Masters theses : Medical Laboratory Science
Permanent URI for this collectionhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/495
Browse
5 results
Search Results
Item Molecular Detection of blaNDM Gene in Multidrug Resistant Acinetobacter baumannii from Clinical Samples in Khartoum State.(Al-Neelain University, 2020-10) Fadwa Abdalbari AltahirAbstract Background: Acinetobacter baumannii is an opportunistic bacterial pathogen with intrinsic and acquired resistance to many antibiotics. Antibiotic resistance is one of the most urgent threats to the public's health. PCR is one of most sensitive, specific and easy tests that used to detect many pathogens with known genetic sequences. Aim: Study was aimed to detect A.baumannii and the frequency of blaNDM gene in each isolate and correlate it with the age, gender and type of collected samples. Materials and Methods: The study was conducted in Khartoum State, during period from September 2019 to January 2020. 100 ready isolated and identified Acinetobacter spp. were collected from clinical samples from different hospitals, identified phenotypically and subjected to PCR test to detect A.baumannii and the frequency of blaNDM gene in each A.baumannii isolate. Result: Ninety six out of 100 isolates were identified as A.baumannii, which were subjected to PCR to detect blaNDM gene. Seven from 96 A.baumannii were NDM positive, three of them were from females and four were from males. Five of them were found within 26-50 years age group one within 51-75 years age group and one within 76-91 years age group with average age 50.9 years. Most were found in sputum specimen Conclusion: In the present study, the frequency of blaNDM among A.baumannii isolates was low (7.3%). ملخص الدراسة خلفية الدراسة: الراكدة البومانية هي بكتريا انتهازية ممرضة لديها مقاومة ذاتية ومكتسبة للعديد من المضادات الحيوية. تعتبر مقاومة المضادات الحيوية من أكثر التهديدات خطورة على الصحة العامة. يعد تفاعل البلمرة المتسلسل أحد أكثر الاختبارات حساسية، سهولة وتحديدا والتي تستخدم للكشف عن العديد من مسببات الامراض ذات التسلسل الجيني المعروف الأهداف: هدفت الدراسة للكشف عن بكتريا الراكدة البومانية ومعرفة نسبة جين المقاومة (NDM) في البكتريا المعزولة وعلاقة وجوده بالعمر، الجنس ونوع العينات المجمعة. طرق البحث: أجريت الدراسة بولاية الخرطوم، في الفترة من سبتمبر 2019 الى يناير 2020. تم جمع 100 عينة بكتريا معزولة ومحددة من مختلف العينات من مستشفيات مختلفة. تم اجراء تفاعل البلمرة المتسلسل لتحديد البكتريا (راكدة بومانية) ولمعرفة نسبة جين المقاومة (NDM) في البكتريا المعزولة. النتائج: 96 من أصل مئة عينه كانت راكدة بومانية. سبعه من أصل 96 عينة راكدة بومانية كانت تحتوي على جين المقاومة (NDM). 4 منهم ذكور و3 عينات لإناث بمتوسط عمر 50.9. خمسه منها تقع ضمن الفئة العمرية 26-50, واحده منها ضمن الفئة العمرية 51-75 وواحده منها ضمن الفئة العمرية 76-91. الخاتمة: توصلت الدراسة الى ان جين المقاومة موجود بنسبه منخضه (7.3%) في الراكدة البومانية.Item Molecular Detection of Human Herpes Virus-6 and Human Herpes Virus-7 In Children With Aseptic Meningitis Admitted to Mohammed Alamin Hamid Hospital, Khartoum State, Sudan(Al-Neelain University, 2020-12) Al Sara Basher IbrahimAbstract Aim: This study was carried out to