Masters theses : Medicine

Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/493

Browse

Filters

20203

Settings

Start date: 2020Subject: search.filters.subject.Biochemistry

Search Results

Now showing 1 - 3 of 3
  • Thumbnail Image
    Item
    Study the Association of Methylene Tetra hydro Folate Reductase Gene polymorphism (rs180113) and Diabetic Retinopathy among Diabetic Sudanese Patients.
    (Al-Neelain University, 2020-02) Zahraa Mohammedzain Yousif Elameen
    Abstract Background: Diabetic retinopathy (DR) is a common and potentially blinding complication of both type 1 and type 2 diabetes mellitus. The disease affects multiple vascular and neural cell types of the retina and is the leading cause of new cases of blindness. Understanding of the genetic pathway of the disease is essential to recognize the pathophysiology of the disease and the availability of effective treatment. Methylene Tetra hydro Folate Reductase associated with an increase in plasma homocysteine, which in turn associated with an increased risk of vascular diseases among patients with diabetes. Aim: This study aimed to determine whether MTHFR gene C677T polymorphism is associated with diabetic retinopathy or not in Sudanese patients. Methodology: A cross sectional study was conducted. Blood samples were collected from 183 patients (134 diabetic retinopathy patients as cases and 49 diabetic patients as controls). Demographic data regarding gender, age, ethnic group, BMI, physical activity, smoking, alcohol consumption, and family history, duration of diabetes mellitus, cardiovascular disease, stroke, kidney disease and hypertension were obtained using well designed questionnaire. Genomic DNA was extracted from the blood samples using guanidine chloride method. The C677T variant in MTHFR gene was amplified using PCR followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) by using Hinf1 restriction enzyme for molecular genotyping. The fragments were separated by electrophoresis in 2% gel and visualized in UV light after staining with ethidium bromide. Results obtained were analyzed using SPSS software. Results: Demographic data showed there was no significant gender difference regarding susceptibility to diabetic retinopathy (P-value = 0.4). Cases at age more than 40 are at higher risk to developing diabetic retinopathy; However, no significant difference was found (P-value = 0.206) Significant association between diabetic retinopathy and low socioeconomic status and duration of more than five years of diabetes mellitus (P-value =0.053, OR = 0.196, P-value = 0.036) respectively. No significant difference was detected between diabetic retinopathy and physical activity, family history and hypertension (P-value=0.08, 0.094, 0.08) respectively. Analysis of genotyping result for MTHFR gene polymorphism (rs180113); the frequencies of TT, CT and CC among cases (diabetic retinopathy patients) was found to be (82.85%, 8.57% and 8.57%) respectively, and control (diabetic patients) (83.3%, 