Browsing by Author "Samar Osman Ali Elfadul"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    A Comparison of Diagnostic Techniques and Study of Duffy Antigen Receptor for Chemokines Gene Polymorphisms in Plasmodium Vivax Malaria Patients in Khartoum State
    (2017) Samar Osman Ali Elfadul
    Abstract This study was carried out in Khartoum state in November 2014 –July 2017. Sensitivity and specificity of techniques used in diagnosis of P. vivax malaria were compared. A total of 422 blood samples were examined by direct microscopic examination of thin and thick blood films for P.vivax malaria, with a subset also examined by nested polymerase chain reaction (PCR) and pLDH based rapid diagnostic tests (RDTs). Results of these diagnostic methods were compared. A total of 216 samples were positive, and 206 were negative for P.vivax by microscopy. When compared to the results of microscopy, pLDH based RDTs had sensitivity and specificity of 86% and 88% respectively, and nested PCR had sensitivity and specificity of 93% and 94% respectively. Moreover nested PCR detected P. falciparum DNA in 29 out of 216 P. vivax positive blood films which were not detected in blood films, making it the most sensitive technique in detection of mixed infection. Microscopy is a reliable method in rural areas where malaria is often seen, but RDT’s offer a good alternative method for remote areas where no facilities for microscopy are povided, but results of both techniques are affected by several factors, development of an easy and cheap molecular detection system makes it promising tools for the near future. In this study a total of 216 P.vivax malaria patients and 206 malaria negative individuals used as a control group were used to assess the correlation between DARC gene polymorphisms and P.vivax malaria infection using PCR amplification specific sequence primers (PCR-SSP), serological technique using anti-fya and anti-fyb antibodies and indirect anti- globulin technique. Duffy blood group genotype (FYBES/ FYBES) which is responsible for negative Duffy blood group was detected in both P.vivax malaria positive and negative groups, but it is prevalence was higher in control group. There was a significant difference between the two groups for the distribution of genotypes FYB / FYA and FYB / FYBES (P ≤0.001). For the FYA / FYA, FYB/FYB and FYA /FYBES genotypes, the results demonstrated no significant difference. FYAES allele was not detected in study population. This provided evidence that, negative Duffy blood group is not a barrier to P. vivax malaria in Khartoum state in the far future. This finding reinforces the idea that this parasite is able to use receptors other than Duffy receptors to invade erythrocytes. P. vivax strains were identified using PCR amplification and Restriction enzymes fragment length polymorphism (RFLP) technique. P. vivax strains: VK247 and VK210/classic were the causes of P. vivax malaria in Khartoum state while P. vivax-like strain were not found. The two strains were able to infect all Duffy blood group erythrocytes without specification. There is a real need to monitor the distribution of P.vivax malaria, and to conduct further studies to identify the parasite and host molecules that enable this Duffy independent P.vivax invasion of human erythrocytes. الخلاصة يعد التشخيص المجهري التقنية المثلي في المناطق التي تنتشر فيها الملاريا و تتوفر فيها المعدات و الاحتياجات اللازمة لاستخدام لطخات الدم والمجهر, فيما يعد التشحيص المناعي السريع البديل الانسب في المناطق التي لا تتوفر فيها الاحتياجات اللازمة للتشخيص المجهري, و لكن نسبة لتاثر نتائج هذين الاختبارين بالعديد من العوامل, فإن تطوير تقنية تعتمد علي الكشف عن الاحماض النووية لطفيل الملاريا لتكون اسهل أداءا و أقل تكلفة يعد من أهم الانجازات في تشخيص مرض الملاريا. تم إجراء هذة الدراسة في ولاية الخرطوم في الفترة ما بين نوفمبر2014 إلي يوليو 2017 حيث تم إختبار 422 عينة دم عن طريق التشخيص المجهري للطخات الدم الرقيقة و السميكة و عن طريق التشخيص المناعي باستخدام تقنية كشف المستضدات السريعة , و التقنيات الجزئية باستخدام تفاعلات البلمرة. و من ثم تمت المقارنة بين تقنيات التشخيس الثلاث باستخدام تقنية لطخات الدم كطريقة مرجعية. تم التعرف علي الاطوار الدموية للملاريا المتصورة النشطة في 216 عينة باستخدام التشخيص المجهري , فيما جاءت بقية العينات بنتيجة سالبة و عددها 206. عند مقارنة تقنية كشف المستضدات السريعة مع التشخيص المجهري, حصل التشخيص المناعي علي نسبة حساسية و دقة بلغتا 86% و 88% علي التوالي. فيما حصل التشخيص الجزيئي علي حساسية بلغت 93% و دقة 94%, بالاضافة إلي ذلك نجحت هذة التقنية في الكشف عن 29 عينة من الملاريا المتصورة المنجلية بين مرضي المتصورة النشطة و التي لم يتم الكشف عنها في لطخات الدم, ما يجعلها التقنية الاكثر حساسية في الكشف عن الاصابات المختلطة لهذين النوعين من الملاريا, لذلك فان تطوير اختبار اكثر سهولة للاداء و اقل