Browsing by Author "Hajir Sir Elkhatim Hamid Mukhtar"

Now showing 1 - 2 of 2

Molecular diagnosis of Extrapulmonary Tuberculosis from Blood specimens among patients attending El-shaab Teaching Hospital A
(AL-Neelain University, 2011) Hajir Sir Elkhatim Hamid Mukhtar
ABSTRACT Background Tuberculosis prevalence and mortality rates are increasing specially for the CNS infection which is life threatening and when it involves the spine it has the potential to cause serious morbidity, including permanent neurologic deficits and severe deformities and brain tuberculoma usually lead to death. Extrapulmonary TB accounts for approximately 10% of tuberculous infections (3). Material & Methods: This quantitative descriptive case study hospital based conducted at Elshaab Teaching Hospital National Center for Neurological sciences (NCNS) between August 2009 and November 2010. PCR technique was used to diagnose 121 patients suspected to have Pott's disease or brain tuberculomata, for the positive PCR patients who had antituberculus for 9 to 12 month after diagnosis another PCR was done. A group of healthy people who received BCG vaccine were included in this study as control group to correlate the PCR results with the BCG vaccination. Blood samples were collected & DNA was extracted for the PCR . The primers used for the amplification were originally designed from sequences which are repeated several (10 to 16) times in the chromosome of M. tuberculosis then polymerase chain reaction (PCR) was used. The analysis of data based on 121 cases was analyzed using SPSS package. Frequencies of age group, gender & blood PCR for diagnosis of tuberculoma, Potts & other extrapulmonary TB were obtained. Cross-tabulation between blood PCR & histopathology results after surgical operation were also obtained The results: Gender distribution of the studied population revealed 71(58.7%) males and 50(41.3%) females. About 36% (n 43) of the study group were between ages of 41-60 year followed by age group of 21-41 year 31.4% 7 Patients suspected to have brain tuberculoma were sixty three (52.1%), Pott's disease were forty nine (40.5%) and other extrapulmonary tuberculosis were only nine (7.4%). The results of the PCR for M. tuberculosis from blood sample of the121 patients were positive in 60(49.6%) patients and negative in 61(50.4%) patients. blood PCR for M. tuberculosis for 121 patients revealed that the most frequent positive PCR was found among Pott’s disaess that represent 23.9% (n 29) followed by Tuberculoma 21.4% (n 26) & other extrapulmonary tuberculosis 4.1% (n 5) The follow up of patients was made for the positive PCR patient making another PCR after six month to one year of starting anti-tuberculous (labeled as PCR2 in the tables) and also the patient who have had surgery in the NCNS their histopathology results were compared with our PCR results. From 60 positive PCR 23 patient were improved and get healthier after taking anti- tuberculous, 1 was not improved (stopped the treatment) and 11 died after staring. Conclusion and Recommendations Recommendations PCR for M. tuberculosis from blood specimen is recommended for diagnosis of patients suspected