16.77% and 0.00%) respectively. No significant difference was found between diabetic retinopathy and diabetes mellitus at (P-value = 0.292). Conclusion: There was no significant association between MTHFR polymorphism (rs180113) and diabetic retinopathy. Non genetic factors have an impact of developing diabetic retinopathy such as socioeconomic status and duration of diabetes mellitus. مستخلص البحث خلفية البحث: اعتلال الشبكية السكري (DR) هو أحد المضاعفات الشائعة وربما المسببة للسكري من النوع الأول والسكري من النوع الثاني. يصيب المرض أنواعًا متعددة من الخلايا الوعائية والعصبية للشبكية وهو السبب الرئيسي لحالات العمى الجديدة. فهم المسار الوراثي للمرض ضروري للتعرف على الفسيولوجيا المرضية للمرض وتوافر علاج فعال. يرتبط MTHFR بزيادة في هوموسيستين البلازما ، والتي ترتبط بدورها بزيادة خطر الإصابة بأمراض الأوعية الدموية بين مرضى السكري.  الهدف من البحث: تهدف هذه الدراسة إلى تحديد ما إذا كانت هناك علاقة بين تعدد الأشكال الجيني MTHFR C677T والاعتلال الشبكي السكري أم لا في المرضى السودانيين. طريقة العمل : أجريت دراسة مقطعية. تم جمع عينات من الدم من 183 مريض (134مريض بإنفصال الشبكية السكري و 49 مريض سكري) تم الحصول على البيانات الديموغرافية المتعلقة بالجنس والعمر والمجموعة العرقية ومؤشر كتلة الجسم والنشاط البدني والتدخين واستهلاك الكحول وتاريخ الأسرة ومدة مرض السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية والسكتة الدماغية وأمراض الكلى وارتفاع ضغط الدم باستخدام استبيان مصمم بشكل جيد. تم استخلاص الحمض النووي الجيني من عينات الدم باستخدام طريقة غوانيدين كلوريد. تم تضخيم تعدد الأشكال C677T في جين MTHFR باستخدام تفاعلات البلمرة المتسلسلة (PCR) متبوعًا بتقييد طول تعدد أشكال الجين (RFLP) باستخدام إنزيم القطع المسمى (Hinf1). تم فصل القطع بواسطة جهازالرحلان الكهربائي في هلام 2 ٪ وتصور في ضوء الأشعة فوق البنفسجية بعد صبغها بالإيثيديوم بروميد. تم تحليل النتائج التي تم الحصول عليها إحصائيا باستخدام برنامج التحليل SPSS. النتائج: أظهرت النتائج عدم وجود فروق معنوية بين النساء و الرجال للتعرض لاعتلال الشبكية السكري P-value = 0.4). الحالات في سن أكثر من 40 هي أكثر عرضة لخطر اعتلال الشبكية السكري. ومع ذلك ، لم يتم العثور على فرق كبير (P-value = 0.206) . ارتباط كبير بين اعتلال الشبكية السكري وانخفاض الحالة الاجتماعية والاقتصادية ومدة أكثر من خمس سنوات من مرض السكري (P-value = 0.053 ، OR = 0.196 ، P = القيمة = 0.036) على التوالي. تم الكشف عن عدم وجود فرق كبير بين اعتلال الشبكية السكري والنشاط البدني ، والتاريخ العائلي وارتفاع ضغط الدم (P- القيمة = 0.08 ، 0.094 ، 0.08) على التوالي. تحليل نتيجة التنميط الجيني لتعدد الأشكال الجيني في جين انزيم الميثلين رباعي هيدروالفولات الاختزالي رقم ( 180113) ؛ وجد أن تكرارات الأنماط الوراثية للطفرات والنوع السليم بين الحالات (مرضى إعتلال الشبكية السكري) كانت (82.85%، 8.57%، 8.57%) على التوالي، والمجموعة الحاكمة (مرضى السكري) كانت (83.3%، 16.77%، 0.00%) على التوالي. لم يتم العثور على فرق معنوي بين اعتلال الشبكية السكري وداء السكري عند قيمةP = 0.292).) الخلاصة: أظهرت النتائج عدم وجود علاقة معنوية بين تعدد الأشكال MTHFR واعتلال الشبكية السكري. العوامل غير الوراثية لها تأثير على تطوير اعتلال الشبكية السكري مثل الحالة الاجتماعية الاقتصادية وطول فترة الإصابة بداء السكري.
