PHD theses : Medical Laboratory Science

Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496

Browse

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Detection of Genetic polymorphisms of Methylene Tetrahydrofolate Reductase, N-acetyltrasferase-2 and Methionine Synthase Reductase and their possible effects among Sudanese Patients with chronic myeloid leukaemia
    (Al-Neelain University, 2021) Entesar Mohammed Abdalla Tebein
    Abstract Background: Xenobiotics are metabolized and eliminated from the body by a system of enzymes encoded by specific genes. Among them, Methylene tetrahydrofolate reductase (MTHFR), Methionine synthase reductase (MTRR), and N-Acetyltransferase 2 (NAT2) play crucial roles in phase II biotransformation of xenobiotics. Polymorphisms in these genes have been associated with the risk of hematological malignancies and therapeutic drug response. Objective: Our research was based on a case-controlled study designed to evaluate the genetic polymorphisms in MTHFR (C677T & A1298C), MTRR A66G and NAT2 (C481T, G590A, A803G and G857A) and the susceptibility to chronic myeloid leukaemia (CML). Method: Two hundred CML patients attended to Radiation and Isotope Centre of Khartoum (RICK) between August 2015 - August 2017 plus one hundred healthy volunteers as a control were recruited in this study. For all age, gender and ethnicity were determined through the questioner. All participants were genotyped for MTHFR (C677T & A1298C), MTRR A66G and NAT2 (C481T, G590A, A803G and G857A) polymorphisms using PCR-RFLP method. Results: The frequency of heterozygous MTHFR 677CT genotype in CML patients was significantly higher than in the control group (23.5% vs 0.5 %), and associated with increased risk of CML (OR = 6.405, 95% CI: 2.437-16.836, p value = 0.000). No comparable association was found for homozygous MTHFR 677TT genotype. (OR = 1.514, 95% CI: 0.809-2.835, p = 1.95). For the MTHFR A1298C polymorphism, a significant difference in the frequency of the heterozygous MTHFR 1298AC genotype between CML patients and the control group was observed (55.0% vs 44.0 %). In addition, the frequency of the homozygous MTHFR 1298CC genotype was higher in CML (11.0%) as compared to the controls (0.0%). And both the MTHFR 1289AC and 1298CC genotypes were considered as risk factors for CML compared to control groups were also detected (OR = 2.022, 95% CI: 1.228-3.329, p = 0.006 and OR = 17.794, 95% CI: 2.325-136.3205, p = 0.006) respectively. Furthermore, genotypic analysis revealed the following four combinations correlating to an elevated risk of CML: 677CC/1298CC, 677CT/1298AA, 677CT/1298AC and 677TT/1298AC. Individuals carrying heterozygous MTRR 66AG genotype showed a 2.7 fold decreased CML risk (OR=0.365, 95%CI: 0.179-0.746, P=0.006) than wild-types. Similarly, homozygous MTRRGG individuals showed a 3.4-fold CML risk reduction (OR = 0.292, 95% CI: 0.145- 0.590, P = 0.001). In addition, the data analysis revealed that the individuals with the combination of genotypes MTRR 66AG/MTHFR 677CC, MTRR 66AG/MTHFR 677TT, and MTRR 66GG/MTHFR 677CC have protective factors against CML development. As well as combined MTRR 66GG/MTHFR 1298AA genotypes. Moreover, our finding suggested that heterozygous NAT2 803AG genotype was associated with CML protection by a factor of 2.3, (OR = 0.44, 95% CI: 0.020-0.095, p = 0. 000). And the heterozygous 857GA and mutant 857AA genotype also offer protection, (OR = 0.002, 95% CI: 0.002-0.019, p = 0. 000) and (OR = 0.018, 95% CI: 0.002-0.133, p = 0. 000), respectively. There was no significant difference between CML patients and control regarding NAT2 C481T and G590A, polymorphisms. But patients with the compound NAT2 genotypes 481CT/803AG, 590AG/803AG, 590AG/803GG, 590AA/803AG and 590GG/803AA were found to have a reduced risk for CML when were compared to control groups. Furthermore, there was no significant difference between age, gender and ethnic groups concerning MTHFR, MTRR, and NAT2 polymorphisms (P>0.05). However, the frequency of Afro-asiatic was higher than Nilo-Saharan and Niger-Congo (63.5%, 27%, and 9.5%) respectively. Conclusions: This study found evidence of an association between genetic polymorphisms in MTHFR C677T and MTHFR A1298C and susceptibility to CML. In these data, heterozygous and homozygous mutant genotypes in MTRR A66G polymorphism were