16s Ribosomal RNA Methylation Emerging Aminoglycoside Resistance among Extended Spectrum Beta lactamase Producing Gram Negative Bacteria in Khartoum State

Abstract

Abstract Background: Antimicrobial resistance is a major and increasing global healthcare problem. Since the penicillin introduction, a large number of bacteria have responded to the use of antibiotics with their ability to evolve and transmit antimicrobial resistance to other species. Multi-resistant strains are on the rise worldwide principally due to the spread of genes located on mobile genetic elements, including plasmids, integrons and transposons. Aim: To detect aminoglycoside resistance gene (armA) among extended spectrum Beta - lactamase producing gram negative bacteria from different clinical isolates in Khartoum state. Method: hundred clinical isolates of gram-negative bacteria were collected from (Military Hospital Helipad, East Nile Hospital, Al Saha Specialized Hospital and Ribat University Hospital) different specimens including wounds, urine, sputum, blood, and body aspirates during the period from September to October 2021. Antimicrobial Sensitivity test and ESBL screening test were estimated followed by DNA extraction using boiling method then conventional PCR was performed for armA detection. Result: Hundred clinical specimens were enrolled in this study. The specimens were wound (43), urine (43), blood (7), sputum (2), and body aspirate (5). From these specimens hundred bacteria isolates were collected and re-identified from different clinical microbiology laboratories, E.coli was the most frequent isolate. IV100% (100/100) of clinical isolate were identified to be ESBL. 41% (41/100) were identified to be resisted to one or more aminoglycoside antibiotic (amikacin-gentamycin). 59% (59/100) were identified to be aminoglycoside sensitive. Among resistant strain 2.4% (1/41) of the isolates were positive for armA gene. Among sensitive strain No presence of armA gene 0%. Conclusion: Low prevalence of armA gene (aminoglycoside resistance gene) Among ESBL gram negative Bacteria, the gene was found in the Acinetobacter from wound sample.‫المستخلص‬ ‫‪،‬‬ ‫البنسلين‬ ‫إدخال‬ ‫منذ‬ ‫ومتنامية‪.‬‬ ‫رئيسية‬ ‫عالمية‬ ‫صحية‬ ‫رعاية‬ ‫مشكلة‬ ‫هي‬ ‫الميكروبات‬ ‫مضادات‬ ‫مقاومة‬ ‫‪:‬‬ ‫الخلفية‬ ‫الميكروبات‬ ‫مضادات‬ ‫مقاومة‬ ‫ونقل‬ ‫التطور‬ ‫على‬ ‫بقدرتها‬ ‫الحيوية‬ ‫المضادات‬ ‫لاستخدام‬ ‫البكتيريا‬ ‫من‬ ‫كبير‬ ‫عدد‬ ‫استجاب‬ ‫الأخرى‪.