  • Thumbnail Image
    Item
    Study of Vitamin-D Receptor (VDR) gene polymorphisms Fok1 (rs2228570) association with the Diabetic Retinopathy in Sudanese diabetic patients
    (Al-Neelain University, 2020-02) Amna Osman Abdulkader Mustafa
    Abstract Background: Diabetic retinopathy (DR) is a common microvascular complication of diabetes, causing swelling of blood vessels in the eye and leakage in the retina leading to blindness. Vitamin D receptor, which is expressed in avascular endothelial cells of the human retina, acts as a ligand-dependent transcription factor that in complex with hormonally active Vitamin D, the VDR gene play role in vascular pathology pathways that modulate inflammation, which has been implicated in DR etiology. Objective: To determine the association of the vitamin D receptor gene FokI polymorphism (rs2228570) and non-genetic risk factors with diabetic retinopathy in diabetic Sudanese patients. Methods: A hospital-based cross-sectional study, 188 patients with diabetic retinopathy disease (DR) and 122 diabetic as control. Demographic data regarding gender, age, ethnic group, BMI, physical activity, smoking, alcohol consumption, and family history, duration of diabetes mellitus, cardiovascular disease, stroke, kidney disease and hypertension were obtained using well designed questionnaire. Genomic DNA was extracted from the blood samples using guanidine chloride method. The VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism was detected by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) using a FokI restriction enzyme for detect molecular genotyping. The fragments were separated by electrophoresis in 2% gel, results of demographic data obtained were analyzed using SPSS software. Results: The statistical analysis showed that 96 % of the DR cases aged > 40 years with a significant difference when compared to controls (p-value=0.022). Male to female ratio is 56.4% & 43.6% for DR (p-value=0.265), 83.1% and 61.9% of cases and control respectively were diabetes < 5 years with 3 times increased risk of DR (p-value=0.29, OR=3.023). 87.0% of the cases developed diabetic retinopathy within more than 5 years duration of diabetes. A significant difference between cases and controls who have the same duration of diabetes was observed (P-value=0.00) The genotyping analysis of VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism considering the mutant genotype versus the wild genotypes (CC vs TC+ TT). Showed a significantly higher frequency in DR patients compared to the controls, In addition, the mutant VDR FokI (98.4%) allele C was higher (73.9 %) in DR patients as compared to the controls, and the difference was statistically significant (P=0.001) Conclusion: In this study VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism showed a significant association with the predisposition of diabetic retinopathy. Non-genetic risk factors such as the age and duration and type of diabetes were found to be associated with the developing diabetic retinopathy. المستخلص الخلفية: اعتلال الشبكية السكري (DR) هو أحد مضاعفات شائعة للأوعية الدموية من مرض السكري. يسبب تورم الأوعية الدموية في العين وتسريبات في شبكية العين مما يؤدي إلى العمى. مستقبلات فيتامين (د)، والتي يتم التعبير عنها في الخلايا البطانية الوعائية في شبكية العين البشرية، تعمل كعنصر نسخ يعتمد على استقبال فيتامين (د) النشط هرمونيًا، الجين VDRله دور في الأمراض الوعائية التي تسبب الالتهاب وDR. الهدف من الدراسة: تحديد ارتباط تعدد الأشكال FokI (rs2228570) لجينات مستقبلات فيتامين (د) وعوامل الخطر غير الوراثية لدى المرضى المصابين باعتلال الشبكية السكري. الطريقة: دراسة مقطعية مستعرضة في المستشفى، تتضمن 188 مريضًا مصابًا بمرض اعتلال الشبكية السكري (DR) و 122 مريضًا مصابًا بمرض السكري