PHD theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496
Browse
Item The Prognostic Values of NPM1 and FLT3 Genes among Acute Myeloid Leukemia Sudanese Patients(Al-Neelain University, 2021) Eman Ali Elzain MohamedAbstract Introduction Acute myeloid leukemia (AML) is a malignancy of proliferative, clonal, abnormally, or badly differentiated cells of the hematopoietic system, characterized by clonal development and genetic heterogeneity. About 20 regularly mutated genes are known to be involved in the molecular pathogenesis of acute myeloid leukemia (AML). Among them, Nucleophosmin (NPM1) and FLT3-ITD mutations frequently arise together in adults with AML, suggesting cooperative leukemogenesis. The Fms-like tyrosine kinase-3 (FLT3) is a receptor tyrosine kinase that acting a key role in cell survival, proliferation, and differentiation of hematopoietic stem cells. Mutations of FLT3 were first described in 1997 and account for the most repeated molecular mutations in acute myeloid leukemia (AML). FLT3 ITD mutations causing constitutive activation of receptor, the latter being phosphorylated independently of the ligand, FLT3 mutations found to be the strongest prognostic factor affecting survival of patients under the age of 60 years. Mutations in nucleophosmin (NPM1) exon 12 are thought to be the most common genetic event in acute myelogenous leukemia (AML) and to give favorable clinical prognoses. (NPM1) gene mutations ensuing in cytoplasmic delocalization of nucleophosmin (NPMc+) NPM1 mutations that relocalize NPM1 from the nucleus into the cytoplasm are associated with development of acute myeloid leukemia. The Mutations of NPM1 commonly coexist with FLT3- ITD. In case of only NPM1 (+)/FLT3-ITD (-) configuration is recognized as a favorable prognostic factor, especially in patients aged 70 years and more. The AML with NPM1 (-)/FLT3-ITD (+) is associated with the worst outcome, while NPM1 (+)/FLT3-ITD (+) and NPM1 (-)/FLT3-ITD (-) AML with the intermediate outcome. The aim of this study is to determine the frequencies and the prognostic values of nucleophosmin1 mutations (NPM1) and FMS-related tyrosine kinase3 internal tandem duplication (FLT3-ITD) in Sudanese patients with acute myeloid leukemia. Materials and Methods A cross sectional study recruited 100 patients already diagnosed with AML based on the diagnostic protocol that concerns RICK hospital; such as morphological identification of the blast cells in BM and PBP (FAB classification), immunophenotyping analysis, and molecular genetics; Of the 100 AML patients, 54% were newly diagnosed and 46% were admitted for chemotherapy treatment and follow up. EDTA blood samples and bone marrow samples were collected from AML patients for performing CBC including WBC differential, blast cells in BM and PBP. DNA was extracted from all samples using guanidine method (Ding et al, 2008) and analyzed for FLT3- internal tandem duplication (FLT3 ITD) mutation and Nucleplasmin Family, Member 1(NPM1) mutations using conventional PCR and sequencing. Results Out of 100 AML patients 46% were males and 54% were females; with age range 1-80 years. FLT3-ITD mutation was positive in eight (8%) of the patients, two (2%) of them were male and six (6%) were female; the median age of the mutated and un mutated patients was 27.5, 43 years respectively. Half of the mutated patients (50%) were FAB sub-type M2 and (25%) were M5b with leukocytosis (median WBC: 51.5 vs. 7.9) and increase the percentage of PB blasts for 6 of the mutated patients (blasts %: 85 vs. 27.5). also high BM blasts for 2 patients (blasts %: 90 vs. 60.5). On the other hand, NPM1 mutations detection, sequencing technique was done and then sequencing analysis done by software (Mega 7 Software) revealed that there were no NPM1mutations in Sudanese AML patients. Conclusion Sudanese population generally showed lower frequency of FLT3 ITD and NPM1 wild type. The WBC was higher in the group with the FLT3 ITD mutation than negative group. Moreover, The PB blasts percent was significantly higher in the FLT3 ITD mutated group than in the group without the mutation and BM blasts percent was higher in the FLT3 ITD mutated group than the negative group. Sudanese population