detect Human Herpes Virus 6 (HHV6) and Human Herpes Virus 7(HHV7) among hospitalized children with acute aseptic meningitis in Mohammed Alamin Hamid Hospital, Khartoum State, Sudan. Methods: Cerebrospinal fluid specimens were collected from 50 aseptic meningitis patients from Mohammed Alamin Hamid Hospital during the period January to May 2019. Out of these 50 patients, 31(62%) were males and19 (38%) were females with age that ranged between 1 and 30 months. The cerebrospinal fluid collected specimens were subjected to Real time PCR for detection of HHV6 &HHV7 DNA. Results: Out of 50 patients, 7 (14%) were positive for HHV6.and 5(10%) were positive to HHV7 DNA using real time PCR ,from them 3(43%) were males and 4(57%) were females in case of HHV6 ,and 4(80%) were males and 1(20%) was female in case of HHV7. Among the age group1 to 10 month 6/36 were infected by HHV6 follow by 1/11 was infected in age group 11to 20 month ,and there is no infection detected among age group 21to30 month with insignificant association ( P-value = 0.107). Among the age group1 to 10 month 5/36 were infected by HHV7, and there is no infection detected among both age group11to 20 and 21to30 month with insignificant association (P value = 0.184) Conclusions: In Sudan, the existences of HHV6 and HHV7 in aseptic meningitis patients were confirmed through detection of HHV6 and HHV7 DNA. Further study using various diagnostic methods and large sample size should be considered to determine the prevalence of both HHV6 and HHV7 at the national level. الخلاصة الاهداف: هذه الدراسةِ نُفّذتْ لإكتِشاف فيروسِ الحَلأِ الإنسانيِ 6 (إتش إتش في 6) وفيروس حَلأِ إنسانيِ 7 (إتش إتش في 7) بين الأطفالِ المُدخَلون المستشفى بإلتهاب السحايا المعقمِ الحادِّ في المستشفى محمد الأمين حامد، ولاية الخرطوم، السودان. طرق البحث: النماذج السائلة الشوكية جُمِعتْ مِنْ 50 مريضِ إلتهاب سحايا معقمينِ مِنْ المستشفى محمد الأمين حامد أثناء يناير/كانون الثّاني الفترةَ إلى مايو/مايسِ 2019. بين هؤلاء المرضى الـ50، 31 (62 %) كَانوا ذكورَ و19 (38 %) كَانوا إناث .الاعمار تتَراوحَ بين 1 الى 30شهرِ. النماذج المجمّعة السائلة الشوكية أُخضعتْ إلى الوقتِ الحقيقيِ بي سي آر لكشفِ إتش إتش في 6 وإتش إتش في 7 دي إن أي. النتائج: بين 50 مريضِ، 7 (14 %) كَانتْ إيجابية لإتش إتش في 6. و5 (10 %) كَانتْ إيجابية إلى إتش إتش في 7 دي إن أي تَستعملُ وقتَ حقيقيَ بي سي آر، منهم 3 (43 %) ذكورَ و4 (57 %) إناث في حالة إتش إتش في 6، و4 (80 %) ذكورَ و1 (20 %) اناث في حالة إتش إتش في 7 فى مجموعةِ الاعُمارَ 1 إلى 10 شهرِ 6من اصل 36 بإتش إتش في 6 تَتْلي بحلول ال1 من اصل 11 مصاب في مجموعةِ عُمرية 11 إلى 20 شهرِ، وليس هناك اصابة إكتشفتْ بين مجموعةِ عُمرية 21 إلى 30 شهرِ بالجمعيةِ التافهةِ (بي قيمة = 0.107). بين مجموعةِ الاعُمارَ 1 إلى 10 شهرِ 5من اصل 36 مصاب بإتش إتش في 7، وليس هناك اصابة إكتشفتْ بين كلتا مجموعة عُمرِ 11 إلى 20 21 إلى 30 شهرِ بالجمعيةِ التافهةِ (بي قيمة =0.184 الخاتمة: في السودان، وجود إتش إتش في 6 وإتش إتش في 7 في مرضى إلتهاب السحايا المعقمينِ أُكّد من خلال كشفِ إتش إتش في 6 وإتش إتش في 7 دي إن أي المرضى.