‬‬ ‫الأنواع‬ ‫إلى‬ ‫على‬ ‫الموجودة‬ ‫الجينات‬ ‫انتشار‬ ‫إلى‬ ‫ا‬ ‫س‬ ‫ً‬ ‫أسا‬ ‫ذلك‬ ‫ويرجع‬ ‫العالم‬ ‫أنحاء‬ ‫جميع‬ ‫في‬ ‫المتعددة‬ ‫المقاومة‬ ‫السلالات‬ ‫تتزايد‬ ‫واللينقولات‪.‬‬ ‫‪،‬‬ ‫والإنتيجرونات‬ ‫‪،‬‬ ‫البلازميدات‬ ‫ذلك‬ ‫في‬ ‫بما‬ ‫‪،‬‬ ‫المتنقلة‬ ‫الوراثية‬ ‫العناصر‬ ‫سالبة‬ ‫للبكتيريا‬ ‫المنتجة‬ ‫لاكتاماز‬ ‫بيتا‬ ‫الموسع‬ ‫الطيف‬ ‫بين‬ ‫(‬ ‫‪armA‬‬ ‫)‬ ‫للأمينوغليكوزيد‬ ‫المقاوم‬ ‫الجين‬ ‫عن‬ ‫الكشف‬ ‫‪:‬‬ ‫الهدف‬ ‫الخرطوم‪.‬‬ ‫ولاية‬ ‫في‬ ‫المختلفة‬ ‫السريرية‬ ‫العزلات‬ ‫من‬ ‫الجرام‬ ‫ومستشفى‬ ‫‪،‬‬ ‫العسكرية‬ ‫الهليكوبتر‬ ‫طائرات‬ ‫)مهبط‬ ‫من‬ ‫الجرام‬ ‫سالبة‬ ‫البكتيريا‬ ‫من‬ ‫إكلينيكية‬ ‫عزلة‬ ‫مائة‬ ‫جمع‬ ‫تم‬ ‫‪:‬‬ ‫الطريقة‬ ‫والبول‬ ‫الجروح‬ ‫من‬ ‫مختلفة‬ ‫عينات‬ ‫من‬ ‫الجامعي(‬ ‫الرباط‬ ‫ومستشفى‬ ‫‪،‬‬ ‫التخصصي‬ ‫الساحة‬ ‫ومستشفى‬ ‫‪،‬‬ ‫النيل‬ ‫شرق‬ ‫مضادات‬ ‫حساسية‬ ‫اختبار‬ ‫تقدير‬ ‫تم‬ ‫‪.‬‬ ‫‪٢٠٢١‬‬ ‫أكتوبر‬ ‫حتى‬ ‫سبتمبر‬ ‫من‬ ‫الفترة‬ ‫خلال‬ ‫الجسم‬ ‫ونفطات‬ ‫والدم‬ ‫والبلغم‬ ‫‪PCR‬‬ ‫إجراء‬ ‫تم‬ ‫ثم‬ ‫الغليان‬ ‫طريقة‬ ‫باستخدام‬ ‫النووي‬ ‫الحمض‬ ‫باستخلاص‬ ‫متبوعًا‬ ‫‪ESBL‬‬ ‫فحص‬ ‫واختبار‬ ‫الميكروبات‬ ‫‪.‬‬ ‫‪armA‬‬ ‫عن‬ ‫للكشف‬ ‫التقليدي‬ ‫‪،‬‬ ‫(‬ ‫‪٧‬‬ ‫)‬ ‫دم‬ ‫‪،‬‬ ‫(‬ ‫‪٤٣‬‬ ‫)‬ ‫بول‬ ‫‪،‬‬ ‫(‬ ‫‪٤٣‬‬ ‫)‬ ‫جرح‬ ‫عن‬ ‫عبارة‬ ‫العينات‬ ‫كانت‬ ‫الدراسة‪.‬‬ ‫هذه‬ ‫في‬ ‫سريرية‬ ‫عينة‬ ‫مائة‬ ‫تسجيل‬ ‫تم‬ ‫‪:‬‬ ‫النتيجة‬ ‫مختبرات‬ ‫من‬ ‫عليها‬ ‫التعرف‬ ‫وإعادة‬ ‫بكتيرية‬ ‫عزلة‬ ‫مائة‬ ‫جمع‬ ‫تم‬ ‫العينات‬ ‫هذه‬ ‫من‬ ‫(‪.‬‬ ‫‪٥‬‬ ‫)‬ ‫الجسم‬ ‫ونضح‬ ‫‪،‬‬ ‫(‬ ‫‪٢‬‬ ‫)‬ ‫بلغم‬ ‫شيوعاً‪.‬‬ ‫الأكثر‬ ‫العزلة‬ ‫هي‬ ‫القولونية‬ ‫الإشريكية‬ ‫بكتيريا‬ ‫وكانت‬ ‫‪،‬‬ ‫مختلفة‬ ‫سريرية‬ ‫ميكروبيولوجيا‬ ‫أو‬ ‫لواحد‬ ‫لمقاومتها‬ ‫(‬ ‫‪١٠٠‬‬ ‫‪/‬‬ ‫‪٤١‬‬ ‫)‬ ‫‪٪‬‬ ‫‪٤١‬‬ ‫تحديد‬ ‫تم‬ ‫‪.‬‬ ‫‪ESBL‬‬ ‫لتكون‬ ‫السريرية‬ ‫العزلة‬ ‫من‬ ‫(‬ ‫‪١٠٠‬‬ ‫‪/‬‬ ‫‪١٠٠‬‬ ‫)‬ ‫‪٪‬‬ ‫‪١٠٠‬‬ ‫تحديد‬ ‫تم‬ ‫حساسة‬ ‫أنها‬ ‫على‬ ‫(‬ ‫‪١٠٠‬‬ ‫‪/‬‬ ‫‪٥٩‬‬ ‫)‬ ‫‪٪‬‬ ‫‪٥٩‬‬ ‫تحديد‬ ‫تم‬ ‫جنتامايسين(‪.‬‬ ‫‪-‬‬ ‫)أميكاسين‬ ‫أمينوغليكوزيد‬ ‫الحيوية‬ ‫المضادات‬ ‫من‬ ‫أكثر‬ ‫للأمينوغليكوزيد‪.‬‬ ‫وجود‬ ‫لا‬ ‫الحساسة‬ ‫السلالات‬ ‫بين‬ ‫‪.‬‬ ‫‪armA‬‬ ‫لجين‬ ‫موجبة‬ ‫العزلات‬ ‫من‬ ‫(‬ ‫‪٤١‬‬ ‫‪/‬‬ ‫‪١‬‬ ‫)‬ ‫‪٪‬‬ ‫‪٢.٤‬‬ ‫كانت‬ ‫المقاومة‬ ‫السلالات‬ ‫بين‬ ‫‪.‬‬ ‫‪٪‬‬ ‫‪armA‬‬ ‫‪0‬‬ ‫لجين‬ ‫بيتا‬ ‫الطيف‬ ‫تمديد‬ ‫الغرام‬ ‫سلبية‬ ‫البكتيريا‬ ‫بين‬ ‫الأمينوغليكوزيد(‬ ‫مقاومة‬ ‫)جين‬ ‫أرما‬ ‫جين‬ ‫من‬ ‫منخفض‬ ‫ظهور‬ ‫‪:‬‬ ‫الخلاصة‬ ‫الجرح‪.‬‬ ‫عينات‬ ‫من‬ ‫الاسنيتوباكتر‬ ‫بكتيريا‬ ‫في‬ ‫الجين‬ ‫وجد‬ ‫‪,‬‬ ‫لاكتاماز‬