Amna Osman Abdulkader Mustafa2020-10-052020-10-052020-02http://hdl.handle.net/123456789/15841A dissertation submitted in partial fulfillment for the degree of M.Sc. in Biochemistry and Molecular BiologyAbstract Background: Diabetic retinopathy (DR) is a common microvascular complication of diabetes, causing swelling of blood vessels in the eye and leakage in the retina leading to blindness. Vitamin D receptor, which is expressed in avascular endothelial cells of the human retina, acts as a ligand-dependent transcription factor that in complex with hormonally active Vitamin D, the VDR gene play role in vascular pathology pathways that modulate inflammation, which has been implicated in DR etiology. Objective: To determine the association of the vitamin D receptor gene FokI polymorphism (rs2228570) and non-genetic risk factors with diabetic retinopathy in diabetic Sudanese patients. Methods: A hospital-based cross-sectional study, 188 patients with diabetic retinopathy disease (DR) and 122 diabetic as control. Demographic data regarding gender, age, ethnic group, BMI, physical activity, smoking, alcohol consumption, and family history, duration of diabetes mellitus, cardiovascular disease, stroke, kidney disease and hypertension were obtained using well designed questionnaire. Genomic DNA was extracted from the blood samples using guanidine chloride method. The VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism was detected by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) using a FokI restriction enzyme for detect molecular genotyping. The fragments were separated by electrophoresis in 2% gel, results of demographic data obtained were analyzed using SPSS software. Results: The statistical analysis showed that 96 % of the DR cases aged > 40 years with a significant difference when compared to controls (p-value=0.022). Male to female ratio is 56.4% & 43.6% for DR (p-value=0.265), 83.1% and 61.9% of cases and control respectively were diabetes < 5 years with 3 times increased risk of DR (p-value=0.29, OR=3.023). 87.0% of the cases developed diabetic retinopathy within more than 5 years duration of diabetes. A significant difference between cases and controls who have the same duration of diabetes was observed (P-value=0.00) The genotyping analysis of VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism considering the mutant genotype versus the wild genotypes (CC vs TC+ TT). Showed a significantly higher frequency in DR patients compared to the controls, In addition, the mutant VDR FokI (98.4%) allele C was higher (73.9 %) in DR patients as compared to the controls, and the difference was statistically significant (P=0.001) Conclusion: In this study VDR FokI C > T (rs 2228570) gene polymorphism showed a significant association with the predisposition of diabetic retinopathy. Non-genetic risk factors such as the age and duration and type of diabetes were found to be associated with the developing diabetic retinopathy. المستخلص الخلفية: اعتلال الشبكية السكري (DR) هو أحد مضاعفات شائعة للأوعية الدموية من مرض السكري. يسبب تورم الأوعية الدموية في العين وتسريبات في شبكية العين مما يؤدي إلى العمى. مستقبلات فيتامين (د)، والتي يتم التعبير عنها في الخلايا البطانية الوعائية في شبكية العين البشرية، تعمل كعنصر نسخ يعتمد على استقبال فيتامين (د) النشط هرمونيًا، الجين VDRله دور في الأمراض الوعائية التي تسبب الالتهاب وDR. الهدف من الدراسة: تحديد ارتباط تعدد الأشكال FokI (rs2228570) لجينات مستقبلات فيتامين (د) وعوامل الخطر غير الوراثية لدى المرضى المصابين باعتلال الشبكية السكري. الطريقة: دراسة مقطعية مستعرضة في المستشفى، تتضمن 188 مريضًا مصابًا بمرض اعتلال الشبكية السكري (DR) و 122 مريضًا مصابًا بمرض السكري كعنصر تحكم. البيانات الديموغرافية المتعلقة بالعمر والمجموعة العرقية ومؤشر كتلة الجسم والنشاط البدني والتدخين واستهلاك الكحول والتاريخ العائلي تم الحصول على مدة الإصابة بمرض السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية والسكتة الدماغية وأمراض الكلى وارتفاع ضغط الدم باستخدام استبيان مصمم جيدًا. تم استخلاص الحمض النووي الجيني من عينات الدم باستخدام طريقة كلوريد الجوانيدين. تم اكتشاف تعدد الأشكال الجيني VDR FokI C> T (rs 2228570) عن طريق تعدد أشكال طول جزء تقييد تفاعل البوليميراز (PCR-RFLP) باستخدام إنزيم تقييد FokI للتنميط الجيني الجزيئي. تم الفصل عن طريق الرحلان الكهربائي في 2٪ هلام. تم تحليل النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام برنامج SPSS. النتيجة: أظهر التحليل الاحصائي أن 96٪ من الحالات المصابة بداء السكري كانت في سن أكبر من 40 مع وجود اختلاف كبير عند مقارنتها بالكونترول (p = 0.022) ولم يبلغ عن أي فرق بين الجنسين بين المجموعتين (p = 0.265) 83.1 ٪ ، 61.9 ٪ من الحالات المصابة والسليمة وعلى التوالي لديهم مرض السكري أقل من خمس سنوات 3 مرات يؤدي زيادة خطر الإصابة باعتلال الشبكية السكريP-value) = 0.29 ، أوOR = 3.023( 87.0 ٪ من الحالات عرضه للإصابة باعتلال الشبكية السكري خلال أكثر من 5 سنوات من اصابتها بمرض السكري. لوحظ وجود اختلاف كبير بين الحالات المصابة والسليمة التي لها نفس مدة الإصابة بمرض السكري (قيمة P = 0.00) أظهر التحليل الجيني لتعدد الأشكال VDR FokI T> C (rs 2228570) بالنظر إلى التركيب الوراثي الطبيعي مقابل الطرز الوراثية المعدل (CC TC + TT)، ارتفاعًا ملحوظًا في مرضى DR مقارنةً بالضوابط، بالإضافة إلى ذلك، أظهر FokI (98.4٪) كان أليل C أعلى (73.9٪) لدى مرضى DR مقارنةً بعناصر التحكم، وكان الاختلاف ذا دلالة إحصائية (P = 0.001) الخلاصة: أظهرت هذه الدراسة وجود ارتباط كبير من تعدد الأشكال VDR FokI T > C (rs2228570) مع قابلية الإصابة باعتلال الشبكية السكري.والعوامل غير الوراثية مرتبطة بتأثير اعتلال الشبكية السكري مثل العمر ومدة ونوع مرض السكريBiochemistryMolecular BiologyThesis