to have brain tuberculoma or Pott's disease according to their symptoms and their MRI findings. الملخّص تعتبر معدلات انتشار السل والوف اٌت به فى تزا دٌ خص صٌا عند اولئك الذ نٌ كانت اصابتهم بالجهاز العصب المركزي والتى تعتبر من الاصابات المهدده للح اٌة، كما انها تسبب اعتلالات خط رٌه بالعمود الفقري ، بما ف ذلك العجز دائم والتشوهات الشد دٌة وسل الدماغ الذى ؤٌدي عادة إلى الموت. تشكل نسبة السل خارج الرئة حوال 01 ٪ من حالات العدوى السل ةٌ. العينة وطرق البحث: اجر تٌ هذه الدراسة بمركز امراض الجهاز العصبى بمستشفى الشعب التعل مٌى فى الفترة ب نٌ اغسطس 2009 حتى نوفمبر 2010 وتم جمع 121 ع نٌة دم من مرضى تم تشخ صٌهم سر رٌ اٌ - ثم بواسطة الرن نٌ المغنط سٌى لاجراء تحل لٌ حامض الدنا لبكتر اٌ الدرن المتفطرة بواسطة اختبار تفاعلات البلمرة المتسلسله كما تم اخذ ع نٌات دم اخرى من اولئك الذ نٌ كانت نتائج التحل لٌ الاول لهم ا جٌاب ةٌ. تم اخذ ع نٌات دم من اصحاء لا عٌانون من اى من الامراض المذكوره وتلقوا جرعات من مصل الدرن BCG النتائج:تتراوح اعمار الذ نٌ شملتهم الدراسة ب نٌ اقل من عشر نٌ عام حتى 65 عام وشكلت نسبة الذ نٌ تتراوح اعمارهم ب نٌ 60 41 سنة - 35.6% تل هٌا المجموعة العمر ةٌ ب نٌ 40 21 عام ح ثٌ - شكلت نسبة 3114 %. كانت نسبة الذكور اعلى قل لٌا فى مجموعة الدراسة ح ثٌ شلكت نسبة %5817 مقارنة مع 4113 % للاناث. اعتمادا على التشخصٌ السر رٌى والكشف باشعة الرن نٌ المغناط سٌى تم تصن فٌ الذ نٌ شملتهم الدراسة الى ثلاثة مجموعات هى مرض بوتس، ح ثٌ شكل نسبة السل ةٌ الدماغ ةٌ tuberculoma نسبة 5211 % تل هٌا مرض بوتس 4015 % ثم انواع اخرى من السل خارج % الرئة شكلت نسبة 714 9 عند اجراء تحل لٌ PCR لع نٌات 121 كانت نسبة التحل لٌ ا جٌاب ةٌ عند 4916 % من المرضى الذ نٌ شملتهم الدراسة مقارنة ب 5015 % كانت نتائجهم سلب ةٌ التحل لٌ. % وتوزعت ا جٌاب ةٌ الاختبار ب نٌ مرض بوتس 2319 %، و السل ةٌ الدماغ ةٌ 2114 وتم متابعة المرضى الذ نٌ كانت نتائجهم إ جٌاب ةٌ ح ثٌ تم اجراء تحل لٌ PCR لهم بعد ستة أشهر حتى عام واحد بدءا من مكافحة السل )وصفها بأنها PCR2 ف الجداول( ، وكذلك المرضى الذ نٌ لد هٌم لعمل ةٌ جراح ةٌ ف NCNS تمت مقارنة نتائجها اله سٌتوباثولوج اٌ مع نتائجنا PCR . 23 من 60 PCR إ جٌاب ةٌ المرضٌ تحسنت صحة والحصول بعد أخذ مكافحة السل، لم تحسن 1 )أوقف المعالجة(، وتوف بعد 11 التحد قٌ
Polymorphisms in Cell Receptors Associated with Susceptibility to Tuberculosis
(Neelain University, 2018) Hajir Sir Elkhatim Hamid Mukhtar
Abstract Background: Tuberculosis is a chronic, systemic infectious disease caused by M. tuberculosis as pulmonary tuberculosis in the lung or alternate body sites leading to Extra-Pulmonary Tuberculosis (EPTB). Several candidate genes have been examined for association to susceptibility of TB development after infection.Vitamin D receptor VDR gene mutation has been considered as a risk factor in TB infection and/or disease in several populations. Other studies have found inconsistent results for association of TB disease withToll-like receptor2(TLR2). The Purinergeric receptor P2X, Ligand-gated ion channel, 7 P2X7 receptor expressed in a wide variety of normal and disease-associated cell types, activated by extracellular adenosine 5’-triphosphate results in numerous events including the release of pro-inflammatory mediators, cell proliferation or death, and killing of intracellular pathogens. A deﬁciency of P2X7-mediated control of mycobacterial infection within macrophages