PHD theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/496
Browse
Item Molecular Characterization of Carbapenemase-Producing Klebsiella pneumoniae Dominance of blaOXA-48, blaKPC, blaVIM and blaNDM producers in Khartoum, Sudan(Neelain University, 2018) Abdelhakam Hassan Ibrahim AliAbstract Background and objectives: Antibiotic non susceptible Bacteria have been increased and disseminated all over the world. So this resistant strain with treatment difficulty may threat the Patients lives. However the last line of treatment for such infection is antibiotic from Carbapenem family. One of the most virulence bacteria with pandrug resistant is Klebsiella pneumoniae which associated with high morbidity and mortality. In this study, the phenotypic and genotypic features of carbapenem-resistant K. pneumoniae strains isolated in some Sudanese hospitals were studded. Methodology: A total of 315 K.pneumoniae isolates were collected between May 2015 to January 2017, from Microbiology laboratories of different Hospitals in Khartoum, Sudan. Beside one strain of K. pneumoniae (ATCC 700603) was used as quality controls. Phenotypic detection had been done by modified Hodge test (MHT) and Carba NP direct test while genotypic detection was done by Real time PCR. Results: Out of these 315 isolates 96 (30%) isolates of Klebsiella pneumoniae were show resistant to carbapenem by Disc diffusion test were included in this study. Our results revealed that 63 (65.6%) isolates were carbapenemase producers by phenotypic tests. Seventy-two percent (70/96) isolates were showed presence of used carbapenemase genes; 59.4% (57/96) were positive for blaKPC genes, 57.3% (55/96) were positive for blaNDM genes, 37.5% (36/96) were positive for blaVIM genes and 35.4% (34/96) were positive for blaOXA-48 genes. In this study we found that nineteen isolates possessed four genes, fourteen isolates possessed three genes, 27 isolates possessed two genes, 10 isolates possessed only one gene and the remaining 26 isolates were free from these four genes. Conclusion: this study showed that the most common type of carbapenemase gene detected in these clinical isolates is blaKPC. Co-production of KPC, VIM, NDM and OXA-48 genes are found too. المستخلص المقدمه والاهداف : اعداد البكتريا المقاومه للمضادات الحيويه في ازدياد في جميع انحاء العالم وهي مهدده لحياة المرضي , لذلك اتجه العالم لاستخدام مضادات حيويه بديله وكان اخره تلك التي تتبع الي عائلة الكاربابينيم ومع ذلك لوحظ في السنوات الاخيرة ادي الاستعمال غير الجيد والرشيد الي ظهور بعض انواع البكتريا تمتلك مقاومه لهذا المضاد الحيوي. واحدة من هذه البكتريا المقاومه هي الكلبسيلة الرئويه المسوؤله عن نسبه عاليه جدا من الامراض والوفيات. لذلك كانت هذه الدراسه والتي تعني بدراسه المظاهر الشكليه والجينيه لهذه البكتريا المقاومه في بعض مستشفيات الخرطوم بالسودان. المنهجيه : تم جمع 315 من العينات الكلينيكيه المختلفه من بكتريا الكلبسيله الرئويه في الفتره من مايو 2015 الي يناير 2017 من مختلف المستشفيات بولاية الخرطوم بالسودان , اضافه الي ذلك تم استخدام الكلبسيله الرئويه ذات الرقم ( أ تي سي سي 700603) كبكتريا معياريه. من جملة هذه البكتريا المعزوله 96 (30%) بكتريا كانت مقاومه لعائل الكاربابينيم عن طريق اختبار الحساسيه الطبقي . لهذه المعزولات تم اجراء دراسه الظاهره الشكليه للمقاومه بواسطه اختبارين هما اختبار الهودج المعدل واختبار نوردمان وبوريل للكاربابينيم المباشر بينما تمت دراسة الظاهرة الجينيه بواسطة اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل اللحظي. النتائج: اشارت هذه الدراسه الي ان 63 (65.6%) من البكتريا المقاومه للكاربابينيم منتجه لانزيم الكاربابينيميز بواسطه الاختبارات الشكليه اما الاختبار علي المستوي الجيني فقد اوضح ان مانسبته اثنين وسبعين بالمائه (70\96) من البكتريا تحت الدراسه حامله للجينات موضوع الدراسه, حيث ان الجين الكلبسيله الرئوية عائلة الكاربابينيم يمثل 59.4 %(57\96), الجين نيودلهي فلزية البيتالاكتاميز يمثل 57.3% (55\96), الجين فيرونا انتجرون فلزية البيتالاكتاميز يمثل 37.5%(36\96) والجين اوكساسلين -48 يمثل 35.4%(34\96). اضافه الي ذلك وجد ان هناك 19 بكتريا تحمل اربعة جينات , 14 بكتريا تحمل ثلاثه جينات , 27 بكتريا تحمل جينين فقط و 10 بكتريات يوجد بها جين واحد فقط وبقية البكتريا المقاومه للكاربابينيم وعددها 26 بكتريا كانت لاتحمل اي من الجينات المستخدمه في هذه الدراسه . الخلاصة: اظهرت هذه الدراسه ان اكثر جين موجود في هذه البكتريا المقاومة للكاربابينيم هو الجين الكلبسيله الرئوية عائلة الكاربابينيم . ايضا وجدت ان هنالك بعض البكتريا المعزولة تحتوي علي هذه الاربعة جينات موضع الدراسه.