protected from CML risk. The current study demonstrates that polymorphisms of NAT2 A803G and G857A might also act as protective factors against developing the disease. Moreover, we could not find an association between age, gender and ethnic groups (Afro-Asiatic, Nilo-Saharan and Niger-Congo) regarding the genotype distribution of MTHR, MTRR, and NAT2 polymorphisms. المستخلص العربي الخلفية: يتم إستقلاب الأجسام الغريبة وإزالة سمومها من الجسم عن طريق إنزيمات إستقلابية يتم تشفيرها بواسطة جينات معينة. من ضمنها، إنزيم ميثيلين رباعي الهيدروفوليت (MTHFR) ، و ميثيونين سينثيز المختزل (MTRR)، و ان أسيتيل ترانسفيراز 2 (NAT2)الذين يلعبون دوراً مهما في المرحلة الثانية في الإستقلاب الحيوي للأجسام الغريبة . إرتبط تعدد الأشكال في هذه الجينات بخطر الإصابة بأورام الدم الخبيثة والإستجابة للأدوية العلاجية. الهدف : استند هذا البحث على منهج دارسة الحالة المضبوظة لتقييم دور تعدد الأشكال الجينية في MTHFR (C677T, A1298C) , MTRR A66G و NAT2 (C481T, G590A, A803G,G857A)وقابلية الإصابة بسرطان الدم النقوي المزمن (CML).  الطريقة: تضمنت الدراسة مائتان من مرضى سرطان الدم النقوي المزمن الذين حضروا إلى مركز الإشعاع والنظائر في الخرطوم في الفترة بين أغسطس 2015 م- أغسطس 2017 م بالإضافة إلى مائة متطوع سليم كمجموعة ضابطة. كل من الأعمار،الجنس والعرق تم تحديدها من خلال الأستبانة . تم تحديد الأنماط الجينية المتعددة للجينات MTHFR (C677T, A1298C) , MTRR A66G و NAT2 (C481T, G590A, A803G,G857A) باستخدام تفاعلات البلمرة المتسلسلة وإنزيمات القطع (PCR-RFLP). النتائج: أظهر تواتر النمط الجيني MTHFR 677CT غير المتجانس في مرضى سرطان الدم النقوي المزمن ارتفاعا ملحوظا عن المجموعة الضابطة (23.5٪ مقابل 0.5٪) ، وله علاقة مع زيادة خطر الإصابة بالمرض (نسبة أرجحية= 6.405, 95% مجال الثقة =2.437-16.836, قيمة الإحتمالية = (0.000. بينما لم يتم العثور على أي علاقة للنمط الجيني المتجانس MTHFR 677TT بالمرض (نسبة أرجحية= 1.514, 95% مجال الثقة =0.809-2.835, قيمة الإحتمالية = (1.95. بالنسبة لتعدد أشكال MTHFR A1298C ، لوحظ أن هناك اختلافا جوهريا بين المرضى والمجموعة الضابطة في تواتر كل من النمط الوراثي غير المتجانس MTHFR 1298AC (55.0٪ مقابل 44.0٪) و النمط االوراثي المتجانس MTHFR 1298CC (11.0٪ مقابل0.0 ٪), واعتبر كل من هذين النمطين عامل خطر في الإصابة بالمرض مقا رنة بالمجوعة الضابطة (نسبة أرجحية= 2.022, 95% مجال الثقة =1.228-3.329, قيمة الإحتمالية = 0.006 ونسبة أرجحية= 17.794, 95% مجال الثقة =2.325-136.3205, قيمة الإحتمالية = 0.006 على التوالي). علاوة على ذلك ، كشف التحليل الوراثي عن أن الأفراد الذين يحملون مزيجا من الأنماط الجينية الأربعة التالية 677CC/1298CC, CT/1298AA677، 677CT/1298AC، و677TT/1298AC لديهم زيادة في خطر الإصابة بالمرض. أظهرت الدراسة أن الأفراد الذين يحملون النمط الجيني غير المتجانس MTRR 66AG يقل لديهم خطر الإصابة بالمرض بمقدار 2.7 (نسبة أرجحية= 0.365 95% مجال الثقة =0.179-0.746, قيمة الإحتمالية = (0.006. وبالمثل ، وجد أن النمط الجيني المتجانس MTRRGG يقلل خطر الإصابة بمقدار 3.4 (نسبة أرجحية= 0.292 , 95% مجال الثقة =0.145- 0.590, قيمة الإحتمالية = (0.001. بالإضافة إلى ذلك ، كشف تحليل البيانات أن مزيج الأنماط الجينية التالية MTRR 66AG / MTHFR 677CC و MTRR 66AG / MTHFR 677TT , MTRR 66GG / MTHFR 677CC و MTRR 66GG / MTHFR 1298AA يشكل عوامل وقائية ضد تطور المرض. توصلت النتائج إلى أن النمط الوراثي غير المتجانس NAT2 803AG يمثل عامل حماية من سرطان الدم النقوي المزمن (نسبة أرجحية= 0.44 , 95% مجال الثقة =0.020-0.095, قيمة الإحتمالية = (0.000. إضافة إلى ذلك ، فان النمط الوراثي غير المتجانس 857GA والنمط الوراثي المتجانس 857AA يعتبران أيضا عاملا وقاية من المرض (نسبة أرجحية= 0.002, 95% مجال الثقة =0.002-0.019, قيمة الإحتمالية = 0.000 ونسبة أرجحية= 0.018, 95% مجال الثقة =0.002-0.133, قيمة الإحتمالية = 0.000 على التوالي). لم يكن هناك فرق ذو دلالة معنوية بين المرضى والمجموعة الضابطة فيما يتعلق بتعدد أشكال NAT2 C481T و G590A , لكن المرضى الذين يحملون مزيج من الأنماط الجينية التالية للجين NAT2 481CT/803AG, 590AG/803AG, 590AG/803GG, 590AA/803AG و 590GG/803AA يقل لديهم خطر الإصابة بالمرض عند مقارنتهم بالمجوعة . علاوة على ذلك ، لم يكن هناك فرق جوهري بين العمر والجنس والمجموعات العرقية فيما يتعلق بتعدد الأشكال MTHR , MTRR و NAT2 ) قيمة الإحتمالية أ كبر من 0.05(. ومع ذلك ، فإن تواتر القبائل الأفرو آسيوية كان أعلى من Nilo-Saharan والنيجر-الكونغو (63.5٪ ، 27٪ و 9.5٪) على التوالي. الخاتمة: وجدت هذه الدراسة علاقة بين تعدد الأشكال الجينية في MTHFR C677T و MTHFR A1298C وقابلية الإصابة بسرطان الدم النقوي المزمن. كما أظهرت الأنماط الجينية المتجانسة وغير المتجانسة للجين MTRR A66G عامل حماية من خطر الاصابة بالمرض. توضح الدراسة الحالية أن تعدد الأشكال لـ NAT2 A803G و G857A قد