in the lung may permit spread to extrapulmonary sites. The association of P2X7 deficiency and EPTB has not been investigated in Sudanese patients. The aim of this study is to detect the genetic polymorphisms in TLR2,VDR and P2X7 and its association with PTB and EPTB in Sudanese patients. Material and methods:All 120 Sudanese patients diagnosed with pulmonary and extra pulmonary TB who attended the NCNS during the period from August 2015 to January 2017 were included in the study. In addition, apparently healthy controls were recruited for comparison. PCR-RELP technique was used for genotypingTLR2 polymorphism G to A (Arg753Gln), P2X7 gene polymorphism 1513 A/C andVDR gene polymorphisms BsmI, FokI and ApaI. And samples sent for sequencing. Results: One hundred and twenty patients,66 with PTB and 54 with EPTB plus 46 controls wereincluded. The mutant genotype AA and GA for the TLR2 polymorphism G to A (Arg753Gln)weresignificantly associated with TB infection odd ratio (27) at the gene TLR2 (Arg753Gln), that polymorphism was not detected among the control group and no specific allele associated with the sites of tuberculosis infection. Novel mutation was detected in the TLR2 gene from sequencing in addition to rs182578104 and rs376311320 were also detected in the patients. In the P2X7 gene the studied polymorphism 1513A/C was significantly associated with tuberculosis infection (CC, AC OR=4.615, 2.058). The CC, AC alleles weresignificantly associated with the Extrapulmonary tuberculosis infections OR (2.65). Other polymorphisms rs2230912 was detected from sequencing results in P2X7 gene. The VDR-ApaI polymorphism mutant genotype aa and Aa were associated with TB infection odd ratio (1.687) & (7.00) respectively when compared to the control group while the genotype Aa was associated with the pulmonary Tuberculosis, OR= (3.659). In VDR- FokI the mutant genotype ff and Ff were associated with Pulmonary Tuberculosis, OR= (1.300) and (1.238) respectively. Sequencing results for VDR gene showed five additional mutations rs731236, rs11574114, rs11574113 and twonovel mutations within the region of VDR-ApaI region, and rs10783218 was detected on VDR-FokI. The BsmI polymorphism in VDR gene was significantly associated with tuberculosis infection (P=0.00) and the heterozygous allele Bb is associated with susceptibility to tuberculosis infection with odd ratio (4.681). The pulmonary tuberculosis was associated with the VDR-BsmI heterozygous Bb allele odds ratio (1.319) while the bb allele was associated with the extrapulmonary tuberculosis infectionsodd ratio(1.7). Conclusion:The studied polymorphisms within TLR2 gene were associated with TB infection and novel mutation was detected. The genotype CC in P2X7 1513A/C was associated with susceptibility to TB infections among Sudanese patients and associated with the extrapulmonary TB. In the VDR-BsmI the b allele was associated with susceptibility to TB infections among Sudanese patients to the extrapulmonary TB; the genotype Aa in the VDR-ApaI wassignificantly associated with TB and with Pulmonary TB. For the VDR-FokI the genotype Ff was associated with Pulmonary TB. Sequencing of VDR gene