ينصح باجراء دراسات أخرى بإ ستعمالُ طرقَ تشخيصيةَ مُخْتَلِفةَ وحجمَ عيّنات اكبرِ للوصول لتَقْرير إنتشارِ كلا إتش إتش في 6 وإتش إتش في 7 في المستوى الوطنيِ.Item Seroprevalence of Chlamydia trachomatis Infections among Pregnant Ladies Attending Different Khartoum Hospitals(Al-Neelain University, 2021-07) Aya Ibrahim Ali EisaAbstract Background: A Chlamydia trachomatis infection is the most common bacterial sexually transmitted infection (STI) Worldwide. In pregnant women untreated C. trachomatis infections are associated with abortions, miscarriage, preterm delivery, pelvic inflammatory disease (PID), stillbirth, premature rupture of membranes, low birth weight in a newborn and neonatal conjunctivitis. Aim: The aim of this study was determine the seroprevalence of C. trachomatis infections among pregnant ladies attending different Khartoum hospitals, during the period from January to March 2020. Methods: This study was a descriptive cross-sectional hospital-based study design ninety pregnant women were enrolled in this study. Data was collected by filling a structured questionnaire. The questionnaire was filled with the participants by the researcher after taking informed consent. Serum specimens were obtained from all pregnant ladies and subjected to enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) to detect anti-Chlamydia trachomatis IgG antibodies. Results: Out of 90 pregnant ladies, most of them presented in age group between 25 and 35years. C. trachomatis IgG antibodies were detected in 5.6%(51/90). About 69% (62/90) of the study population complaining at least of one signs and symptoms, all symptomatic ladies complaining of back pain while pelvic pain, vaginal discharge, itching and abdominal pain represent 56.7%(51/90), 48.9%(44/90), 27.8%(25/90), and 34.4.%(31/90) respectively. Conclusion: Based on the findings of this study, we concluded that only 5.6 % (5/90) of the women were positive for C. trachomatis IgG and Subjects among aged more than 35 years had the highest positivity rate for C. trachomatis. الخلاصة الخلفية: عدوى المتدثرة الحثرية هي البكتيريا الأكثر شيوعًا العدوى المنقولة جنسياً (STI) في جميع أنحاء العالم. في النساء الحوامل غير المعالجين ترتبط عدوى المتدثرة الحثرية بالإجهاض والولادة المبكرة ، مرض التهاب الحوض (PID) ، الإملاص ، تمزق الأغشية المبكر ، انخفاض الوزن عند الولادة عند حديثي الولادة والتهاب الملتحمة لحديثي الولادة. الهدف: الهدف من هذه الدراسة هو تحديد الانتشار المصلي لمرض عدوي المدثرة الحثرية بين السيدات الحوامل اللواتي يترددن على مستشفيات الخرطوم المختلفة خلال الفترة من يناير إلى مارس 2020. الطرق: كانت هذه الدراسة عبارة عن دراسة وصفية مستعرضة تعتمد على تصميم الدراسة بالمستشفى تم تسجيل تسعين امرأة حامل في هذه الدارسة . تم جمع البيانات عن طريق ملء استبيان منظم. الاستبيان تم ملؤها بالمشاركين من قبل الباحث بعد أخذ الموافقة المسبقة.تم الحصول على عينات المصل من جميع السيدات الحوامل وتعرضن للإنزيم مقايسة الممتز المناعي المرتبط (ELISA) للكشف عن مضادات المتدثرة الحثرية لأجسام المضادةIgG . النتائج: من بين 90 سيدة حامل ، تم عرض معظمهن في الفئة العمرية ما بين 25 و 35 سنة. تم الكشف ووجود عن الأجسام المضادة لعدوي المدثرة الحثرية في 5.6٪(5/90) من التسعين امرأة حامل . حوالي 69٪ يشتكي (62/90) من مجتمع الدراسة من علامة وأعراض واحدة على الأقل ، جميع السيدات المصابات تشتكي من أعراض آلام الظهر أثناء آلام الحوض ، والإفرازات المهبلية ،Item Detection