كعنصر تحكم. البيانات الديموغرافية المتعلقة بالعمر والمجموعة العرقية ومؤشر كتلة الجسم والنشاط البدني والتدخين واستهلاك الكحول والتاريخ العائلي تم الحصول على مدة الإصابة بمرض السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية والسكتة الدماغية وأمراض الكلى وارتفاع ضغط الدم باستخدام استبيان مصمم جيدًا. تم استخلاص الحمض النووي الجيني من عينات الدم باستخدام طريقة كلوريد الجوانيدين. تم اكتشاف تعدد الأشكال الجيني VDR FokI C> T (rs 2228570) عن طريق تعدد أشكال طول جزء تقييد تفاعل البوليميراز (PCR-RFLP) باستخدام إنزيم تقييد FokI للتنميط الجيني الجزيئي. تم الفصل عن طريق الرحلان الكهربائي في 2٪ هلام. تم تحليل النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام برنامج SPSS. النتيجة: أظهر التحليل الاحصائي أن 96٪ من الحالات المصابة بداء السكري كانت في سن أكبر من 40 مع وجود اختلاف كبير عند مقارنتها بالكونترول (p = 0.022) ولم يبلغ عن أي فرق بين الجنسين بين المجموعتين (p = 0.265) 83.1 ٪ ، 61.9 ٪ من الحالات المصابة والسليمة وعلى التوالي لديهم مرض السكري أقل من خمس سنوات 3 مرات يؤدي زيادة خطر الإصابة باعتلال الشبكية السكريP-value) = 0.29 ، أوOR = 3.023( 87.0 ٪ من الحالات عرضه للإصابة باعتلال الشبكية السكري خلال أكثر من 5 سنوات من اصابتها بمرض السكري. لوحظ وجود اختلاف كبير بين الحالات المصابة والسليمة التي لها نفس مدة الإصابة بمرض السكري (قيمة P = 0.00) أظهر التحليل الجيني لتعدد الأشكال VDR FokI T> C (rs 2228570) بالنظر إلى التركيب الوراثي الطبيعي مقابل الطرز الوراثية المعدل (CC TC + TT)، ارتفاعًا ملحوظًا في مرضى DR مقارنةً بالضوابط، بالإضافة إلى ذلك، أظهر FokI (98.4٪) كان أليل C أعلى (73.9٪) لدى مرضى DR مقارنةً بعناصر التحكم، وكان الاختلاف ذا دلالة إحصائية (P = 0.001) الخلاصة: أظهرت هذه الدراسة وجود ارتباط كبير من تعدد الأشكال VDR FokI T > C (rs2228570) مع قابلية الإصابة باعتلال الشبكية السكري.والعوامل غير الوراثية مرتبطة بتأثير اعتلال الشبكية السكري مثل العمر ومدة ونوع مرض السكري
  • Thumbnail Image
    Item
    Study the association of Methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism (C667T) (rs180113) and Diabetic Septic Foot among Diabetic Sudanese Patients
    (Al-Neelain University, 2020) Soha Mohammed Yahiya
    Abstract Background: Diabetic foot ulcer is considered as a common diabetes complication; contribute significantly to morbidity and mortality of diabetic patients in Sudan. Globally there are proven genetic based studies in diabetic septic foot predisposition, whereas a few studies have been done in Sudan. Objective: This study was intended to estimate the association of (C667T) SNP (rs180113) in the methylene tetrahydro folate reductase (MTHFR) gene with the DSF predisposition, and the role of some non-genetic risk factors in diabetic Sudanese population. Method: Hospital based cross sectional study was conducted, 55 were diabetic septic foot (DSF) patients represent the case group and 75 diabetic patients (DM) without septic complication as control. The (C667T) (rs180113) Polymorphism was detected by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) using Hinf I enzyme. And the other demographic data was analysis using cross tabulation and person correlation test to estimate the p-values and odd ratios by SPSS v21. Results: The statistical analysis of age among cases and controls showed that 94.4% of cases are at age group more than 40 years while 76.4% of controls are at this age group, with a high significant difference between DSF and DM ( p – value = 0.005, OR = 0.190, CI = 0.688 – 0.053), no gender difference has been observed between DSF and DM (p – value = 0.510) with 2:1 male to female ratio , DSF with a family history of diabetes are 66.7% and 63.4% of DM have a family history, with no significant difference observed between DSF and DM. Alcohol consumption is significantly higher in DSF than DM (P-value = 0.02). DSF are