع فيروس الهربس البسيط - 1 IgG Avidity في مرضى فيروس نقص المناعة البشرية في ولاية الخرطوم من فترة يونيو الي اغسطس. الطرق: أجريت الدراسة مقطعية مستعرضة للكشف عن وقياس avidity HSV-1 IgG باستخدام الفحص المناعي المرتبط بالإنزيم (ELISA) في 85 عينة نقص المناعة البشرية. النتائج: كشفت هذه الدراسة أن نسبة HSV 1 في فيروس نقص المناعة البشرية مرتفع جدا ، وتم العثور على جسم مضاد مضاد ل HSV 1 IgG في 59 (69.4٪) من المرضى، وكان 98٪ من إجمالي Avidity HSV 1 IgG مرتفعا. وبلغ معدل انتشار فيروس الهربس البسيط-1 بين الأشخاص الذين تتراوح أعمارهم بين 21 و 40 عاما 36 (61.0 %) وهو معدل مرتفع مقارنة بغيرهم من الأعمار. وكان معدل الانتشار المعدل حسب العمر أعلى بين الذكور بنسبة 57.6 % منه بين الإناث بنسبة 42.4 % . الخلاصة: كان معدل التعرض لعدوى فيروس الهربس البسيط 1HSV مرتفعا ، كما أظهر الهربس البسيط – IgG Avidity مرتفعا ، وليس للدراسة الحالية ارتباط كبير بين المقدار كمية فيروس والبيانات الديموغرافية.Item Serofrequency of Anti- Rubella Antibodies among Premarital Medical Field Females Students at Al-Neelain University, Sudan(Al-Neelain University, 2022-11) Nusiba Hassabalrasoul MohammedAbstract Background: Rubella (German measles) is a contagious viral infection result in a mild febrile illness with micropapular rash and lymphadenopathy in non-pregnant women, but in pregnancy leads to serious effects such as abortion, stillbirth, and congenital rubella syndrome (CRS). The vaccination and routine screening of females at reproductive age is an effective strategy to protect from disease, but because of low vaccine coverage rubella still exist in developing countries. Objective: This study was aimed to detect immunity status against rubella virus among premarital medical female students at Al-Neelain university. Method: A cross-sectional study was carried out among 90 premarital medical field females students at Al-Neelain university, a structural questionnaire was used to collect demographic data, all samples were screened for rubella IgM and IgG Antibodies by using enzyme – linked immunosorbent assay (ELISA). Results: A total of 90 blood samples were collected from premarital medical field student females at Al-Neelein University, their age was between 18 to 26 years with the mean age of 21.1 years, The students was belonged to 6 medical colleges. According to residence area, the students were classified to 77(85.6%) urban residents and 13 (14.4%) rural residents. 84.4% of samples were lgG positive and 15.6% were lgG negative, 1 (1.1 %) student was positive for IgM.1 (1.1 %) student was positive for both IgM and IgG, while susceptibility rate to rubella (negative for both IgM and IgG) was (15.6%). The higher rate of IgG seropositivity (92.3%) was detected in rural residents, but statistical analysis showed insignificant association between lgM and IgG serofrequency and any of age and residence area (p-value >0.05). Conclusion: This study demonstrated high rate of immunity against rubella in premarital medical student females in absence of vaccination, and the infection still existing in Sudan. The study reported a considerable rate of susceptibility to rubella among female in the reproductive age which alarming to introduce the vaccine as soon as possible, and health education of community about disease to encourage them to get vaccine. الملخص الخلفية: الحصبة الألمانية هي عدوى فيروسية تؤدي إلى مرض حموي خفيف مصحوب بطفح حطاطي صغير واعتلال عقد لمفاوية لدى النساء غير الحوامل ، ولكن أثناء الحمل قد تؤدي إلى آثار خطيرة مثل الإجهاض وولادة الجنين ميتًا ومتلازمة الحصبة الألمانية الخلقية . التطعيم والفحص الروتيني للإناث في سن الإنجاب هو استراتيجية فعالة للحماية من المرض، ولكن بسبب التغطية المنخفضة للقاح الحصبة الألمانية لا تزال موجودة في البلدان النامية الهدف: هدفت هذه الدراسة إلى تقييم حالة المناعة ضد فيروس الحصبة الألمانية لدى طالبات الكليات الطبية قبل الزواج في جامعة النيلين. الطريقة: تم إجراء دراسة مقطعية على 90 طالبة في الحقل الطبي قبل الزواج في جامعة النيلين ، تم استخدام استبيان هيكلي لجمع البيانات الديموغرافية ، وتم فحص جميع العينات للأجسام المضادة (الغلوبولين المناعي م و الغلوبولين المناعي ج) باستخدام مقايسة الممتز المناعي المرتبط بالإنزيم. النتائج: تم جمع 90 عينة دم من طالبات الكليات الطبية قبل الزواج في جامعة النيلين ، تراوحت أعمارهن بين 18 و 26 سنة بمتوسط سن 21.1 سنة ،وانتمت الطالبات إلى 6 كليات. حسب منطقة السكن، تم تصنيف الطالبات إلى 77 (85.6٪) من سكان الحضر و 13 (14.4٪) من سكان الريف. 