Masters theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/495
Browse
8 results
Search Results
Item Seroprevalence Rate and Molecular Characterization of Cystic Echinococcosis in Khartoum State, Central Sudan(Al-Neelain University, 2021) Sara Siddig AbdallaAbstract Background: Hydatid disease or cystic echinococcosis (CE) is caused by the larval stages of the cestode parasite Echinococcus granulosus. The disease is of major public health and veterinary importance. The objectives of this study were to estimate the prevalence of seropositivity and molecular characterization of hydatid cysts isolates collected from human clinical samples and the risk factors associated with the disease among humans in Khartoum State, Central Sudan. Methods: Across-sectional study was conducted between October 2016 and 2019. A total of 512 randomly selected consenting participants from three localities were included in the current investigation. An in-house enzyme-linked immunosorbent assay was used to detect immunoglobulin G antibodies to E. granulosus. Theχ2 test and logistic regression analysis were used to determine the risk factors associated with CE seropositivity. Molecular genotyping of hydatid cyst was also performed. DNA was extracted from protoscolices and the germinal layer of each cyst was subsequently amplified by PCR targeting the mitochondrial NADH dehydrogenase subunit 1 (NADH-1) gene. The amplified PCR products were purified and subjected to direct sequencing for subsequent construction of phylogenetic tree. Results: A seroprevalence of 3.9% (20/512) was recorded among humans in Khartoum State, Central Sudan. Locality {odds ratio (OR) 10.61, confidence interval (CI) 1.29 to 87.89, p=0.029}, and contact with dogs (OR 6.62, CI 2.57 to 17.64, p=0.001) were recorded as potential risk factors for seropositivity to CE in the study area. The identity of the PCR products was confirmed as NADH1 nucleotide sequences. The phylogenetic tree revealed the presence of Echinococcus canadenesis genotype 6 (G6) in all cysts (100%). Conclusion: The seroprevalence of CE (3.9%) is high among humans in Khartoum State, Central Sudan. According to the results of the molecular genotyping, it can be concluded that the majority of cases of human hydatidosis in Sudan are caused by genotype 6 (G6) camel strain of E. granulosus, which indicates the camel-dog cycle in the studied area. الخلاصة خلفية: يحدث مرض الاكياس العدارية او داء المشوكات الكيسي بسبب المراحل اليرقية لطفيل الديدان الخيطية. (Echinococcus granulosus) لهذا المرض اهمية كبيرة للصحة العامة والبيطرية. وهي من اهم الامراض ذات الاهمية الصحية العامة في السودان. هدفت هذه الدراسة الي تقدير مدي انتشار الايجابية المصلية والتوصيف الجزيئي لعزلات(Echinococcus granulosus) التي تم جمعها من العينات السريرية البشرية وعوامل الخطر المرتبطة بالمرض بين البشر في ولاية الخرطوم، وسط السودان. الطرق: أجريت دراسة مقطعية بين اكتوبر/تشرين الاول 2016- 2019. تم تضمين ما مجموعه 512 مشاركا تم اختيارهم عشوائيا من ثلاث مناطق في الدراسة الحالية. تم استخدام مقايسة الممتز المناعي الداخلي المرتبط بالانزيم ((ELISA للكشف عن الاجسام المضادة للجلوبيولين المناعيG ل Echinococcus granulosus) . تم استخدام اختبار كاي مربع ((χ2 وتحديد الانحدار اللوجستي (LOGESTIC REGRETION) لتحديد عوامل الخطر المرتبطة بالاجابية المصلية للمرض. ايضا تم اجراء التنميط الجيني للاكياس العدارية. تم استخلاص الحمض النووي من البروتوسكولات وتم تضخيم الطبقة الجرثومية لكل كيس لاحقا عن طريق تفاعل البليميراز المتسلسل ((PCR الذي يستهدف الوحدة الفرعية واحد (NADH-1) للميتوكوندريا . تم تنقية منتجات ال (PCR) المضخمة و تعريضها للتسلسل المباشر للبناء اللاحق لشجرة التطور . النتائج: تم تسجيل معدل الانتشار المصلي بنسبة 3.9 % (512/20) بين البشر في ولاية الخرطوم ، وسط السودان. تم تسجيل الموقع الجغرافي(نسبة الأرجحية 10.61, فاصل الثقة 11.29 الي 81.89) والاتصال بالكلاب (نسبة الأرجحية 6.62, فاصل الثقة 2.57 الي 17.64) كعوامل خطر محتملة للايجابية المصلية الي CE في منطقة الدراسة. تم تأكيد هوية منتجات PCR علي انها متواليات نيوكليوتيدات NADH-1 باستخدام اداة البحث عن المحاذاة المحلية الاساسية (BLAST) ل NCBI المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، Bethesda MD,). كما كشفت شجرة النشؤ والتطور عن وجود النمط الجيني 6 (G6) من Echinococcus canadensis في جميع عينات الكياس العدارية (100%). الخلاصة: تبين ان معدل الانتشار المصلي لمرض الاكياس العدارية مرتفع (3.9%) بين البشر في ولاية الخرطوم، وسط السودان. يعد الرصد المحسن ضروريا لتحسين استراتيجيات المكافحة والوقاية من مرض الاكياس العداريةباعتباره مرضا حيوانيا مهملا بين السكان في منطقة الدراسة في وسط السودان. بناء علي نتائج التنميط الجيني الجزيئي ، يمكن الاستنتاج ان غالبية حالات اصابة البشر بداء الكياس العدارية في السودان ناتجة عن سلالة الابل من النمط الجيني 6 (G6) مما يدل علي تاكيد حصول دورة الكلب والجمل في منتطقة الدراسة.Item Prevalence of Intestinal Parasitic Infections among Primary Schools Children in Red Sea State - Sudan(Neelain University, 2018-12) Hussien Omer Musa Mohammed AdamAbstract Background: - Intestinal parasitic infections are one of the most problems in developing countries like Sudan. Therefore the present study aimed to assess the prevalence of intestinal parasitic infection among primary school children in Red Sea State – Sudan. Methods: - Cross sectional study was conducted from September 2018 to December 2018 in red sea state Sudan. three hundred and six school children were selected randomly. Stool samples were collected and processed by direct wet mount and formal ether concentration technique for microscopic detection of intestinal parasites. Data analysis was done by using SPSS version 20. Results: - the most parasites detected Entamoeba coli (40 %) , Hymenolepis nana (25 %) ,Giardia lamblia (9 %) and Entamoeba histolytica (8 %) Conclusions :- the overall prevalence of intestinal parasitic infections was relatively high . the ongoing school based deworming should be strengthened and integrated with school health programs. الخلاصة الخلفية عدوي الطفليات المعوية من اكبر المشاكل في الدول النامية مثل السودان لذلك الهدف الرئيسي للدارسة الحالي دارسة انتشار معدل الطفليات المعوية بين طلاب مدارس الابتدائية في ولاية البحر الاحمر – السودان . الطرق تم اجراء مسح عشوائي في الفترة من سبتمبر 2018م الي ديسمبر 2018م . الدراسة شملت عدد ثلاثمائه وستة طالب . عينات الفسحة جمعت واجريت عليها اختبارات الطريقة المباشرة وطريقة الترسيب لكشف الدطفليات المعوية . العينات حللت بواسطة برنامج (SPSS) اصدار 20. النتائج :- معظم الطفليات المعوية هي (Entamoeba coli (40% و (Hymenolepis nana(25%)) و (Giardia lamblia (9%)) و (Entamoeba histolytica (8%))) الاستنتاج :- معدل انتشار الطفليات المعوية مرتفع نسبيا تعزيز وازالة الدايدان وتعزيز الصحة ودمجها مع برنامج الصحة المدرسيةItem Prevalence of Intestinal Parasites among HIV Patients under Antiretroviral Therapy in Omdurman Hospital, Khartoum state(2019) Mohamed Mohamed Ahmed Mohamed DafaallahAbstract AIDS was first clinically observed in 1981 in the United States. This infection is a cause of impaired immunity which leads to infections with rare opportunistic parasites, those were known to occur in people with compromised immune system. This study was conducted to estimate the prevalence of different intestinal parasites in HIV patients under antiretroviral therapy (ART). A total of 100 HIV patients attending to the voluntary testing and counseling center of Omdurman hospital, 4-65 years old, 59 male and 41 female. Stool samples were collected and examined using direct microscopy, formal