of Epstein Barr Virus among Lymphoma Patients, Khartoum State, Sudan(Al-Neelain University, 2021) NABIL ESMAT SIDDIGABSTRACT Background Epstein Barr virus (EBV) is a gamma-herpesvirus, which infects more than 90% of world population. Epstein Barr virus is a successful virus that utilizes normal B cell biology to infect, persist, and replicate in B cells. Epstein Barr virus is etiologically associated with a variety of diseases including lymphoproliferative diseases, lymphomas, carcinomas, and autoimmune diseases. Aim Study aimed to detect Epstein-Barr virus Deoxyribonucleic acid in Sudanese patients with lymphoma, in Khartoum State, Sudan, during period from January 2019 To December 2020 Materials and Methods Ninety blood samples were collected from patients attended Radiation &Isotopes Centre- Khartoum (RICK), diagnosed with Hodgkin and Non Hodgkin lymphoma; DNA was extracted, and subjected to Polymerase Chain Reaction test to detect the presence of Epstein Barr virus DNA in each sample. Results Out of 90 cases of Hodgkin lymphoma and Non Hodgkin lymphoma types, 16 (17.8%) were positive To Epstein-Barr virus, when tested using conventional PCR. Among these positive cases, 9/16 (56.2%) were suffering from Hodgkin lymphoma, while the others 7/16 (43.8%) were suffering from Non Hodgkin lymphoma, 10/16 (62.5%) of these positive cases to Epstein Barr virus were males, while the rest 6/16 (37.5%) were females, 6/16 (37.5%) of these positive cases were within age range 1—30 years, 8/16 (50%) were within age range 31—60 years, and 2/16 (12.5%) were within age range 61—90 years, all positive cases within Non Hodgkin lymphoma were B cell Non Hodgkin lymphoma 7/7 (100%) and there were no positive cases with T cell Non Hodgkin lymphoma, The study showed no significant statistical difference between the presence of Epstein Barr virus and type of lymphoma, gender, age and type of Non Hodgkin lymphoma (P. value = 0.45), (P. value = 0.27), (P. value = 0.78) and (P. value = 0.27) respectively. Conclusion In conclusion, the study showed low frequency of Epstein Barr virus DNA among Sudanese patients with Hodgkin lymphoma and Non Hodgkin lymphoma, the frequency was higher in males more than females. ملخص الدراسة خلفية الدراسة فيروس الابشتاين بار يعتبر احد فيروسات الهيربس التي تصيب اكثر من 90% من سكان العالم, يغزو خلايا الدم الابيض الليمفاوية من النوع (ب) يتضاعف داخلها مسببا عدوى مستدامة, يعتبر هذا الفيروس مسبب مرتبط مع مختلف الامراض و السرطانات الليمفاوية و الامراض المناعية الذاتية. الأهداف هدفت الدراسة للكشف عن الحمض النووي منقوص الأوكسجين لفيروس الابستين بار في المرضى المصابين بسرطان الغدد الليمفاويه بولاية الخرطوم, السودان. طرق البحث أجريت هذه الدراسة بولاية الخرطوم, في الفترة من يناير2019 الى ديسمبر 2020, تم جمع 90 عينة دم من المرضى المصابين بسرطان الغدد الليمفاويه من النوعين الهودجكينيه واللاهودجكينيه بمركز الخرطوم للعلاج بالأشعه والطب النووي , تم فصلها للحصول على المصل. ثم استخلاص الحمض النووي منقوص الاوكسجن من المصل,ثم أجري فحص تفاعل البلمرة المتسلسل للكشف عن وجود الحمض النووي منقوص الاكسجين الخاص بالفيروس الابشتاين بار لكل العينات. النتائج من اصل 90 حالة مصابة بسرطان الغدد الليمفاويه, 