84.4٪ من الطالبات كانت موجبة للغلوبولين المناعي ج و15.6٪ كانت سلبية للغلوبولين المناعي ج. طالبة واحدة (1.1%) كانت موجبة للغلوبولين المناعيم بينما (98.9٪) كانت سلبية للغلوبولين المناعي م وكان معدل القابلية للإصابة بالحصبة الألمانية (15.6٪). تم الكشف عن ارتفاع معدل الايجابية المصلية للغلوبولين المناعي ج(92.3 ٪) في سكان الريف ، لكن التحليل الإحصائي أظهر ارتباطًا ضئيلًا بين التردد المصلي وأي من العمر ومنطقة الإقامة (قيمة0.05Item Molecular Epidemiology of Hepatitis B Virus (HBV) In Eritrea(Al-Neelain University, 2022) Mohammed Elfatih Ahmed Ibrahim HamidaAbstract (English) Background and objectives: The prevalence of Hepatitis B virus (HBV) is highest in Sub-Saharan Africa, including Eritrea. HBV genotypes have different geographical distributions and play a role during infection and treatment management. However, Eritrea has a paucity of information on the distribution of HBV genotypes. Thus, the present study aims to evaluate the epidemiology of HBV in Eritrea among two population groups of blood donors and liver disease patients using serological and molecular methods. Methods: A laboratory-based cross-sectional study was conducted between August 2016 and December 2019. A total of 191 blood donors and 305 liver disease patients from different areas of the country who were hepatitis B surface antigen (HBsAg) positive were included in this study. Enzyme-linked immunosorbent assays were performed to detect serological markers of hepatitis B virus (HBcAb (total), HBsAb, HBeAg, and HBeAb and confirm initial HBsAg detection. Hepatitis B DNA (viral load), and liver transaminase levels were determined. Those reactive for HBsAg and HBcAb (total) were further tested for HBV genotyping using multiplex nested PCR method to determine the prevalence of genotypes among Eritrean patients. Bioinformatic tools were used to confirm HBV genotypes and subgenotypes by phylogenetic analyses of the sequences. Results: Of 191 blood donors infected with hepatitis B, 77.5% (148/191) were positive for HBcAb (total), of which 99.3% (147/148 and 0.7% (1/148) were positive for HBsAg and HBsAb, respectively. Of the 147 positive HBcAb / HBsAg, 16 (10.9%) and 131 (77.9%) were positive for HBeAg and HBeAb, respectively. A total of 73 HBV amplicons were successfully genotyped. HBV genotype D (53.4%) was the predominant circulating genotype, followed by genotypes E (13.7%); A (8.2%); C/D (8.2%); C (5.5%); C/D/E (4.1%); A/D (2.7%); D/E (2.7%); and 1 (1.4%) B/D. Of the 293 confirmed patients with liver disease who were positive for HBcAb (total) / HBsAg, 3 (1.0%) were in the immunotolerant phase, 58 (19.8%) in the active immune active CHB phase, and 232 (79.2%) in the inactive CHB phase. As most subjects (93%) were negative for HBeAg, according to the American Association for the Study of Liver Diseases (AASLD) guidelines, only 5 (1.7%) were currently eligible for treatment. The median viral load (interquartile range) viral load of HBV DNA and ALT was 3.47 (1.66) logarithmic IU / ml and 28 (15.3) IU/L, respectively. Using genotyping method, 122/293 (41.6%) could be genotyped. HBV genotype D (21.3%) was the predominant circulating genotype, followed by genotypes C (17.2%), E (15.6%), C / D (13.1%), and C/E (10.7%). Genotypes C/D/E (7.4%), A/D (4.9%), D/E (4.1%), A (2.5%) and B, A / E, B / E and A/D/C (0.8%) were also present. Taking into account the distribution of HBV genotypes between the two study groups, genotype D was prevalent (33.3%) followed by genotype E (14.9 %). Forty-six random samples were subjected to direct sequencing. Based on the web-based NCBI genotyping tool, the predominant genotype was found to be genotype D (subgenotype D2), which accounted for 65.5%, the other genotypes found were genotype C/D (10%) and genotype A (6.8%), genotype A/C and A/D/E (each with 3%). Conclusion: In conclusion, this study provides evidence of the predominant HBV genotype D in Eritrea, either as mono or mixed-genotype infection, followed by genotype E. Furthermore, phylogenetic analysis revealed that genotypes vary in geographical areas and correlate strongly with NCBI reference sequences. This study improves our understanding of global