تكلفة يجعل من هذة التقنية الامثل لتشخيص مرض الملاريا. في هذة الدراسة تصنيف أنوع العلاقات بين الإصابة بالملاريا المتصورة النشيطة ومورثات مستقبلات المحفزات الكيميائية المناعية ( الكيموكاينات) من النوع دوفي و الذي هو المستقبل الوحيد علي غشاء كريات الدم الحمراء الذي يسمح بدخول هذا الطفيل إليها. مؤخرا تم تسجيل العديد من حالات الإنتشار للإصابة الحادة بالملاريا المتصورة النشطة في مناطق لم يكن هذا الطفيل منتشرا فيها نسبة لسيادة فصيلة الدم السلبية لمستقبلات الدفي. تم إخضاع مرضي ملاريا المتصورة المنجلية و عددخم 216, و مجموعة الاصحاء من واهبي الدم لاختبارات زمرة الدم من النوع دوفي و من ثم المقارنة بين المجموعتين لإيجد العلاقة بين زمر الدم من النوع دوفي و الاصابة بملاريا المتصورة النشطة. تمت إختبارات زمرة الدم عن طريق التفاعلات المناعية باستخدام الاجسام المضادة للزمرتين fy-a و fy-b عن طريق تقنية تفاعلات التجلط غير المباشر. كما تم اختبار مورثات مستقبلات المحفزات الكيميائية المناعية من النوع دوفي عن طريق تفاعلات البلمرة و تفاعلات الممهدات التسلسلية المتخصصة و قد كشفت نتائج هذة الإختبارات عن وجود المورثات المسئولة عن زمرة الدوفي السالبة(FYBES/FYBS) في المجموعتين و لكن كانت نسبة وجودها إحصائيا في مجموعة الاصحاء أعلي من نسبة وجودها في مرضي ملاريا المتصورة النشطة. فيما كانت نسبة المورث FYB / FYBES أعلي بين الصحاء ونسب المورث FYB / FYA أعلي بين مرضي المتصورة النشطة. أما المورث المسئول عن زمرة الدوفي فئة fya (FYA/FYA and FYA/FYBES ) فقد كانت نسبة وجودهما لا تختلف إحصائيا بين المجموعتين. و من ناحية أخري لم يتم الكشف مطلقا عن وجود المورث من النوع FYAES في المجموعتين مطلقا. أكدت هذة النتائج إمكانية اصابة كريات الدم الحمراء ذات زمرة الدوفي السالبة بملاريا المتصورة النشطة, و ان هذة الزمرة السالبة لن تكون من أسباب مقاومة الإصابة بملاريا المتصورة النشطة علي المدي الطويل في ولاية الخرطوم, و تتفق هذة النتائج مع النظرية الحديثة بمقدرة المتصورة النشطة الدخول الي كريات الدم الحمراء بإستخدام مستقبلات أخري غير المستقبلات الكيميائية المناعية من النوع دوفي وهذا سيكون له تاثير كبير علي نسبة انتشار هذا النوع من الملاريا في إفريقيا. من ناحية أخري, تم إخضاع العينات المصابة بملاريا المتصورة النشطة لإختبارات البلمرة و تعتعدد أشكال أطوال القطع الإنزيمي لمعرفة سلالات ملاريا المتصورة النشطة في ولاية الخرطوم و علاقة هذة السلالات بزمر الدوفي المختلفة, و قد تم الكشف عن وجود سلالتين هما: VK247 و VK210/classic فيما لم يتم الكشف مطلقا عن السلالة P. vivax-like. فيما لم يتم الكشف مطلقا عن وجود علاقات إحصائية مختلفة للسلالتين مع زمر الدوفي المختلفة.
  • Thumbnail Image
    Item
    A Comparison of Phenol - Chloroform -Isoamyle, Saturated Sodium Chloride, Guanidine Hydrochloride and Chelex-100 for DNA Extraction from Human Blood Samples
    (Al-Neelain University, 2012) Samar Osman Ali Elfadul;
    Abstract This study was carried out in Faculty of Medical laboratory Science in Alneelain University, during the period June-July 2010. It was aimed to compare between four DNA extraction methodes, including phenol-chloroform-isoamyle, guanidine hydrochloride, saturated sodium chloride, and chelex-100 using 50 blood samples collected from healthy faculty students. The comparison included DNA concentration, extracted DNA purity, cost reagents per one sample, and time consuming. The result showed that, the highest mean of DNA concentration was obtained by using saturated NaCl (76.164 μg/ml), by chelex-100 (45.322μg/ml), phenol-chloroform-isoamayle (44.68μg/ml) and lastly guanidine hydrochloride (14.438μg/ml). The mean of optical densities 260nm/280nm ratio was calculated to assess extracted DNA purity, it was maximum in case of Chelex-100 (1.288), phenolchloroform-isoamayle (1.786), saturated NaCl (1.884), and lastly guanidine hydrochloride (2.002). In term of cost per one sample, guanidine hydrochloride was the highly cost method (15 SDG) followed by chelex-100 (10 SDG), then phenol-chloroform-isoamyle (6 SDG) and lastly saturated NaCl (4 SDG). Guanidine hydrochloride took the longest time for DNA extraction (4 days), phenolchloroform-isoamayle (3 days), saturated NaCl (2 day), and chelex-100 took one day (two hours). After a comprehensive analysis of all factors: salt extraction gave the maximum yield of DNA, it is saver and simpler than the other methods. Moreover, this method is reliable and inexpensive. But its purity is slightly low. Phenol-chloroform-isoamyl extraction method give reliable quantity and purity of the DNA extracted. But it takes a time and labor in obtaining pure extract. Moreover, its associated toxicities warrant a judicious use. IV Chelex-100 resin extractions gave a DNA quantity as well as phenol-chloroformisoamyle extraction. It is save, simple, does not require any organic solvent, and takes very short time and a little possibility of cross contamination. But it is expensive. Guanidine hydrochloride extraction is an expensive method taking a long time with a low quantity and quality of the DNA obtained.