ether concentration technique and Ziehl-Neelsen staining technique for detection of C. parvum. The study revealed that the best method for detection was the concentration technique. The overall prevalence of intestinal parasites obtained in this study was (116%) because the occurrence of mixed infection. Intestinal parasites prevalence was varied significantly between age groups where younger ones (less than 20 years) had the lowest prevalence (9%), while older group (20-40 years) has a highest prevalence (65%), and medium prevalence in more than 40 years old (26%). Prevalence's of parasites detected in this study were, Giardia lamblia (66.7%), Entameba histolytica (64.8%), Cryptosporidium parvum (35.2%), Entameba coli (16.7%). Prevalence of intestinal parasites in HIV/AIDS patients was high although they are under antiretroviral therapy The results obtained in this study could provide vital information on various types of enteric parasites circulating among HIV/AIDS patients in Khartoum state. The study recommended that HIV patients under antiretroviral therapyshould be investigated periodically for intestinal parasites hence their relevance in the management of these patients. مستخلص الدراسة اجريت هذه الدراسة لمحاولة الربط بين الطفيليات المختلفة بعلاقتها بمصابي مرض نقص المناعة المكتسبة وخصوصا الانتهازية منها.شارك في هذه الدراسة 100 من مرضى فيروس نقص المناعة المكتسبة الذين تتراوح اعمارهم بين 4 - 65 سنة من كلا الجنسين. تم جمع عينات البراز من المرضى الذين حضروا الى مركز الفحص الطوعي والارشاد النفسي التابع لمستشفى امدرمان وقد تم تحديد العوامل الممرضة على اساس الفحص المجهري المباشر وتقنيات التلوين المختلفة. وتم تشخيص المرض عن طريق الفحص المجهري للبراز حيث يمكن مشاهدة الطفيليات بالفحص الرطب والفورمال ايثر وتلطيخ زيل نيلسون للكشف عن العدوى الطفيلية. اثبتت الدراسة أن افضل طريقة للكشف هي الفورمال ايثر. اشار التوزيع العمري إلى أن معدل انتشار المرض تباين بشكل كبير بين المرضى من مختلف الفئات العمرية؛الفئة الأولى (اقل من 20 عام)، الفئة الثانيةكبار السن (من 20 – 40 عام ) والفئة الثالثة كبار السن (اكثر من 40 عام). ظهر اقل معدل انتشار للمرض في الفئة (اقل من 20 عام) بنسبة بلغت (9%) واعلى معدل انتشار على المرضى من فئة (20-40 عام) بنسبة بلغت (65%) ومتوسط في الفئة (أكبر من 40 عام) بنسبة بلغت (26%).وكانت النسبة المئوية لأنواع الطفيليات في الدراسة جيارديا لامبيليا (66.7%) انتاميبا هيستوليتيكا (64.8%) الكريبتوسبوريديوم بارفوم (35.2%) انتاميبا كولي (16.7%). تلخصت الدراسة في انه عند المرضى المصابين بعدوى فيروس نقص المناعة المكتسبة لا تزال كل من العدوى الطفيلية الانتهازية وغير الانتهازية منتشرة بشكل كبير. كان معدل انتشار الطفيليات المعوية لدى مرضى فيروس نقص المناعة البشرية / الإيدز مرتفعًا على الرغم من كونهم تحت المعالجة المضادة للفيروسات القهقرية. وقد توفر النتائج التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة معلومات حيوية عن أنواع مختلفة من الطفيليات المعوية المنتشرة بين مرضى فيروس نقص المناعة البشرية / الإيدز في ولاية الخرطوم. أوصت الدراسة بأن يتم فحص مرضى فيروس العوز المناعي البشري تحت المعالجة المضادة للفيروسات القهقرية بشكل دوري بحثًا عن الطفيليات المعوية ومن ثم صلتها في إدارة هؤلاء المرضى.Item Comparison of Plasmodium Falciparum Densities using Assumed WHO Reference Value and Actual White blood cells Count in Gadarif state(Al-Neelain University, 2018-03) Yousif Mohamed Yousif SalihAbstract Estimating malaria parasite density (number of parasites per μl of blood) is necessary for disease management, clinical trials and drug efficacy studies. This is a descriptive cross sectional study to assess the agreement between the parasite density values obtained with the assumed value of 8,000 cells/μl, of white blood cells (WBCs) count which was set by WHO, and the actual (WBCs) count in P.falciparum patients in