and local migrations in shaping circulating genotypes and narrows the existing gap in the epidemiology of HBV in Eritrea. Abstract (Arabic) المقدمة والأهداف: انتشار فيروس التهاب الكبد (ب) (HBV) هو الأعلى في أفريقيا جنوب الصحراء بما في ذلك دولة إريتريا. تتميز الأنماط الجينية لفيروس التهاب الكبد (ب) بتوزيعات جغرافية متميزة، حيث تلعب دورًا في مسار إدارة العدوى والعلاج. في إريتريا، هناك ندرة في المعلومات حول توزيع الأنماط الجينية لفيروس التهاب الكبد (ب). هدف هذه الدراسة الحالية إلى تقييم الوباء الجزيئي لفيروس التهاب الكبد (ب) في إريتريا بين مجموعتين من المشاركين: المجموعة الاولي؛ المصابين بالفيروس من المتبرعين بالدم في المعمل الوطني لخدمات نقل الدم في ارتريا، والمجموعة الثانية مرضى الكبد المصابين بالتهاب الكبد الفيروسي (ب). الطريقة: تم إجراء دراسة مقطعية معملية في الفترة ما بين اغسطس 2016 الي ديسمبر2019. تم تضمين ما عدد 191 متبرعًا بالدم و305 مريضًا بأمراض الكبد من مناطق مختلفة من البلاد ممن كانوا مصابين بمستضد التهاب الكبد B السطحي (HBsAg) في هذا دراسة. تم إجراء فحوصات الممتز المناعي المرتبط بالإنزيم للكشف عن العلامات المصلية لفيروس التهاب الكبد (ب) (HBcAb (total)، HBsAg, HBsAb، HBeAg, HBeAb) وتأكيد الكشف الاولي عن طريق HBsAg. تم تحديد مستويات الحمل الفيروسي (Hepatitis B DNA) ومستويات ترانس أميناز الكبد. تم اختبار HBsAg وHBcAb (total) من أجل التنميط الجيني HBV باستخدام طريقة PCR المتداخلة لتحديد مدى انتشار الأنماط الجينية بين المرضى الإريتريين. استخدمت أدوات المعلومات الحيوية لتأكيد الأنماط الجينية ل HBV والأنماط الجينية الفرعية عن طريق التحليلات التطورية للتسلسل. النتائج: من 191 متبرع بالدم مصابين بالتهاب الكبد الوبائي (ب)، 77.5٪ (148/191) كانت موجبة لـ HBcAb (total)، منهم 99.3٪ (147/148) و0.7٪ (1/148) كانت إيجابية لـ HBsAg وHBsAb على التوالي. ومن بين 147 HBcAb / HBsAg نتيجة إيجابية، 16 (10.9٪) و 131 (77.9٪) كانت موجبة لـ HBeAg و HBeAb على التوالي، تم توصيف 73 أمبليكون من فيروس التهاب الكبد (HBV) بنجاح ، وكان النمط الوراثي D (53.4٪) هو النمط الجيني السائد المنتشر، تليها الأنماط الجينية E (13.7٪) ؛ A (8.2٪) ؛ C / D (8.2٪) ؛ C (5.5٪) ؛ C / D / E (4.1٪) ؛ A / D (2.7٪) ؛ D / E (2.7٪) ؛ و 1 (1.4٪) B / D. من بين 293 مريضًا مؤكدًا مصابًا بأمراض الكبد وكانت إيجابية لـ HBcAb (الإجمالي) / HBsAg، كان 3 (1.0٪) في مرحلة التحمل المناعي، 58 (9.8٪) في مرحلة CHB النشطة المناعية، و 232 (79.2 ٪) في مرحلة CHB غير النشطة. نظرًا لأن معظم الأشخاص (93 ٪) كانوا سلبيين لـ HBeAg، وفقًا لإرشادات الجمعية الأمريكية لدراسة أمراض الكبد (AASLD)، فقط 5 (1.7٪) مؤهلون للعلاج حاليا، متوسط الحمل الفيروسي (المدى المقسط) كان الحمل الفيروسي لـ HBV DNA ومستويات ترانس أميناز الكبد (ALT) 3.47 (1.66) لوغاريتمي / مل و28 (15.3) وحدة دولية / لتر، على التوالي. باستخدام طريقة التنميط الجيني، يمكن إجراء تنميط وراثي 122/293 (41.6٪). كان النمط الجيني HBV D (21.3٪) هو النمط الجيني المنتشر السائد، يليه الأنماط الجينية C (17.2٪) E, (15.6٪) C/D, (13.1٪) C/E, (10.7٪) C/D/E, (7.4٪) A/D, (4.9٪) D/E, (4.1٪) A, (2.5٪) والانماط الجينيةB A/E, B/E, A/D/C, كانوا حاضرين أيضا بنسبة .(٪0.8) مع الأخذ في الاعتبار توزيع الأنماط الوراثية HBV بين مجموعتي الدراسة، كان النمط الجيني D سائدًا بنسبة (33.3٪) يليه النمط الجيني E (٪14.9). تم إخضاع ستة وأربعين عينة عشوائية للتسلسل المباشر. استنادًا إلى أداة التنميط الجيني NCBI المستندة إلى الويب، تم العثور على النمط الجيني السائد ليكون النمط الجيني D (النوع الفرعي D2)، والذي يمثل 65.5 ٪، والأنماط الجينية الأخرى التي تم العثور عليها كانت النمط الجيني ) C / D 10٪) والنمط الجيني 6.8) A ٪) ، والانماط الجينية A/C و A/D/E(3٪ لكل منهما). الخلاصة: في الختام، تقدم هذه الدراسة دليلاً على ان النمط الجيني D هو السائد في إريتريا، إما كعدوى أحادية أو مختلطة النمط الجيني، متبوعة بالنمط الوراثي E. علاوة على ذلك، كشف التحليل الوراثي أن الأنماط الجينية تختلف في المناطق الجغرافية وترتبط بقوة بالتسلسل المرجعي لـ NCBI. تعمل هذه الدراسة على تحسين فهمنا للهجرة العالمية والمحلية في تشكيل الأنماط الجينية المتداولة وتضييق الفجوة الموجودة في وبائيات فيروس التهاب الكبد الوبائي (ب) في إريتريا.Item Seroprevalence of Epstein Barr Virus among Systemic Lupus Erythematous Patients attending Khartoum Hospitals(Al-Neelain University, 2021-12) Roaa Isameldein Elmuna AliABSTRACT Background: SLE is a complex multifactorial autoimmune disease with heterogeneous clinical presentation, which affects more often women than men. A connection between SLE and EBV infection has been suggested. Nearly all SLE patients are infected with EBV (99.5%); however, a