Association of VNTR polymorphism in intron3 of IL-4 gene and TNFα-308 SNP and non-genetic risk factors with typhoid fever in Khartoum State, Sudan

Abstract

III

ABSTRACT

Host genetic factors may contribute to susceptibility for infectious diseases

in

different populations

.

An

IL4 gene polymorphism was found to be associated with

infection by

M. leprae

and

M. tuberculosis

.

Also a polymorphism in a

proinflammatory gene, tumour necrosis factor

-

α (TNFA

-

308), was recently found

to be associated with susceptibility to typhoid fever. Therefore,

this

community

-

based case

-

control study

was conducted

in Khartoum stat

e of

(

Sudan

)

to determine

whether the

70 b

p of VNTR polymorphism at intron 3 of the IL

-

4 gene,

and SNP

of TNFα308 gene

can

be used as markers of susceptibility to typhoid fever in

Sudanese population.

In addition to identify the

h

ygienic and environmental Risk

factors for typhoid fever in

Khartoum

stat

e

.

Blood

samples were collected from 200 case and 200 randomly selected

community control subjects

matched for gender and age. Participants were

interviewed using standard questionnaire

. Genomic DNA was amplified

through

PCR to determine

the

70 bp of

VNTR polymorphis

m at intron3 of the IL4 gene

.

While the

detection of TNFα308 polymorphism was performed by PCR RFLP

genotyping method.

Significantly increased frequency of variant IL4 ̳3R2R‘ genotype in typhoid

patients (P= 0.045, P<0.05) was observed.

The distribution of TNFα

-

308

genotypes and alleles did not differ significantly between typhoid fever patients

and randomly selected community controls (P ˃0.05).

In both univariant and

multivariant analysis; outdoor

food intake

is dependently associated w

ith typhoid

fever

(OR =3.747, 95% CI 2.340

—

5.999)

. While hand

washing before eating (OR

=1.307, 95% CI 0.578

—

2.954), water supply of house (OR =1.021, 95%CI

IV

0.690

—

1.511) and education (OR =1.090, 95% CI0.709

—

IV

0.690

—

1.511) and education (OR =1.090, 95% CI0.709

—

1.678) were

not

statistically associated with t

he disease.

Our findings suggest that the higher frequency of IL4 ̳3R2R‘ genotype in

typhoid patients suggests a possible association of IL4 VNTR in intron3

polymorphism with susceptibility to typhoid fever.

However indicate no association between typhoid

fever and TNFα

-

308 G/A

polymorphism in Sudanese population.

Further studies for confirmation of

these

finding

s

in other regions of Sudan are

recommended

. Also hygiene education of

restaurants workers as well as monitoring of the street

-

food trade would be

expected to decrease the

incidence

of typhoid fever in Khartoum state.

V

ملخص البحث

قد تساهم العوامل الجٌنٌة للعائل فً قابلٌة إصابتة بالأمراض المعدٌة. فقد وجد ان

ه

هنالك ارتباط بٌن تعدد الأشكال فى جٌن

والإصابة بالمتفطرة الجذامٌة والمتفطرة السلٌة. كما وجد مؤخرا كذلك ان تعدد الأشكال فً جٌن بادئ الإلتهاب عامل

IL4

مرتبط بالقابلٌة للإصابة بمرض حمى التٌفوئٌد. لذلك تم إجراء هذه الدراسة المجتمعٌة المعتمدة

(TNFA

-

308)

نخر الورم

-

α

IL4

من تعدد الأشكال فً انترون

3

م

ن الجٌن

70 bp of VNTR

علً الحالات

-

الضوابط بولاٌة الخرطوم لتحدٌد ماإذا كان

ٌمكن ان تستخدم كعلامات لقابلٌة الإصابة بحمً التٌفوئٌد فى الشعب السودانى.

SNP of TNFα308 gene

و

بالإضافة الى تحدٌد عوامل الخطر الصحٌة والبٌئٌة لمرض التٌفوئٌد فى ولاٌة الخرطوم.

تم جمع ع

ٌنات الدم من عدد

022

من المصابٌن بمرض حمى التٌفوئٌد و

022

من الضوابط التً تم إختٌارها عشوائٌا من نفس

المجتمع مع مراعاة تطابق افراد المجموعتٌن من حٌث النوع والجنس والسن. ولقد أجرٌت مقابلات إستبٌان مع كل

المشاركٌن فً الدراسة بإستخدام إستبٌان قٌاسى.

IL4

تع

دد الأشكال فى إنترون

3

من جٌن

70 bp of VNTR

تم إكثارالحمض النووي بتفاعل انزٌم البلمرة السلسلى لتحدٌد

, تلً ذلك عملٌة الرحلان الكهربائً فً الهلام.

.

PCR RFLP

عن طرٌقة التنمٌط الجٌنى

TNFα308

فى حٌن تم إجراء الكشف عن تعدد الأشكال فى جٌن

.

(P= 0.045, P<0.05)

فً مجموعة المصابٌن

IL4 ̳3R2R‘

لوحظت زٌادة كبٌرة فى تكرار النمط الجٌنى

فى

.

(P ˃0.05)

إختلافا كبٌرا بٌن افراد المجموعتٌن

TNFα308

بٌنما لم ٌظهر توزٌع الأنماط الجٌنٌة والألٌلات فً جٌن

ٌرتبط

(OR =3.747, 95% CI 2.340

—

5.999)

كل من التحلٌل المفرد والمتعدد التبا

ٌن: تناول الطعام خارج المنزل

(OR =1.307, 95% CI 0.578

—

2.954)

بشكل تابع مع حمى التٌفوئٌد ,فً حٌن غسل الٌدٌن قبل تناول الطعام

(OR=1.021, 95%CI 0.690

—

1.511

(

و

التعلٌم

(OR =1.090, 95% CI0.709

—

1.678)

نوعٌة مصدرمٌاة المنزل

لاٌرتبط إحصائٌا مع المرض.

فً مرضى ال

تٌفوئٌد ٌشٌر الً وجود

IL4 ̳3R2R‘

النتائج التى توصلنا إلٌها تشٌر الً ان التكرار الأعلى للنمط الوراثً

وقابلٌة الإصابة بحمً التٌفوئٌد

IL4 gene

إرتباط محتمل بٌن تعدد الأشكال فى إنترون

3

من

فى

TNFα

-

308 G/A

واٌضا تشٌر النتائج الً عدم وجود اي إرتباط بٌن مرض ح

مً التٌفوئٌد و تعدد الأشكال فى

الشعب السودانى.

نوصى بمزٌد من الدراسات لتأكٌد هذة النتائج فى مناطق أخرى من السودان. كما أنة من المتوقع أن ٌنخفض معدل حدوث

إصابات حمً التٌفوئٌد فً ولاٌة الخرطوم بالمزٌد من التثقٌف الصحً لعمال المطاعم هذا فضلا عن رصد تجارة بٌع

الطعام

الغٌر صحى فً الطرقات.