Computational Simulation Identification of Marine-Derived Natural Bioactive Compounds as Replication Inhibitors of Hepatitis B Virus

Abstract

Abstract Hepatitis B is a global infectious disease, that seriously threatens human health. There are mainly interferon and nucleoside analogs treatment for Hepatitis B in the clinical : ‫الخالصة‬ practice, which has certain therapeutic effects on Hepatitis B. Still, its many harmful effects and drug resistance are increasingly reported. The traditional screening ‫رئيسي‬ ‫يوجد‬ .‫خطير‬ ‫بشكل‬ take ‫اإلنسان‬ ‫صحة‬ ‫عالمي‬ ‫هو‬ ‫ب‬ to ‫الوبائي‬ ‫ا‬ ‫اب‬ ‫الته‬ methods of ‫بشكل‬ anti-HBV activity time and ‫يهدد‬ effort and ‫معدي‬ it is ‫مرض‬ difficult obtain ‫لكبد‬ accurate ‫عالجية‬ results. ‫تأثيرات‬ ‫له‬ So, ‫والذي‬ ، ‫السريرية‬ ‫الممارسة‬ ‫في‬ ‫ب‬ ‫اللتهاب‬ and ‫والنيوكليوزيد‬ ‫مضاد‬ ‫عالج‬ screening it is urgently needed to ‫الكبد‬ discover develop ‫للفيروسات‬ novel anti-HBV ‫األدوية‬ ‫قاومة‬ ‫وم‬ ‫الضارة‬ ‫ثار‬ ‫اآل‬ ‫من‬ compounds, ‫العديد‬ ‫عن‬ ‫اإلبالغ‬ ‫يتم‬ ، ‫ذلك‬ ‫ومع‬ . have ‫ب‬ ‫الكبد‬ high ‫التهاب‬ anti-HBV ‫على‬ ‫معينة‬ drugs, ‫بشكل‬ preferably natural product which might ‫ويصعب‬ and ‫وجهدًا‬ ‫وقتًا‬ toxicity ‫ب‬ ‫الكبد‬ with ‫التهاب‬ novel ‫لفيروس‬ antiviral ‫المضاد‬ ‫للنشاط‬ ‫التقليدية‬ ‫الفحص‬ ‫طرق‬ computational ‫تستغرق‬ .‫متزايد‬ efficiency, low mechanisms. In this ‫مضادة‬ ‫جديدة‬ drug-like ‫عقاقير‬ ‫وتطوير‬ ‫الكتشاف‬ ‫ماسة‬ ‫حاجة‬ ‫هناك‬ used ، ‫لذلك‬ to .‫دقيقة‬ ‫فحص‬ Hepatitis ‫ئج‬ ‫نتا‬ ‫على‬ B ‫الحصول‬ study, ‫لفيروس‬ marine-derived natural products were inhibit virus ‫مكافحة‬ ‫في‬ ‫عالية‬ ‫كفاءة‬ ‫يكون‬ ‫قد‬ ‫لتي‬ ‫وا‬ (L-2-hydroxyproline ، ‫طبيعية‬ ‫ات‬ ‫منتج‬ ‫مركبات‬ ‫تكون‬ ‫أن‬ ‫ويفضل‬ ، ‫ب‬ glycine-L- ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ replication. Three novel ‫لها‬ compounds phenylalanine, ، ‫ابية‬ and ‫الحس‬ ‫الدراسة‬ ‫هذه‬ ‫في‬ .