large proportion of healthy adults are also infected (94.5%) Aim: To detect IgM and IgG antibodies of Epstein Barr virus among Systemic Lupus Erythematosus patients in Khartoum hospitals. Methods: This case control study was conducted from December 2020 to March 2021 in Rheumatology Clinic at Medical Military Hospital, Omdurman Teaching Hospital and Zein Medical Complex in Khartoum State. A structure questionnaire was used to collect demographic and clinical data. ELISA was done to determine the presence of EBV virus IgM and IgG antibodies. The Results: Among 90 participants, 60 cases with systemic lupus erythematous and 30 as controls, the age range of cases and controls was between 18-60 and 19-60 years respectively, the two groups of participants serum IgG seropositivity for EBV which revealed interpretation of result positive (4(10%) vs 7(20%)) and negative (56(90%) vs 23(80%)).Therefore, EBV IgG results were shown significantly correlation between age interpretation participants (p.value= 0.039) (Table 4.1). In addition the two groups of participants serum IgM seropositivity for EBV which revealed interpretation of result scores positive (1(0%) vs 4(10%)) and negative (59(100%) vs 26(90%)). However, IgM results were shown no significantly correlation between age interpretation participants (p.value = 0.612). Conclusion: The study showed that SLE is more abundant females than males in addition; the chronic infection or reactivation of EBV has a pathogenic role as an environmental trigger inducing or promoting the development of SLE. مستخلص الدراسة الخلفية: مرض الذئبة الحمراء هو مرض مناعي ذاتي معقد متعدد العوامل مع عرض سريري غير متجانس ، والذي يصيب النساء في كثير من الأحيان أكثر من الرجال. تم اقتراح علاقة بين المرض وفيروس الإبشتاين بار(EBV) حيث يصاب جميع مرضى الذئبة الحمراء تقريبًا بفيروس EBV (99.5٪) كماأن هناك نسبة كبيرة من البالغين الأصحاء مصابون به أيضًا (94.5%) الهدف: الكشف عن الأجسام المضادةمن نوع ( G) و (M)لفيروس الإبشتاين بار(EBV)بين مرضى الذئبة الحمراء في مستشفيات ولاية الخرطوم . الطريقة: أجريت دراسة الحالات والشواهد هذه في الفترة من ديسمبر 2020 إلى مارس 2021 في عيادة الروماتيزم بالمستشفى العسكري الطبي ومستشفى أم درمان التعليمي ومجمع الزين الطبي بولاية الخرطوم. تم استخدام استبيان هيكلي لجمع البيانات الديموغرافية والسريرية و تم إجراء ELISA لتحديد وجود الأجسام المضادة IgM و IgG لفيروسEBV. النتائج: من بين 90 مشاركا ، 60 حالة مع الذئبة الحمراء و 30 حالة من الشواهد حيث تراوحت الفئة العمرية للحالات والشواهد بين 18-60 و19-60 سنة على التوالي.أظهرت النتائج أن وجود الاجسام المضادة لفيروس الإبشتاين بار من نوع (G ) في مجموعتي المشاركين الحالات و الشواهد في الأجسام كانت النتيجة الإيجابية 4(10%)مقابل 7(20٪) وسلبي 56(%90) مقابل 23(80%) علي التوالي. و بالإضافة إلى أن نتائج أن وجود الاجسام المضادة لفيروس الإبشتاين بار من نوع M))كانت النتائج إيجابية1(%0)مقابل 4(10%) سلبي 59(100%) مقابل 26(90%)علي التوالي. لقد ظهرت نتائج وجود الاجسام المضادة لفيروس الإبشتاين بار من نوع ( G) أن هناك علاقة بين تقييم الاجسام المضاده والعمر بين المشاركين(( p.value =0.039) ومع ذلك ، لم تظهر نتائج وجود الاجسام المضادة لفيروس الإبشتاين بار من نوع ( M) أي علاقه بين تقييم الاجسام المضاده والعمر بين المشاركين(value = 0.0612.( p). الخلاصة:أظهرت الدراسة أن مرض الذئبة الحمراء منشتر عند النساء أكثر من الرجال ، بالإضافة الى أن الإصابة الحادة والمتكررة أو إستعادة النشاط لفيروس إبستاين بارا لها تلعب دور ممرض كبيئة محفزة أو معززة تساعد من تطور أو تحور مرض الذئبة الحمراء.Item Molecular Characterization of Colistin Resistant Genes of Acinetobacter bumannii among ICU Patients in Khartoum State(Al-Neelain University, 2022-02) Esra Mohammed Mohammed Khair AliAbstract Background: A.bumannii is the most prevalent infection- in the hospital environment, which is considered problem in treatment, and the infections-caused by it are difficult to treat, because it is multidrug resistant. Aim: to detect colistin resistant genes ( MCR1, MCR2, MCR3,MCR4, MCR5) of A.bumannii isolated from different specimens from ICU in Khartoum state using Multiplex PCR Technique Methods: Clinical samples were collected, which yielded A.bumanii isolates from different hospitals, re-identified was done by phenotyping methods include Gram stain and biochemical and susceptibility tests DNA was extracted by boiling method and PCR was done