Masters theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/495
Browse
2 results
Search Results
Item Molecular Characterization of Colistin Resistant Genes of Acinetobacter bumannii among ICU Patients in Khartoum State(Al-Neelain University, 2022-02) Esra Mohammed Mohammed Khair AliAbstract Background: A.bumannii is the most prevalent infection- in the hospital environment, which is considered problem in treatment, and the infections-caused by it are difficult to treat, because it is multidrug resistant. Aim: to detect colistin resistant genes ( MCR1, MCR2, MCR3,MCR4, MCR5) of A.bumannii isolated from different specimens from ICU in Khartoum state using Multiplex PCR Technique Methods: Clinical samples were collected, which yielded A.bumanii isolates from different hospitals, re-identified was done by phenotyping methods include Gram stain and biochemical and susceptibility tests DNA was extracted by boiling method and PCR was done using specific primers to detect the colistin resistance genes and visualized by U.V light. Result: In the present study out of the total number of pathogenic Gram-negative isolates were 650 of which 67 isolates were A. baumannii (10.3%),from different sample include sputum(30/67) 44.8% wound swab(9/67) 13.4%, blood (7/67) 10.5% urine (11/67)16.4% CVC tip (6/67)8.9%CSF(3/67)4.5%bedsore swab(1/67)1.5%.The most isolates from males (47/67)70.1% and (20/67) 29.9%from female, The isolates were highly resistant to tested antibiotics, cefepime, , ceftriaxone, cefuroxime, gentamicin, amikacin, ciprofloxacin, amoxiclav, aztreonam and and meropenem at 100 %, and resistance to colistin (42/67)(62.6%). PCR result showed resistant genes of colistin (MCR 1, MCR 2, MCR3, MCR 4 and MCR 5) were detected in (83.5%) (56/67) in percentage 76.7%(43/56), 44.6%(25/56), 3.6%(2/56), 1.7%(1/56) and 0.0%(0/56). Bioinformatics analysis showed that universal Genes of the seven sequences (sudan001, sudan002, sudan003, sudan005, sudan006 sudan007 and sudan008) were related closely to each other than sudan004. Also, these sequences shared a common ancestor were the Australia strain followed by China strain. Where Sudan 004 was related closely to the United Kingdom strain and the USA strain. Conclusions: Our present study concluded that the frequency of colistin resistance gene of A.bumanii was 83.5 %( 56/67) in different specimens collected from ICU patient in Khartoum state . المستخلص ` خلفية الدراسة: تعد بكتيريا الراكده البومانيه أكثر الكائنات الحية المسببة للعدوى انتشارًا في بيئة المستشفى ، والتي تعتبر مشكلة خطيرة في علاج الالتهابات التي تسببها ، لأنها مقاومة للأدوية المتعددة. الهدف: الكشف عن الجينات المقاومة للكوليستين (MCR1، MCR2، MCR3، MCR4، MCR5) الراكده البومانيه المعزولة من عينات مختلفة من العناية المركزة في ولاية الخرطوم باستخدام تقنية Multiplex PCR الطريقة: تم جمع العينات السريرية ، والتي أسفرت عن عزلات الراكده البومانيه من مستشفيات مختلفة ، وتم التعرف عليها من خلال طرق التنميط الظاهري بما في ذلك صبغة جرام واختبارات الكيمياء الحيوية والحساسية واستخراج الحمض النووي بطريقة الغليان وتم إجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام بادئات محددة للكشف عن الجينات المقاومه للكوليستين. وتصور بواسطة ضوء الأشعة فوق البنفسجية.Item Molecular Characterization of SCCmec