Comparative study of Genetic Algorithm and Dynamic Programming of DNA Sequence Alignment

Abstract

Abstract: Sequence alignment is one of the most widely used techniques for DNA sequence comparison, and an important facet of molecular sequence analysis.DNA sequence alignment it takes longer time , effort and requires efficient algorithms to find better solution. The aim of this research is to identify the best between the dynamic programming and Genetic Algorithm. The descriptive analytical approach was followed in this research and the use of C# as the programming language for implementation. The results have shown that a dynamic programming gives a perfect Solution in the longer time, while genetic algorithm gives an approximate solution in less time. and the use of genetic algorithm is better than the dynamic programming in the time of execution. Keywords:- DNA Sequence, Alignment, Genetic Algorithm, Dynamic Programming, Pairwise Sequence alignment, Multiple Sequence alignment. المستخلص: تعد محاذاة السلاسل واحدة من أكثر التقنيات المستخدمة على نطاق واسع لمقارنة سلاسل ال DNA , وهو جانب مهم في تحليل السلاسل الجزيئية.وتستغرق محاذاة سلاسل الDNA جهد و وقتً أطول وتتطلب خوارزميات فعالة لإيجاد حل افضل. يهدف البحث الى تحديد الأفضل من بين البرمجة الديناميكية والخوارزمية الجينية, وتم إتباع المنهج الوصفي التحليلي في هذا البحث وأستخدم لغة الC# كلغة برمجة للتنفيذ. وقد أظهرت النتائج أن البرمجة الديناميكية تعطي حل دقيق في زمن أطول بينما تعطي الخوارزمية الجينية حلي تقريبي في زمن أقل. وأن استخدام الخوارزمية الجينية أفضل من البرمجة الديناميكية في وقت التنفيذ.