using specific primers to detect the colistin resistance genes and visualized by U.V light. Result: In the present study out of the total number of pathogenic Gram-negative isolates were 650 of which 67 isolates were A. baumannii (10.3%),from different sample include sputum(30/67) 44.8% wound swab(9/67) 13.4%, blood (7/67) 10.5% urine (11/67)16.4% CVC tip (6/67)8.9%CSF(3/67)4.5%bedsore swab(1/67)1.5%.The most isolates from males (47/67)70.1% and (20/67) 29.9%from female, The isolates were highly resistant to tested antibiotics, cefepime, , ceftriaxone, cefuroxime, gentamicin, amikacin, ciprofloxacin, amoxiclav, aztreonam and and meropenem at 100 %, and resistance to colistin (42/67)(62.6%). PCR result showed resistant genes of colistin (MCR 1, MCR 2, MCR3, MCR 4 and MCR 5) were detected in (83.5%) (56/67) in percentage 76.7%(43/56), 44.6%(25/56), 3.6%(2/56), 1.7%(1/56) and 0.0%(0/56). Bioinformatics analysis showed that universal Genes of the seven sequences (sudan001, sudan002, sudan003, sudan005, sudan006 sudan007 and sudan008) were related closely to each other than sudan004. Also, these sequences shared a common ancestor were the Australia strain followed by China strain. Where Sudan 004 was related closely to the United Kingdom strain and the USA strain. Conclusions: Our present study concluded that the frequency of colistin resistance gene of A.bumanii was 83.5 %( 56/67) in different specimens collected from ICU patient in Khartoum state . المستخلص ` خلفية الدراسة: تعد بكتيريا الراكده البومانيه أكثر الكائنات الحية المسببة للعدوى انتشارًا في بيئة المستشفى ، والتي تعتبر مشكلة خطيرة في علاج الالتهابات التي تسببها ، لأنها مقاومة للأدوية المتعددة. الهدف: الكشف عن الجينات المقاومة للكوليستين (MCR1، MCR2، MCR3، MCR4، MCR5) الراكده البومانيه المعزولة من عينات مختلفة من العناية المركزة في ولاية الخرطوم باستخدام تقنية Multiplex PCR الطريقة: تم جمع العينات السريرية ، والتي أسفرت عن عزلات الراكده البومانيه من مستشفيات مختلفة ، وتم التعرف عليها من خلال طرق التنميط الظاهري بما في ذلك صبغة جرام واختبارات الكيمياء الحيوية والحساسية واستخراج الحمض النووي بطريقة الغليان وتم إجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام بادئات محددة للكشف عن الجينات المقاومه للكوليستين. وتصور بواسطة ضوء الأشعة فوق البنفسجية.Item Sero-frequency of Hepatitis B and Hepatitis C Virus among Health Care Workers in El-duiem Teaching Hospital(Al-Neelain University, 2021-10) Samah Abd Elsaid Eltaib AliAbstract Background : Hepatitis B and Hepatitis C infection is a major global health problem, consider as one of the major causes of chronic liver disease and hepatocellular carcinoma. This study performed to detect the sero frequency of HBV and HCV and to determine possible association between hepatitis B and C virus and risk factors among health care workers in Elduiem Teaching hospital. Materials and Methods : A total of 92 serum samples were drawn from 92 health care workers, sera separated by centrifugation and structured questionnaire was used to collect the demographic and clinical data ELISA technique was used to detect hepatitis B surface antigen (HBs Ag) and anti HCV antibody (anti HCV). Result : Ninety two health care workers participated in this study. The sero prevalence of HBV(10.9%) and sero prevalence of HCV Zero among health care workers. The male were 44 (47.8%) and females 48 (52.2%) The sero positivity was higher in male than female and the infection according to occupational practice was higher among laboratory specialist and laboratory assistant (3.3%). Conclusion: In our study the sero prevalence of hepatitis C virus among health care workers zero and a relatively moderate positivity rate found in hepatitis B virus among Lab specialist and lab assistants may be duo to high exposure to contaminated blood or body fluid and sharp objectives. الملخص الخلفية: عدوى التهاب الكبد B والتهاب الكبد C هي مشكلة صحية عالمية كبرى ، ضع في اعتبارك كأحد الأسباب الرئيسية لأمراض الكبد المزمنة وسرطان الخلايا الكبدية. هذه الدراسة يتم إجراؤها للكشف عن التواتر المصلي لفيروس التهاب الكبد B و HCV ولتحديد الارتباط المحتمل بين فيروس التهاب الكبد B و C وعوامل الخطر بين العاملين في مجال الرعاية الصحية في الدويم مستشفى تعليمي. المواد والطرق: تم سحب 92 عينة مصل من 92 عاملاً في مجال الرعاية الصحية ، تم فصل الأمصال