and PVL genes among methicillin-resistant Staphylococcus aureus clinical isolates from Soba Teaching Hospital, Khartoum(Al-Neelain University, 2011) Attallah Nafia Ali AlhossainAbstract Background: Methicillin-resistant S. aureus (MRSA) tends to be resistant to multiple antibiotics. Methicillin resistance is conferred by the acquisition of the mecA gene, which is carried by a mobile genetic element called the staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec). Aim: This study aimed to identify and characterize MRSA bacterial isolates by detecting two major genotypic markers; presence of PVL gene and SCCmec type, also to determine the diversity of SCCmec type of MRSA strains circulating in this region. Methods: This was descriptive cross sectional study, conducted in Soba Teaching Hospital in Khartoum. A total of 75 MRSA clinical isolates were re-identified using standard microbiological techniques. Duplex PCR was performed on genomic DNA for MRSA isolates to detect the mecA and PVL genes. In addition, SCCmec typing was done by using multiplex PCR assay. Out of 75 MRSA clinical isolates, 62 (82.7%) isolates harbored the mecA gene. Result from SCCmec typing had shown that 6 ( 9.6%) were type I, 8 (12.8%) were type III,1 ( 1.61%) IVb, 2 ( 3.22%) IVc,13 ( 20.9% ) IVd and 10 (16.1%) V while SCCmec type II and IVa were not found among isolates.10 (13.3%) of MRSA found to carry the PVL gene, all of them were CA-MRSA strains type IVd and V. Conclusion: MRSA is increasing in their prevalence. CA-MRSA positive PVL strains that invade hospital represent a serious problem, so frequently investigation and surveillance of MRSA in hospital is essential in order to control their infection. الخـــــلاصة خلفية الدراسة: تمثيل الي ان تكون مقاومة العديد من المضادات الحيوية و هذه المقاومة تتم بإكتسابها نوع من الجينات ذات البروتين (أ) و التي تحمله الجينات الحركية و التي تدعى الميكروبات العنقودية كاست كروموسوم و هنالك خمسة أنواع بصفة عامة. الهدف من هذه الدراسة تحديد و تصنيف الميكروبات العنقودية الذهبية و ذلك عن طريق الكشف عن جينات كاست كرومسوم و بانتون فلنتين ليكوسيدن وأيضا لتحديد الإختلاف بين هذه الميكروبات المنتشرة في الإقليم (الخرطوم). الطرق:- هذه الدراسة الوصفية شملت 75عينة ميكروبات عنقودية مقاومة للمضاد الحيوي ميثيثلن تم الجامعي و إعادة التعرف جمعها من مستشفي سوبا الجامعي و إعادة التعرف عليها بإستخدام تقنيات الأحياء الدقيقة الأساسية و تم إستخدام تقنية البوليمر التسلسلي المزدوجة للكشف عن جينات بروتين أ و بانتون فلنتين ليكوسيدين و المتعددة للكشف عن جينات كاست كروموسوم. النتائج:- 62% (82.7%) من مجمل العينات وجدت أنها تحتوي على بروتين أ ونتائج كاست كروموسوم اوضحت أن 6 (9.6%) من النوع 1 و 8 (12.8%) من النوع 2 و 1(1.61%) من النوع4ب و 2(3.22%) من النوع 4س 13(20.9%) من النوع 4د و 10 (16.1%) من النوع 5. النوعين 2 و 4أ لم يتم إيجادهم. 10 (13.3%) من العينات وجدت أنها تحتوي على جينات بانتون فلنتين ليكوسيدين وكلهم ينتمون إلى النوعين 4ب و 5. الخاتمة:- المكورات العنقودية المقاومة للمضادات الحيوية من نوع ميثلين في إزدياد و أصبحت أكثر إنتشارا. المكورات المقاومة التي تحتوي على كاست كروموسوم مرتبط بالنوع المجتمعي و تحمل جينات بانتون فلنتين التي إنتشرت مؤخرا في المستشفيات تمثل مشكلة كبيرة لذلك إجراء المسح المستمر و تشخيص المكورات المقاومة في بيئة المستشفيات ضروري جدا للحد من الإصابة و التحكم في إنتشارها.