‫للفيروسات‬ phenylalanine) ‫مضادة‬ ‫جديدة‬ ‫بآليات‬ were ‫منخفضة‬ ‫وسمية‬ ، ‫ب‬ ‫التهاب‬ ‫فيروس‬ proline, 4- hydroxyproline selected and ‫الكبد‬ subsequently ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫فيروس‬ ‫تكاثر‬ docking ‫لمنع‬ ‫البحرية‬ ‫بالعقاقير‬ ‫الشبيهة‬ ‫الطبيعية‬ ‫المنتجات‬ ‫استخدام‬ ‫تم‬ B. software ‫اختيار‬ ‫تم‬ subjected to molecular using Molecular Operating Environment ‫ديدة‬ ‫ج‬ There ‫مركبات‬ ‫ثالثة‬ docking (L-2-hydroxyproline phenylalanine ‫و‬ ، glycine-L-proline ‫و‬ ، - (MOE). were analyses for L-2-hydroxyproline phenylalanine that 4 have hydroxyproline phenylalanine) ‫بيئة‬ and ‫برنامج‬ binding ‫خدام‬ ‫باست‬ free ‫الجزيئي‬ ‫لاللتحام‬ than ‫الحقًا‬ ‫إخضاعها‬ ‫وتم‬ shown better molecular characteristics energies glycine-L- ‫الجزيئي‬ (MOE). ‫لـ‬ ‫السفن‬ ‫لرسو‬ ‫تحليالت‬ ‫هناك‬ ‫كانت‬ it L-2-hydroxyproline proline and ‫التشغيل‬ 4- hydroxyproline phenylalanine. Additionally, which significant phenylalanine ‫يسين‬ with ‫الجال‬ ‫من‬ ‫ملزمة‬ site ‫وطاقات‬ ‫أفضل‬ of ‫جزيئية‬ ‫خصائص‬ B ‫أظهرت‬ ‫التي‬ - .L- molecular interactions the ‫خالية‬ active residues Hepatitis virus targeted ‫بقايا‬ Furthermore, ‫مع‬ ‫مهمة‬ ‫جزيئية‬ ‫تفاعالت‬ ‫فهي‬ ، ‫ذلك‬ have ‫إلى‬ ‫باإلضافة‬.‫أالنين‬ ‫فينيل‬ compounds ‫برولين‬ ‫هيدروكسي‬ - 4 ‫و‬ ‫برولين‬ protein. the analyses shown two-hit against each ‫التحليالت‬ ‫أظهرت‬ ، ‫لك‬ ‫ذ‬ ‫على‬ ‫عالوة‬ .‫ب‬ ‫الوبائي‬ and ‫الكبد‬ higher ‫التهاب‬ binding ‫لفيروس‬ ‫المستهدف‬ ‫النشط‬ ‫الموقع‬ targeted protein showing stable behavior affinity ‫للبروتين‬ and key residual ‫سلو‬ ‫يظهران‬ ‫مستهدف‬ ‫بروتين‬ ‫كل‬ ‫مقابل‬ ‫ضربتين‬ ‫مركبين‬ ‫وجود‬ ‫وتفاعالت‬ ‫أعلى‬ ‫ارتباط‬ ‫وتقارب‬ ‫مستقرًا‬ molecular interactions. Despite the ‫ا‬ ‫ك‬ limited computational studies, we anticipate that ‫يمكن‬ ‫المحددة‬ ‫النتائج‬ ‫أن‬ ‫نتوقع‬ ‫فإننا‬ ، ‫المحدودة‬ ‫الحسابية‬ the ‫الدراسات‬ ‫من‬ ‫الرغم‬ ‫على‬ .‫رئيسية‬ therapeutics ‫متبقية‬ ‫جزيئية‬ the identified hits could substantially influence development of novel ‫ي‬ ‫ف‬ Hepatitis ‫ب‬ ‫الوبائي‬ ‫التهاب‬ ‫ضد‬ ‫جديدة‬ ‫عالجات‬ ‫تطوير‬ ‫على‬ ‫كبير‬ ‫بشكل‬ ‫تؤثر‬ ‫أن‬ against B in ‫الكبد‬ the future. .‫المستقبل‬ iv‫معينة‬ ‫عالجية‬ ‫تأثيرات‬ ‫له‬ ‫والذي‬ ‫‪،‬‬ ‫السريرية‬ ‫الممارسة‬ ‫في‬ ‫ب‬ ‫الكبد‬ ‫اللتهاب‬ ‫والنيوكليوزيد‬ ‫للفيروسات‬ ‫مضاد‬ ‫متزايد‪.