عن طريق الطرد المركزي وتم استخدام استبيان منظم لجمع البيانات الديموغرافية والسريرية تم استخدام تقنية ELISA للكشف عن مستضد التهاب الكبد B السطحي (HBs Ag) والأجسام المضادة لـ HCV (المضادة لـ HCV). النتيجة: شارك اثنان وتسعون عاملاً في مجال الرعاية الصحية في هذه الدراسة. الانتشار المصلي لـ HBV (10.9٪) والانتشار المصلي لـ HCV Zero بين العاملين في مجال الرعاية الصحية. كان الذكور 44 (47.8٪) والإناث 48 (52.2٪) كانت إيجابية المصل أعلى في الذكور من الإناث و كانت الإصابة حسب الممارسة المهنية أعلى بين أخصائي المختبر و مساعد مختبر (3.3٪). الخلاصة: في دراستنا الانتشار المصلي لفيروس التهاب الكبد الوبائي سي بين العاملين في مجال الرعاية الصحية صفر ومعدل إيجابي معتدل نسبيًا في فيروس التهاب الكبد B بين أخصائيي المختبر و قد يكون مساعدي المختبر ثنائيًا للتعرض العالي للدم الملوث أو سوائل الجسم والحادة الأهداف. ثاني عشرItem Antimicrobial Activity of Aleo vera and Acacia nilotica extracts against clinical isolate from wound infection, Khartoum state(Al-Neelain University, 2021-10) Zohal Abubaker Abd-Elmhmood AhmedAbstract Background Wound infection caused by multidrug resistant bacteria may lead to delays healing, prolongs hospital stay and high mortality. Traditional medicinal practice could provide new source of antimicrobial agents to treat antibiotic resistant microbes in order to avoid the high cost and the side effects of medications. Aim The study aimed to evaluate the antimicrobial activity of Aleo vera and Acacia nilotica extracts against wound bacterial isolates. Materials and methods This descriptive cross-sectional study was done in Khartoum state, from Sharg ELneel and military hospital from January to September 2021 a total number of 55 selected pathogenic bacteria isolates from wound infection were enrolled in this study. Bacterial strains were collected from different hospital laboratories and re- identified using conventional biochemical tests (urease citrate indole motility KIA). The antimicrobial activity of Aleo vera and Acacia nilotica were perform using agar diffusion technique. Results Fifty five Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Proteus mirabilis and Klebsiella Pneumonia were identified. Aleo vera extract show no antimicrobial activity against all isolates. Acacia nilotica methanolic extract inhibits 81.8-89% of tested strains depend on the extract concentration (100 50 25) while ethanolic extract and aquatic extract inhibit 83.6-90.9% and 92.7- 100% of tested strains respectively. Conclusion Acacia nilotica shows antimicrobial activities against different wound bacterial isolates; the most effect solvent aqueous flowed by ethanol then methanol. While all isolates were resistant to Aleo vera. املستخلص خلفية قد تؤدي عدوى الجروح التي تسببها البكتيريا المقاومة للأدوية المتعددة إلى تأخير الالتئام. يطيل الإقامة في المستشفى ومعدل الوفيات المرتفع. يمكن الممارسة الطبية التقليدية توفير مصدر جديد للعوامل المضادة للميكروبات لعلاج الميكروبات المقاومة للمضادات الحيوية في من أجل تجنب التكلفة العالية والآثار الجانبية للأدوية. هدف هدفت الدراسة إلى تقييم النشاط المضاد للميكروبات لأليو فيرا و أكاسيا nilotica ضد العزلات البكتيرية للجرح. المواد والأساليب أجريت هذه الدراسة الوصفية المقطعية بولاية الخرطوم من شرق النيل والمستشفى العسكري من يناير إلى سبتمبر 2021 بإجمالي عدد 55 تم تسجيل عزلات بكتيرية ممرضة مختارة من عدوى الجرح في هذا دراسة. تم جمع السلالات البكتيرية من مختبرات المستشفيات المختلفة وإعادة التي تم تحديدها باستخدام الاختبارات الكيميائية الحيوية التقليدية (اليورياز سترات اندول الحركة KIA). تم تنفيذ النشاط المضاد للميكروبات من Aleo vera و Acacia nilotica باستخدام تقنية انتشار أجار. نتائج خمسة وخمسون المكورات العنقودية الذهبية ، الإشريكية القولونية ، الزائفة الزنجارية ، تم التعرف على المتقلبة الرائعة والالتهاب الرئوي كليبسيلا. مستخلص اليو فيرا أظهرت عدم وجود نشاط مضاد للميكروبات ضد جميع العزلات. أكاسيا نيلوتيكا ميثانولي المستخلص يثبط 81.8-89٪ من السلالات المختبرة تعتمد على تركيز المستخلص (100 50 25) بينما يمنع المستخلص الإيثانولي والمستخلص المائي 83.6-90.9٪ و 92.7- 100٪ من السلالات المختبرة على التوالي. استنتاج يظهر Acacia nilotica أنشطة مضادة للميكروبات ضد بكتيريا الجرح المختلفة يعزل. المذيب الأكثر تأثيرًا مائيًا يتدفق بواسطة الإيثانول ثم الميثانول. بينما كانت جميع العزلات مقاومة لمرض الأليو فيرا. Item Association between HBsAg and Viral Load in Hepatitis B Patients