Gadarif state. Moreover, the most suitable assumed values of WBCs for that population was estimated. The effect of age, gander, fever, severity of malaria and other diseases on the white blood cells was analyzed. This study included 243 patients with uncomplicated P.falciparum malaria of both sex in the age group (1-71) years, they were interviewed according to a specially designed questionnaire form and venous blood samples were collected from each after verbal consent. Blood samples were collected in K 3 EDTA container, automated hematology analyzer (Mindray BC- 3000Plus) was used for WBCs count, and ideal thick blood film was prepared for estimating parasite densities after staining by using Giemsa stain. Parasite densities (parasite/μl of whole blood) was calculated using assumed value of 8,000 cells/μl, of (WBCs) count and the actual (WBCs) count of patients. Result were analyzed using computerize statistical package for social science (SPSS, version16). It was found that WBC counts were not significantly different between patients of different gender and body temperature (P.value >0.05), whereas they were significantly different between age groups of patients and other diseases groups (P.value =0.0001). The median parasite densities calculated with the actual WBC counts (7,825/μl) and the assumed WBC count of 8,000/μl (11,520/μl) were significantly different as (P.value <0.001) a result using of assumed WBC count of 8000 cells/μl to estimate parasite densities of P. falciparum malaria in Gadarif state lead to an overestimation. More realistic assumed WBC count for P.falciparum density was then estimated to be 5,500/μl for best estimated parasite densities. This study provides more realistic assumed WBC counts for estimating parasite densities in P.falciparum patients from other areas of Gadarif state.اItem PCR Detection of Plasmodium Falciparum in Human Urine and Blood Samples(Al-Neelain University, 2017) Abdel Rahim Musa OmerAbstract Background: Current detection or screening for malaria infection necessitates drawing blood by finger prick or vein puncture, which poses risks and limitations for repeated measurement. Therefore this study aimed to present PCR detection of plasmodium Falciparum in human urine and blood and illustrates this potential application in genotyping malaria infection. Material and Methods: Urine and blood “ vein puncture sample “ were obtained from “20” thick film positive and “5”negative individuals immediately after examination of thick blood film “finger blood “ with positive malaria seen – each spogles .Plasmodium Falciparum DNA was extracted from blood and urine in separate groups. Results: Malaria infections exhibited primarily low-grade parasite densities, with a geometric mean of asexual parasites/μl. Regularly matching polymorphic MSP2 genotypes were found between the corresponding urine, and peripheral blood amplicons of each individual, with different inter-individual polymorphic genotypes. Amplicon yields were significantly dependent on DNA extraction method, parasite density and primer set (p < 0.001). A Qiagen kit extraction had more than 2× higher amplicon yield than the guanidine chloride method, for both urine Amplicon yields were 1.6 fold higher from urine. For each unit increase in log parasite density, the probability of amplicon enhanced 1.8 fold. Highest amplicon yields were obtained from the primer set with the shortest PCR product. الخـلاصـة الخلفية: الكشف الحالي أو الكشف عن عدوى الملاريا يستلزم رسم الدم عن طريق وخز الأصبع أو ثقب الوريد، مما يشكل مخاطر وحد للقياس المتكرر. ولذلك هدفت هذه الدراسة إلى تقديم كشف PCR من بلاسموديوم فالسيباروم في البول والدم