detectedtwo novel mutations within the ApaI. ملخص الدراسة خلفية السل مرض مزمن تسببة بكتريا المتفطرات وله انواع منها السل الرئوي في الرئة ,والسل خارخ الرئوى في مواقع الجسم البديلة. تم فحص العديد من الجينات المرشحة للانضمام إلى قابلية الإصابة بتطور السل بعد العدوى منهاالطفراتالجينية في مستقبلات فيتامين D كعامل خطر في عدوى السل و /او تطور المرض في العديد من السكان حول العالم . وقد وجدت دراسات أخرى نتائج غير متناسقة لربط مرض السل معطفرات في جينات مستقبلاتشبيهةتول 2 TLR2. مستقبلات بورينرجيريك P2X، قناة أيون يجند بوابات، 7 مستقبلات P2X7توجد في مجموعة واسعة من أنواع الخلايا العادية و الخلايا المرتبطة ببعض الامراض. مستقبلة P2X7 ينشطها أدينوسين 5- ثلاث فوسفهات خارج الخلية مما ينتج العديد من الأحداث بما في ذلك إطلاق سراح وسطاء الموالية للالتهابات ، والانتشار أو موت خلية ، وقتل مسببات الأمراض داخل الخلايا. وقد تسمح كفاءة P2X7 بالسيطرة على العدوى المتفطرة داخل البلاعم في الرئة او الانتشار إلى مواقع خارج الرئة حيث تتطور العدوى إلى مرض السل بعد المرحلة الابتدائية. الهدف للكشف عن تعدد الأشكال الوراثية في جينات مستقبلات TLR2،مستقبلات فيتامسن د. و مستقبلات P2X7 باستخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلسي مع انزيمات التقطيع بين مرضى السل السودانيين و اشخاص اصحاء من متطوعين التبرع بالدم في بنك الدم يحضرون المركز القومي لعلوم وامراض الجهاز العصبي في الفترة من أغسطس 2015 إلى يناير 7201. الطريقة تم تضمين مائة وعشرين مريض بالسل مع 46 من الاشخاص الاصحاء على TLR2 تعدد الأشكال G إلى A (Arg753Gln) و P2X7 تعدد الأشكال 1513 A / C و مستقبلات فيتامين د. في مواقع كل من FokI, ApaI, BsmI باستخدام تقنية تفاعل البلمرة السلسلسي مع انزيمات التقطيع (PCR_RFLP) من عينات الدم. تم إرسال جزء من العينات لتحليل التفاصيل الجينية (sequencing) لشركة ماكروجين (Macrogen) في دولة كوريا الجنوبية. النتائج: وجدت الدراسة ارتباط بين القابلية للاصابة بمرض السل و الصفة الوراثيةAA, GA في جين TLR2OR= (27),ايضا تم الكشف عن طفرة ورااثية فريدة في هذا الجين قد تكون مرتبطة بالاصابة بمرض السل وطفرتين اضافيتين وجدتا عندما تم تحليل التفاصيل الجينية rs182578104 و rs376311320. من خلال هذه الدراسة وجد ان جين مستقبلات P2X7 لديه ارتباط مع السل خرج الرئة في حالات الصفة الوراثيةCC و AC OR =4.615, 2.058) ) وكشف تحليل التفاصيل الجينية عن وجود طفرة وراثية اخرىrs2230912 تكون مرتبطة بالاصابة بمرض السل او انتشار السل لخاج الرئة(OR=2.65). اما جين مستقبلات فيتامين د موقع ال ApaI فقد وجد ان لدية ارتباط مع الصابة بالسل للصفات الوراثيةaa, Aa OR= (1.687) و (7.00)ومرتبط بالاصابة بالسل الرئوي OR= (3.659). تم الكشف عن وجود طفرتين اكتشفتا لاول مرة في هذا الموقع من الجين بتحليل التفاصيل الجينية و طفرات وراثية اخرى , هذه الطفرات هيrs731236, rs11574114, rs1157411. تمت دراسة موقع FokI في جين مستقبلات فيتامين د ايضا للكشف عن ارتباطة بمرض السل و وجد الصفات الوراثيةFf , ff لهما ارتباط بالاصابة بمرض السل الرئوي OR= (1.300) , (1.238) اما BsmI في جين مستقبلات فيتامين د فقد كان الصفة الوراثيةBb مرتبطة بالاصابة بالسل الرئوي OR= 1.319 و الصفة الوراثيةbb مريبط بالسل خارج الرئة OR= 1.7 . الخلاصة: وجد ارتباط بين الطفرات الوراثية المتضمنة في الدراسة مع قابلية الاصابة بمرض السل و مع نوع وموقع مرض السل في جسم الانسان. كشفت التحليلات الجينية (sequencing) عن وجود ثلاث طفرات وراثية جديدة لاول مرة احداها في جينTLR2 واثنتين في جين مستقبلات فيتامين د ApaIو طفرات و اخري قد يكون لديها ارتباط بمرض السل وتطوره او مع موقع المرض في الجسم.