at four times increased risk than those who don’t consume alcohol (p – value = 0.02 , OR = 4.600). High frequency of neuropathy (58%) was observed among DSF compared to DM , and a high significant association of neuropathy with DSF with a three times increased risk of DSF (p – value = 0.001, OR= 3.452). DSF with retinopathy showed a high significant difference compared to DM with retinopathy (p value = 0.006), with a three times increased risk of DSF (OR = 3.527). Concerning the genotype analysis, the homozygous wild type genotype CC showed high frequency among cases and control with the following percentage (96.7% , 100%) respectively , the homozygous mutant genotype TT represent 3.30% of DSF and 0.0% of DM, while the heterozygous genotype TC represent 0% of both DSF and DM, no significant association between the mutant genotype and DSF predisposition. Conclusion: The results of this study indicates that MTHFR (C667T) (rs180113) polymorphism is not associated with the increased risk of diabetic septic foot among Sudanese diabetic patients, and neuropathy, retinopathy and diabetic septic foot might be a linked diabetes complication . المستخلص الخلفية: القدم السكرية هي من أخطر مضاعفات مرض السكري ، وتسهم بشكل كبير في وفيات مرضى السكري في السودان عالميا هناك دراسات مثبتة على دور العوامل الوراثيه في ​​مدى الاصابه بمرض القدم السكريه ، في حين أجريت دراسات قليلة في السودان وعلى المستوى العالمي كل 30 ثانيه هناك اعاقه تحدث بسبب السكري (Gershater M. A. et al., 2009 ) الهدف: هذه الدراسة تهدف لقياس ارتباط SNP (C667T) (rs180113) في إنزيم MTHFR مع جروح السكري ودور بعض عوامل الخطوره الغير وراثية في السكان السودانيين المصابين بالسكري. الطريقة: أجريت الدراسه على المصابين بالسكري ذوي القدم السكريه ومرضى السكري الذين لم يصابو بالقدم السكريه ، 55 كانوا من مرضى السكري ذوي القدم السكريه يمثلون الحالات و 75 مريضا بالسكري دون مضاعفات القدم السكريه يمثلون مجموعه التحكم ,تم الكشف عن تعدد اشكال الطفره (C667T) (rs180113) في جين ال mthfrعن طريق استخدام جهاز تفاعل البلمره المتسلسل و تقنيه استخدام انزيمات القطع المتخصصه في تعدد اشكال الطفرات (PCR-RFLP) باستخدام إنزيمHinf I ودور بعض العوامل غير الوراثيه وتحليلها باستخدام برنامج التحليل الاحصائي SPSS باستخدام اختبار بيرسون لايجاد قيمه p. النتائج: أظهر تحليل العمر بين الحالات والضوابط أن 94.4 ٪ من الحالات في الفئة العمرية أكثر من 40 سنة في حين أن 76.4 ٪ من الضوابط في هذه الفئة العمرية ، فرق كبير ملحوظ لوحظ بين DSF و DM فيما يتعلق بالعمر (p - value = 0.005 ، OR = 0.190 ، CI = 0.688 - 0.053) ، لم يلاحظ أي فرق في الجنس بين DSF و DM (ع - القيمة = 0.510) ،وجد ايضا ان الحالات مع تاريخ العائله لمرض السكري هي 66.7 ٪ و 63.4 ٪ من DM واستخلص انه يوجد ارتباط كبير فيما يتعلق بتاريخ العائله P- value = 0.426) ، 16.7 ٪ من مرض السكري DSF هم من مستهلكي الكحول بينما 4.2 ٪ فقط من DM ، لذلك فإن مجموعه التحكم االتي تتعاطى الكحول في خطر أربع مرات من الذين لا يستهلكون المشروبات الكحوليه (p - value = تمثل 0.02 ، OR = 4.600) ، 58٪ من DSF لديهم اعتلال عصبي و 28.6٪ من DM ، يمثلون ارتباطًا مهمًا بينهم ، DM الذين لديهم اعتلال عصبي معرضون لخطر ثلاث مرات أكثر من الذين ليس لديهم (ع - القيمة = 0.001 ، أو = 3.452) ، 35.2 ٪ من DSF لديهم اعتلال الشبكية بينما أظهر 14.3 ٪ من DM ، فرق كبير كبير ب لم يظهر أي من DM و DSF ومرضى السكري الذين يعانون من اعتلال الشبكية في خطر ثلاث مرات أكثر من مرضى السكري دون اعتلال الشبكية (ع - القيمة = 0.006 ، أو = 3.527) ، أمراض الكلى ، ارتفاع ضغط الدم وأمراض القلب لم تظهر فرقاً كبيراً بين DSF و DM (p- القيم: 0.420 ، 0.382 ، و 0.476 على التوالي) ، فيما يتعلق بالتركيب الوراثي ، لم يلاحظ أي فرق كبير بين الحالات (p-value = 0.732). الخلاصة: تشير نتائج هذه الدراسة إلى أن تعدد الأشكال MTHFR (C667T) (rs180113) لا يرتبط بزيادة خطر القدم المصابة بمرض السكري بين مرضى السكري السودانيين ، الاعتلال العصبي و اعتلال الشبكية.قد يكونان مرتبطان بظهور القدم السكريه .