كلية الطب والعلوم الصحية
Permanent URI for this communityhttps://repository.neelain.edu.sd/handle/123456789/487
Browse
2 results
Search Results
Item Spoligotyping patterns and drug resistant of Mycobacterium tuberculosis in Sudan(Al-Neelain University, 2009) Ghada Suliman Sharaf-EldinABSTRACT . Sudan has a high burden of tuberculosis with an estimated 93,000 new cases each year. The purpose of this study was to investigate the genotypic patterns of M. tuberculosis strains circulating in Sudan and to assess their susceptibly to anti-tuberculosis drugs. Isolates from 237 smear positive tuberculosis patients were collected from different geographic regions of the country. Spoligotyping was performed by the Kamerbeek method and results were compared with the international SpolDB4 database (Institut Pasteur, Guadeloupe). Results revealed 28 clusters ranging in size from 12 to 57 isolates. Seventy unique (unclustered) strains were observed, representing 30% of the strains examined. The most frequently observed spoligotype patterns belonged to the CAS family which represented 115 (48.5%) of isolates studied. T1, H3, U and Beijing strains were found in 12 (5.1%), 11 (4.6%), 7 (3%) and 6 (2.5%) patients respectively. Strains belonging to the Beijing family were found mainly in Western Sudan. Resistance to isoniazid, rifampicin, ethambutol and streptomycin was observed in 18.1, 22.4, 22.2 and 32% of strains respectively. Twenty patients (8.4%) had MDR-TB of which 10 were new cases. Seventeen patients with rifampicin resistant tuberculosis were infected with CAS1-DELHI strains matching SIT 25 of the SpolDB4 database and 3 were of the SIT 1 Beijing family. 15 loci MIRU-VNTR typing subdivided the 17 CAS strains into one cluster of 5, two clusters of 2 and 8 individual MIRU types. Similarly the 3 Beijing spoligotypes were differentiated into a cluster of 2 and a single strain. x The use of molecular strain typing provides a proactive approach that may be used to initiate, and not just augment, traditional surveillance outbreak investigation in Sudan. However, caution must be used when interpreting clustered spoligotype patterns in this region. xi مستخلص يقدر عدد الحال ت الجديدة من المصابين بمرض السل الرئوي كل عام بحوالي 93 ألف حالة. تهدف هذه الدراسة إلى إجراء اختبارا ت تنمط نوعي على عينا ت من سلل ت الجراثيم الدقيقة المنتشرة في السودان ، إضافة إلى عمل تقييم قابلية استجابتها لعقاقير المضادة لحال ت السل الرئوي . تم عزل اللطاخا ت الموجبة لعدد 237 مريض من مرضى السل الرئوي الذين تم جمع عيناتهم من مناطق جغرافية مختلفة من القطر . حيث تم إجراء عمليا ت التنميط النوعي بواسطة طريقة كامربيك وتم إجراء مقارنة مع قواعد بيانا ت ذا ت معايير دولية تمثلت في معهد باستير قوادالوبي . أظهر ت النتائج أن إجمالي المجموعا ت المفحوصة بلغ 28 مجموعة تفاوتت أحجام العزل لها بين 12 إلى 57 . ولوحظ أن هناك 70 نوعاً من النواع الفريدة من تلك السلل ت غير المنضوية تحت عوائل مجموعة محددة وأن ما نسبته 30 %من تلك السلل ت قد أجريت عليه الختبارا ت . وقد لوحظ أن أكثر النماذج التي أجريت عليها اختبارا ت التنميط النوعي تعود لعوائل موطنها الصلي أواسط قارة آسيا ، وقد أجريت عليها دراسا ت عزل قد بلغت في مجملها 115 دراسة ـ أي ما نسبته 48 ، %فيما وجد أن عدد ونسبة المر ضى المصابين بالسل الرئوي من سلل ت توسكاني 1 ، هارليم 3 ،يورال وبيجينغ قد بلغت 