in Khartoum state, Sudan(Al-Neelain University, 2021-07) Fatima Muzhar Abdulrazig HassanABSTRACT Hepatitis B virus (HBV) infection is still an important public health problem, More than 350 million people worldwide have chronic hepatitis B (CHB). HBV Viral load measurements is recommended for diagnosis and monitoring of patients on treatment for Hepatitis B infection, However, these diagnostic techniques are molecular-based and expensive and unavailable to majority of the Sudanese population, Quantitation of hepatitis B surface antigen (HBsAg) by Enzyme Linked Immunosurbent Assay (ELISA) has been proposed as a surrogate marker. Little is known about changes in hepatitis B viral load (HBV DNA) in relation to HBsAg in Sudan The aim of this study to detect the association between HBsAg and HBV DNA levels among patients with Hepatitis B infection from Alzahrawy and TEST laboratories in Khartoum, Sudan. This study was laboratory based carried out during the period from February 2021 to July 2021, Ninety (90) patients were selected with estimated viral load, the mean age of them was 37.2 years, 70% (n= 63) were males however 30% (n= 27) were females. Serum specimens were obtained and hepatitis B surface antigen (HBsAg) was estimated by Enzyme Linked Immunosurbent Assay (ELISA). The mean HBV DNA level was 20,480,573.43 IU/mL and 25 (27.7%) had a baseline HBV DNA level of > 2000 IU/mL, However in most cases 72% (65/90) had high HBsAg OD (above 3.500), Unfortunately according to the Spearman test, there was no association between HBsAg and HBV DNA levels (P = 0.435 and r = 0.083). Conclusion: This study found no relation between HBsAg (OD) and viral load among patients with HB infection in Khartoum, Sudan. الملخـص لا تزال عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي مشكلة صحية عامة مهمة حيث يعاني اكثر من 350 مليون شخص في جميع انحاء العالم من التهاب الكبد ب المزمن. يوصى بقياسات الحمل الفيروسي لفيروس الكبد ب لتشخيص و مراقبة المرضى الذين يتلقون علاجا من عدوى التهاب الكبد ب، و مع ذلك فان تقنيات التشخيص هذه جزيئية و مكلفة و غير متوفرة لغالبية السكان السودانيين، تم اقتراح (HBsAg) بواسطة الفحص المناعي المرتبط بالانزيم (ELISA) كعلامة بديلة. لا يعرف الكثير عن التغيرات في الحمل الفيروسي لالتهاب الكبد فيما يتعلق بمستوى الاجسام المضادة السطحية لفيروس الكبد الوبائى ب (HBsAg) في السودان لذلك الهدف من هذه الدراسة هو الكشف عن الارتباط بين الحمل الفيروسي و مستويات الاجسام المضادة السطحية لفيروس الكبد الوبائى ب في تشخيص مرضى التهاب الكبد ب من معمل الزهراوي و معامل تست في الخرطوم، السودان. كانت هذة الدراسة مقطعية وصفية اجريت خلال الفترة من فبراير 2021 إلي يوليو 2021 ، تم اختيار 90 عينة سيرم مع تقدير الحميل الفيروسي و كان متوسط اعمارهم 37 سنة ، 70% (ن=63) كانو من الذكور بينما تمثل الاناث نسبة 30% (ن=27) فقط و تم التحصل على عينات مصل الدم و تم تقدير مستوى الاجسام المضادة السطحية بواسطة الفحص المناعي المرتبط بالانزيم (ELISA) كان متوسط مستوى الحمص النووي لفيروس الكبد ب 20.480.573.43 وحدة دولية\ مل و 27.7% ن=25 كان مستوى الحمص النووى لديهم اقل من 2000 وحدة دولية\ مل، لكن في معظم الحالات كان 72% ن= 65 يحتوي علي نسبة عالية من HBsAg OD اعلى من 3.500. لسوء الحظ وفقا لاختبار سبيرمان لم يكن هناك ارتباط بين مستويات العمض النووي و الاجسام المضادة السطحية لفيروس الكبد الوبائي ب قيمة سيجما اكبر من 0.05. الخلاصة: لم تجد هذه الدراسة اي علاقة بين مستويات الاجسام المضادة السطحية و الحمل الفيروسي لفيروس الكبد ب بين مرضى التهاب الكبد ب في الخرطوم، السودان.Item Seroprevalence of Parvovirus among Pregnant Women with Stillbirth in Omdurman Maternity Hospitals(Al-Neelain University, 2021-06) Mushtaha Faroog MohamedElaminABSTRACT Background: Stillbirth, Defined as Fetal death at 20 weeks’ gestation or later acute parvovirus B19 (B19V) infection is a confirmed risk for gravid women and fetus.B19V infection and overlapping of other independent risk factors during pregnancy pose a significant hazard to fetus and it may have severe consequences like fetal anaemia, hydrops fetalis, and fetal loss. Since epidemiological data on B19V infection are generally lacking in Sudan Aim: This study aimed to determine the prevalence of parvovirus B19 among pregnant women with stillbirth attending Omdurman Maternity Hospital Study design: Descriptive cross-sectional hospital based from December 2020 to June 2021 Methods:The study