generally display NPM1(-)/FLT3-ITD (-) AML which consider as intermediate prognosis and NPM1(-)/ FLT3-ITD (+) which associated with the worst outcome. The new diagnosed patients showed abnormal proliferation and abnormal cell division more than the treated group based on the hematological parameters. also the treated group who were positive for the FLT3 ITD showed resistance to the treatment more than The treated group who were negative for the FLT3 ITD. مستخلص الدراسة المقدمة سرطان الدم النخاعي الحاد (AML) هو ورم خبيث من الخلايا التكاثري ، نسيلي ، غير طبيعي ، أو متباينة بشكل سيئ في نظام المكونة للدم ، ويتميز بتطور نسيلي وعدم التجانس الوراثي (Ding et al، 2012) (Döhner، Weisdorf & Bloomfield، 2015). من المعروف أن حوالي 20 جينًا متحورًا بشكل منتظم يشاركون في التسبب الجزيئي لسرطان الدم النخاعي الحاد (AML). من بينها ، طفرات النوكليوفوسمين (NPM1) و FLT3-ITD غالباً ما تنشأ معًا عند البالغين الذين يعانون من AML ، مما يشير إلى تكوّن الكريات البيض التعاونية. حتى الآن ، لا تزال الآثار الجزيئية لهذه التحولات الوراثية التعاونية في AML غير محددة. التايروسين كاينيز 3 (FLT3) الذي يشبه FMS هو مستقبلات التايروسين كاينيز الذي يلعب دورًا رئيسيًا في بقاء الخلايا وانتشارها وتمايز الخلايا الجذعية المكونة للدم. تم وصف طفرات FLT3 لأول مرة في عام 1997 وتمثل الطفرات الجزيئية الأكثر شيوعًا في سرطان الدم النخاعي الحاد (AML). يُعتقد أن الطفرات في النوكليوفوسمين (NPM1) إكسون 12 هي أكثر الأحداث الوراثية شيوعًا في سرطان الدم النقوي الحاد (AML) وتمنح تشخيصات سريرية مواتية. طفرات جينية (NPM1) تؤدي إلى إزاحة خلل التنسج النيتروزليمي (NPMc +) في السيتوبلازم. كان الهدف من هذه الدراسة هو تحديد الترددات والقيم النذرة لطفرات النوكليوفوسمين 1 (NPM1) وتيروزين كيناز 3 المرتبطة بالمرضى الذين يعانون من سرطان الدم النخاعي الحاد الطرق هذه دراسة مقطعية ، تم في هذه الدراسة تسجيل مائة مريض على أساس الوراثة المورفولوجية ، النمط المناعي ، والوراثي الجزيئي مع سرطان الدم النخاعي الحاد ؛ تم جمع عينات الدم أو عينات نخاع العظم من جميع المرضى في حامض الخليك الإيثيلين ديامين تيترا ؛ تم استخراج الحمض النووي الجيني من جميع العينات باستخدام طريقة guanidine ، وتحليلها من أجل طفرة التكرار الترادفي الداخلي (FLT3 ITD) FLT3 وعائلة Nucleplasmin ، عضو 1 (NPM1) طفرة باستخدام تفاعل وتسلسل سلسلة البلمرة التقليدية النتائج مائة مريض بسرطان الدم النقوي الحاد الذين تم تشخيص إصابتهم بالفعل بسرطان الدم النخاعي الحاد ، تم تصنيفهم على أنهم 54 شخصًا تم تشخيصهم حديثًا و 46 شخصًا يخضعون للعلاج ، وكذلك 46 من الذكور و 54 من الإناث ؛ كان نطاق العمر سنة واحدة إلى ثمانين سنة. كانت طفرة الازدواج المزدوج بالترادف FLT3 إيجابية في 8 (8٪) من المرضى ، اثنان منهم (2٪) كانوا من الذكور وستة (6٪) من الإناث ؛ وكان متوسط عمر المرضى الذين يعانون من الطفرة 32.87 سنة. أربعة (50 ٪) من الحالات مع طفرة كانت FAB من النوع الفرعي M2 والجر (25 ٪) كان M5b. المرضى كان عدد كريات الدم البيضاء أعلى في المجموعة مع FLT3 / ITD منه في المجموعة دون حدوث طفرة (الوسيط WBC: 51.5 مقابل 7.9) ، على التوالي. في حين أن العلاقة فيما يتعلق بنسبة انفجار PB عند التشخيص أظهرت أنه بالنسبة لـ 6 مرضى ، كان عدد نسبة الانفجار أعلى في مجموعة FLT3 / ITD عنه في المجموعة دون حدوث طفرة (متوسط الانفجارات٪: 85 مقابل 27.5) ، على التوالي ، بالنسبة لتفجيرات BM عند التشخيص ، أظهرت أنه بالنسبة إلى مريضين ، كان عدد نسبة الانفجار أعلى في مجموعة FLT3 / ITD عنه في المجموعة دون حدوث طفرة (متوسط الانفجارات٪: 90 مقابل 60.5) ، على التوالي. بالنسبة للكشف عن طفرات NPM1 ، تم إجراء تقنية التسلسل ، ثم كشف تحليل التسلسل بواسطة برنامج (Mega 7 Software) أنه لم يكن هناك أي تحركات NPM1 في مرضى AML السودانيين (جميع المرضى يظهرون نوع NPM1 الطبيعي). ملخص الدراسة أظهر السكان السودانيون عمومًا تواترًا أقل من النوع البري FLT3 ITD كما أنه لم يكن هناك أي تحركات NPM1 في مرضى AML السودانيين. كانت WBC أعلى في المجموعة مع طفرة FLT3 ITD من المجموعة السلبية. علاوة على ذلك ، كانت نسبة PB أعلى بشكل ملحوظ في المجموعة مع طفرة من FLT3 ITD عنها في المجموعة التي لا تحتوي على الطفرة وكانت نسبة BM أعلى في المجموعة مع طفرة FLT3 ITD من المجموعة السلبية. يُظهر السكان السودانيون عمومًا NPM1 (-) / FLT3-ITD (-) AML التي تعتبر تشخيصًا وسيطًا و NPM1 (-) / FLT3-ITD (+) التي ترتبط بأسوأ نتيجة. أظهر المرضى الذين تم تشخيصهم حديثًا تكاثرًا غير طبيعي وانقسامًا غير طبيعي للخلايا أكثر من المجموعة المعالجة بناءً على معايير الدم. أظهرت أيضًا المجموعة المعالجة التي كانت إيجابية لـ FLT3 ITD مقاومة للعلاج أكثر من المجموعة المعالجة التي كانت سلبية بالنسبة لـ FLT3 ITD