‬‬ ‫بشكل‬ ‫األدوية‬ ‫ومقاومة‬ ‫الضارة‬ ‫اآلثار‬ ‫من‬ ‫العديد‬ ‫عن‬ ‫اإلبالغ‬ ‫يتم‬ ‫‪،‬‬ ‫ذلك‬ ‫ومع‬ ‫ب‪.‬‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫على‬ ‫على‬ ‫الحصول‬ ‫ويصعب‬ ‫وجهدًا‬ ‫وقتًا‬ ‫ب‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫لفيروس‬ ‫المضاد‬ ‫للنشاط‬ ‫التقليدية‬ ‫الفحص‬ ‫طرق‬ ‫تستغرق‬ ‫ب‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫لفيروس‬ ‫مضادة‬ ‫جديدة‬ ‫عقاقير‬ ‫وتطوير‬ ‫الكتشاف‬ ‫ماسة‬ ‫حاجة‬ ‫هناك‬ ‫‪،‬‬ ‫لذلك‬ ‫دقيقة‪.‬‬ ‫فحص‬ ‫نتائج‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫فيروس‬ ‫مكافحة‬ ‫في‬ ‫عالية‬ ‫ءة‬ ‫كفا‬ ‫لها‬ ‫يكون‬ ‫قد‬ ‫والتي‬ ‫‪،‬‬ ‫طبيعية‬ ‫منتجات‬ ‫مركبات‬ ‫تكون‬ ‫أن‬ ‫ويفضل‬ ‫‪،‬‬ ‫المنتجات‬ ‫استخدام‬ ‫تم‬ ‫‪،‬‬ ‫الحسابية‬ ‫الدراسة‬ ‫هذه‬ ‫في‬ ‫للفيروسات‪.‬‬ ‫مضادة‬ ‫جديدة‬ ‫بآليات‬ ‫منخفضة‬ ‫وسمية‬ ‫‪،‬‬ ‫ب‬ ‫‪(L-2-‬‬ ‫جديدة‬ ‫مركبات‬ ‫ثالثة‬ ‫اختيار‬ ‫تم‬ ‫ب‪.‬‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫فيروس‬ ‫تكاثر‬ ‫لمنع‬ ‫البحرية‬ ‫بالعقاقير‬ ‫الشبيهة‬ ‫الطبيعية‬ ‫‪-hydroxyproline‬‬ ‫‪4‬‬ ‫و‬ ‫‪،‬‬ ‫‪glycine-L-proline‬‬ ‫و‬ ‫‪،‬‬ ‫‪hydroxyproline‬‬ ‫‪phenylalanine‬‬ ‫‪(MOE).‬‬ ‫الجزيئي‬ ‫التشغيل‬ ‫بيئة‬ ‫برنامج‬ ‫باستخدام‬ ‫الجزيئي‬ ‫لاللتحام‬ ‫الحقًا‬ ‫إخضاعها‬ ‫وتم‬ ‫)‪phenylalanine‬‬ ‫خصائص‬ ‫أظهرت‬ ‫التي‬ ‫‪L-2-hydroxyproline‬‬ ‫‪phenylalanine‬‬ ‫لـ‬ ‫السفن‬ ‫لرسو‬ ‫تحليالت‬ ‫هناك‬ ‫كانت‬ ‫باإلضافة‬ ‫أالنين‪.‬‬ ‫فينيل‬ ‫برولين‬ ‫هيدروكسي‬ ‫‪-‬‬ ‫‪4‬‬ ‫و‬ ‫برولين‬ ‫‪-‬‬ ‫‪L-‬‬ ‫الجاليسين‬ ‫من‬ ‫خالية‬ ‫ملزمة‬ ‫وطاقات‬ ‫أفضل‬ ‫جزيئية‬ ‫الكبد‬ ‫التهاب‬ ‫لفيروس‬ ‫المستهدف‬ ‫للبروتين‬ ‫النشط‬ ‫الموقع‬ ‫بقايا‬ ‫مع‬ ‫مهمة‬ ‫جزيئية‬ ‫تفاعالت‬ ‫فهي‬ ‫‪،‬‬ ‫ذلك‬ ‫إلى‬ ‫يظهران‬ ‫مستهدف‬ ‫بروتين‬ ‫كل‬ ‫مقابل‬ ‫ضربتين‬ ‫مركبين‬ ‫وجود‬ ‫التحليالت‬ ‫أظهرت‬ ‫‪،‬‬ ‫ذلك‬ ‫على‬ ‫عالوة‬ ‫ب‪.‬‬ ‫الوبائي‬ ‫الحسابية‬ ‫الدراسات‬ ‫من‬ ‫الرغم‬ ‫على‬ ‫رئيسية‪.‬‬ ‫متبقية‬ ‫جزيئية‬ ‫وتفاعالت‬ ‫أعلى‬ ‫ارتباط‬ ‫وتقارب‬ ‫ا‬ ‫ر‬ ‫ً‬ ‫مستق‬ ‫ا‬ ‫ك‬ ‫ً‬ ‫و‬ ‫سل‬ ‫التهاب‬ ‫ضد‬ ‫جديدة‬ ‫عالجات‬ ‫تطوير‬ ‫على‬ ‫كبير‬ ‫بشكل‬ ‫تؤثر‬ ‫أن‬ ‫يمكن‬ ‫المحددة‬ ‫النتائج‬ ‫أن‬ ‫نتوقع‬ ‫فإننا‬ ‫‪،‬‬ ‫المحدودة‬ ‫‪.‬‬ ‫المستقبل‬ ‫في‬ ‫ب‬ ‫الكبد‬