was conducted in Omdurman Maternity Hospital ,50 pregnant women with stillbirth and 40 healthy pregnant women , blood sample were taken and examined by ELISA for IgG Abs level of parvoviruses Result: Out of 50 pregnant women complaining from stillbirth more than half of them were between 26 and 30 years old, 36% of them have stillbirth at the month sixth of their gestational age. B19 was detected in 32% of the study population, whereas all of our control groups were negative Conclusion: The study showed high prevalence of B19 among pregnant women with stillbirth. الخلاصة الخلفية:عدوى فيروس بارفو (ب19) الحادة خطرا حقيقيا على النساء الحوامل والجنين تشكل الاصابة بالفيروس وعوامل الخطر المستقلة الاخرى اثناء الحمل خطرا كبيرا على الجنين اثناء تطور عدوى الفيروس. الاصابة بالفيروس اثناء الحمل قد يكون لها عواقب وخيمة مثل فقر الدم الجنيني , واستشقاء الجنين, وفقدان الجنين. البيانات الوبائية عن الاصابة بهذا الفيروس غير متوفرة بشكل عام في السودان الهدف: هدفت الدراسة الى الكشف عن فيروس بارفو (ب19) وسط الحوامل اللائي عانين من موت الجنين الاجهاضي في مستشفى الولادة امدرمان الطرقاجريت الدراسة في مستشفى الولادة امدرمان وشملت 50 انثى كانت حامل وطفلها ميت و 40 انثى حامل سليمة , تم اخذ عينات دم منهم وتم الكشف عن الفيروس باستخدام اختبار الانزيم المناعي الممتز للتحقق من وجود فيروس بارفو (ب19) النتائج: شملت الدراسة 50 كانت حامل وطفلها ميت اكثر من نصف المجموعة كانت اعمارهن بين 26 و 30 سنة . 36 منهن مات الطف في الشهر السادس من الحمل . تم الكشف عن وجود فيروس بارفو (ب19) في 32% من المجموعة الخلاصة: اظهرت الدراسة وجود نسبة ايجابية عالية من فيروس بارفو (ب19) في هذه المجموعةItem Molecular Detection of Cryptococcus neoformans among Patients Attending Omdurman Children's Hospital -Khartoum State(Al-Neelain University, 2021) Sara Ahmed ElnourABSTRACT Background: Cryptococcus neoformans is an important fungal pathogen that is recognized for its ability to cause subacute CNS disease and Yeast are ubiquitous in the environment and often are part of the microbiota of both humans and animals. Cryptococcosis has been considered a sporadic infection and varies widely with geographic location according to the etiologic agent. C. neoformans is the most common cause of fungal meningitis. Aim: This study was done to improve our current laboratory techniques for the diagnosis of the most important infectious agent causing acute meningitis in our patient population, C. neoformans, because it is undiagnosed in Sudan. Materials and Methods: A cross sectional study conducted in Khartoum state, during period from November 2019 to February 2021. 50 CSF samples were collected from patients with acute meningitis. DNA was extracted, and subjected to conventional PCR test to detect C. neoformans in each sample, data were analyzed using SPSS. Results: The study showed that (10% ) 05/50 of the study populations were detected with C. neoformans, their CNS contains genome of C. neoformans, when using conventional PCR, (6%) 3/05 were males, and (4% ) 02/05 were females, were within age( 28%) 14/50 range 0-30 days (neonate), (56%) 28/50 were within age range 1-12 months (children), while the rest (16%) 08/50 were within age range 13-24 months (children). with insignificant statistical difference p.value = 0.92, 0.84 respectively. Conclusion: In conclusion, this study reveals high prevalence of C. neoformans among patients attending Omdurman Children's Hospital in Khartoum State. الخلاصة خلفية الدراسة: تعتبر المستخفية الحديثة اهم مرض فطري المعروف بقدرته على اصابة الجهاز العصبي المركزي, متواجدة في كل الظروف البيئية و غالبا ما تكون جزء من المجهريات المتواجدة بصورة طبيعية في الانسان و الحيوان. تختلف الاصابة بالمستخفيات بصورة واسعه مع اختلاف المنطقة الجغرافية و العامل المسبب, المستخفية من النوع نيوفورمنس هي المسبب الشائع لالتهاب السحايا الفطري. الأهداف: هدفت الدراسة لتحسين التقنيات المستخدمة حاليا في كشف و تشخيص المستخفيات المسبب المعدي لالتهاب السحايا المزمن في هؤلاء المرضى, لانها غير مشخصة في السودان. طرق البحث: دراسة مقطعية اجريت بولاية الخرطوم, في الفترة من نوفمبر 2019 الى فبراير 2021. جمعت 50 عينه من السائل النخاعي الشوكي للمرضى المصابين بالتهاب السحايا الحاد, تم استخلاص الحمض النووي الرايبوزي منقوص الاكسجين و عمل فحص التفاعل التسلسلي للانزيم المبلمر للكشف عن المستخفيات في كل عينة, كما تم تحليل البيانات باستخدام برنامج التحليل الاحصائي.