12 ) بنسبة 1.5 ، (%11 ) بنسبة 6.4 ، (%7) بنسبة 3 (%و 6) بنسبة 5.2 (%على التوالي. وتتواجد السلل ت التي تنتمي إلى عائلة بيجينغ بصفة رئيسية في غرب السودان. حيث لوحظ أن نسبة تواجد مقاومة العزل ، للريفامبيسين ، إثامبيوتول والستريبتومايسين في بعض العوائل بلغت 1.18، 4.22 ، 2.22 وبنسبة إجمالية 32 %على التوالي . عشرون من مرضى السل الرئوي وجد أن لديهم خاصية مقاومة عقاقير متعددة للمرض وبما نسبته (4.8 (%سجلت عشرة حال ت منهم كحال ت جديدة. أثبت المسح أن سبعة عشر مريضاً ممن يتناولون مضاد الريفامبيسين للسل الرئوي مصابون بالمرض الذي ينحدر من عوائل يعود موطنها الصلي لواسط قارة آسيا – دلهي حيث يتطابق ذلك مع 25 منهم 4 شملهم الفحص بواسطة قواعد البيانا ت SpolDB و 3 من النواع الشائعة ST من عائلة بيجينغ حيث جاء التقسيم الفرعي لـ 17 سللة تحت سللة رئيسية واحدة من أصل 5 ، سللتان من أصل إثنين و 8 من السلل ت الفردية أصبح تحت فرع العوائل المستجيبة لنواع الـميرو MIRU . وعلى ذا ت المنوال انفصل التنميط النوعي لسللة بيجينغ إلى سللتين وسللة فردية واحدة .إن استخدام التنميط الجزئي للسللة يوفر طرق فعالة من تلك الطرق التي يستهل بها تصنيف العوائل السللية وليس الدمج فحسب، بل حتى في طرق الرقابة التقليدية للمسوحا ت المنتشرة في السودان . وفي ذا ت الصدد ؛ يجب أخذ الحيطة عند عمل التحاليل التفسيرية لنماذج التنميط لعوائل المجموعا ت في هذه المنطقة.Item Spoligotyping patterns and drug resistant of Mycobacterium tuberculosis in Sudan(Al Neelain University, 2009) Ghada Suliman Sharaf-Eldin. Sudan has a high burden of tuberculosis with an estimated 93,000 new cases each year. The purpose of this study was to investigate the genotypic patterns of M. tuberculosis strains circulating in Sudan and to assess their susceptibly to anti-tuberculosis drugs. Isolates from 237 smear positive tuberculosis patients were collected from different geographic regions of the country. Spoligotyping was performed by the Kamerbeek method and results were compared with the international SpolDB4 database (Institut Pasteur, Guadeloupe). Results revealed 28 clusters ranging in size from 12 to 57 isolates. Seventy unique (unclustered) strains were observed, representing 30% of the strains examined. The most frequently observed spoligotype patterns belonged to the CAS family which represented 115 (48.5%) of isolates studied. T1, H3, U and Beijing strains were found in 12 (5.1%), 11 (4.6%), 7 (3%) and 6 (2.5%) patients respectively. Strains belonging to the Beijing family were found mainly in Western Sudan. Resistance to isoniazid, rifampicin, ethambutol and streptomycin was observed in 18.1, 22.4, 22.2 and 32% of strains respectively. Twenty patients (8.4%) had MDR-TB of which 10 were new cases. Seventeen patients with rifampicin resistant tuberculosis were infected with CAS1-DELHI strains matching SIT 25 of the SpolDB4 database and 3 were of the SIT 1 Beijing family. 15 loci MIRU-VNTR typing subdivided the 17 CAS strains into one cluster of 5, two clusters of 2 and 8 individual MIRU types. Similarly the 3 Beijing spoligotypes were differentiated into a cluster of 2 and a single strain. x The use of molecular strain typing provides a proactive approach that may be used to initiate, and not just augment, traditional surveillance outbreak investigation in Sudan. However, caution must be used when interpreting clustered spoligotype patterns in this region