البشري ويوضح هذا التطبيق المحتمل في عدوى ملاريا التنميط الجيني. المواد والطرق: تم الحصول على البول والدم من "عينة ثقب الوريد" من "20" فيلم سميك إيجابي و "5" أفراد السلبي مباشرة بعد فحص فيلم الدم السميك "دم الاصبع" مع وجود الملاريا - لكل سبوجلز (spogles). الحمض النووي لبلاسموديوم فالسيباروم المستخرجة من الدم والبول في مجموعات منفصلة. النتائج: أظهرت حالات العدوى بالملاريا في المقام الأول كثافة في طفيليات منخفضة المستوى، مع متوسط هندسي للطفيليات الجنسية / ميكرولتر. وجدت بانتظام مطابقة للوراثية متعددة الأشكال MSP2 بين البول، وأمبليكونس (amplicon) الدم المحيطي لكل فرد، مع مختلف الأنواع الوراثية متعددة الأشكال الفردية. وكان ناتج أمبليكون amplicon تعتمد بشكل كبير على طريقة استخراج الحمض النووي، وكثافة الطفيليات والمجموعة الأولية (ع <0.001). وكان استخراج كيتاغين أكثر من 2 × أعلى أمبليكون ناتج من طريقة كلوريد غوانيدين، لكلا البول. وكان ناتج أمبليكون amplicon 1.6 أضعاف من البول. لكل وحدة زيادة في كثافة الطفيليات، واحتمال تعزيز amplicon الى 1.8 أضعاف. تم الحصول على أعلى ناتج أمبليكون من مجموعة الأولية مع قصور في منتج PCR.Item Malaria diagnostic capacity at health laboratories in South-Kordofan state in Sudan(AL-Neelain University, 2017-09) Nasreldeen Mohamed Karshom AdamAbstract Background: This study aimed to assess the capacity of laboratories in Southern Kordofan State to diagnose malaria, and to reduce the proportion of errors in diagnosis, to raise the burden of misdiagnosis of malaria patients who receive unnecessary treatments or that leads to the continuation of complications of the disease, and this requires the development and implementation of effective programs to ensure quality in microscopic diagnosis of malaria from decision makers to microscopic technicians and physicians working in the health services sector. Methods: Descriptive cross-sectional study was conducted in health laboratories in South –kordofan state from May to August 2017; questionnaires were used to collect data on competency of microscopists and laboratory capability. Control slides were used to evaluate the proficiency of all microscopists Results: In this study, responses were received from 44 of the 50 (88%) laboratories direct contacted. This study showed that the major errors in the diagnosis of malaria parasite microscopically includes misidentifying of Plasmodium falciparum gametocyte by 40.9% of the participants and un reporting or wrong reporting plasmodium species. Conclusion: As indicated in this study, the majority of participants have a bachelor degree in medical laboratories. This means that most of them have received malaria credit hours in the curricula of medical colleges. Since the vast majorities have experience in diagnosing malaria for three years or more. Participants must enroll in a regular malaria training program, the major and minor errors rate will decrease. There was no significant difference between participants result for examine control slides and the actual results. This means that South Kordofan State laboratories are able to diagnose malaria at qualitative level. المستخلص خلفية: هدفت هذه الدراسة إلى تقييم قدرة المختبرات في ولاية جنوب كردفان علي تشخيص الملاريا، وتقليل نسبة الأخطاء في التشخيص التى تؤدى الى استمرار مضاعفات المرض، رفع عبء التشخيص الخاطئ والحد من تلقى علاجات لا لزوم لها وهذا يتطلب تطوير وتنفيذ برامج فعالة لضمان الجودة في التشخيص المجهري للملاريا من صناع القرار للفنيين المجهريين والأطباء العاملين في قطاع الخدمات الصحية. الطريقة : أجريت دراسة وصفية مستعرضة في المختبرات الصحية في ولاية جنوب كردفان في الفترة من مايو إلى أغسطس 2017؛ واستخدمت الاستبيانات لجمع البيانات عن كفاءة المجاهرين والقدرة المختبرية. و ايضا تم استخدم شرائح موحدة لتقييم كفاءة جميع المجاهرين. النتائج: تم تلقي هذه الدراسة فى 