16(17.8%) كانت نتائجهم موجبة لفيروس البشتاين بار باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل.9/16(56.2%) كانوا يعانون من سرطان الغدد الليمفاويه الهودجكيني بينما 7/16(43.5%) يعانون من سرطان الغدد الليمفاويه اللاهودجكيني.10/16(62.5%) كانوا ذكور بينما البقيه 6/16(37.5%)كانوا اناث. 6/16(37.5%) من الحالات الموجبة كانت في المدى العمري من 1—30 سنة, 8/16(50%) كانوا في المدى العمري من 31—30 سنة بينما 2/16(12.5%) كانوا في المدى العمري من 61—90 سنة. كل العينات الموجبة لمرضى سرطان الغدد الليمفاويه اللاهودجكيني من نوع الخلايا (ب) 7/7 (100%) , بينما المرضى من نوع الخلايا (ت) كانوا سالبين, لقد استنتجت الدراسه انه لا توجد علاقة احصائية معنوية بين وجود الفيروس مع نوع سرطان الغدد الليمفاويه و العمر و الجنس. الخاتمة ختاما اظهرت الدراسه وجود نسبه قليله لفيروس ابشتاين بار بين المرضي السودانيين المصابين بسرطان الغدد الليمفاويه من النوعين الهودجكينيه واللاهودجكينيه وهذه النسبه مرتفعه في الذكور أكثر من الاناث.Item Detection of Human Immunodeficiency Virus among Homeless Population in Khartoum State(Al-Neelain University, 2021-02) Ahmed Elzaki Abakar AliABSTRACT Background: Human Immunodeficiency Virus (HIV) is major public health problems worldwide. Homeless people are at relatively high risk for a broad range of acute and chronic illnesses. Aim: To detect the prevalence of human immunodeficiency virus among Homeless people in Khartoum State, during the period from November 2018 to July 2019. Methods: The current descriptive cross-sectional study was conducted from November 2018 to July 2019, in Abdul Hamid Medical Laboratory in Omdurman; Khartoum State. Enzyme-linked immune sorbent assay (ELISA) was done to determine the presence of human immunodeficiency virus antibodies in homeless serum. Results: The Homeless people tested for HIV via ELISA method, they were 85, 53 of them were males and 32were females. All of them were negative for HIV. Conclusion: In spite of being in risk factors for getting HIV infection (using drugs, alcohol abuse, living in streets most of time, malnutrition and sexual activates), homeless population involved in this study didn’t show positive results for HIV Infection. الخلاصة الخلفية: يعد فيروس نقص المناعة البشرية من مشكلات الصحة العامة الرئيسية في جميع أنحاء العالم. الأشخاص المشردون معرضون لخطر كبير نسبيًا للإصابة بمجموعة واسعة من الأمراض الحادة والمزمنة. الهدف: الكشف عن الانتشار المصلي لفيروس نقص المناعة البشرية بين المشردين بولاية الخرطوم خلال الفترة من نوفمبر إلى يوليو 2019. الطريقة: أجريت هذه الدراسة المقطعية الوصفية في الفترة من نوفمبر 2018 إلى يوليو 2019، في مختبر عبد الحميد الطبي بأم درمان؛ الخرطوم. تم إجراء المقايسة المناعية المرتبطة بالإنزيم لتحديد وجود الأجسام المضادة لفيروسات نقص المناعة البشرية في مصل المتشردين. النتائج: تم اختبار الأشخاص الذين لا مأوى لهم لفيروس نقص المناعة البشرية عبر طريقة المقايسة المناعية المرتبطة بالإنزيم، وكانوا 85 عامًا، 53 منهم من الذكور و32 من الإناث. كلهم كانوا سلبيين لفيروس نقص المناعة البشرية. الخلاصة: على الرغم من وجود عوامل خطر للإصابة بفيروس نقص المناعة البشرية (استخدام المخدرات، العيش في الشوارع معظم الوقت، سوء التغذية والنشاطات الجنسية)، لم يظهر المشردون المشاركون في هذه الدراسة نتائج إيجابية للإصابة بفيروس نقص المناعة البشرية. .