44 (88٪) مختبرا من جملة 50 من المختبرات التي تم الاتصال بها مباشرة . اظهرت هذة الدراسة ان الاخطاء الرئيسية فى تشخيص طفيل الملاريا مجهريا تضمن عدم التعرف على المتصورة المنجلية بنسبة 40.9٪ من المشاركين، ولم يبلغ عن انواع طفيل الملاريا او أنها ذكرت خطأ. الخلاصة: كما هو مبين في هذه الدراسة، كان لدى غالبية المشاركين درجة البكالوريوس في المختبرات الطبية. وهذا يعني أن معظمهم تلقوا ساعات معتمدة من الملاريا في مناهج الكليات الطبية. وبما أن الغالبية العظمى لديها خبرة في تشخيص الملاريا لمدة ثلاث سنوات أو أكثر. تضح حوجة جزئية كبيرة من المشاركين لبرامج تدريبية منتظمة لمكافحة الملاريا، لتنخفض معدلات الأخطاء الرئيسية والثانوية المرتفعة. لم يكن هناك فرق معنوى بين نتائج المشاركين فى الدراسة عن النتائج الفعلية للشرائح الموحدة. وهذا يعني أن مختبرات ولاية جنوب كردفان قادرة على تشخيص الملاريا على المستوى النوعي.Item The Prevalence Rate of Intestinal Parasitic Infection Among Primary Schools Children in Ombda Locality, Khartoum State(AL-Neelain University, 2017-04) Abuobieda Sirelkhatem Mohammed Elameen MohammedAbstract The aim of this study was to determine the prevalence rate of intestinal parasites among primary schools children in Ombda locality, Khartoum state. In this study, 210 stool samples were collected from primary school children (100 male and 110 female).The stool samples were processed by wet prepration, formal ether concentration technique and saturated sugar flotation technique. The result revealed that out of 210 stool samples, 52 were found positive for intestinal parasites. This constituted an overall prevalence rate of 24.8%. The study revealed that the prevalence of intestinal parasites was 29% among males while it was 20.9% among females. The highest prevalence rate (35%) was reported among the 6-8 years age groups, while the lowest prevalence rate (10.3%) was reported among 12-14 years age groups. The prevalence rate of different parasites was as follow: Giardia lamblia (16.6%), Hymenolepis nana (6.7%), Taenia species (0.5%), Ascaris lumbericoides (0.5%) and Entamoeba histolytica (0.5%). The prevalence of intestinal protozoa (17.1%) was higher than the intestinal helminthes (7.6%). The study showed that 23.3% were infected with single infection and 1.4% were infected with mixed infection. Formal ether concentration technique was considered as the gold standard in detection of intestinal parasites. The sensitivity and specificity of saturated sugar flotation technique were 75% and 100% respectively. الخلاصه هدفت هذه الدراسه لتحديد معدل انتشار الطفيليات المعويه وسط اطفال المدارس فى محليه امبده, ولايه الخرطوم فى هذه الدراسه تم جمع 210 عينه براز من اطفال المدارس (100 من اذزكور و110 من الاناث). تم التعامل مع عينات البراز عن طريق التركيز بالأيثر والفورمال والطفو عن طريق محلول السكر المشبع وكشفت النتائج أنه من أصل 210 عينه براز 52 كانت موجبه للطفيليات المعويه وهذا يشكل معدل الانتشار العام 24.8%. وكشفت الدراسة ان إنتشار الطفيليات المعويه كانت 29% فى الذكور بينما كانت 20.9% فى الاناث. وافادت التقارير أن اعلى معدل إنتشار( 35%) وسط الفئه العمريه بين 6-8 سنه بينما اقل معدل إنتشار(10.3%) فى الفئه العمريه بين 12-14 سنه. كان معدل إنتشار الطفيليات المختلفه على النحو التالى: القارديا لامبلية (16.6%) الشريطيه القزمية (6.7%) الدوده الشريطية (0.5%) ثعبان البطن (0.5%) والاميبا الحاله للنسيج (0.5%). اظهرت الدراسه ان 23.3% من الاطفال يعانوا من الاصابه بطفيل واحد بينما 1.4% مصابين بنوعين من الطفيليات . يعتبر الفورمال ايثر الطريقه القياسيه فى الكشف عن الطفيليات المعويه. الحساسيه والدقه فى طريقه الطفو عن طريق محلول السكر المشبع 75% و100% على التوالى.Item Evaluation of curriculum and staff in medical parasitology departments in Sudanese medical laboratory science colleges(AL-Neelain University, 2017) Mustafa Hassan Ahmed Mustafa